基于网络药理学探讨丹参饮治疗心绞痛的作用机制

目的:运用网络药理学方法探究丹参饮治疗心绞痛的作用机制。方法:本研究通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP)筛选出丹参饮中丹参、檀香、砂仁的有效活性成分及其相关靶点蛋白,通过GeneCards数据库挖掘心绞痛的疾病靶点,将其与药物靶点蛋白取其交集,并将交集靶点运用Cytoscape 372构建活性成分-靶点-疾病网络图。运用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）I网络图,并进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:共筛选出丹参饮的活性成分78个,靶点334个,心绞痛的靶点2 578个,其交集靶点93个,对应的活性成分59个。GO生物过程20条,包括肾上腺素能受体活性、G蛋白偶联胺受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、细胞因子受体结合、酰胺结合等;KEGG相关信号通路,涉及HIF-1信号通路、IL-17信号通路、T细胞受体信号通路等。结论:本研究体现了丹参饮治疗心绞痛的作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,为临床应用及药理学研究提供了思路和依据。     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制

目的:利用网络药理学分析探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取丹参、砂仁、檀香的活性成分及靶点,通过GeneCards数据库获取胃癌前病变疾病基因,在与丹参饮靶点映射后获得交集靶点,利用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-有效成分-交集靶点-疾病”网络图,并分析该网络;通过STRING数据库结合Cytoscape 3.7.1软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;将交集靶点导入至DAVID(2021 Update)数据库,进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:预测获得丹参饮治疗胃癌前病变的有效活性成分76个,67个交集靶点。蛋白质-蛋白质相互作用分析得到18个核心靶点。GO功能富集分析获得369项条目,KEGG富集在90条通路上。结论:丹参饮可能通过木犀草素、丹参酮ⅡA等有效成分调节磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、叉头框蛋白(FoxO)信号通路、缺氧诱导因子(Hypoxia Inducible Factor,HIF)-1α信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,发挥抗炎、...     

基于网络药理学探讨丹参-檀香治疗冠心病的作用机制

目的：应用网络药理学相应原理探讨丹参-檀香药对治疗冠心病（CHD）的作用机制。方法：在网络药理学的相应原理基础上,首先分别用“丹参”和“檀香”为关键词,在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中获取其活性成分和相应的靶点蛋白,在数据库检索“冠心病”,筛选出潜在的、可治疗CHD的“丹参-檀香”药对的靶点,然后在DAVID数据库和Matescape数据库中进行GO分析、KEGG的富集分析。结果：通过使用TCMSP进行检索,可得到檀香的有效成分有3个,丹参的有效成分有65个。在韦恩图中,筛选出的CHD与药对共有靶点27个。KEGG和GO富集分析表明丹参-檀香药对改善CHD可能与脂质与动脉粥样硬化途径、流体切应力和动脉粥样硬化途径有关。分子对接结果表明丹参-檀香能够与CHD相关靶点紧密结合。分析表明,丹参-檀香配伍后可能存在针对CHD的协同作用。结论：丹参-檀香药对治疗CHD的过程涉及多种有效成分、靶点和通路,该结果可进一步为研究丹参-檀香药对治疗CHD的作用机制提供相应参考。     

基于网络药理学探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制

目的：利用网络药理学的方法探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制。方法：运用TCMSP网络数据库对丹参-红花两味药主要有效成分及作用靶点进行筛选和挖掘,利用Cytoscape3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以OMIM在线分析平台挖掘冠心病的相关作用靶点,基于STRING数据库构建丹参-红花治疗CHD的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,然后进行拓扑分析,筛选出丹参-红花治疗冠心病的核心靶点。利用Metascape数据库对药物-疾病交集靶点进行生物通路及富集分析。结果：丹参-红花成分-靶点网络图包含87个有效成分,相对应靶点1 693个;核心靶点涉及TNF、白细胞介素-1B（IL-1B）、髓过氧化物酶（MPO）、血管细胞黏附蛋白1（VCAM1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、基质金属蛋白酶3(MMP3)等。结论：丹参-红花治疗冠心病主要靶点参与与流体剪切应力与动脉粥样硬化、活性氧代谢过程、DNA结合转录因子活性的正调控、蛋白质复合物装配的正调控、细胞活化的调节等相关,其中聚集在流体剪切应力与动脉粥样硬化的靶点最多。     

基于网络药理学探讨血府逐瘀汤治疗冠心病的作用机制

目的:分析血府逐瘀汤治疗冠心病的作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索血府逐瘀汤的化学成分和靶基因,利用GeneCards获得与冠心病相关的靶基因,采用Cytoscape 3.7.2绘制中药成分-疾病靶基因网络图,采用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将PP...     

基于网络药理学探究丹参治疗慢性肝炎的作用机制

目的：运用网络药理学的方法预测丹参治疗慢性肝炎的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选丹参的有效成分;输入Pharm Mapper数据库获得相应基因;检索GeneCards数据库获得慢性肝炎的靶点基因;利用R语言3.6.3截取交集网络获得潜在靶点;使用Cytoscape3.7.2将“中药-化合物-靶点-疾病”网络可视化处理;在STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用DAVID数据库对候选靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路注释。结果：获得丹参中65个活性化合物、109个不重复的靶标信息、89个慢性肝炎治疗靶点。GO功能富集得到GO条目48个（P<0.05）,其中生物过程(BP)条目1 796个,细胞组分(CC)条目73个,分子功能(MF)条目130个;KEGG通路富集得到88条信号通路（P<0.05）。结论：丹参中的有效成分异隐丹参酮(Isocryptotanshi-none)、1,2,5,6-tetrahydrotanshinone、丹参醌新酮Ⅰ(MiltiononeⅠ)、二氢丹参内酯(Dihydrotanshinlactone)、4-methylenemiltirone、丹参酮Ⅱa(TanshinoneⅡa)、木犀草素等可能作用于ADRB2、OPRM1、PTGS1、CA2、PTGS2等关键靶点通过调控Hepatitis B、IL-17 signaling pathway、Hepatitis C、T cell receptor signaling pathway、PI3K/AKT signaling pathway等干预了活性氧代谢过程、循环系统血管功能、氧化应激反应、凋亡,从而发挥治疗慢性肝炎的作用。     

基于网络药理学探讨丹参治疗肝纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学技术筛选丹参治疗肝纤维化的作用靶点,并探讨其治疗肝纤维化的作用机制.方法利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选丹参的主要活性成分及相应靶点,并检索OMIM、Genecard数据库以筛选肝纤维化的作用靶点.基于筛选结果,建立药物成分-靶点基因-疾病关系网络,进行基因GO功能和KEGG通路...     

基于网络药理学探讨肾衰饮治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:根据网络药理学方法对肾衰饮治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行探讨.方法:利用中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对肾衰饮中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、TTD、DisGeNET数据库筛选DKD靶点,利用韦恩图在线平台筛选肾衰...     

基于网络药理学探讨葶苈子治疗骨质疏松症的作用机制

目的：通过网络药理学研究葶苈子治疗骨质疏松症的作用机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台中检索葶苈子的有效成分及相关靶点;在Gene Cards数据库、OMIM数据库中检索骨质疏松症的疾病基因靶点;通过Perl脚本找到葶苈子与骨质疏松症的共同基因,使用String网站构建葶苈子与骨质疏松症之间蛋白质-蛋白质相互作用的关系网络;最后利用R软件对葶苈子与骨质疏松症交集基因进行基因本体论（GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：从葶苈子中筛选出9个有效成分,作用于骨质疏松症127个靶点。蛋白质-蛋白质相互作用网络中的核心蛋白有蛋白激酶B(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、白细胞介素（Interleukin,IL）-6、血管内皮生长因子（Vascular Endothelial Growth Factor,VEGF）A、JUN蛋白、IL-1β。基因KEGG富集分析得到与骨质疏松症紧密相关通路主要有晚期糖基化终末产物（Advanced Glycation End Products,AGE）-晚期糖基化终末产物受体（A...     

基于网络药理学与分子对接技术探索丹参饮治疗慢性心力衰竭的作用机制研究※

目的 运用网络药理学与分子对接技术探索丹参饮治疗慢性心力衰竭的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选丹参饮中药有效化学成分与对应靶点蛋白,利用GeneCards、PharmGKB、Therapeutic Target Database（TTD）以及DrugBank数据库收集慢性心力衰竭疾病相关靶点,通过R软件获取疾病与药物交集靶点。利用Cytoscape3.9.1软件构建“丹参饮-成分-慢性心力衰竭-靶点”网络关系图,通过STRING网站构建PPI蛋白互作网络关系,绘制可视化图形。基于R软件基因本体论（Gene Ontology,GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析语言包对交集靶点进行富集分析;通过Autodock Vina软件对关键化学成分与关键靶点进行对接分析,利用Pymol软件实现分子对接可视化。结果 筛选后获得药物有效化学成分78种,对应靶点134个,疾病靶点2096个,取两者交集获得92个潜在治疗靶点;丹参饮治疗慢性心力衰竭的核心化学成分为木犀草素、丹参酮ⅡA、β-谷甾醇,核心靶点为STAT3、AKT1和TP53蛋白;KEGG富集分析显示主要信号通路是PI3K-Akt信号通路,分子对接结果表明核心成分与关键靶点均能结合稳定。结论 丹参饮通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性心力衰竭。     

基于网络药理学探讨清化肠饮治疗溃疡性结肠炎作用机制

目的 采用网络药理学探讨清化肠饮治疗溃疡性结肠炎(UC)作用机制.方法 运用TCMSP数据库筛选清化肠饮的活性成分及其作用靶点;通过DisGeNET和GeneCards数据库筛选疾病作用靶点,与活性成分作用靶点相映射得到二者共同靶点;将共同靶点导入String数据库中构建靶点相互作用(PPI)网络图,根据相互作用关系大...     

基于网络药理学的双丹方治疗冠心病的作用机制研究

目的利用网络药理学的方法探索双丹方治疗冠心病(CHD)的活性成分和分子作用机制。方法采取类药五原则筛选双丹方活性成分;经TCMSP数据库获得双丹方活性成分的靶蛋白,并在OMIN数据库查找CHD的靶点蛋白;运用Cytoscape软件构建双丹方活性成分-潜在靶点、双丹方活性成分-CHD疾病靶点的相互作用网络,通过度等网络拓扑特征评价筛选出双丹方在CHD作用的核心靶点;通过STRING数据库进行蛋白质相互作用分析;采用斑马鱼模型研究双丹颗粒的促进血管生成作用。结果从TCMSP数据库得到双丹方中丹参酮、丹皮酚等39个活性成分和205个蛋白质靶点,筛选出与双丹方作用CHD的IL6、MAPK1、TP53、AKT1、VEGFA等核心靶点111个,GO分析共包含RNA调节、炎症反应、G蛋白偶联、类固醇激素受体活性、细胞分化、血管收缩等19条富集结果。利用DAVID数据库对相关通路富集,筛选出对冠心病具有作用的VEGF信号通路、FXO信号通路、ErBb信号通路等13条通路。结论通过网络药理学验证了双丹方多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了双丹方在CHD中的主要作用机制。     

基于网络药理学探讨丹参通络方治疗冠心病血瘀证的机制＊

目的 基于网络药理学探讨丹参通络方治疗冠心病（Coronary heart disease，CHD）血瘀证的可能作用机制。方法 通过TCMSP数据库ChEMBL数据库筛选出丹参通络方3味药丹参、三七、银杏叶潜在活性成分及靶点，通过GeneCard数据库获得冠心病的作用靶点，结合课题组前期通过高通量测序方法获得的冠心病血瘀证的差异表达基因，最终得到药物与疾病的交集靶点，并运用Cytoscape 3.7.2软件绘制活性成分-靶点-疾病网络图，采用STRING数据库构建PPI网络，使用R软件和Bioconductor包对交集靶点进行基因GO功能和KEGG富集分析。结果 筛选得到丹参通络方治疗冠心病血瘀证的潜在活性成分8个，核心靶点7个，其作用的生物路径与IL-17信号通路等关系密切。结论 丹参通络方治疗冠心病血瘀证的作用具有多成分、多靶点、多通路的作用机制特点，网络药理学结果可为实验验证其机制提供方向。     

基于网络药理学的丹参治疗哮喘作用机制初探

目的 运用网络药理学方法探讨丹参治疗哮喘的作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取丹参活性成分及潜在靶点;应用OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集哮喘靶点,利用R语言获得丹参治疗哮喘的作用靶点,依据STRING 11.0数据库获取蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;在Metascape平台进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体（GO）分析,运用Cytoscape 3.5.1软件构建丹参治疗哮喘的成分-靶点-通路网络,并筛选核心靶点,采用MOE 2019软件对重要化合物进行分子对接验证。结果 筛选得到丹参治疗哮喘的59个化学成分、108个靶点及20条关键通路。其中,隐丹参酮主要通过肿瘤坏死因子（TNF）、Toll样受体4（TLR4）等蛋白抑制核转录因子-κB（NF-κB）通路,减轻哮喘气道炎症;丹参酮Ⅱ_A主要通过核转录因子-κB抑制剂α（NFKBIA）等减弱TNF-α和NF-κB表达,抑制NF-κB通路,减轻炎症损伤;木犀草素主要通过蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-6（IL-6）和信号传导与转录激活因子3（STAT3）等介导磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）-Akt和Janus激酶-信号转导子与转录激活因子（JAK-STAT）通路,通过缓解气道炎症、改善气道重塑和免疫调节治疗哮喘。分子对接显示,三者与疾病靶点生物亲和力高。结论 丹参可以通过多成分、多靶点、多途径发挥治疗哮喘的作用。     

基于网络药理学探讨活络效灵丹治疗冠心病的作用机制

目的基于网络药理学方法探讨活络效灵丹治疗冠心病的有效活性成分及靶点的作用机制。方法本研究运用TCMSP数据库结合筛选条件确定活络效灵丹的主要有效活性成分及其作用靶点。利用GeneCards数据库和OMIM数据库获取冠心病作用靶点,取活络效灵丹和冠心病作用靶点的交集,对交集靶点进行蛋白质互相作用网络分析、基因功能富集分析和信号通路富集分析。结果筛选主要有效活性成分118种,并获得药物靶点197个。通过GeneCards数据库和OMIM数据库共获得7266靶点,药物作用靶点与疾病作用靶点交集基因172个,PPI蛋白互作网络分析得出STAT3、AKT1、JUN、MAPK1、APP、ERLA、CXCL8、IL6、MAPK14、EGFR等可能是活络效灵丹治疗冠心病的核心靶点。GO功能富集分析得到163个条目,KEGG通路富集分析获得69条信号通路,其中富集排名靠前通路主要有IL-17信号通路TNF信号通路、HIF-1信号通路、内分泌抵抗、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、PI3K-Akt信号通路、铂耐药、细胞凋亡、C型凝集素受体信号通路、Th17细胞分化、Toll样受体信号通路等。结论活络效灵丹治疗动冠心病具有多途径、多靶点的作用特点,为探析中医治疗冠心病提供参考。     

基于网络药理学的丹参治疗视网膜静脉阻塞作用机制研究

目的:探讨丹参治疗视网膜静脉阻塞(RVO)的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索丹参的有效化学成分,并收集其对应的作用靶点;使用GeneCards数据库检索与RVO相关的靶点;采用ClusterProfiler R软件绘制交集靶点的韦恩图;采用STRING 11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-活性成分-疾病-靶蛋白"相互作用网络;采用ClusterProfiler R软件对靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:得到丹参有效成分41个、药物靶点70个、RVO靶点1705个,最终获得丹参治疗RVO的潜在作用靶点46个,KEGG通路76条。结论:丹参可能通过调控炎症反应、血管生成、凝血过程和细胞凋亡等对RVO发挥治疗作用。     

丹参饮治疗糖尿病心肌病的网络药理学研究

目的通过整合网络药理学和生物信息学方法,构建活性成分-作用靶点、蛋白-蛋白相互作用(PPI)、关键靶点相应的生物功能和通路网络,预测丹参饮治疗糖尿病心肌病的分子作用机制。方法采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库筛选及预测丹参饮的生物活性成分及其潜在作用靶点,同时检索PharmGKB等4个数据库挖掘糖尿病心肌病的相关靶点,对2种靶点进行PPI网络构建,交互处理得到丹参饮治疗糖尿病心肌病的关键靶点,并利用SystemsDock WebSite对其进行分子对接验证;运用DAVID(Version 6.8)平台对关键靶点进行Pathway分析,结合Omicshare数据库筛选核心通路并利用Reactome数据库进行注释。结果以口服生物利用度(OB)和类药性(DL)数值作为筛选标准,从丹参饮中共获得78个活性成分,涉及到506个丹参饮治疗糖尿病心肌病的可能靶点,这些靶点主要富集在磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等多条信号通路上。结论本研究揭示了丹参饮治疗糖尿病心肌病可能的作用机制,体现了中药复方多成分、多靶点、多途径治疗疾病的特点,为进一步深入研究其作用机制提供了新思路。     

基于网络药理学探讨二陈汤治疗非酒精性脂肪肝的作用机制

目的：通过网络药理学探讨二陈汤治疗非酒精性脂肪肝（NAFLD）的作用机制。方法：使用TCMSP预测二陈汤可能的有效成分和目标靶点,并通过DisGeNET、GeneCard数据库搜索和筛选NAFLD的相关靶点。使用STRING数据库和靶点共同预测目标蛋白相互作用关系,运用Cytoscape软件进行可视化并筛选出10个关键靶点,并基于DAVID数据库进行GO功能以及KEGG通路富集分析。最后将二陈汤与NAFLD的共同预测靶点用Cytoscape建立“成分-靶点-通路”作用网络。结果：(1)筛选出123个二陈汤的活性成分、251个药物预测靶点和NAFLD疾病相关靶点189个,二陈汤与NAFLD的共同靶点44个。(2)基于STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络,并筛选出IL6、TNF、JUN、AKT1、PRARG、MAPK8、IL10、CXCL8、CASP3、IL1B关键靶点。(3)在二陈汤作用于NAFLD的机制中,富集分析揭示了总共15个生物学过程、3个细胞学成分、5个分子功能和24条KEGG途径。其主要信号通路包括NAFLD、MAPK、FoxO、胰岛素抵抗、AMPK等,主要涉及RNA...     

基于网络药理学探讨补阳还五汤治疗冠心病的作用机制

目的：采用网络药理学方法探讨补阳还五汤治疗冠心病的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取补阳还五汤的有效成分并预测活性成分所对应的靶标;通过Genecards、OMIM数据库,收集冠心病相关的靶点,并利用Venn图与药物作用靶点取交集,筛选补阳还五汤治疗冠心病的关键靶点。利用STRING平台建立预测靶蛋白之间的相互关系网络,根据联系密切程度筛选出核心靶标。用R语言进行核心靶标的GO生物过程分析和KEGG通路富集分析。结果：收集到补阳还五汤符合筛选条件的活性成分11个,药物与冠心病共同靶点192个,主要作用于AKT1、JUN、MAP激酶(MAPK1、MAPK8、MAPK14)、RELA、APP、白细胞介素(IL-6、CXCL8)、FOS、CTNNB1、ESR1、表皮生长因子受体(EGFR)、PRKCA、血管内皮生长因子A(VEGFA)等多个靶基因,调控流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、人巨细胞病毒感染、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎、前列腺癌、Kaposi肉瘤相关疱疹病毒感染、白细胞介素-17信号通路、丙型肝炎、TNF...     

整合药理学视角下丹参治疗冠心病作用机制的研究

丹参在治疗冠心病(coronary atherosclerotic heart disease,CHD)的临床实践中占有重要地位,此研究基于整合药理学视角,探索丹参治疗CHD的作用机制,借助中药整合药理学平台中的分析功能,构建丹参治疗CHD疾病的"中药-成分-靶标-通路"多维网络,从多个角度探索丹参治疗CHD潜在的分子机制。在整合药理学平台分析丹参治疗CHD的分子机制研究中发现,丹参对CHD的干预作用可能与多种化合物相关,主要集中于脂溶性的二萜类成分和水溶性的酚酸成分。从关键靶标与作用通路可以看出,丹参治疗CHD的主要作用于COX7C、COXA1、SDHC、ATP1A1、COX5A基因等,涉及氧化磷酸化、帕金森病、能量代谢、循环系统、内分泌系统、甲状腺激素信号通路、幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号转导、柠檬酸循环等信号通路。研究为丹参治疗CHD的临床应用提供了理论基础及研究方向。