基于网络药理学的中药复方治疗新型冠状病毒肺炎研究进展

新型冠状病毒具有高传染性和高隐蔽性,对人类健康产生重大威胁。网络药理学强调多靶点、多通路的调节机制,已被广泛应用于中药药理作用机制的阐述。对各省市推荐的COVID-19中药方剂或者中成药进行总结分析,阐述了各中药复方的主要活性成分、作用靶点、富集生物学过程以及作用通路等,为中药复方治疗新型冠状肺炎的深入研究提供参考。     

基于系统生物学与网络生物学的现代中药复方研究体系

建立行之有效的现代中药复方研究体系,是中医药现代化进程中亟待解决的关键问题之一。本文遵循系统论和还原论相结合、宏观与微观研究相结合、体内研究和体外研究相结合的原则,以系统生物学与网络生物学作为主要技术支撑,尝试提出包括化学物质基础研究、现代药理学研究、系统生物学和网络生物学研究在内的现代中药复方研究体系,并结合中药复方的具体研究实例,对该研究体系指导下的中药复方现代化研究进行了初步探讨。本文提出的复方研究体系为中药复方的现代研究提供了方法论,将有助于系统、深刻地揭示中药复方的科学内涵,指导中药复方新药研发,更好地传承和发展中医药理论。     

基于网络药理学的中药复方研究探讨

中药复方成分复杂,具有多成分、多途径、多靶点等特点,其发挥药效的物质基础和作用机理尚不明确。网络药理学已成为当前中医药现代化研究的新的技术手段,其系统性和整体性思维模式与中医药理论不谋而合。文章对网络药理学常用技术和方法及其在中药复方研究中的应用现状进行梳理和分析,从基于网络药理学方法的中药复方活性成分研究、中药复方配伍规律研究、中药复方靶点预测、"病-方-证"的研究、中药复方作用机制和临床疗效以及新药研发等几个方面进行探讨,为进一步研究中药复方药效物质基础、作用机理以及新药研发提供新的思路和策略。     

多组分多靶点中药药理作用机制研究中的问题和解决策略

中药复方作用机制十分复杂,在分子水平,中药复方强调多组分多靶点协同作用。虽然疗效显著,但中药成分多样,与人体相互作用非常复杂,很难揭示其分子作用机制。目前,研究中药复方药理机制的方法非常多,大致可分为化学研究、靶点研究和基于系统生物学的研究3种模式。这些方法虽然在一定程度上从动物、细胞及分子层次阐释了中药复方的作用机制,但仍然存在局限性和不足。近年来网络分析方法的提出,为多组分多靶点协同的中药药理机制提供了全新思路,但实际应用中,网络分析方法尚存在难点和不足:数据量大,生成网络极为复杂;模块识别方法众多,模块优化存在问题;缺少动态连续的定量研究。因此,为有效地寻找中药多靶点作用间的关系,笔者提出一种新的模块分析框架,模块结构的识别有助于大网络的降维和简化,探索模块结构是突破药物和疾病证候相关生物网络的关键环节。该框架包括模块识别,模块识别结果的判断和优化,模块结构相似度计算,模块功能富集分析4个步骤。基于模块层面的分析方法为研究多组分多靶点中药药理作用机制提供了新思路和新策略。     

附子入药方剂的现代研究进展

从现代医学研究角度综述附子入药方剂的现代研究进展,阐明各方剂药理作用及机制,为多靶点协同用药理念奠定理论基础。本文检索国内外相关文献,从中药配伍、药理作用及机制等方面综述各方剂研究现状。发现附子常与红参、甘草、麻黄、大黄等中药配伍,其方剂具有增效减毒的药理作用,但方剂中有效成分在体内作用的多靶点调控网络有待进一步的系统化探究。附子入药方剂的配伍方式和治疗效果为疾病多靶点协同治疗策略提供新思路。     

以功效为基础的中药复方毒性研究思路与方法探索

中药复方的毒性研究是目前复方研究的关键问题之一。在回顾中医传统理论对中药毒性认识的基础上,结合中药复方配伍理论,认为中药复方的毒性是在中医理论指导下对其功效及相关药理作用的反面认识,随机体的状态而发生变化。因此复方整体的功效与毒性之间存在相互依存、相互转化的关系。以功效为基础的中药复方毒性现代研究,将更好地阐释传统中药复方功效和毒性理论,为中药复方的临床安全、合理应用提供科学依据。目前的中医证候模型研究尚存在一些不足,如造模方法不一致、评价指标不统一等,使模型的引用受到限制,与功效相关的中药复方评价不充分,需建立一个体现功效的中药复方毒性评价体系,在这个体系当中以现代中药复方的急、慢性毒理学研究为基础,通过病证结合动物模型的研究,以复方功效为核心,采用方证相应和方证背离的研究思路进行中药复方的药效以及副作用评价,同时应借鉴药代动力学、药理学、代谢组学等学科技术,以观察中药复方作用于机体后的生物学效应及其内在作用机制,进而阐述清楚中药复方毒性的实质内涵。     

中药网络药理学的应用与思考

中药具有多成分、多靶点和作用途径复杂等特点,中药及其复方在整体观和辨证论治思想的指导下,对疾病的治疗有着极大的优势,其发挥药效的物质基础和分子作用机制尚不明确,因此中药研究存在着极大的挑战。网络药理学成为了中药走向现代化新的研究方法和技术手段,其是在系统生物学理论的指导下,衍生出的以药物多成分,多靶点为切入点研究中药治疗疾病作用机制的研究学科。符合中医药系统性和整体性的思维模式。目前,关于网络药理学在中医药应用方面的研究已有很多,包括中药单药,药对和复方药效物质基础和作用机制的研究、运用网络药理学进行中药研究的方法和应用分类、网络药理学与其它技术结合的应用等。但由于数据更新较快,新数据库的出现、算法的类别以及工具的使用较多使得网络药理学发展速度太快,人们忽略了对数据库、工具及算法的更新及各数据库间的优势进行比较,本文对网络药理学近3年的数据库,工具及算法进行了总结比较、并通过中药药效物质基础、中药药理机制、新药的研发、中药质量控制、中药复方的组方规律等方面阐述了网络药理学在中药领域的应用情况及存在的问题,以期为网络药理学在中药方面的研究应用提供参考。     

中药作用机理辅助解析系统的构建

针对目前基于网络药理学的中药作用机制解析存在对生物过程缺乏详细描述及网络模型构建效率比较低的问题,构建"中药作用机理辅助解析系统",实现中药作用机制生物网络模型的自动建模。该研究以实体语法系统为理论框架,融合中药方剂、单味药、化学成分、化学成分作用靶点、生化反应、信号通路及疾病相关靶点数据,建立形式化模型,编写推理引擎,构建界面友好、操作简单的中药作用机制辅助解析平台,可实现中药作用机制网络生物学模型的自动建模。"中药作用机理辅助解析系统"将为中药作用机制网络药理学模型提供自动高效的建模方法,发挥其辅助解析中药作用机制的功能,有助于对中药药性理论、配伍理论开展深入研究,为中药新药的研究和开发提供参考。     

复方中药网络药理学的研究进展

中医药在整体观和辩证论治理论指导下,对复杂疾病的治疗有着独特优势,但因复方中药"多成分、多途径、多靶点"协同作用的特点,使其现代化进程缓慢。随着网络药理学的兴起,其整体性、系统性的特点与中医药整体观、辩证论治原则一致,目前已被广泛应用于中药研究。本文将对中药复方研究现状、网络药理学概况进行概述,主要从药效物质基础、作用机制、新药研发、新适应症、中药配伍规律等方面介绍网络药理学在中药复方研究领域中的应用及存在的问题。     

“血清药物化学-药代(效)动力学-系统生物学”三维整合体系研究中药复方的构建及其在茵陈蒿汤分析中的应用

中药复方是中医临床用药的宝贵财富,多成分、多靶点是其特色和优势所在。然而中药复方成分复杂,药效物质基础、作用机制不清,量-效关系缺乏科学的数据支持,已成为其深入研究的瓶颈,严重阻碍了中医药的现代化和国际化进程。这需要整合中医药理论、现代分析及数据挖掘技术构建符合中医药特色的复方研究新模式。该文扼要介绍了中药血清药物化学、中药药代动力学的研究现状、系统生物学理论及实践,在此基础上提出应用“血清药物化学-药代(效)动力学-系统生物学”(SPS)三维整合体系方法来研究中药复方,以期揭示药效物质基础和作用机制及其配伍科学内涵,并结合茵陈蒿汤研究进行相关说明。     

系统生物学——非酒精性脂肪性肝病中医药研究的新途径

系统生物学是系统论与生物学的结合。它包括基因组学、蛋白质组学、转录组学和代谢组学等。利用系统论的思维方法研究生命现象,从多学科、多视角认识中医证候和中医药疗效机制,为中医研究提供了重要的方法学基础和技术条件;系统生物学与中医学系统观和整体观念的核心思想不谋而合。因此,将系统生物学作为非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的现代中医药研究平台和支点,必将加速中医药防治NAFLD的现代化研究,也为中医药研究NAFLD 提供新思路和新途径。     

基于系统生物学的计算机辅助药物设计中药研发新模式

随着人们对疾病的复杂发病机制的认识逐步加深,使得多靶标的药物开发成为一种必然趋势。中药以其多成分、多靶标整体调节的作用特点而受到越来越多的关注。从整体水平上阐明中药的有效物质基础及作用机制,是当前中药研究与开发的关键,而原有研发模式已不能满足深入系统地挖掘中医中药精髓的需求。作者经过大量的文献调研,发现随着系统生物学的快速发展,各种系统生物学技术被广泛应用于中药研发领域,与此同时,计算机辅助药物设计(CADD)技术在中药活性成分筛选、靶标发现、毒性预测、处方作用机制研究等方面也表现出独特优势。系统生物学及计算机辅助药物设计技术的广泛应用,将为从整体水平阐明中药作用机制提供新的思路与方法。因此,本文在分析当前中药开发的模式、综述系统生物学新技术和计算机辅助药物设计在中药研究中的作用的基础上,提出一种基于系统生物学技术和计算机辅助药物设计相结合的中药开发新模式,为中医药复杂理论体系研究、中医药现代化提供强有力的工具和手段。     

整合化学物质组学的整体系统生物学——中药复方配伍和作用机理研究的整体方法论

本文以中医药学和系统生物学为基础,探讨建立一个整合化学物质组学的整体系统生物学体系,用于研究外部干预系统(中药复方)与生物应答系统(人体复杂系统)之间“系统-系统”的相互作用。整合化学物质组学的整体系统生物学提供了一个中医药学与现代科学交流融合的平台,有助于全面、系统、深刻的揭示中医方剂的药效物质基础和作用机理,阐明中药复方的配伍规律,指导复方新药研发,更好地传承和发展中医药理论。     

整合化学物质组学的整体系统生物学——中药复方配伍和作用机理研究的整体方法论

本文以中医药学和系统生物学为基础, 探讨建立一个整合化学物质组学的整体系统生物学体系, 用于研究外部干预系统(中药复方)与生物应答系统(人体复杂系统)之间“系统-系统”的相互作用。整合化学物质组学的整体系统生物学提供了一个中医药学与现代科学交流融合的平台, 有助于全面、系统、深刻的揭示中医方剂的药效物质基础和作用机理, 阐明中药复方的配伍规律, 指导复方新药研发, 更好地传承和发展中医药理论。     

Network Pharmacology Bridges Traditional Application and Modern Development of Traditional Chinese Medicine

Traditional Chinese medicine(TCM) has developed over thousands of years and has accumulated abundant clinical experience, forming a comprehensive and unique medical system. Emerging evidence has begun to illustrate TCM as an area of important medical rediscoveries. This review article briefly introduced the concept, significance,and technology of network pharmacology based on network biology and systems biology. It focused on the theoretical system and potential prospect of TCM network applied in TCM research and development including predicting new drug targets, action mechanism, new drug discovery; evaluating pharmacodynamics, pharmacokinetics, safety, toxicology, quality control, and bioinformatics of drugs. We also discussed the opportunities and challenges in the development and application of network pharmacology in the modernization of TCM research.     

系统生物学在中药复方研究中的应用

中药复方的现代化一直是中医药界多年来关注的焦点。由于中药复方多成分、多靶点的作用特点，其作用物质及机理研究一直处于“知其然，不知其所以然”的尴尬地位，无法进行科学、全面、准确的阐述。系统生物学的提出，为中药复方的研究提供了崭新的思路和方法，成为当今中药研究中的热点领域。系统生物学从整体观出发，系统研究中药复方的药效物质基础、配伍规律、广泛的药理及其作用机理，为打破长久以来困扰中医药研究的“黑匣”问题提供了契机。本文对系统生物学的思路、方法及其在中药复方研究中的应用与发展进行了综述和评价。     

系统生物学在中医证候研究中的应用

证候研究是中医基础研究的一个关键的科学问题,中医的"证"是辨证论治的起点和核心。随着后基因组时代的到来,系统生物学逐渐受到关注。系统生物学是研究一个生物系统中所有组成成分(基因、mRNA、蛋白质等)的构成,以及在特定条件下这些组分间相互关系的科学,将系统生物学应用于中医证候研究是目前的研究热点。本文探讨了中医证候与系统生物学的相关性及其意义,总结了基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学在中医证候研究中取得的成就,同时分析了系统生物学在中医证候研究中存在的问题与不足,并提出了今后研究的设想,为从多学科、多视角进一步认识中医证候的本质提供了重要的方法学基础和技术条件。     

基于代谢网络变化的中药整体效应评价方法研究

由于中医的“整体观”和中药复方的复杂非线形特征，采用常规药理指标对中药复方的效应进行评价存在着局限性，而现代医学越来越多地采用系统生物学方法对疾病和药物效应进行研究．使得两个医学体系在整体观和方法学上逐渐走向沟通、互补和融合，为中药复方整体效应评价方法的创新提供了契机。通过研究本文提出了采用系统生物学的策略和方法，基于疾病和药物干预下的系统代谢网络的整体性和动态性的变化评价中药整体效应，从而揭示中医“证”的内涵，解释中药复方对疾病的治疗作用，以及指导中药的安全用药。