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目的 构建药用植物青葙全长转录组,旨在为青葙功能基因组学研究提供遗传信息。方法 基于PacBio Sequel平台对青葙的根、茎、叶、花、果5个部位的混合样本进行高通量测序,对原始数据进行校正、筛选、聚类、去冗余、过滤、功能注释和结构分析,获得青葙全长转录组数据。结果 经质量控制后获得高质量测序reads数据量为13.46 Gb,拼接去冗余后获得155 300条循环一致性序列(CCS),研究共获得521 928个高质量isoforms和210 189个转录本。利用非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、SwissProt、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、基因本体(GO)7个数据库进行全长序列的功能注释,结果显示共有158 562个转录本被成功注释。GO注释结果显示,转录本共富集在包含生物学过程、细胞组成和分子功能三大类的47个条目中。KEGG分析显示,转录本注释到代谢通路中的基因较多,其次是基因信息过程。基因结构分析结显示,共得到8350条蛋白质编码序列(CDS)、88 574条lncRNA、45 535个简单序列重复(SSRs),其中单核苷酸重复的占比最大,为52.94%,此外预测得到57类转录因子,如常见的MADS、WRKY、AP2-EREBP、bHLH等类型。结论 获得了青葙的全长转录组数据,为该植物后续分子功能研究提供了遗传信息和基础数据。 相似文献
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1.伐木丸:此方系张三丰所制经本人使用有效。配伍:泔苍术二斤煆绿矾一斤(醋淬) 面麯四两(黄酒炒、研)。苍术、绿矾如浊炮制,研末、为丸(醋和)。外以焦面麯末为衣。每服一钱,日服三次。服此方时,须忌湿面、荞麦。消化性溃疡患者服之有反应。 2.追虫丸:此方仿“八阵”方之追虫丸加减而成;经本人试用有效。配伍:使君肉一两花槟榔一两飞明腰黄五钱共研细末,为丸。每服一钱、早上空心用苦栋根皮二两 相似文献
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目的 探讨影响青葙SRAP(sequence-related amplified polymorphism)扩增的各种因素,建立并优化青葙SRAP反应体系,为分子水平鉴定青葙子及其伪品,探讨青葙不同种质问的亲缘关系奠定基础.方法 用CTAB法提取青葙DAN,设计Taq酶浓度(0.02、0.04、0.06 U/μL)、dNTP浓度(0.10、0.20、0.30 mmol/L)、Primer浓度(0.15、0.30、0.45μmol/L)3水平3因素试验和Mg2 浓度(0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0 mmol/L)8水平单因素试验.在25 μL体系中加入模板DNA 20 ng,对体系进行优化,用琼脂糖进行检测.结果 建立了适合青葙的SRAP体系,在25 μL体系中,DNA为20 ng,Taq酶浓度为0.04 U/μL,dNTP浓度为0.30 mmol/L,Primer浓度为0.30 μmol/L,Mg2 浓度为2.5 mmol/L,优化后的体系目标条带增多,且比较稳定,重现性好,得到了较好的扩增效果.结论 本研究建立的反应体系适合青葙SRAP的研究.为从分子水平鉴定青葙子正品与伪品以及鉴定青葙不同种质资源奠定了基础. 相似文献
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用料:青葙茎叶(双子叶植物药用植物)。
方法:采集野生健壮、肥硕的青葙地上部分9~15株,洗净切段,加水1500ml煎煮,开锅后煮5~10min,滤渣取液300ml当茶饮,当天用完,连续服用10~15天为1个疗程,一般1个疗程即可痊愈。 相似文献
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孙泰俊 《中国民族医药杂志》2001,7(2):40-40
支气管哮喘、慢性支气管炎是影响人民健康和生命的常见病、多发病 ,其发病率和死亡率有逐年增加的趋势。藏药古验方十五味龙胆胜花丸具有清热利肺、止咳化痰、平喘之功效 ,经多年的临床实践证明 ,此药治疗慢性支气管炎、支气管哮喘疗效显著 ,现报道如下。1 临床资料男性 72例 ,女性 48例 ;慢性支气管炎 6 4例 ,支气管哮喘 5 6例 ;年龄最大 72岁 ,最小 35岁 ;病程最短 3个月 ,最长5年 ,平均 1.5年。全部病例均经 X线检查及其他检查 ,符合慢支和哮喘的诊断。2 治疗方法治疗组 :服用十五味龙胆胜花丸 ,3粒 /次 ,1日 3次 ,用温开水送服连续服… 相似文献