中国汉族人群SIM2基因多态性与先天性脊柱侧凸遗传易感性的关联研究

目的 通过候选基因SIM2上功能性单核苷酸多态性(SNP)位点的筛查,探索SIM2与中国汉族人群先天性脊柱侧凸(CS)及其不同临床表型之间的关联.方法 采用病例一对照研究:127例中国汉族CS患者;127例对照为性别、年龄、民族与病例相匹配的非脊柱侧凸患者.用QIAampDNABlood Mini Kit法提取外周血样本的全基因组DNA,根据国际人类基因组单体型图计划提供的基因型数据,选取SIM2的主要功能SNPs.根据椎体畸形特点、畸形部位、畸形受累程度、有无合并肋骨畸形和椎管内畸形将病例组进一步分为不同临床表型.对所有样本应用SNPstreamUHT Genotyping系统对所选SNP位点进行基因型鉴定;进一步进行基于基因型/等位基因频率的关联分析,并用Haploview 4.1软件分析对照组SNP位点间是否存在连锁不平衡.结果 共筛选SNP1(rs2073601)、SNP2(rs2073417)和SNP3(rs2051397)3个位点,病例/对照组中等位基因频率分别为:SNP1A=13(5%)/15(6%)、SNP1C=241(95%)/239(94%),SNP2A=49(19%)/44(17%)、SNP2G=205(81%)/210(83%),SNP3C=68(27%)/58(23%)、SNP3T=186(73%)/196(77%);基因型频率分别为:SNP1AC=13(10%)/15(12%)、SNP1CC=114(90%)/112(88%),SNP2AG=49(39%)/44(35%)、SNP2GG=78(61%)/83(65%),SNP3CC=10(8%)/5(4%)、SNP3CT=48(38%)/48(38%)、SNP3TT=69(54%)/74(58%),差异均无统计学意义(均P＞0.05).SNP2和SNP3间存在连锁不平衡,但单倍体型关联分析未见阳性结果.进一步与CS临床表型的关联分析中没有发现阳性位点.结论 在中国汉族人群中,SIM2基因遗传变异可能不是引起CS及其不同临床表型的主要因素,有待于进一步研究.     

中国汉族人群WNT3A基因多态性与先天性脊柱侧凸遗传易感性的关系

目的 探索WNT3A基因与中国汉族人群先天性脊柱侧凸(CS)及其不同临床表型之间的关联.方法 采用病例对照研究127例中国汉族CS患者;所有病例对照为性别、年龄、民族与病例相匹配的非脊柱侧凸患者.用QIAamp DNABlood Mini Kit法提取外周血样本的全基因组DNA,根据国际人类基因组单体型图计划提供的基因型数据,选取WNT3A的主要功能性单核苷酸多态性(SNP).根据椎体畸形特点、畸形部位、畸形受累程度、有无合并肋骨畸形和椎管内畸形将病例组进一步分为不同临床表型.对所有样本应用SNPstreamUHT Genotyping系统对所选SNP位点进行基因型鉴定;进一步进行基于基因型/等位基因频率的关联分析,并用Haploview 4.1软件分析对照组SNP位点间是否存在连锁不平衡.结果 共筛选SNP1(rs964941)和SNP2(rs752107)2个位点,病例/对照组中等位基因频率分别为:SNP1C=127(50%)/115(45%)、SNP1t=127(50%)/139(55%),SNP2C=197(78%)/200(79%)、SNP2t=57(22%)/54(21%);基因型频率分别为:SNP1CC=35(28%)/25(20%)、SNP1Ct=57(45%)/65(51%),SNP1Tt=35(28%)/37(29%),SNP2CC=73(57%)/81(64%)、SNP2Ct=51(40%)/38(30%)、SNP2Tt=3(2%)/8(6%),差异均无统计学意义(P＞0.05).SNP1和SNP2间不存在连锁不平衡.进一步与CS临床表型的关联分析中没有发现阳性位点.结论 在中国汉族人群中,WNT3A基因遗传变异可能不是引起CS及其不同临床表型的主要因素.

Abstract：

Objective To investigate whether the polymorphisms of WNT3A gene are associated with congenital scoliosis (CS) and its various clinical phenotypes in a Chinese Han population.Methods A total of 127 CS patients admitted into PUMC were enrolled into this case-control study between October 2005 and September 2007.There were 55 boys and 72 girls with a mean age of 12.90 years old.Another 127 scoliosis-free control subjects at the same hospital during the same study period were frequency-matched with regards to age (+3 years) and gender.Genomic DNA was extracted by QIAamp DNA Blood Mini Kit from peripheral blood leukocytes of each subject who had signed informed consent.Based on the genotypic data from the International HapMap project,the main functional single nucleotide polymorphisms (SNPs) were initially selected.The patients in the case group were classified into different clinical phenotypes according to vertebral defect type,location of deformity,extent of developmental disruption,combined rib malformations and neural canal deformity.The genotying of all selected SNPs was performed by SNPstream technology (Beckman Coulter SNPstream).All data of SNPs with polymorphism were processed by the association analysis based on a single SNP and between phenotypes and SNPs.And the pairwise linkage disequilibrium was calculated in the control population by Haploview 4.1 software.Results The SNP1 (rs964941) and SNP2(rs752107) of WNT3A were genotyped.There was no linkage disequilibrium between two SNPs.No association was observed between SNP1 and SNP2 genotypes or allele polymorphisms and risk of CS and various clinical phenotypes (P ＞ 0.05).Conclusions The genetic variants of WNT3A gene may not be associated with the susceptibility to CS and various clinical phenotypes of CS in Chinese Han population.     

中国汉族人群Trp2等位基因多态性与椎间盘退变性疾病的关联分析

目的 探索Trp2等位基因多态性与中国汉族人群椎间盘退变性疾病(DDD)的关联.方法 采用"病例-对照"研究方法,对Trp2等位基因对应的的单核苷酸多态性(SNP)位点进行筛查.125例中国汉族DDD患者(DDD~+)与125例中国汉族非DDD受访者(DDD~-),其年龄、性别相匹配.提取外周血DNA,根据COL9A2基因在326位的氨基酸位置处存在两个突变位点,在NCBI基因序列数据库中确定其对应的位点SNP1(rs7533552)和SNP2(rs2077871).根据椎间盘退变程度、单节段或多节段退变、退变的节段分布,将DDD~+组为不同的亚型.用SNP分型系统-SNPstream UIT对所有样本的所选SNP位点行基因型鉴定.对检测数据分别行拟和优度χ~2检验、基于等位基因频率/基因型的关联分析.结果 病例组中和对照组中,两个位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡;病例/对照组中等位基因频率分别为:SNP1A=105(42%)/117(58%)、SNP1G=145(47%)/133(53%),SNP2C=220(88%)/30(12%)、SNP2T=224(90%)/26(10%);基因型频率分别为:SNP1AA=21(17%)/25(20%)、SNP1AG=63(50%)/67(54%),SNP1GG=41(33%)/33(36%);SNP2CC=95(76%)/100(80%)、SNP2CT=30(24%)/24(19%),SNP2GG=1(0%)/1(%1),差异均无统计学意义.进一步对候选基因与DDD~+组的不同亚型进行关联分析中,发现SNP2的基因型与椎间盘退变程度有相关性(χ~2=6.920,P=0.031).结论 中国汉族人群中,Trp2等位基因的基因多态性可能是决定椎间盘退变发展与退变程度的危险因素之一.     

MYO9B基因多态性与中国北方汉族人群精神分裂症发病及其临床表型的关联性分析

目的：探讨肌球蛋白9B（MYO9B）基因多态性与中国北方汉族人群精神分裂症发病及其临床表型的关系,阐明精神分裂症发病的遗传学机制。方法：收集了427例中国北方汉族人群精神分裂症患者与439名健康对照者全血样品,提取基因组DNA,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法检测MYO9B基因rs2279007、rs8113494和rs1545620位点基因型和等位基因型。应用拟合优度χ2检验分析精神分裂症病例组和健康对照组研究对象各单核苷酸多态性(SNPs)位点的基因型频数分布是否符合Hardy-Weinberg平衡定律,各SNPs位点等位基因和基因型频数与精神分裂症及各种临床表型的关联性分析采用χ2检验。结果：病例组MYO9B基因各SNP位点等位基因、基因型频数分布与对照组比较差异无统计学意义（P>0.05）;临床表型分析,rs2279007位点基因型频数与幻觉妄想综合征有关联（χ2=4.160,P=0.041）;rs1545620位点基因型频数与意志缺乏有关联（χ2=10.768,P=0.013）。结论：MYO9B基因多态性与中国北方汉族人群精神分裂症发病无关联,但可能与精神分裂症患者幻觉妄想综合征和意志缺乏的临床表型有关联。     

GSDMB和ZPBP2基因单核苷酸多态性与宁夏汉族人群系统性红斑狼疮的相关性研究

目的 分析GSDMB基因rs7216389位点及ZPBP2基因rs11557467、rs12936231位点单核苷酸多态性与宁夏汉族系统性红斑狼疮(SLE)发生的相关性.方法 采用病例-对照关联研究,利用Taqman基因分型系统检测144例SLE患者和322例正常对照者的3个SNP位点,分析组间基因型及等位基因频率的分布差异.结果 2组3个SNP位点基因型频率差异无统计学意义(P＞0.05);患者组rs11557467 T、rs12936231G、rs7216389C等位基因频率均小于对照组,但差异无统计学意义(P＞0.05).结论 GSDMB基因rs7216389位点及ZPBP2基因rs11557467、rs12936231位点单核苷酸多态性与宁夏汉族人群SLE发生无相关性.     

色氨酸羟化酶2基因多态性与重症抑郁发作和治疗反应的关系分析

目的 分析中国汉族人群中色氨酸羟化酶2(TPH-2)基因单核苷酸多态性(SNP)rs4570625 和rs7305115位点与重症抑郁发作(MDD)和抗抑郁药物治疗反应的关系.方法 设立病例组(汉族MDD患者,n=346)和对照组(汉族正常人,n=347);根据对治疗的反应,病例组患者再分为难治性抑郁症组(TRD组,n=72)和非TRD组(NTRD组,n=274).通过Taqman探针SNP基因分型技术对TPH-2基因的 rs4570625和rs7305115位点进行基因分型,分析等位基因和基因型频率在各组间的分布差异.结果 病例组TPH-2基因rs4570625位点的基因型及等位基因分布的频率与对照组比较,差异有统计学意义(P<0.05).按性别分层后,男性TRD组与男性NTRD组SNPs rs4570625和rs7305115位点的基因型和等位基因分布频率比较,差异有统计学意义(P<0.05).结论 TPH-2基因rs4570625位点可能与抑郁症的发病有关;男性患者rs4570625和rs7305115位点的多态可能可用于预测对治疗的反应.     

新疆地区汉族人群ORAI 1基因rs12313273多态性与尿路含钙结石关系的研究

目的探讨新疆地区汉族泌尿系含钙结石与钙释放激活钙通道调节分子1(Calcium release-activated calcium modulator 1,ORAI1)基因多态性之间的关系。方法选择198例新疆地区汉族泌尿系草酸钙结石患者(病例组)和199例正常对照者(对照组),应用Sna Pshot方法对ORAI 1基因位点rs12313273的基因型及等位基因频率进行检测,并分析其与草酸钙结石发病的相关性以及对血钙、24h尿钙水平的影响。结果 ORAI 1基因位点rs12313273的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。病例组和对照组ORAI 1基因位点rs12313273基因型分布及等位基因频率差异均无统计学意义(P0.05)。其中病例/对照组中等位基因频率分别为C=112(28.3%)/116(29.1%),T=284(71.7%)/282(70.9%)。该基因位点多态性与血清钙、24 h尿钙排泄量无相关性。结论 ORAI 1基因位点rs12313273多态性与汉族含钙结石无相关性,可能不是新疆地区汉族含钙尿结石结石发病的危险因子。     

云南汉族人群C2orf91基因rs6740960位点多态性与非综合征性唇腭裂的相关性

目的探讨云南汉族人群C2orf91基因rs6740960位点单核苷酸多态性(SNP)与非综合征性唇腭裂(NSCL/P)的相关性。方法病例组非综合征性唇腭裂胎儿148例,对照组正常新生儿180例。采用sanger测序技术对病例组和对照组的C2orf91基因rs6740960位点多态性进行检测;首先对rs6740960位点等位基因和基因型频率分布来进行Hardy-Weinberg平衡检验,然后运用Pearsonχ2检验法对两组的等位基因和基因型分别相比较。结果病例组和对照组等位基因和基因型分布与Hardy-Weinberg平衡定律相一致(P> 0.5);C2orf91基因rs6740960位点等位基因频率在两组之间比较没有统计学差异(P=0.778 5);两组基因型频率经χ2检验均无显著性差异(P=0.8368)。结论在云南汉族人群中C2orf91基因rs6740960位点单核苷酸多态性与非综合征性唇腭裂的发生无相关性。     

KLKB1基因多态性与肺血栓栓塞症的相关性

目的 研究KLKB1基因单核苷酸多态性(SNPs)与肺动脉栓塞症(PTE)的关联。方法 以确诊的95例PTE患者为PTE病例组,以90名健康体检者为对照组,采用χ2检验、Logistic回归分析对SNP位点的基因型频率、等位基因和单倍体型进行相关性分析,并在加性、显性和隐性3种遗传模型下对各SNP位点进行相关性分析。结果 rs3733402位点的基因型频率在PTE病例组和健康对照组间的分布差异有统计学意义(P=0.041),KLKB1基因区域rs2292423、rs4253325和rs3733402 3个位点组成的GTG单倍型分布在PTE组和健康对照组间差异有统计学意义(P=0.040)。结论 汉族人群KLKB1基因区域中的rs3733402位点与PTE的遗传易感性相关。     

汉族人群后纵韧带骨化症的单核苷酸多态性分析

目的 寻找汉族人群中后纵韧带骨化(OPLL)患者4个候选基因的多态性位点,对与疾病相关的位点进行研究.方法 应用Sequnom系统对180例汉族人群4个候选基因(COL6A1、BMP-2、VDR和Runx2)共19个SNP进行分析,病例组78例,对照组102例,对比两组中每个SNP的基因型分布频率与等位基因分布频率,分析研究与OPLL发病相关的多态性位点及其相互关系.结果 在筛选的4个候选基因共19个SNP位点中,等位基因分析未发现与疾病相关的位点.基因分型差异位点发现Runx2基因的2个位点(rs1321075与rs12333172)在疾病组与对照组差异有统计学意义(P=0.033 9,P=0.042 8),且两个位点均位于6号染色体上,连锁不平衡分析(LD分析)发现位点与疾病之间存在连锁不平衡;6号染色体上的11个SNP位点形成了2个分别长达51 kb和21 kb的单倍体域,其中由rs967588、rs16873379、rs3749863、rs6908650形成的单倍体域CTCG在病例组与对照组发生比值为1.75,风险比0.81,表明有可能增加疾病发生比率(P=0.259).COL6A1、BMP-2、VDR基因未发现与疾病显著相关的多态性位点.结论 本研究首次报道汉族人群中OPLL患者Runx2基因中SNP的变化可能导致OPLL,而COL6A1、BMP-2、VDR基因中的多态性位点未显现出与疾病显著相关.     

新疆维、汉人群CD14基因单核苷酸多态性的连锁不平衡和单倍型分析

目的 研究CD14基因-159、-1359、rs2569192 3个单核苷酸多态性(SNP)的发生频率在新疆维吾尔族(维族)、汉族人群是否存在连锁不平衡关系及其单倍型组成.方法 应用SNaPshot SNP分型技术对新疆地区维族、汉族300例(维、汉族各150例)健康个体CD14基因-159C/T、-1359T/G、rs2569192G/C 3个SNP位点进行基因分型,分析3个位点间的连锁不平衡关系,计算它们构成的单倍型.结果 CD14基因-159C/T、-1359T/G、rs2569192G/C 3个SNP位点基因型频率分布符合H-W平衡.新疆维族和汉族的等位基因发生频率差异无统计学意义(P＞0.05).通过对这3个SNP位点两两间进行连锁不平衡分析,发现连锁不平衡系数|D'|值都为1.3个SNP主要组成4种单倍型:TGC、CTC、CGG、CGC,维、汉族单倍型频率比较差异无统计学意义(P＞0.05).结论 新疆地区维、汉人群CD14基因-159C/T、-1359T/G、rs2569192G/C 3个SNP位点呈完全连锁不平衡.TGC是维、汉族人群的主要单倍型.为新疆地区维、汉族人群CD14基因3个SNP的群体遗传学资料,并且为寻找与CD14相关疾病单倍型奠定了基础.     

整联蛋白 α亚基1基因单核苷酸多态性与非贲门胃癌 发病风险的关联性分析

目的：探讨整联蛋白α亚基1（ITGA1）基因单核苷酸多态性（SNP）与非贲门胃癌发病的关联性,阐明ITGA1基因多态性在非贲门胃癌发病中的作用。方法：采用病例-对照研究设计,在内蒙古自治区包头市汉族人群中选取288例非贲门胃癌患者为病例组,社区体检281人为对照组。采用TaqMan方法对2组研究对象ITGA1基因rs1862610、rs2432143和rs2447867位点的SNP进行基因分型,采用Haploview 4.0软件构建单体型,并采用非条件性Logistic回归计算比值比（OR）及其95%可信区间（95％CI）,以评估各等位基因和基因型频数分布及单体型与非贲门胃癌发病风险的关联性。结果：2组研究对象ITGA1基因rs1862610、rs2432143和rs2447867位点的SNP与非贲门胃癌发病风险无关联（P>0.05）;rs1862610和rs2432143位点的SNP存在强连锁不平衡（D’=1）,构成单体型块,与携带单体型CT者比较,携带单体型CC者非贲门胃癌的发病风险升高（CC vs CT：OR=1.42,95% CI：1.02~1.99）。结论：在内蒙古自治区包头市汉族人群中ITGA1基因多态性可能在非贲门胃癌的发病中起一定作用,携带SNP rs1862610-rs2432143 CC单体型者非贲门胃癌的发病风险升高。     

抵抗素基因第三内含子单核苷酸多态性与2型糖尿病

目的检测抵抗素基因第三内含子和第四外显子是否存在单核苷酸多态性,探讨其与2型糖尿病(T2DM)的相关性.方法选取安徽合肥地区汉族T2DM患者263例,正常对照86例,采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法初筛基因后,进行DNA直接测序.结果仅在第三内含子发现 877位G/C的单核苷酸多态性(SNP),在349例受试者中共检出41例,达到Hardy-Weinberg遗传平衡,具有群体代表性.对照组C等位基因频率为5.8%,T2DM组为6.5%.野生型(GG)基因型频率对照组为88.4%,T2DM组为87.8%;杂合子(GC)基因型频率在对照组为9.3%,T2DM组为11.4%;纯合子(CC)基因型频率在对照组为1.16%,T2DM组为0.76%;组间比较差异均无显著性(P》0.05).结论在安徽汉人中,抵抗素基因第三内含子存在单核苷酸多态性,为 877位的G/C.第三内含子的多态性具有群体代表性.T2DM与正常糖耐量组相比,等位基因频率和基因型频率两组间无差异.     

xCT基因rs13120371位点单核苷酸多态性与肺结核易感性的相关性

目的 通过大样本病例与对照研究明确xCT基因功能性SNP与结核病易感性的相关性,明确其调控结核病发生发展的分子机制。方法 从健康对照和结核患者的全血样本中提取基因组DNA,采用TaqMan探针技术对xCT基因rs13120371位点进行基因分型并对基因频率进行关联性分析,结核菌特异性抗原IFN-γ斑点形成细胞的数量和放射影像学分数反应不同基因型与临床指标的相关性,Real-time PCR方法检测健康对照和结核患者外周血单个核细胞中xCT基因及其相关的CXCL1、CXCL2、IL1B基因的表达水平。结果 等位基因位点基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡定律(χ²=0.678,P>0.05),选择的样本具有群体代表性。rs13120371位点的单核苷酸多态性与结核病的易感性相关,其中结核患者组等位基因A的基因频率为70.2%,等位基因G的基因频率为29.8%;健康对照组等位基因A的基因频率为66.8%,等位基因G的基因频率为33.2%,两组之间的等率基因频率差异具有统计学意义(P=0.02,OR=0.86)。AA基因型患者的结核菌特异性刺激分泌的IFN-r斑点形成细胞数量及炎症反应指标明显高于基因型GG的患者,基因型AA的细胞xCT基因的表达水平也明显上调。结论 xCT基因rs13120371位点的单核苷酸多态性与汉族人群结核感染的易感性相关,并且rs13120371位点是功能性SNP,等位基因A可能增加结核菌感染的风险。     

高血压病患者β2-肾上腺素能受体基因5′-调控区单核苷酸多态性研究

目的　研究中国人β     

组织因子途径抑制物2 (TFPI-2)基因多态性与急性冠脉综合征的关联性

 目的 探讨在中国汉族人群中基因多态性与急性冠脉综合征的关系。方法 采用病例对照研究设计,选择急性冠脉综合征(acute coronary syndrome,ACS)患者140例,其中包括不稳定型心绞痛患者(unstable angina,UA)68例、急性心肌梗死患者(acute myocardium infarction,AMI)72例;另有稳定型心绞痛患者(stable angina,SA)273例;以及正常对照306例。采用聚合酶链反应产物直接测序的方法对所有纳入对象进行组织因子途径抑制物2 (tissue factor pathway inhibitor 2,TFPI-2)基因多态性分析和关联分析。 结果 在所有对象的TFPI-2基因中共检测出8个单核苷酸多态性位点,其中rs59805398和rs34489123位点基因型频率和等位基因频率分布在ACS组和SA组,与对照组间差异有统计学意义。rs3763473、rs59999573、rs59740167、rs34489123位点在ACS组中存在连锁不平衡,与rs59805398位点关联分析提示主要有C-C-G-G-G和T-C-G-G-G两种单倍型。rs59999573、rs59740167、rs34489123位点在SA组中存在连锁不平衡,与rs59805398位点进行关联分析,主要有C-G-G-G和G-A-A-A两种单倍型。ACS组与SA组之间未见明显差异。结论 TFPI-2基因rs59805398位点C等位基因和rs34489123位点A等位基因与冠心病(coronary heart disease,CHD)发病存在关联性,其变异可能是中国人群冠心病发病的危险因子之一。TFPI-2基因SNP在冠心病患者中存在连锁不平衡。     

人趋化素样因子上游启动子区的单核苷酸多态性及其与哮喘的相关性

目的 寻找趋化素样因子(CKLF)基因上游启动子区的单核苷酸多态性(SNP),明确其与支气管哮喘发病的相关性.方法 提取245例北京地区汉族人(其中哮喘患者119例,健康对照126例)基因组DNA,采用PCR方法扩增CKLF上游启动子区1553碱基的DNA片段并进行直接测序,分析发现的SNPs的等位基因频率、基因型频率和单倍型分布频率及其与哮喘的发病和临床表现的相关性.结果 在CKLF上游启动子区共发现4个SNPs:SNP88(T>C)、SNPl96(T>C)、SNP568(C>G)、SNP1047(C>G).其等位基因频率分别为0.168(SNP88C)、0.168(SNP196C)、0.352(SNP568G)和0.167(SNP1047G),与以往报道的其他种族的结果明显不同.SNP88与SNP196之间、SNP88与SNP1047之间,以及SNP196与SNP1047之间存在完全连锁不平衡(D1=1.000,r2=1.000),SNP568与SNP88、SNP196及SNP1047问存在连锁不平衡(r2=0.366).哮喘组与对照组4个SNPs的等位基因频率、基冈型频率和单倍型频率差异无显著性.结论 北京地区汉族人群CKLF编码基因上游调控区的基因多态性有其独特的分布特点及连锁不平衡特征,虽然与哮喘的发病无明显相关性,但其分布特点可能为其他疾病相关性研究提供有价值的资料.