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相似文献
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1.
目的 基于psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对辽宁省12个地区及省外2个地区黄精药材样本进行鉴别分析,为辽宁省黄精药材的鉴别和遗传多样性分析提供参考。方法 利用DNA试剂盒提取法,从38个黄精样本的药用部位中提取DNA,对psbA-trnH部分进行聚合酶链式反应(PCR)扩增及双向测序,并从GenBank下载药用植物黄精的不同来源和外群序列,运用SeqMan软件对测序结果进行拼接,使用MEGA软件对数据进行分析比对,计算K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离,并采用邻接法(NJ)建立系统发育树进行分析。结果 根据NJ系统发育树结果可知,不同来源的所有黄精样品聚为一大支,外群猪牙花聚为一支,区别较明显;辽宁省、湖北省及贵州省黄精与美国国家生物技术信息中心(NCBI)所下载的黄精聚为一支,并且结合变异位点与遗传距离可知,辽宁省、湖北省及贵州省的黄精物种为黄精Polygonatum sibiricum Red.,种间差异较小,辽宁省所收集的黄精有4个样品出现了变异位点,其余样本碱基序列均相同。结论 使用psbA-trnH序列DNA条形码技术能够对黄精药材不同的基原植物进行区分鉴别且成功率较高,可用于对黄精属物种进行种内和种间鉴别,为保障辽宁省黄精药材来源的准确鉴定提供参考。  相似文献   

2.
林凤越  曹辉  任欢欢  姚丽 《中草药》2019,50(9):2188-2193
目的基于DNA条形码技术建立人参与西洋参种子的分子鉴别方法。方法采用生药鉴定方法研究其性状、显微特征,并结合DNA条形码技术,基于中药材DNA条形码数据库,通过ITS2序列比对、遗传距离比较和构建临接(NJ)系统发育树,对人参与西洋参的种子进行鉴别研究。结果人参与西洋参种子的种内遗传距离分别小于种间遗传距离,系统发育树图中各物种均聚为一支,来自9个产地的42份人参及西洋参的种子均为正品,且容易区分。结论基于ITS2序列DNA条形码技术可以快速、准确、有效地鉴别人参与西洋参种质资源。  相似文献   

3.
目的 利用DNA条形码线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)技术对东北林蛙等24种进行鉴别,构建邻接(NJ)系统发育树,对24种进行系统聚类分析,为东北林蛙等蛙类的鉴别,分类及新种的发现提供一定的依据。方法 收集东北林蛙、中国林蛙、黑龙江林蛙、徂崃林蛙、桓仁林蛙各10只,提取其DNA并进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,将扩增成功的序列测序,共测得50条COⅠ基因序列;从GenBank数据库中获得蛙科蛙属24种163条COⅠ基因序列及蛙科侧褶蛙属,臭蛙属,琴蛙属,水蛙属,湍蛙属各一条COⅠ基因序列;利用MEGA X进行序列比对,分析各物种COⅠ基因序列简约性信息位点,计算种内,种间遗传距离,构建NJ树进行系统聚类分析。结果 东北林蛙等24种COⅠ基因序列长度为554 bp,共有210个简约性信息位点,各物种种内遗传距离均<2%;除桑植蛙与明全蛙种间遗传距离为0.004外,其余各物种种间遗传距离范围为0.024~0.228;桑植蛙与明全蛙聚为一支,部分东北林蛙与Rana uenoi聚为一支,中国林蛙有2个独立的分支,其余各物种均独立聚为一支。结论 DNA条形码COⅠ技术能够对东北林蛙等21种进行鉴定及鉴别,支持桑植蛙与明全蛙,韩国林蛙与昆嵛林蛙为同物异名,其中一支中国林蛙可能是蛙科蛙属未下载的4个种之一或新种。这表明DNA条形码COⅠ技术不仅可以鉴定及鉴别东北林蛙等24种蛙类,也可以为蛙科蛙属的分类,新种或亚种的发现提供一定的科学依据。  相似文献   

4.
目的:建立基于中药材DNA条形码技术的知母种子基原鉴定方法,保障知母种子基原的真实性。方法:收集知母的30份基原植物样品和9份生药材样品,获取其参考DNA条形码序列,采用克隆测序方法验证参考序列的准确性。收集51份待检测知母种子样品,获取其DNA条形码序列,基于BLAST法、遗传距离法和邻接(NJ)系统发育树法进行物种鉴定。结果:对于基原植物和生药材样品,由于基因组内存在异质性,核糖体DNA第2内部转录间隔区(ITS2)序列无法稳定获得,但可成功获得psbA-trnH序列。知母psbA-trnH序列分为6个单倍型,有3个变异位点,2处插入/缺失,种内变异最大值0.003 5,种间变异最小值0.1,在NJ系统发育树上聚为独立的支。共获得153条知母种子的psbA-trnH序列,经BLAST法、遗传距离法和NJ系统发育树法鉴定均为百合科植物知母Anemarrhena asphodeloides。结论:psbA-trnH是知母种子鉴定的适合条形码序列,可用于知母种子的真实性鉴定。所收集51份知母种子样品的基原均符合2015年版《中国药典》(一部)相关项下规定,未发现伪品。  相似文献   

5.
目的 利用DNA条形码鉴定技术,快速、准确地鉴别黄芩及其同属近缘种(易混品)。方法 提取黄芩及其同属近缘种的DNA,对ITS和psbA-trnH序列扩增和测序,计算物种种内种间Kimura 2-parameter (K2P)遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离法、构建Neighbor-joining(NJ)系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果 黄芩及其同属近缘种种间的ITS和psbA-trnH序列的遗传距离为0.067 97~0.088 80和0.050 61~0.057 37,明显大于黄芩种内的遗传距离0~0.006 40和0~0.003 11。ITS和psbA-trnH分子系统树显示,黄芩8个居群个体均聚为一单系分支,支持率均为100%,与其5个同属近缘种很好地区分开。3种鉴定方法表明,ITS和psbA-trnH序列适合鉴别黄芩及其同属近缘种。结论 ITS和psbA-trnH序列可以有效准确鉴别中药材黄芩及其近缘种。  相似文献   

6.
目的 分析trnV-atpEpsaC-ndhE序列变异特点,并通过该序列鉴别披麻草不同基原植物与其混伪品。方法 分别提取披麻草3种基原植物及其混伪品的总DNA,以trnV-atpEpsaC-ndhE为DNA条形码候选序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和测序。采用DnaSP、MEGA软件统计其片段长度、鸟嘌呤(G)+胞嘧啶(C)占比、变异位点个数、简约信息位点、插入或缺失位点,并计算样品K2-P(Kimura 2-parameter)遗传距离和构建邻接法(NJ)系统发育树。结果 trnV-atpEpsaC-ndhE序列长度分别为373~381、491~534 bp,简约信息位点分别为18、15个。trnV-atpEpsaC-ndhE序列中披麻草3种基原植物最大遗传距离均小于与混伪品之间的最小遗传距离。基于2个序列构建的NJ系统发育树显示,披麻草与其混伪品能明显区分。结论 综合分析序列特点和种内、种间变异性,trnV-atpEpsaC-ndhE序列均可将披麻草3种基原植物与其混伪品区分开。  相似文献   

7.
22种樟科植物DNA条形码分子鉴定   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 筛选适合樟科植物的DNA条形码,对采集的22种樟科植物进行鉴定分类。方法 以22种樟科植物为实验材料,提取其DNA,使用不同的DNA条形码引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,电泳检测后进行双向测序。采用Codon Code Aligner软件对测序峰图和序列进行校对、拼接并去除正反向引物序列。将序列导入DNAMAN,进行多序列对比,查看并分析碱基变异位点。用MEGA计算不同种植物的遗传距离(K2P),根据遗传距离分析变异程度,基于邻接法构建系统进化树。结果 采用3对DNA条形码通用引物对22种樟科植物的DNA进行扩增测序后通过比较基因序列的特异碱基位点成功鉴别出其中20种植物。结论 matK序列能鉴定4个木姜子属植物;rbcL除粗脉桂外,对实验材料中楠属的3个物种都能进行区分;matK+rbcL+rpoB序列结合可鉴别20种樟科植物。其中matK序列对樟科植物鉴定效果最好,结果也表明将DNA条形码对植物进行组合鉴定,效果更佳。从分子角度研究樟科植物之间的亲缘关系,同时也为药用植物资源调查、栽培种植、开发保护利用提供依据。  相似文献   

8.
目的 利用DNA条形码线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因鉴别蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇及其混伪品共32种蛇类。方法 收集蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇及其混伪品,对样品DNA进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,扩增产物电泳后进行双向测序。应用CodonCodeAligner 11.0.1软件对峰图质量进行比对、拼接,利用MEGA 11.0软件对各物种碱基进行分析,构建邻接(NJ)系统聚类树并计算遗传距离。结果 NJ系统聚类树显示,蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇及其混伪品共32种均独立聚为一支,眼镜蛇科与蝰科聚为一支,并与游蛇科并列聚类。游蛇科黄环林蛇、颈棱蛇与眼镜蛇科聚为一支,游蛇科赤链华游蛇、环纹华游蛇、草腹链蛇与蝰科聚为一支,锦蛇属玉斑锦蛇、黑眉锦蛇、百花锦蛇未聚为一支。结论 利用DNA条形码COⅠ基因能够准确鉴定蕲蛇、乌梢蛇、金钱白花蛇及其混伪品共32种蛇类,赤链华游蛇、环纹华游蛇、草腹链蛇、黄环林蛇、颈棱蛇、玉斑锦蛇、百花锦蛇、黑眉锦蛇、宽吻水蛇、铅色水蛇、中国沼蛇、渔游蛇的种属归类有待进一步研究。  相似文献   

9.
《中药材》2016,(5)
目的:以重楼为例,探讨DNA条形码技术在中药材种子种苗鉴定中的应用,为中药材种子种苗基原物种鉴定提供技术参考。方法:采用DNA条形码技术,建立重楼中国药典物种标准条形码数据库,通过序列比对、遗传距离比较和系统NJ树构建,研究DNA条形码在种子种苗鉴定中的应用。结果:云南重楼和七叶一枝花种内遗传距离分别小于种间遗传距离,ITS条形码可有效鉴别正品重楼及其混伪品的种子种苗。结论:DNA条形码技术是中药材种子种苗鉴定的有效手段,应用前景广阔。  相似文献   

10.
探讨trnL-trnF序列的相似度、特异位点、遗传距离和系统发育树这4个分子鉴定指标对人参和西洋参药材的鉴定能力,优化人参和西洋参分子鉴定指标。从人参和西洋参药材中提取DNA,以trnL-trnF通用引物进行扩增测序,利用NCBI数据库中的BLAST功能计算相似度,利用DNAman软件比较特异位点,利用Mega软件计算遗传距离,构建系统发育树。结果表明,人参和西洋参的种内相似度均为100%,种间相似度为99.6%;人参和西洋参分别在G153A,T463A,C732G,T818C有特异位点;种内遗传距离(0)小于种间遗传距离(0.004);系统发育树中人参和西洋参均分为2个单系分支。因此,利用trnL-trnF序列,相似度、特异位点、遗传距离和系统发育树指标均可以区分人参和西洋参。综合分析,trnL-trnF序列的G153A,T463A,C732G,T818C特异位点指标是人参和西洋参的最佳鉴定指标。  相似文献   

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