基于网络药理学的茵陈五苓散防治肝纤维化机制研究

目的:通过网络药理学方法探索茵陈五苓散防治肝纤维化的作用机制。方法:通过TCMSP数据库检索茵陈五苓散的主要活性成分;通过检索CTD数据库选肝纤维化的疾病靶点;匹配药物-疾病靶点,应用Cytoscape软件构建中药-成分-靶点网络;运用STRING软件构建蛋白质互作用(PPI)网络,并将结果可视化;使用DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。结果:获取茵陈五苓散防治肝纤维化主要活性成分46个,作用靶点84个;网络数据表明,茵陈的活性成分具有最大的总度值;GO功能富集分析和KEGG通路分析获取GO条目35个,信号通路14条。结论:茵陈五苓散可能是通过Fc epsilon RI等信号通路调控IL6、TNF与PTGS2等靶点减轻炎性反应并减少细胞外基质沉积发挥抗肝纤维化作用的,而中药茵陈与活性成分槲皮素可能在这之中发挥主要作用。     

基于网络药理学研究五苓散治疗慢性肾衰竭的潜在机制

目的：基于网络药理学方法,研究五苓散治疗慢性肾衰竭的机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索五苓散活性成分,使用有机小分子生物活性（PubChem）数据库、瑞士生物信息学研究所(SIB)数据库进行靶点排查。根据GeneCards数据库得到疾病相关靶点。并利用Omicshare平台将药物及疾病靶点进行匹配。采用String Version 10.5数据库构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。利用Omicshare软件对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。采用CytoscapeVersion3.8.0对药物-成分-靶点-信号通路进行分析。结果：筛选得到五苓散活性成分532个,治疗靶点112个,五苓散治疗疾病的主要活性成分包括啤酒甾醇（Cerevisterol）,β谷甾醇（β-sitosterol）,泽泻醇（Alisol B）等;治疗疾病的核心靶点包括肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素-6（IL-6）等;主要涉及的信号通路包括Toll-like Receptor（TLR）、T Cell Receptor（TCR）等,生物过程主要包括细胞凋亡过程、磷酸盐代谢过程等。结论：本研究以网络药理学方式探究了五苓散治疗慢性肾衰竭的多途径-多靶点的作用机制,推断五苓散主要通过调节TLR／NF-κB、T Cell Receptor等信号通路,抑制TNF-α、IL-6等相关炎症介质活性从而延缓慢性肾衰竭。为进一步的实验提供理论参考。     

茵陈五苓散抗变态反应作用研究

茵陈五苓散系日本津村顺天堂提供的中药复方,属祛湿类方剂。用于湿热壅盛所致的多种证侯。临床变态反应性疾病可属于因风寒湿热侵袭所致痹证,常以祛风化湿,清热通络等法治疗。为了研究该方清热祛湿的作用机理,我们作了抗过敏介质、抗过敏性休克及被动皮肤过敏试验。１...     

基于网络药理学探讨五苓散治疗糖尿病肾病的作用机制

目的：根据网络药理学方法对五苓散治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行研究探讨。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对五苓散中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、CTD数据库筛选DKD疾病靶点,利用韦恩图在线平台筛选五苓散治疗DKD交集靶点,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选五苓散治疗DKD核心靶点,使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络,基于DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果：基于TCMSP得到五苓散的27个有效成分和62个潜在靶点,筛选获得与DKD疾病发生、发展相关的靶点21 153个,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选五苓散治疗DKD核心靶点16个,GO功能富集分析得到条目99个,其中生物过程条目64个、分子功能条目24个、细胞组成条目11个,主要包括过脂质反应、G蛋白偶联受体信号途径、肾上腺素能受体活性、四吡咯结合、胞膜小凹等功能途径;KEGG通路富集分析得出条目61个,主要包括NF-κB信号通路、细胞凋亡、TNF信号通路、雌激素信号途径、IL-17信号通路等通路途径。结论：基于网络药理学初步探讨并验证了五苓散治疗DKD多成分、多靶点、多通路的整体调节作用特点,预测了五苓散治疗DKD的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学探讨五苓散治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:采用网络药理学的方法,对五苓散(WLS)治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制进行研究探讨。方法:通过在中药系统药理学数据库(TCMSP)平台对五苓散进行活性成分筛选、在Drag Bank数据库进行靶点预测,应用Cytoscape3. 2. 1软件构建成分-靶点网络;在TTD,Drug Bank及Dis Genet数据库中进行检索,获取疾病靶点;构建韦恩图,得到五苓散治疗RA的作用靶点;并进行基因本体(GO)功能注释和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;构建五苓散中药-成分-靶点-信号通路网络,使用Network Analyzer进行网络特征分析。结果:研究显示共挖掘到五苓散中52种成分及297个潜在靶点,RA疾病1 845个相关靶点,得到五苓散-疾病共同靶点49个,共同作用靶点主要富集于322个生物过程和31条信号通路上。结论:五苓散可能是通过调节前列素内环氧化物合成酶2(PTGS2),转化生长因子-β1(TGF-β1),半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶-3(Caspase-3),转录因子p65(RELA),孕激素受体(PGR)等靶点,调控癌症相关通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,白细胞介素17(IL-17)信号通路,核转录因子-κB(NF-κB)信号通路,Th17细胞分化等通路,从而抑制炎症反应、调节免疫功能及调控细胞凋亡来治疗类风湿关节炎。     

基于网络药理学的四君子汤作用机制分析

目的:采用网络药理学方法探讨四君子汤的功效物质基础和配伍机制。方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四君子汤全方4味中药的化学成分、作用靶点、相关疾病。进而构建化合物-靶点网络,靶点-疾病网络,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,靶点-通路网络,研究四君子汤作用机制。结果:通过筛选得出27个化合物,相应靶点93个、相关疾病215种。PPI网络包含68个靶点,关键靶点涉及FOS,ESR1,AR,PPARG等。基因本体(GO)条目121个,其中生物过程相关的条目96个,分子功能相关的条目13个,细胞组成相关的条目12个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路3条,涉及神经活性受体-配体相互作用信号通路、钙离子信号通路、癌症信号通路。结论:本研究结果初步验证了四君子汤的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学的茵陈五苓散治疗非酒精性脂肪肝病的机制分析＊

目的 运用网络药理学,对茵陈五苓散（YCWLD）治疗非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的机制进行系统预测及分析。方法 通过TCMSP、Batman-tcm数据库筛选出YCWLD中具有成药可能性较大以及口服吸收较佳的候选活性成分。从TCMSP和Swiss Target Prediction数据库中收集和预测候选化合物的作用靶点。利用Genecards、TTD、CooLGeN三个数据库获取NAFLD的疾病靶点，并与潜在活性成分的作用靶点进行交集分析，获得YCWLD治疗NAFLD的靶点。检索DisGenet数据库分析治疗靶点的类型。通过cytoscape 3.7.1软件构建草药-候选化合物-治疗靶点网络以及利用Uniprot、String数据库构建蛋白互作网络(PPI)，阐述各分子之间的关系及关键功能分子。采用DAVID数据库对治疗靶点进行基因本体（gene ontology，GO）富集分析以及基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）通路分析，进而达到系统探讨YCWLD治疗NAFLD相关机制的目的。结果 本研究通过草药-候选化合物-治疗靶点网络分析发现，YCWLD中包含的24个候选成分可作用于NAFLD的34个靶点，候选成分中quercetin、beta-sitosterol、sitosterol可能是YCWLD发挥抗NAFLD作用的关键成分，而靶点中DPP4、NR1H3、NR1H2、SREBF1、SREBF2作用较为重要。PPI网络显示免疫及炎症相关靶点起枢纽作用。通过GO富集分析显示作用靶点涉及157个条目，KEGG分析发现NAFLD、Cytokine-cytokine receptor interaction、Insulin resistance等17条潜在信号通路可能是YCWLD预防及治疗NAFLD的主要通路。结论 本研究系统预测了YCWLD抗NAFLD的作用机制,并为下一步实验验证关键化合物、靶点及通路提供了方向。     

基于网络药理学探究茵陈-栀子药对乙型肝炎肝硬化的作用机制

目的：基于网络药理学探究茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化的作用机制。方法：通过药物数据库筛选出茵陈-栀子的有效化学成分及靶点,并预测和筛选茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化疾病的作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点的网络图。绘制关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络。采用Metascape数据库对有效作用靶点进行基因本体论（GO）注释分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：筛选出茵陈的化合物36个,有效靶点481个;栀子的化合物101个,有效靶点798个;通过筛选得到茵陈-栀子药对与乙型肝炎肝硬化的交集靶点254个。蛋白质-蛋白质相互作用网络发现丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor, TNF）、肿瘤抑制蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)等可能是茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化的关键靶点。GO注释分析涉及对激素的反应、对异种刺激的反应、膜筏、受体复合物、蛋白激酶活性、激酶结合等信号通路。KEGG通路...     

基于网络药理学探究杜仲治疗高血压作用机制

目的采用网络药理学方法探究杜仲治疗高血压的作用机制。方法利用TCMSP数据库,对影响杜仲吸收、分布、代谢和排泄行为的活性成分进行筛选,并运用Uniport数据库预测作用靶点,利用GeneCards数据库获取高血压作用靶点;采用Cytoscape3.6.1软件将药物作用靶点和疾病靶点进行映射,运用STRING11.0数据库构建映射靶点蛋白互作网络;最后利用R软件进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。结果通过对杜仲活性成分、作用靶点查找与筛选,获得杜仲有脂醇二葡萄糖苷、槲皮素、山奈酚、β-胡萝卜素、β-谷甾醇等27个主要活性成分,作用靶点181个,并绘制出杜仲的活性成分-作用靶点网络图;用GeneCards数据库获取高血压相关靶点703个,经在线工具分析,获取75个杜仲的活性成分与高血压共同作用靶点;GO和KEGG富集分析提示:杜仲参与多种生物学过程调控,其可能通过抑制cAMP活性和钙离子内部流量、调节NO和肾素-血管紧张素系统,舒张血管并增加冠脉流量来发挥降压活性。结论杜仲可通过多成分协同作用,实现多通路、多靶点的降血压作用。     

基于网络药理学探讨二至丸治疗肝细胞癌的作用机制

目的:基于网络药理学方法,探究二至丸治疗肝细胞癌(HCC)的可能作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及文献查阅,检索并收集二至丸成分--女贞子和墨旱莲的候选活性成分及其对应的靶标。利用Uni Prot数据库和人类基因组注释数据库(Genecards)结果相比对,获得二至丸与肝细胞癌重合的潜在靶标基因。使用Cytoscape3.6.0软件构建二至丸的"候选成分-作用靶标"网络。使用omicshare平台将药物靶蛋白和疾病靶点相映射,并绘制Venn图。结合String数据库及Cytoscape软件中的Generate style from statistics工具,构建蛋白质相互作用网络。通过Systems Dock Web Site网络服务器与二至丸的活性成分进行分子对接。利用Database for Annotation,Visualization and Integration Discovery(DAVID)生物信息资源数据库,对二至丸的作用靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和GO分类富集分析。结果:共从二至丸中筛选得到21个候选活性成分,包括β-谷甾醇(beta-sitosterol),槲皮素(quercetin),木犀草素(luteolin),去甲蟛蜞菊内酯(demethylwedelolactone),山柰酚(kaempferol)等,和151个作用靶标,包括肿瘤坏死因子(TNF),血管内皮生长因子(VEGF),氨基端激酶(c-JUN),原癌基因(c-MYC),基质金属蛋白酶-9(MMP-9)等,主要涉及乙型肝炎(Hepatitis B),TNF,磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),肿瘤抑制基因p53,Toll样受体家族(Toll-like receptor)等信号通路。结论:该研究基于网络药理学的方法预测了二至丸治疗肝细胞癌的可能的作用机制,为后续的深入研究提供了方向。     

基于网络药理学分析莪术的作用机制

目的运用网络药理学的方法研究莪术药理作用的物质基础和作用机制。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)搜索莪术的化学成分、作用靶点、治疗疾病。从而建立化合物-靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络、靶点-疾病网络、基因-通路网络、基因本体(GO)功能和通路富集分析,研究莪术作用机制。结果筛选得到6个化合物,36个靶点(其中两个化合物没有相应的靶点)相对应疾病102种。PPI网络中有32个靶点,关键靶点有ESR1、AR、NR3C1等。基因功能富集分析共涉及13个条目,其中细胞组成5个,分子功能6个,生物过程2个。通路富集分析得到三条通路,包括神经活性配体-受体相互作用信号通路、逆行内源性大麻素信号通路、烟瘾信号通路。结论本研究初步验证莪术药理作用的分子机制,为进一步深入研究其作用机制提供理论基础。     

基于网络药理学的松花粉调节高脂血症机制探讨

目的：基于网络药理学方法研究松花粉对高脂血症治疗的潜在作用机制。方法：检索中药系统药理学数据库与分析平台、中国知网、PubMed数据库,获取中药松花粉化学成分;利用PubChem数据库将成分标准化,并导入SwissTargetPrediction数据库筛选其潜在作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获得高脂血症相关潜在靶点;利用Venny软件将所得松花粉相关靶点与高脂血症相关靶点取交集,并使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络模型和成分-靶点网络;通过Metascape平台进行交集靶点的基因本体富集分析及京都基因和基因组百科全书富集分析。结果：松花粉治疗高脂血症关键活性成分为山柰酚、香橙素、β-谷甾醇、花旗松素等,关键靶点蛋白有类视黄醇X受体α (RXRA)、β-淀粉样蛋白前体蛋白（APP）、血管内皮生长因子（VEGFA）、蛋白激酶B1 (Akt1)、磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基α (PIK3R1)、甲状腺素运载蛋白（TTR）、过氧化物酶体增殖物激活受体α (PPARA)等。松花粉治疗高脂血症的通路主要涉及缺氧诱导因子-1 (HI...     

基于网络药理学与分子对接法预测银杏叶提取物的抗炎机制

目的:基于分子对接及网络药理学方法研究银杏叶提取物(EGB)抗炎的潜在作用机制。方法:收集文献报道中的抗炎活性靶点,构建EGB的化合物分子数据集。EGB成分的口服利用度及类药性性质通过Canvas 2.3软件进行预测,运用Glide 6.6软件进行分子对接实验,虚拟筛选出EGB抗炎活性成分。以EGB的193种活性成分和34种抗炎靶点蛋白为网络节点构建网络,并基于Clue GO插件对34种抗炎靶点的分子生物学功能和代谢通路进行分析。结果:研究显示筛选的EGB活性分子具有较好的口服吸收利用度和类药性特征。34种抗炎靶蛋白参与了56种代谢信号通路,其中与炎症最为密切为五类分子生物学功能和5条代谢通路。结论:综合网络分析结果显示EGB抗炎活性呈现多分子、多靶点和多通路特点,可为阐述EGB的抗炎作用机制研究提供科学依据。     

基于网络药理学探讨抵当汤治疗膀胱癌的作用机制

目的:探讨抵当汤治疗膀胱癌的作用靶点及可能作用机制。方法:基于多个中药与疾病数据库,运用网络药理学筛选潜在作用靶点,分析潜在靶点的生物学功能,构建"中药-靶点-通路-疾病"关系网络。并运用生物信息学方法在人群、基因数据库,探讨核心靶点的在组织中差异表达,人群中的分布以及与预后的相关性。采用体外实验验证抵当汤的作用功能,并检测抵当汤对候选靶点的作用机制。结果:本研究共筛选出21个核心靶点,16条通路,构建了抵当汤治疗膀胱癌的作用网络。检测出6个靶点:钙黏蛋白1(CDH1),环磷腺苷结合蛋白1(CREB1),菌落刺激因子2(CSF2),AP-1转录因子(JUN),基质金属肽酶2(MMP2)和前列腺素-内过氧化物合成酶(PTGS2)在膀胱癌组织中均存在差异表达(P0. 05),其中JUN与MMP2在人群中也存在差异分布(P0. 05)。同时,JUN的表达水平与膀胱癌患者的预后相关(P0. 05)。细胞实验发现抵当汤可抑制膀胱癌细胞的增殖,同时可降低候选靶点JUN的表达(P0. 01)。结论:抵当汤治疗膀胱癌存在多靶点、多通路的特点。其中已初步证实抵当汤可影响靶点JUN的表达并抑制膀胱癌的增殖,为进一步机制研究奠定良好基础。     

基于“活性成分-靶点-通路”网络药理学，探讨蒙药四味石榴散治疗高脂血症的作用机制＊

目的 利用网络药理学手段预测四味石榴散作用靶点，探索其治疗高脂血症的作用机制。方法 以口服生物利用度 > 30%及类药性 > 0.10为建立筛选标准，利用TCMSP数据库和化学专业数据库筛选出四味石榴散符合标准的主要活性成分；利用Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在靶点，并于OMIM、DisGeNET、DiGSeE和GeneCard四个疾病靶点数据进行比对，获得四味石榴散治疗高血脂的潜在靶点；结合String分析靶点蛋白交互关系，采用Matascape平台对潜在靶点的GO注释和KEGG Pathway富集分析。利用Cytoscape软件构建四味石榴在降高血脂功效的“活性成分-作用靶点-通路”网络结构图。结果 从蒙药四味石榴散中共筛选出16个高活性化合物，预测分析到35个与降高血脂相关作用靶点，主要参与了脂质合成、转运、排泄及激素水平调节等多种降血脂的生物过程，富集到31条KEGG相关通路，涉及了脂质合成及代谢通路，Th17细胞分化等免疫通路，花生四烯酸代谢等炎症通路，体现其多成分-多靶点-多通路治疗高脂血症的作用机制。结论 蒙药四味石榴散可通过干预脂肪酸代谢，激素调节，免疫稳态等相关通路，起到祛巴达干赫依的作用来治疗高脂血症。     

基于网络药理学和分子对接分析双莲方治疗肝细胞癌的作用机制

目的 使用网络药理学和分子对接方法,探讨双莲方治疗肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的潜在作用机制.方法 在TCMSP平台筛选双莲方活性成分与靶点,使用GeneCards数据库得到HCC靶点.利用Cytoscape软件构建"中药-活性成分-靶点-疾病"网络和PPI网络,并使用Autod...