基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨三七治疗糖尿病足的作用机制※

目的 探索三七治疗糖尿病足的作用机制,为后续实验研究及临床应用提供可靠的理论基础。方法 采用TCMSP、TCMID中药系统药理学平台筛选出三七的有效成分及靶点;在DisGeNET、OMIM数据库筛选出疾病靶点;运用Cytoscape 3.8.0绘制三七-活性成分-靶点网络图;通过STRING数据库绘制蛋白互作网络图;并运用DAVID平台进行GO功能富集分析以及KEGG信号通路分析;运用Auto Dock vina 4.2进行分子对接实验。结果 获得三七的7个最主要的活性成分以及174个相关靶点;获得疾病靶点789个,共同靶点20个。GO分析获得189个条目,KEGG通路分析获得170个信号通路。结论 三七可能通过参与细胞增殖调控、炎症反应、氧化应激反应等生物学过程治疗糖尿病足;通过PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、IL-17信号通路产生生物学作用;并确定了AKT1、CHUK、MYC等治疗靶点,为今后进一步研究和临床运用提供了一定的科学依据。     

基于复方网络药理学和分子对接技术研究丹蒌片治疗冠心病的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探究丹蒌片在冠心病治疗过程中的活性成份以及可能的作用机制,为后续临床试验的广泛靶向代谢组学分析提供参考,为其治疗冠心病提供现代医学理论依据。首先通过TCMSP数据库获取丹蒌片复方中药材有效成份和药物潜在靶点,通过Drugbank和Genecards数据库筛选出冠心病疾病靶点,将筛选出的药物靶点与疾病靶点取交集,获取丹蒌片治疗冠心病的靶点集。通过String数据库对靶点集进行PPI分析,并筛选核心靶基因。基于Metascape数据库对交集基因进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,最后采用Auto Dock、Pymol软件对丹蒌片关键作用成分与作用靶点进行分子对接验证和可视化处理。结果共筛选得到165个丹蒌片活性成份,344个药物靶点,获得冠心病疾病靶点947个,145个药物与疾病交集基因。通过GO功能富集分析和KEGG通路分析,结果主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示药物8种关键活性成分与作用靶点受体蛋白对接良好。该研究初步揭示了丹蒌片药物活性成份...     

基于网络药理学和分子对接探讨逍遥散抗抑郁的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术深入研究逍遥散抗抑郁的机制,为临床诊断与治疗提供理论上的依据。方法：首先使用TCMSP检索柴胡、当归、白芍、白术、茯苓、甘草、干姜、薄荷的主要活性成分,并筛选出口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18的中药作用靶点,再使用GeneCards、Pharm Gkb、TTD、DrugBank等数据库系统筛选出抑郁症的有关靶点,并获取交集基因,将抑郁症的相关基因与逍遥散的有效活性成分进行交集,最后使用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0应用软件查找PPI网络系统核心,构建“中药-疾病-靶点”通路,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后运用Pymol软件对逍遥散的有效活性成分与抑郁症疾病靶点进行分子对接。结果：获得逍遥散有效活性成分161种;逍遥散抗抑郁靶点2588个,其中核心靶点6个;GO生物过程2247条,KEGG通路179条。分子对接结果显示,逍遥散中柚皮素、利可查尔酮、木犀草素、槲皮素均能较好地与抑郁症靶蛋白结合。结论：逍遥散抗抑郁的潜在药理学机制及其活性化合物...     

基于网络药理学及分子对接探讨八珍汤抗疲劳的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨八珍汤抗疲劳的药理机制,为八珍汤抗疲劳的临床应用提供理论依据。方法：筛选八珍汤药物的活性成分及靶点,查找疲劳相关基因,确定八珍汤抗疲劳靶点,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将预测靶点最多的活性成分与蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中节点最大的靶点进行分子对接。结果：共筛选出143个有效活性成分,作用于133个疲劳靶点,八珍汤抗疲劳的核心基因主要有白细胞介素-1β(IL-1β)、趋化因子8(CXCL8)等47个。中药-疾病靶点涉及的GO功能分析中,生物过程主要集中在对无机物的反应、脂多糖的反应、炎症反应等;分子功能主要集中在激酶结合、DNA结合转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等;细胞组分主要集中在膜筏、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、囊腔等。KEGG通路富集分析主要富集在包括癌症通路、糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、甘草酮a和β谷甾醇与核心靶点结合性较好,结合能均<0 kcal/mol。结论：八珍汤抗疲劳的机制...     

基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫的潜在作用机制,并通过动物实验验证其预测靶点的可靠性。方法：结合文献,借助TCMSP、CTD 数据库,获取风引汤的活性成分及其相关分子靶点;通过GeneCards、DisGeNET、TTD 和OMIM 数据库检索癫痫相关的基因,运用Cytoscape3.7.0 软件构建风引汤治疗癫痫的蛋白相互作用网络和成分-靶点网络,筛选出风引汤治疗癫痫的关键靶点;利用R 软件将关键靶点进行GO 功能和KEGG 通路富集分析;通过分子对接进行半柔性对接反向验证并运用实时荧光定量PCR法对关键靶点进行验证。结果：筛选出风引汤治疗癫痫的活性成分134 个,与癫痫的共有靶点46 个,其中风引汤抗癫痫的关键靶点主要包括半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）、转录因子AP-1（JUN）、Myc 原癌基因蛋白（MYC）、前列腺素G/H 合成酶2（PTGS2） 和过氧化氢酶（CAT） 等,涉及信号通路有AGE-RAGE 信号通路、p53 信号通路、神经退行性信号通路等。实时荧光定量PCR 实验证明风引汤能降低癫痫大鼠海马中CASP3、JUN mRNA 表达（P＜0.05）,升高CAT mRNA 表达（P＜0.05）。结论：风引汤治疗癫痫主要作用靶点与CASP3、JUN、CAT 有关,其作用机制可能与AGE-RAGE、p53、神经退行性等信号通路相关。     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接探究丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法:获取丹参、郁金的中药活性成分及其作用靶点,检索PCOS疾病相关靶点,将二者取交集后利用Cytoscape 372构建“药物-成分-共同靶点”网络。并将共同靶点导入string数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。再将共同靶点基因导入DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后根据活性成分、作用靶点的相关节点参数进行排序,使用AutoDock Tools将核心活性成分和筛选出的靶基因编码的蛋白进行分子对接。结果:丹参、郁金共筛选出潜在活性成分80个,其中木犀草素、丹参酮Ⅱa、β谷甾醇等19种为主要活性成分,活性成分的作用靶点共157个。PCOS疾病相关靶点1 847个,交集靶点为93个,PPI网络及拓扑学分析显示AKT1、TP53、IL6、VEGFA、MAPK3、MAPK1是丹参、郁金治疗PCOS的核心靶点。GO功能富集分析显示丹参-郁金主要参与RNA信号转导、酶的调控等生物过程,KEGG通路富集分析得到了癌症信号通路、PI3K/AKT、FoxO、HIF-1等20条相关性最高的通路。将核心靶点编码的蛋白作为靶点分别与对应的药物核心活性成分对接,结果良好。结论:通过网络药理学研究及分子对接验证,显示丹参-郁金可通过多靶点、多信号通路对PCOS的疾病发生及进展起到一定的治疗、干预作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨独活寄生汤治疗退行性腰椎管狭窄症的分子作用机制

目的 运用网络药理学的研究方法,初步分析独活寄生汤治疗退行性腰椎管狭窄症(DLSS)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索和筛选独活寄生汤方药物的活性成分,同时在GeneCards、OMIM数据库中检索DLSS的靶点。利用Venny平台得到独活寄生汤治疗DLSS的潜在作用靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建独活寄生汤治疗DLSS的“单味药—活性成分—作用靶点”网络和蛋白质相互作用网络(PPI),并通过David数据库对独活寄生汤治疗DLSS的作用靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究独活寄生汤治疗DLSS的作用机制,并通过分子对接来模拟活性成分作用于靶蛋白的结合情况。结果 共探索出独活寄生汤主要涉及1939个有效活性成分及对应292个潜在靶点,DLSS靶点1258个,筛选出共同靶点122个。经PPI互作图显示蛋白ALB、AKT1、IL-6、IL-1B、CASP3等存在较多连线。药物-活性成分-靶点网络图显示,度值较高的活性成分主要涉及柚皮素、芒柄花黄素、甘草查尔酮A、黄芩素等,被影响较多的靶点...     

基于网络药理学与分子对接探讨紫苏预防心血管疾病的作用机制

目的：从网络药理学探讨中药紫苏预防心血管疾病的作用机制。方法：运用网络药理学的研究方法,通过中药系统药理学与数据库分析平台（TCMSP）、GeneCards数据库和OMIM数据库初步筛选紫苏及心血管疾病作用靶点;用Venny 2.1制作韦恩图得到紫苏与心血管疾病交集靶点作为研究对象;通过STRING数据库构建交集靶点间的蛋白互作网络,获得核心作用靶点,并利用Cytoscape 3.8.2软件绘制可视化图;运用微生信在线平台对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock Tools软件对活性成分和关键靶点进行分子对接,并用Pymol软件进行可视化分析。结果：共筛选得到紫苏有效成分41种及其作用靶点94个,心血管疾病相关靶点15 138个,交集靶点89个。GO富集分析得到936个生物过程（BP）条目,59个细胞组成（CC）条目,85个分子功能（MF）条目。KEGG富集分析得到144条与心血管疾病显著相关的通路。结论：紫苏治疗心血管疾病的作用机制可能是通过芹黄素、β-胡萝卜素、木犀草素、β-谷甾醇作用于CCND1、CASP3、CTNNB1、MYC、HIF1A、VE...     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制.通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点.使用Cytoscape软件,构建“活性成分-靶点”网络图,利用STRING平台绘制PP...     

微粉化增溶技术在残黄片工艺中的应用

目的:考察微粉化残黄片的体外溶出度及退黄药效作用,优选微粉化残黄片的超微粉粒度.方法:以小檗碱为指标,采用HPLC测定不同粉碎粒度的微粉残黄片在不同时间段的小檗碱溶出量,计算累计溶出度,观察溶出情况;采用4％ ANIT造成大鼠高黄疸模型,按给药方案给药,股动脉取血,测定血清谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、总胆红素(TBIL)、直接胆红素(DBIL)、谷氨酰转肽酶(γ-GT)等血清生化指标,评价不同粉碎粒度的微粉残黄片的退黄效果.以体外溶出及退黄效果综合优选微粉化残黄片的超微粉粒度.结果:随粉碎目数的增加,黄连中小檗碱的累计溶出率增加,200目和300目60 min时累计溶出率可分别达94.86％,96.18％;在退黄效果方面,200目残黄片可显著降低ALT,AST和γ-GT,且作用强于100,150,300目的残黄片,在降低ALT和γ-GT作用上甚至优于对照药熊去氧胆酸片.综合残黄片的外观性状及生产实际,确定最佳微粉粒度200目.结论:以体外溶出及退黄效果综合优选微粉化残黄片的超微粉粒度是一种简便、可行的试验设计方法,可推广应用.     

残黄片对ANIT诱导黄疸模型大鼠的退黄作用机制分析

目的:考察残黄片对α-萘异硫氰酸酯(ANIT)诱导黄疸模型大鼠肝脏法尼醇X受体(FXR),尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶1A1(UGT1A1)和多药耐药相关蛋白2(MRP2)mRNA和蛋白表达的影响,探讨其治疗残留黄疸的作用机制。方法:大鼠分为正常组、模型组、残黄片(CHP)组和熊去氧胆酸片(UDCA)组,ANIT灌胃复制黄疸模型,相应药物干预后进行血清总胆红素(TBIL),总胆汁酸(TBA),丙氨酸氨基转移酶(ALT),天门冬氨酸氨基转移酶(AST)和碱性磷酸酶(ALP)的含量检测和肝组织病理学检查,以评价残黄片的治疗作用。应用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)和蛋白质免疫印迹试验(Western blot)检测各组大鼠肝组织FXR,UGT1A1,MRP2 mRNA和蛋白的相对表达量。结果:CHP能显著降低由ANIT引起的大鼠血清TBIL,TBA,ALT,AST,ALP的升高,抑制肝脏病理学改变,退黄作用优于UDCA。与正常组比较,ANIT造模后显著抑制大鼠肝组织FXR,UGT1A1,MRP2的mRNA水平(P0.01)。与模型组比较,CHP和UDCA干预后均显著提升了各蛋白目的基因mRNA水平(P0.01),在提升胆红素代谢酶UGT1A1的mRNA水平上CHP优于UDCA(P0.01)。在影响蛋白表达方面,与正常组比较ANIT造模使大鼠FXR表达明显升高(P0.05),CHP干预有促进FXR表达的趋势,而UDCA未见有促进趋势,但二者无显著差异。在促进胆红素代谢和胆汁排泄方面,ANIT造模使得UGT1A1,MRP2的表达显著降低(P0.01),而CHP治疗后显著提高了UGT1A1和MRP2蛋白的表达(P0.01)。在提高胆红素与胆汁酸外排蛋白MRP2的表达上CHP优于UDCA(P0.01)。结论:CHP退黄作用机制与激活肝脏FXR mRNA的表达,促进胆红素代谢酶UGT1A1和胆汁酸转运体MRP2的mRNA和蛋白表达,提高肝脏对游离胆红素的代谢并促进胆汁酸排出肝脏,缓解胆汁淤积性肝损伤有关。     

基于网络药理学及分子对接研究健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝的分子作用机制

目的通过网络药理学及分子对接技术探讨健脾化浊调脂颗粒(国家专利号ZL 201510430075.8)治疗非酒精性脂肪肝的具体分子机制。方法通过中国知网、TCMSP、BATMAN-TCM 3个数据库对健脾化浊调脂颗粒主要成分及潜在作用靶点进行收集。从DisGeNET数据库中寻找与非酒精性脂肪肝相关的疾病基因与潜在靶点进行映射,得出健脾化浊调脂颗粒治疗非酒精性脂肪肝最终作用靶标。将最终靶标输入STRING数据库得出"蛋白-蛋白"相互作用关系,并用Cytoscape软件进行可视化。输入DAVID数据库进行KEGG PATHWAY富集,得出其可能作用的分子机制并构建"活性成分-靶标-作用通路"网络图。将"蛋白-蛋白"互作图中排名前5位靶标蛋白与君药进行分子对接,以验证其治疗作用。结果通过网络药理学预测后发现,健脾化浊调脂颗粒中有117个有效成分可用于治疗NAFLD,其中涉及113个靶基因及包括AMPK、PPAR、FOXO、胰岛素抵抗等18个信号通路。通过分子对接发现,5个靶标蛋白与君药结合性较好。结论从分子对接技术揭示了健脾化浊调脂颗粒有直接治疗非酒精性脂肪肝的作用,从网络药理学角度初步揭示了其治疗非酒精性脂肪的分子机制,为后续的研究提供了基础。     

基于网络药理学联合分子对接探究葛根芩连汤干预动脉粥样硬化的潜在分子机制

目的 基于网络药理学联合分子对接探究葛根芩连汤（GQL）干预动脉粥样硬化（AS）的潜在分子机制。方法 从中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选GQL中各药材的活性成分及靶点,从7个数据库中查找AS相关基因,确定GQL治疗AS的靶基因。利用Cytoscape 3.8.0构建“成分-靶点”网络。利用STRING建立蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并通过CytoNCA拓扑分析筛选核心靶点。运用R clusterProfiler对目标基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析,预测其富集的信号通路并以多种图可视化展示。最后将活性强度前10位的成分作为配体,与筛选得到AS核心靶点进行分子对接分析,并与阿托伐他汀的结合度进行对比。结果 得到GQL活性成分150个,AS疾病靶点20 289个,交集靶点213个。经过筛选,获取核心交集靶点48个,GO和KEGG富集分析发现其功能主要与细胞核受体活动、配体的激活、转录因子活动等有关,富集在流体剪切力与AS、晚期糖基化终产物及其受体（AGE/RAGE）、白细胞介素-17（IL-17）、肿瘤坏死因子（TNF）、Toll样受体通路等与AS关系密切的信号通路。分子对接结果显示GQL效应成分与AS核心靶点结合较好,甚至优于阿托伐他汀,结合度最好的5组关系分别是葛根素-TNF,黄芩素-诱导型一氧化氮合酶（NOS2）,葛根素-NOS2,芒柄花黄素-NOS2,汉黄芩素-NOS2。结论 以上研究为该经典名方日后进一步探索提供了新思路。     

基于网络药理学及分子对接分析熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制

目的:通过网络药理学及分子对接探讨熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。方法:基于毒性与基因比较数据库(comparative toxicogenomics database,CTD),Drug Bank数据库,中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)等检索熊果酸的潜在治病靶点。通过DAVID生物信息学资源(DAVID bioinformatics resources)数据库对潜在靶点进行通路富集分析,STRING进行蛋白相互作用,采用分子对接技术(i GEMDOCK,Systems Dock)对熊果酸和类风湿性关节炎靶标蛋白进行能量匹配。筛选发挥抗类风湿性关节炎作用的潜在靶点。结果:收集相关靶标蛋白66个,DAVID通路富集得到27条信号通路(P0.01),其中类风湿性关节炎通路关键靶标蛋白11个(基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,白细胞介素-6,转录因子AP-1,肿瘤坏死因子,血管内皮生长因子A,集落刺激因子-2,白细胞介素-1β,转化生长因子-β1,细胞黏附分子-1,原癌基因蛋白c-Fos)。通过蛋白相互作用发现有4个靶标蛋白具有实验数据支持。通过分子对接表明熊果酸主要通过基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,肿瘤坏死因子,转录因子AP-1,白细胞介素-1β发挥抗类风湿性关节炎的作用。结论:本研究结果初步揭示熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。     

基于网络药理学和分子对接的泽泻汤治疗高脂血症作用机制研究

目的 基于网络药理学及分子对接技术,构建泽泻汤治疗高脂血症的成分-通路-靶点网络,探讨其潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）并结合文献,筛选泽泻汤的活性成分;借助TCMSP和PharmMapper数据库筛选泽泻汤活性成分的作用靶点,并建立活性成分靶点库;利用OMIM、TTD、DrugBank、PharmGKB和GeneCards数据库获取高脂血症的相关靶点,并建立疾病靶点库;运用STRING数据库和Cytoscape软件构建成分靶点与疾病靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选得到核心靶点;采用DAVID数据库和OmicsBean平台分别对核心靶点进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析和基因本体（GO）功能分析;最后通过Discovery Studio软件验证泽泻汤中活性成分与髓过氧化物酶（MPO）、基质金属蛋白酶9（MMP9）、凝血因子Ⅱ（F2）、过氧化物酶增殖物激活受体a（PPARA）和哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）5个靶点的结合活性。结果 共挖掘到泽泻汤中16个活性成分及369个潜在成分靶点,与284个高脂血症相关靶点相互映射,并通过PPI网络分析筛选得到16个核心靶点,包括MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等,推测这些靶点可能为泽泻汤治疗高脂血症的核心靶点。同时,分子对接结果显示,泽泻汤中所含的泽泻醇类、大黄素和白术三醇与高脂血症的核心靶点有较强的结合能力。KEGG富集分析发现与高脂血症相关的主要调控通路涉及缺氧诱导因子-1（HIF-1）、胰岛素抵抗、胰岛素信号等。结论 泽泻汤的活性成分可能通过作用于MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等多个高脂血症相关靶点,调节HIF-1、胰岛素抵抗、胰岛素信号通路,从而发挥治疗高脂血症的作用,为后续研究泽泻汤治疗高脂血症的分子机制提供了思路。     

基于网络药理学与分子对接技术研究淫羊藿治疗少弱精症的作用机制

目的 利用网络药理学、分子对接技术探究淫羊藿治疗少弱精症的有效成分及作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出淫羊藿主要活性成分及对应靶点基因;通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）获得少弱精症靶点基因;利用UniProt对所有基因进行校正;利用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-活性成分-关键靶点调控网络,根据度值筛选关键活性成分;将活性成分与疾病共同靶点上传至STRING 11.5数据库构建淫羊藿靶蛋白-少弱精症靶蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,根据度值筛选关键蛋白靶点;利用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科（KEGG）通路富集分析;利用Protein Data Bank（PDB）数据库及TCMSP数据库获得靶蛋白和活性成分的分子结构,通过AutoDock Vina 1.1.2软件对活性成分及核心蛋白靶点进行分子对接;最后通过淫羊藿活性成分淫羊藿苷干预少弱精症模型大鼠,验证淫羊藿苷对蛋白靶点表达的影响。结果 从淫羊藿中筛选出23个活性成分,淫羊藿与少弱精症的共同关键靶点50个,核心靶点6个,包括肿瘤蛋白p53（TP53）、表皮生长因子受体（EGFR）、前列腺素G/H合酶2（PTGS2）、胱天蛋白酶（Caspase）-3、受体酪氨酸蛋白激酶erbB-2（ERBB2）、Caspase-9。GO功能富集与KEGG信号通路富集分析淫羊藿活性成分主要参与P53信号通路、癌症途径、细胞增殖和凋亡等。分子对接结果提示淫羊藿苷、槲皮素、8-异戊烯醇三个活性成分与靶蛋白结合能力较强。淫羊藿苷干预实验结果表明,与空白组比较,少弱精模型大鼠睾丸中靶蛋白表达显著下调;与少弱精症模型大鼠组比,淫羊藿苷可显著上调靶蛋白在淫羊藿苷组睾丸中靶蛋白的表达（P<0.05）。结论 淫羊藿主要通过淫羊藿苷、8-（3-甲基丁-2-烯基）-2-苯基色酮、8-异戊烯醇,调节P53信号通路、癌症途径、细胞增殖和凋亡等路径发挥治疗少弱精症的作用。     

基于网络药理学和分子对接探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤的作用机制

目的 基于网络药理学和实验验证探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤（AKI）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库和文献挖掘收集防己茯苓汤活性成分,利用SwissTargetPrediction预测活性成分作用靶点;借助GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）、治疗靶标数据库（TTD）收集AKI靶点;利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;采用Metascape平台对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图和活性成分-作用靶点-信号通路网络图;使用AutoDock进行分子对接;最后采用动物实验验证分析结果。结果 筛选出防己茯苓汤活性成分137种及药物靶点858个,AKI疾病靶点1 294个,防己茯苓汤治疗AKI作用靶点267个,其中磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚单位α（PIK3CA）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（SRC）、蛋白激酶B1（Akt1）、促分裂原活化的蛋白激酶3（MAPK3）为防己茯苓汤治疗AKI的关键靶点,GO富集分析得到1 609个结果,主要涉及细胞对脂质的反应、膜筏、蛋白激酶活性等,KEGG通路分析则与PI3K/Akt信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路等140条通路有关,分子对接则发现核心活性成分和关键靶点均有良好的结合能力,苏木精-伊红（HE）染色结果表明防己茯苓汤能明显改善AKI的病理学状态,血清学结果则显示血清肌酐（SCr）、尿素氮（BUN）水平明显下降。结论 该研究初步探讨了防己茯苓汤治疗AKI的作用机制,发现防己茯苓汤治疗AKI具有多成分、多靶点、多通路的作用特点,为后续进一步深入研究具体作用机制奠定基础。     

基于网络药理学和分子对接的五苓散治疗肝硬化腹水作用机制探讨

目的：通过网络药理学和分子对接方法探讨五苓散治疗肝硬化腹水的作用机制。方法：使用R软件结合中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、UniProt、GeneCards、OMIM、TTD和DrugBank数据库收集五苓散治疗肝硬化腹水的活性成分和相关靶点。采用Cytoscape 3.8. 0软件筛选关键活性成分并构建中药-活性成分-靶点网络,结合STRING数据库对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析并筛选出核心靶点,使用R软件进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。利用AutoDock Vina 1.1. 2对核心靶点和度值排名前3位的关键活性成分进行分子对接。结果：五苓散治疗肝硬化腹水有17个靶点,涉及23个活性成分,Cytoscape 3.8. 0软件筛选出β-谷甾醇、(+)-儿茶素、花旗松素、表儿茶素、常春藤皂苷元、3β-乙酰氧基苍术酮等关键活性成分,以及胱天蛋白酶3 (CASP3)、CASP8、热休克蛋白90α (HSP90AA1)、环氧合酶2 (PTGS2)、过氧化氢酶（CAT）和雌激素受体1 (ESR1)等核心靶点。GO分...     

基于网络药理学与分子对接法预测银杏叶提取物的抗炎机制

目的:基于分子对接及网络药理学方法研究银杏叶提取物(EGB)抗炎的潜在作用机制。方法:收集文献报道中的抗炎活性靶点,构建EGB的化合物分子数据集。EGB成分的口服利用度及类药性性质通过Canvas 2.3软件进行预测,运用Glide 6.6软件进行分子对接实验,虚拟筛选出EGB抗炎活性成分。以EGB的193种活性成分和34种抗炎靶点蛋白为网络节点构建网络,并基于Clue GO插件对34种抗炎靶点的分子生物学功能和代谢通路进行分析。结果:研究显示筛选的EGB活性分子具有较好的口服吸收利用度和类药性特征。34种抗炎靶蛋白参与了56种代谢信号通路,其中与炎症最为密切为五类分子生物学功能和5条代谢通路。结论:综合网络分析结果显示EGB抗炎活性呈现多分子、多靶点和多通路特点,可为阐述EGB的抗炎作用机制研究提供科学依据。