不同来源莲rDNA ITS的PCR扩增、克隆及序列分析

目的：通过分析不同来源莲的ITS序列,为莲的鉴别提供DNA分子标记。方法：利用特异性引物进行PCR扩增和克隆、测序技术对莲的rDNA ITS区间碱基序列进行测定,比较其差异。结果：得到参试的11个莲栽培品种的rDNA的ITS及5.8S rDNA全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约750 bp。显示了不同产地、不同栽培品种莲的rDNA ITS的差异。结论：本研究为利用ITS区序列差异,鉴别不同来源的莲提供了依据,此法可用于莲种间及真伪品鉴别。     

不同产地山药rDNA ITS区序列的比较

目的分析怀山药与其它产地山药的rDNA ITS区序列的差异,为山药的基源鉴定和品质评价提供分子依据。方法采用PCR扩增纯化后直接测序的方法测定不同产地山药的rDNA基因ITS核苷酸序列并作序列同源性分析。结果8种产地山药的ITS1片段长度均为165bp,ITS2片段长度均为158~160bp,5.8S片段长度为均为159bp。8种不同产地的山药ITS1和ITS2区分别有6个和9个碱基变异。结论利用ITS区序列的差异鉴别不同产区的山药提供了依据。     

长江中下游地区菱属植物的DNA分子鉴别

目的 对野生菱和栽培菱种rDNA ITS片段进行分析，探讨该片段在两大群体中的系统学及鉴别研究意义。方法 对菱的rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序，运用clustal、Mega 2．0等软件对ITs区进行序列分析鉴别。结果 获得rDNAI TS1、ITS2和5．8S rDNA完整序列，10个居群菱的ITS1与ITS2序列的长度分别为234～236 bp和220～221 bp，5．8S区均为164bp，不同居群的碱基差异为0．22％～2．94％。变异位点数为16个，信息位点数6个。用NJ法根据ITS序列数据构建系统发生树。结论 尽管菱属各居群间rDNA ITS的差异百分率较小，其亲缘关系较近，但根据ITS序列的特征可以很好地鉴别野生菱、栽培菱，菱属植物有可能都起源于同一种野生类居群。     

我国不同地区白木香核糖体DNA内转录间隔区碱基序列分析

目的:研究我国不同地区白木香核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)碱基序列的差异。方法:运用PCR法对白木香的ITS(包括ITS1,5.8S,ITS2)序列扩增后直接测序,用软件CLUSTALX和MEGA分析测序结果。结果:白木香ITS区总长度为680bp,其中ITS1为246bp,5.8S为163bp,ITS2为271bp。ITS序列在白木香种内的变异很小,只有6个变异位点,种内遗传距离为0.0%-1.1%。结论:ITS序列的差异为鉴别不同产区白木香及其近缘种提供了依据。     

不同产地何首乌的ITS序列研究

目的研究不同产地何首乌的ITS片段遗传差异性,分析该片段在何首乌道地性的DNA分子鉴别和野生资源品种的鉴定及种质资源研究中的意义。方法从来自不同原产地的何首乌中提取总DNA,以核基因组ITS通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果各样品rDNA的ITS及5.8S rDNA完全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约648bp,其中ITS1长度为195bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为189bp。序列间共有17个变异位点。结论ITS序列可对何首乌的道地性做出鉴别,对野生资源品种的鉴定具有较好的分辨性。     

金铁锁不同居群rDNA ITS序列分析

目的分析金铁锁不同居群的核糖体ITS碱基序列,为鉴别不同产地金铁锁提供分子依据.方法使用1对引物18P1和26P2进行ITS基因的PCR扩增并测序.结果12个居群金铁锁的ITS1片段长度为225~229 bp,ITS2片段长度为166~170 bp,5.8S片段长度为261~264 bp.云南昆明、丽江、个旧、鹤庆和四川盐源5个居群的ITS序列碱基完全一致,云南宣威、会泽、中甸、保山、四川木里、西藏林芝等7个居群的ITS序列则有不同的变化,碱基变异数目(包括5.8 S编码区)为1~4个.结论经过比较分析,rDNA ITS区碱基序列在分布于云南中部、四川西南端等居群与云南西部、西北端、西藏东南部、四川西南部居群具有各自相应的指纹特征,可以作为相应居群的鉴别依据.     

不同种质来源孩儿参的rDNA ITS区序列分析及鉴别

目的 通过分析不同种质来源孩儿参ITS序列,为孩儿参种内鉴别提供DNA分子标记.方法 利用特异性引物进行PCR扩增、克隆和测序,对孩儿参的rDNA ITS区间碱基序列进行测定,比较其差异.结果 参试的9个不同种质来源孩儿参的整个ITS长度变异为623～624 bp;其中ITS1为224 bp,G+C量为52.91％～54.26％;5.8 SrDNA为155 bp,G+C量为54.49％～55.13％;ITS2为244～245 bp,G+C量为55.55％～56.41％.整个ITS区共有17个变异位点(2.72％),ITS1、ITS2和5.8S的变异位点分别为7、7和3个,不同种质来源孩儿参均有若干个特异性的单核苷酸变异位点;各样品的序列同源性均在99.9％以上;序列间的遗传距离为0.003～0.013.显示了不同产地、不同种质孩儿参的变异是不超过1个种的范围内的变异.结论 可利用ITS区序列差异,鉴别不同种质来源的孩儿参.     

化橘红rDNA ITS序列特征的初步分析

目的:研究化橘红及其近缘种rDNA ITS区碱基序列的特征及差异。方法:利用PCR产物直接测序,并作序列变异分析。结果:5个植物样品的rDNA ITS序列长度为675bp-683bp,其中5.8S rDNA长度为165bp,编码区较保守。基于K2P参数遗传距离模型构建的化橘红与沙田柚、柑橘rDNA ITS序列遗传距离分别为1.05和2.29。结论:化橘红与其近缘品种rDNA ITS序列有明显的差异。     

不同产地蒺藜种质鉴定和化学成分聚类分析

目的测定不同产地的蒺藜的种质遗传,和药效物质基础上的一致性。方法利用PCR产物直接测序,测定不同产地蒺藜的核糖体DNA内转录间隔区(rDNA-ITS)的基因序列;对蒺藜的化学成分进行HPLC分析,以相关系数法对色谱结果进行模糊聚类。结果测得ITS碱基序列742 bp,其中,ITS1全部序列267 bp,5.8 S全部序列167 bp,ITS2全部序列209 bp,六个产地的蒺藜样品的ITS的碱基序列完全相同;在0.90的置信水平上,六个产地的蒺藜样品聚为一类。结论不同地区的蒺藜在种质上是一致的,在药效物质基础上没有太大的差异。     

甘肃野生秦艽rDNA ITS区序列分析

目的:比较研究甘肃不同地区4种野生秦艽rDNA ITS碱基序列的差异及其规律,寻找秦艽组药材之间的分子鉴别方法。方法:对rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序,运用Clustal X,MEGA3等软件对ITS区序列进行分析。结果:不同地区秦艽、麻花秦艽、小秦艽及黄管秦艽的ITS长度为800 bp,ITS1,5.8S和ITS2序列长度分别为290,170,340 bp。根据两者序列以邻接法建立分子系统发生树。结论:ITS序列可以作为野生秦艽分子鉴定的依据。     

F型、H型居群的铁皮石斛rDNAITS区序列差异及SNP现象的研究

目的 :研究铁皮石斛主产区F型和H型居群rDNAITS碱基序列的差异。方法 :运用PCR直接测序法对广西、贵州、云南铁皮石斛主要居群的rDNAITS区 (包括ITS1,5 .8SrDNA ,ITS2 )碱基序列进行了序列测定。结果 :在铁皮石斛各居群中 ,F型居群与H型居群植株的rDNAITS区碱基序列有 2个位点差异 ,且变异分别发生在ITS1区及 5.8S区内。研究表明 :铁皮石斛居群内部rDNAITS区的差异与植物生活型的差异呈一定的相关性 ,H型居群的铁皮石斛是F型的变种。在F型与H型居群间 ,其 5.8SrDNA区存在单核苷酸多态 (SNP)现象。首次报道了铁皮石斛ITS区的碱基序列 ,ITS区总长度为 634bp ,其中ITS1为 231bp ,5.8S为 163bp ,ITS2为 240bp。结论 :rDNAITS区碱基序列的比较分析进一步证明铁皮石斛F型居群与H型居群间具有显著的差异性。     

我国不同地区半夏rDNA序列分析

目的：研究我国不同地区半夏核糖体 ITS 碱基序列差异及其与其地理分布和外部形态的相关性。方法：运用PCR法对半夏 ITS1-5.8S-ITS2序列扩增后直接测序,用软件CLUSTRAL 1.83和 MEGA 3.1分析测序结果。结果： 得到我国半夏主要的16个居群18个样本rDNA中的ITS和5.8S rDNA完全序列。ITS1,5.8S和ITS2序列长度分别为276,162,246 bp。ITS2碱基频率差异显著,ITS1较为保守。根据两者序列以邻接法建立分子系统发生树。结论：半夏rDNA变异与其地理分布相关,与其外部形态关系有待进一步研究。     

伞形科常用中药品种rDNA序列特征及其标记方法研究

目的:探讨伞形科27种常用中药指纹图谱鉴定的分子特征标记,探索筛选标记方法。方法:扩增伞形科27种植物的rDNA序列,限制性内切酶消化,聚丙烯电泳,其中6个品种测定rDNA序列。结果:PCR获得的rD-NA序列片段包括ITS1、ITS2、5.8S全长序列以及18S、26S部分序列。将PCR产物经限制性内切酶MSPⅠ消化后的电泳图,27个品种出现了16种特征性图谱,其中有11个品种的图谱与其他品种不相同;经限制性内切酶HaeⅢ消化后出现5种特征性图谱,其中有3个品种的图谱不与其他品种相同。6个品种经测序,获得了长度为652~656bp的基因序列。根据rDNA序列构建的相似系统树,限制性内切酶消化电泳图相同的三组品种,序列相似度高。结论:rDNA序列特征是伞形科中药鉴别的有效分子标记,序列测定法优于限制性内切酶切片长度多态性的分子标记方法。     

广佛手rDNA ITS序列测定及特点的初步分析

目的分析广佛手及其近缘种香橼的rDNA ITS序列及其规律。方法采用PCR直接测序技术测定广佛手和香橼rDNA ITS序列并作序列变异分析。结果4个植物样品rDNA ITS序列长度为644-672bp。其中5．8S rDNA长度为165bp，编码区较保守。广佛手和香橼的ITS1和ITS2序列平均遗传距离分别为0．0095和0．0142。结论rDNA ITS序列可为鉴定佛手提供分子参照系统。     

中药葛根及其近缘种的rDNA-ITS序列分析

 目的探讨中药葛根及其近缘种的分类地位及系统发育关系，同时为葛根的指纹图谱鉴别提供分子标记。方法测定并分析葛属3种植物的内转录间隔区(ITS)序列及5.8S-rRNA基因序列。结果测得该属3种植物的片段包括ITS1，5.8S和ITS2全长序列以及18S，26S部分序列。野葛与粉葛的ITS1，ITS2的差异性分别在2.10%和2.09%以内,而山葛与野葛、粉葛在ITS1，ITS2的差异性则分别达到8.14%和12.82%以上。根据ITS序列特征构建的系统树，不同产地的野葛首先聚类，然后与粉葛聚在一起，山葛最后聚类。结论根据分子性状特征，粉葛作为野葛的变种，山葛独立成种较为合理。ITS序列特征是中药葛根鉴别的有效分子标记。