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1.
目的:利用网络药理学方法探索“生脉散(SMS)”用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期治疗的物质基础与作用机制。方法:结合中华人民共和国药典并从TCMSP、在线分析平台(ETCM、TCMID、HIT)以及Chemdb数据库搜索SMS复方中每味中药的归经和成分。药物成分潜在靶标通过PharmMapper、DrugBank、E-TCM和Swiss Target Prediction 4个数据库进行预测。然后,运用String数据库进行SMS药物成分靶标与COVID-19之间靶蛋白相互作用关系的分析,接着利用Cytoscape软件进行网络的构建和分析。最后用DAVID和FunRich数据库对候选靶标进行富集分析。结果:生脉散里的3味中药均归属于肺经,从生脉散复方中共筛选出21个符合选择标准的化学成分,主要包括常见的皂苷类化学成分如人参皂苷Rh4、醇类化学成分如β-谷甾醇,木脂素类化学成分如五味子素,另外还有生物碱类、黄酮类和萜类等化学成分。预测得到中药化学成分相关靶标457个,COVID-19靶标51个。通过String分析发现,化学成分中的70个靶标与COVID-19的29个靶标之间存在着紧密的相互作用;通路富集分析表明,候选靶标富集的通路主要包括癌症相关的多条通路、FoxO信号通路、病毒致癌作用信号通路等。结论:SMS中的有效活性成分可能通过作用于CUL2、NUP62、RAE1等多个靶点进而调节多条信号通路来起到抑制新型冠状病毒肺炎作用,研究结果将为进一步研究提供重要信息依据。  相似文献   

2.
目的:基于“质谱分析-网络药理学预测-活性验证”整合研究思路,解析牛黄解毒丸抗炎潜在作用机制解析及其活性成分。方法:通过高分辨质谱技术分析牛黄解毒丸化学成分,将分析出的成分;利用中药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)寻找对应的靶标;以“inflammation”作为关键词利用人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获得炎症相关靶标;取成分靶标与疾病靶标交集,利用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)数据库(STRING)对共同靶标进行PPI分析,并采用Cytoscape软件对靶标进一步筛选,得到核心靶标;利用生物信息分析工具(DAVID数据库),对核心靶标进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建“药物-成分-靶标-通路”网络图;采用AutoDock 4.2.6软件,对关键靶标及相关药物分子进行分子对接验证,并针对前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)这一靶标与其对应化学成分进行体外实验验证。结果:经高分辨质谱技术分析出牛黄解毒丸中236个成分,对应456个靶标,炎症相关靶标158个,二者交集靶标21个,PPI分析及网络拓扑分析后,获得核心靶标11个,活性成分14个,涉及肿瘤坏死因子(TNF)、核因子κB(NF-κB)、Toll样受体(TLR)和趋化因子等27条通路,分子对接结果显示,PTGS2、白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-13(IL-13)和C-C基序趋化因子配体2(CCL2)等靶标与其对应的大黄酸,虫漆酸D,齐墩果酸等成分结合活性较高,在体外活性实验中,大黄酸对于其对应的PTGS2这一靶标具有较好的抑制作用。结论:本研究构建了牛黄解毒丸抗炎的调控网络,解析了牛黄解毒丸抗炎有效成分和作用机制,发现了大黄酸对PTGS2这一抗炎靶标具有较好的抑制作用。  相似文献   

3.
目的 探究安子调冲方(ATF)治疗复发性流产合并抗磷脂综合征(RSA/APS)的分子作用机制。方法 在中医药整合药理学研究平台V2.0(TCMIP V2.0)收集ATF组方的化学成分及作用靶标,同时收集RSA/APS疾病靶标,应用GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库完善RSA/APS靶标,预测ATF治疗RSA/APS的潜在靶标;在STRING平台对潜在靶标进行蛋白互作网络(PPI)的构建;对潜在靶标进行生物过程(GO)分析和通路富集(KEGG)分析,构建“中药复方-成分-潜在靶标-关键功能及通路”的网络,对网络中核心化学成分进行ADMET水平分析。结果 共收集到ATF中的化学成分256种、靶标847个和疾病靶标500个,ATF和RSA/APS靶标进行互作关系分析获得潜在靶标45个。靶标主要富集于核因子-κB(NF-κB)进入细胞核的正调节、炎症应答、生成白介素-6(IL-6)的正调节和趋化因子产生的正调控等功能;主要富集于NF-κB信号通路和Toll样受体信号通路等通路。结论 ATF中化学成分可能通过NF-κB进入细胞核的正调节、炎症应答、IL-6的正调节及T...  相似文献   

4.
中医学将病人当作一个具有不同状态的系统来进行治疗,具有悠久的历史,积累了大量的方剂。中医学的整体观念与网络药理学、网络生物学等前沿科技的核心思想具有相通之处,也符合了对肿瘤等复杂疾病进行系统性治疗的需求。“中药网络药理学”这一新领域的研究旨在从系统层次和分子水平揭示中药方剂的奥秘,促进中药研究从当前的“单一靶标,单一药物”模式转向“网络靶标,多成分药物”的新模式。近年来,中药网络药理学的一系列方法得以创建,包括基于网络的疾病基因预测、中药成分的靶标谱和药理活性预测、药物一基因一疾病的共模块分析、中药方剂多成分协同作用的大规模筛选、中药方剂的配伍规律和网络调节机理分析等。这些方法在清络饮、六味地黄丸等方剂的药效物质与作用机理等方面得到了有效应用。研究结果表明中药网络药理学能够为中医学从基于经验的医学迈向基于证据的医学提供新的途径,并能加速中药药物发现的进程,同时改进当前的药物研究策略。  相似文献   

5.
目的基于网络药理学与分子对接技术探讨“金银花-连翘”(Jinyinhua-Lianqiao,JYH-LQ)药对治疗川 崎病的主要活性成分与潜在分子机制。方法利用TCMSP 数据库筛选“金银花-连翘”药对的主要活性成分及 其作用靶标,其中TCMSP 数据库中没有靶点信息的化合物应用SwissTargetPrediction 数据库进行靶标预测补 充。通过OMIM、DRUGBANK、GeneCards 以及Disgenet 数据库查找与川崎病相关的靶标,建立川崎病相关靶 标数据集,与“金银花-连翘”药对潜在作用靶标取交集。利用STRING 数据库和Cytoscape 软件构建“金银 花-连翘”药对-川崎病的交集靶标的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图,并利用Cytoscape 软件的插件 Cytohubba 筛选出PPI 网络中的核心基因。利用DAVID 数据库对“金银花-连翘”药对-川崎病的交集靶标进行 GO 功能和KEGG 通路富集分析。使用Autodock 软件进行分子对接验证。结果“金银花-连翘”药对中共筛选 出42 个主要活性成分,282 个潜在作用靶标。共得到川崎病相关靶标1 127 个,其中75 个川崎病相关靶标是 “金银花-连翘”药对的潜在作用靶标,涉及36 个活性成分。IL-6、TNF、PTGS2 等17 个靶标被进一步筛选为 “金银花-连翘”药对-川崎病的交集靶标的PPI 网络图中的核心基因。KEGG 富集分析显示,“金银花-连翘” 药对-川崎病的交集靶标主要富集于TNF 信号通路等,进而构建“金银花-连翘药对-活性成分-川崎病靶标-通 路”网络图。分子对接结果显示,“金银花-连翘”药对的核心活性成分槲皮素、芦丁、山柰酚、汉黄芩素以及 β-胡萝卜素可以对富集于TNF 信号通路中的11 个核心基因(IL-6、TNF、PTGS2、MMP9、AKT1、CASP3、 CCL2、ICAM1、MAPK8、IL-1β 以及MAPK1)发挥调控作用。结论研究结果表明,“金银花-连翘”药对治 疗川崎病具有多成分、多途径、多靶点作用的特点,涉及抗炎、抗血小板等多个作用,为其治疗川崎病的物质 基础和分子机制研究提供了新的线索,也为其临床应用提供了一定的依据。  相似文献   

6.
目的基于网络药理学方法探讨中药复方扶正抗癌方治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法利 用BAMAN 数据库收集扶正抗癌方各味中药中的化学成分,再从BATMAN 数据库检索各化学成分的靶标,收 集打分(Score)大于20 的化学成分及其预测的靶标,导入CytoScape Version 3.7.1 软件,绘制成分-靶标网络 图,得到该方的效应靶标。以“非小细胞肺癌”为关键词,从GeneCards 数据库查找疾病靶标,绘制韦恩图。 靶标导入DAVID 数据库,进行GO 富集分析和KEGG 通路分析,设定阈值P < 0.05。对KEGG 通路中排名前 20 位的通路进行分析,并将结果导入R(i386 3.5.2)和R Studio 软件,绘制KEGG 信号通路的气泡图。将作用 靶标导入String 数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,获取蛋白相互作用信息后,导入CytoScape 3.7.1 软件构 建蛋白-蛋白相互作用网络。提取成分-靶标网络图,计算其网络拓扑性质,前20 位的化学成分即为该方治疗 NSCLC 的潜在有效成分。结果共检索出135 个小分子成分,4 898 个基因靶标,共同靶基因663 个,收集了 Score≥20 的关键基因164 个, 其中度值排名较靠前的蛋白TP53、TNF、TLR4、STAT2、SRC、PTGS2、 NFKB1、MYC、JUN、IL1B、MTOR、FOS、CTNNB1、AKT1 被认为是蛋白相互作用网络中的核心靶点;分析 GO 生物学过程、分子功能及细胞组分相关条目前10 条及KEGG 通路前20 条,主要涉及癌症通路、PI3K-Akt 信号通路及p53 信号通路等。结论扶正抗癌方可能通过多成分、多靶点、多途径参与调控NSCLC 细胞增殖 与凋亡等多种生理过程,发挥对NSCLC 的干预作用。  相似文献   

7.
目的:基于中医药整合药理学研究平台V2.0(TCMIP V2.0)探讨养血安胎方治疗复发性流产血栓前状态(RSAPTS)的分子机制。方法:通过TCMIP V2.0收集养血安胎方中药物化学成分及药物靶标,利用TCMIP V2.0收集RSA-PTS疾病靶标信息,并借助在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库补充和完善疾病靶标信息。构建药物与疾病核心靶标网络,并对核心靶标进行生物过程分析和通路富集分析,构建"中药-成分-靶标-通路"多维网络,对网络中主要化学成分进行了吸收、分配、代谢、排泄和毒性(ADMET)水平分析。结果:共收集养血安胎方中8味中药的310个化学成分和975个靶标信息,并获得了143个疾病靶标,药物和疾病靶标互作关系分析获得243个核心靶标,对前100位核心靶标分析结果显示,这些靶标主要作用于血液凝固、血小板活化、血管形成正调控、血小板聚集的调节和血管形成等与血栓形成相关的生物过程。通路分析显示这些靶标主要富集于补体与凝血级联反应、雌激素信号通路、血小板活化和甲状腺激素信号通路等通路。多维网络分析结合ADMET水平显示,养血安胎方中的益母草碱、儿茶酚、香草醛等14个成分可能通过影响凝血因子Ⅱ(F2),纤维蛋白溶酶原(PLG)和雌激素受体1(ESR1)来参与补体与凝血级联反应、血小板活化、甲状腺激素信号通路等,进而发挥对RSA-PTS的治疗作用。结论:养血安胎方中主要化学成分可能通过调节补体与凝血级联反应、血液凝固和血小板活化等生物过程来改善RSA-PTS。  相似文献   

8.
蔡萧君  颉彦鹏  王磊 《辽宁中医杂志》2020,47(5):148-152,220
目的采用网络药理学技术对三妙丸抗类风湿性关节炎作用机制进行研究。方法基于中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)研究了三妙丸所含化学成分及体内作用靶标,根据利宾斯基五原则筛选潜在成分,并富集分析与类风湿性关节炎现相关的体内靶标。进而阐明三妙丸抗类风湿性关节炎的关键作用机制。结果通过上述方法共计发现与类风湿性关节炎相关的有效成分82个,直接相关的作用靶标7个,相关代谢通路110条。关键成分分别是汉黄芩素、β-谷甾醇、槲皮素、小檗碱、黄连碱、黄柏碱等,涉及到的与类风湿性关节炎相关的靶标有转录因子-1、趋化因子2、前列腺素2/H合成酶、肿瘤坏死因子、蛋白激酶激酶、硫蛋白还原酶、酪氨酸蛋白激酶。涉及相关代谢通路为丝裂原活化蛋白激酶信号通路、细胞凋亡、结节样受体信号通路、T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、癌症中的胆碱代谢、炎症性肠病、类风湿关节炎、流体剪切应力与动脉粥样硬化、花生四烯酸代谢、NF-κB信号通路、血管内皮生长因子信号通路。结论三妙丸通过多成分、多靶点、多通路协同起效的方式起到抗类风湿性关节炎的作用。本研究才网络药理学技术层面,基于中药系统药理学数据库及分析平台的三妙丸有效成分及体内预测靶标理论化揭示了三妙丸看类风湿性关节炎的作用机制,为三妙丸及先关药物的新药研发和机制研究奠定基础。  相似文献   

9.
本研究探讨了中药白及治疗肺癌的潜在靶标及作用机制。在TCMSP、ETCM数据库中基于药代动力学特征筛选白及活性成分,Genecards数据库中收集肺癌靶标,利用Swiss target prediction在线工具预测成分作用靶标。经Cytoscape3.7.0软件及其STRING插件构建“活性成分-作用靶标”、“蛋白质-蛋白质相互作用”网络图,取交集得到白及和肺癌的共同靶标;将共同靶标导入Metascape中进行基因本体和KEGG通路富集分析,利用Cytoscape3.7.0软件构建“成分-潜在靶标互作-信号通路”网络。共获得25个潜在活性成分、20个潜在靶标和5条潜在通路,共确定了16个GO条目。白及治疗肺癌可能与跨膜受体蛋白酪氨酸激酶和一氧化氮合酶调节活性有关;参与了毒性反应、共生过程、肌肉细胞增殖、线粒体膜电位调节、横纹肌组织发育的正向调节等过程。白及可能通过ESR1、PTGS2、ALB、HSP90AA1、HER2、EGFR、ESR2等靶标作用于表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂耐药、PI3K-Akt信号通路、癌症中的转录失调过程等通路,从而发挥治疗肺癌作用。  相似文献   

10.
目的:运用网络药理学技术预测六味地黄汤的化学成分、药物靶标以及可能治疗的疾病,探讨其配伍及对多种疾病"异病同治"的分子机制。方法:采用TCMSP数据库的口服生物利用度(OB)和类药性指数(DL),筛选六味地黄汤的活性成分和相关疾病,从Drugbank数据库获得药物靶标,用Cytoscape软件构建中药成分-靶标-疾病网络,并进行网络拓扑分析及靶标功能和信号通路分析。结果:在六味地黄汤507种化合物中符合OB≥30%,DL≥0.18有42种,其相关靶标有221个,并富集出九大类56种疾病,以肿瘤、心血管系统疾病以及呼吸系统疾病的网络相关度最大。六味地黄汤、三补和三泻的配伍都能调节细胞凋亡、代谢、增殖、以及血管平滑肌收缩;六味地黄汤还有调控蛋白的合成修饰和分泌作用;三补能够调控离子跨膜转运、血压以及前列腺素、视黄酸的代谢等;三泻则侧重于对细胞的信号传导以及细胞的生物合成作用的影响。结论:本研究筛选出六味地黄汤活性成分42种,预测靶标221个及疾病56个,其三补三泻的配伍使药物作用产生了1+12的效应机制。六味地黄汤对多种疾病"异病同治"具有多靶标、多功能以及多通路的调节机制。  相似文献   

11.
目的:探讨参附汤的功效物质基础和作用机制。方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索参附汤2味中药人参、附子的化学成分和作用靶点。进而构建化合物-靶点网络、构建蛋白互作(PPI)网络、进行基因本体(GO)功能富集分析、进行基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究参附汤作用机制。结果:化合物-靶点网络包含23个化合物和相应靶点118个,关键靶点涉及PTGS2,PTGS1,NCOA2,ADRB2等。PPI网络包含114个蛋白,关键蛋白涉及Akt,AP-1,p56蛋白等。GO功能富集分析得到GO条目236个,其中生物过程相关的条目191个,分子功能相关的条目20个,细胞组成相关的条目25个。KEGG通路富集筛选得到10条信号通路涉及calcium signaling pathway,neuroactive ligand-receptor interaction,apoptosis,pathways in cancer等。结论:本研究结果初步验证参附汤防治疾病的分子机制,为进一步深入探讨其作用机制提供先导信息和基础。  相似文献   

12.
目的:基于系统药理学,探讨复方血藤颗粒的药效作用以及配伍机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicines Systems Pharmacology Platform,TCMSP)数据库检索获得复方血藤颗粒中3个药物的化学成分、作用靶点,构建“化合物-靶点”网络,进行网络拓扑学分析,确定网络关键节点或关键模块,利用DVAID数据库进行GO富集分析、基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的通路富集分析,分析其基因集合的主要功能,多层次、多角度探讨复方血藤颗粒的作用机制。结果:“化合物-靶点”网络包含30种活性成分,相应靶标94个。GO富集主要在细胞增殖的正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控等方面,KEGG通路主要富集磷脂酰肌醇3-激酶(Phosphatidylinositol-3-Kinases,PI3K)/蛋白质丝氨酸苏氨酸激酶(Protein-serine-threonine Kinase,AKT)信号通路、缺氧诱导因子-1(Hypoxia-inducible Factor,HIF-1)信号通路、神经活性配体-受体相互作用通路等。结论:本研究结果初步验证了复方血藤颗粒的基本药理作用及其制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。  相似文献   

13.
目的:通过数据库检索与网络药理学方法探讨溃疡性结肠炎"扶正"治则的潜在机制。方法:从中医E百数据库检索溃疡性结肠炎相关方剂,检索方式为"主治肠澼/久痢/痢疾",筛选所检索到的处方并进行药物种类、用药频次统计分析,选择溃疡性结肠炎治疗的常用扶正药物。将选择后的扶正药物输入中药系统药理学分析平台检索所有化学成分和作用靶点,构建化合物-靶点相互作用网络图;通过Digsee数据库筛选溃疡性结肠炎相关靶点,构建疾病-靶点相互作用网络图;筛选两个网络图的核心靶点,利用DAVID工具对核心靶点进行富集分析。结果:数据库共检索到溃疡性结肠炎相关方剂731首,根据纳入、排除标准筛选后获得处方304首,中药220味,经用药频次统计后,以甘草、人参、白术为溃疡性结肠炎扶正治则的代表药物。基于药代动力学ADME参数对上述药物的化学成分进行筛选和靶标预测,共得到136个蛋白靶点;将化合物-靶点、疾病-靶点的蛋白质—蛋白质相互作用网络图合并,以"节点连接度""节点介度"和"节点紧密度"为评价标准,筛选共有靶点129个;对入选靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,以P值筛选出前20条通路在溃疡性结肠炎方面具有作用。结论:扶正药物治疗溃疡性结肠炎作用的发挥是多靶点、多通路的整体效应,挖掘了溃疡性结肠炎扶正治则的潜在机制,为进一步实验研究提供了理论基础。  相似文献   

14.
目的基于网络药理学方法探讨荆芥-防风药对治疗荨麻疹的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索荆芥、防风的化学成分和作用靶点,运用UniProt数据库查询靶点对应的基因,以Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点(基因)网络。借助OMIM、Digsee、TTD等数据库查询荨麻疹相关的基因,运用Venny 2.1.0筛选出荆芥-防风与荨麻疹的交集基因,并将筛选出的核心靶标蛋白导入STRING在线网站数据库,获取蛋白相互作用关系。运用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果化合物-靶点网络包含26个化合物和208个相应靶点,关键靶点涉及前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、二肽激肽酶4(DPP4)、凝血因子Ⅱ(F2)、热休克蛋白HSP90α(HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1)等。荆芥-防风与荨麻疹蛋白质相互作用网络包含18个蛋白,关键蛋白涉及白介素2(IL2)、干扰素γ(IFNG)、白介素4(IL4)等。GO分析得到GO条目16个(靶点基因富集度>55%),其中生物过程(BP)条目13个,细胞组分(CC)条目3个;KEGG分析得到17条信号通路(P<0.05)。结论荆芥-防风药对可能通过RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、IL4、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点调节炎症细胞因子,并调控FCεRI信号通路、T细胞受体信号通路、Jak-STAT信号通路等发挥治疗荨麻疹的作用。  相似文献   

15.
目的 采用网络药理学方法,探索八珍汤治疗原发免疫性血小板减少症(Primary immune thrombocytopenia, ITP)的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、Drugbank数据库和文献检索方式获得八珍汤8味中药的化学成分和作用靶点,以口服吸收利用度和药物相似性等条件进行筛选。通过OMIM数据库、TTD数据库、GAD数据库和GeneCards数据库查找ITP的相关靶点。进而利用Cytoscape 3.7.1软件构建化学成分-靶点网络、疾病-靶点网络、成分靶点和疾病靶点交集网络,通过Cytoscape软件中ClueGO插件和DAVID在线分析工具对八珍汤治疗ITP的相关靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路分析,探讨八珍汤治疗ITP的作用机制。结果 共筛选得到159个八珍汤化学成分和146个靶点;获得306个ITP相关靶点;得到21个八珍汤治疗ITP的作用靶点;显著富集到114个生物过程条目和34条KEGG生物通路。结论 八珍汤主要通过TNF信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、VEGF信号通路和T细胞受体信号通路等发挥治疗ITP的作用,其中TNF信号通路可能是其关键机制。  相似文献   

16.
目的:通过网络药理学方法初步探讨茵陈五苓散的作用机制。方法:本研究基于中药系统药理学技术平台、蛋白数据库和String数据库,分别获取茵陈五苓散中化学成分,及其对应靶点、疾病并构建化合物-靶点,靶点-疾病网络,蛋白相互作用网络,通过生物学信息注释数据库(DAVID)注释数据库对靶点进行基因本体生物学过程(gene ontology biology process,GO-BP)富集分析及基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析。结果:共获得58个候选化合物,103个靶点,11个中枢(hub)靶点及262种疾病,关键靶点涉及肿瘤坏死因子(TNF),过氧化物合成酶2(PTGS2),ESR1等,疾病以肿瘤、免疫和内分泌为主。GO-BP条目146条,参与信号转导、转录翻译、促增殖抑凋亡、细胞组成和氧化应激条目等5种生物过程。KEGG信号通路108条,含靶点数目较多的信号通路主要涉及肿瘤、病毒、寄生虫等。结论:本研究系统地探讨了茵陈五苓散的候选成分所对应的靶点及作用机制,为今后的临床研究及进一步的开发为新药提供了思路。  相似文献   

17.
目的基于网络药理学分析方法探讨黄连抗结直肠癌的物质基础和作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)及文献检索收集黄连的主要活性成分,并利用PubChem得到其活性成分的结构信息。采用SwissTargetPrediction数据库检索活性成分作用靶点,在GeneC ards和Open Targets数据库检索结直肠癌疾病相关靶点,并与活性成分靶点取交集作为黄连治疗结直肠癌的潜在作用靶点,导入Cytoscape构建黄连活性成分-结直肠癌疾病靶点网络图。利用STRING构建靶蛋白互作网络。根据拓扑分析筛选黄连治疗结直肠癌的关键药效成分与核心靶点。应用DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)数据库对核心治疗靶点进行GO生物学功能及KEGG通路富集分析。结果黄连62个活性成分通过调控91个结直肠癌相关的疾病靶点,产生了134对化合物-靶点关系,其中黄酮醇类(如槲皮素)和生物碱类(如小檗碱)均发挥了中药作用,参与了体内细胞对化学压力的反应、氧化应激、磷酸化、蛋白激酶B信号传导等生物过程,干预PI3K-AKT、蛋白聚糖、Ras、Rap1、ErbB、HIF-1、FoxO、VEGF、花生四烯酸代谢等信号通路发挥抗结直肠癌的作用。结论黄连中的黄酮醇类和生物碱类等多成分,可通过多靶点、多通路协同发挥抗结直肠癌的作用,CA1、CA12、CA2、CA9、AKT1、EGFR、PTGS2和SRC等可能是其核心治疗靶点,PI3K-AKT、Ras、Rap1和VEGF等可能是其主要作用通路。  相似文献   

18.
王馨培  王子玉  傅强  杜超  巩传勇  王兵 《中草药》2021,52(2):437-446
目的采用网络药理学和多中心临床数据探讨清肺承气汤治疗腹腔感染所致急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库检索清肺承气汤的化学成分和靶点。采用Cytoscape 3.7.1软件建立“化合物靶点”网络、靶点间的蛋白相互作用(protein protein interaction,PPI)网络,并对预测靶点进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。从3所医院选取27例腹腔感染所致ARDS患者,随机分为13例对照组和14例清肺承气汤组,分别于治疗前后3 d取肺泡灌洗液,微球检测法检测患者肺泡灌洗液中白细胞介素-4(interleukin 4,IL-4)、白细胞介素-6(interleukin 6,IL-6)、白细胞介素-10(interleukin 10,IL-10)水平;流式细胞术检测患者肺泡巨噬细胞的凋亡情况。结果筛选得到清肺承气汤中78种活性成分,对应63个潜在靶点;“化合物-靶点”网络和PPI网络度值靠前的靶点为过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferators-activated receptorγ,PPARγ)、B细胞淋巴瘤/白血病-2(B-cell lymphoma-2,Bcl-2)、IL-6、IL-10、γ干扰素(interferon-gamma,INFG),化合物为槲皮素和木犀草素;潜在靶点的KEGG通路排序靠前的炎症相关通路为核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)通路、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路、白细胞介素-17(interleukin 17,IL-17)通路、T细胞受体通路等信号通路。与对照组比较,清肺承气汤组患者肺泡灌洗液中IL-6水平显著升高(P<0.05),IL-10水平显著降低(P<0.05),肺泡巨噬细胞的凋亡面积显著降低(P<0.001)。结论清肺承气汤中的有效成分可以通过IL-6、Bcl-2、IL-10、趋化因子配体2(CXC chemokine ligand 2,CXCL2)等靶点参与调控多条信号通路来影响IL-4、IL-6、IL-10分泌和细胞凋亡,从而治疗ARDS。  相似文献   

19.
基于分子对接技术探讨残黄片退黄作用机制   总被引:4,自引:4,他引:0  
目的:通过分子对接技术研究残黄片治疗黄疸的作用机制。方法:在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中筛选残黄片的化学成分,从比较毒理基因组数据库(CTD)和Drug Bank数据库中搜集黄疸治疗相关靶点,利用Discovery Studio2016软件Lib Dock模块进行分子对接,分析成分和靶点的相互作用和网络特征。结果:分子对接发现残黄片37个成分与锁定的孕烷受体,雄烷受体,法尼醇X受体,环氧合酶-2,单胺氧化酶A,诱导型一氧化氮合酶等14个靶点作用较强,可通过调节胆红素代谢、调控胆汁酸合成与转运、抑制免疫与炎症反应、影响肝脏胶原形成等多个途径发挥治疗黄疸作用。成分-靶点作用网络分析发现,残黄片中穆坪马兜铃酰胺,氢化小檗碱,槲皮素,去甲氧基姜黄素,黄柏酮,姜黄素,黄麻甲苷,小檗浸碱,桤木酮,柚皮素共10个成分作用于7个以上靶点,可能为其退黄主要活性成分。结论:通过分子对接揭示了残黄片可能的退黄活性成分和作用机制,有助于后续质控标准的提升和退黄机制的研究。  相似文献   

20.
目的:基于网络药理学探讨藤茶黄酮类成分体内的潜在作用靶点及可能干预的疾病。方法:通过文献检索建立藤茶化学成分数据库,运用吸收、分布、代谢、排泄(ADME)筛选藤茶中黄酮类成分;采用PubChem数据库收集藤茶黄酮类成分的潜在作用靶点;采用Metascape数据库对疾病类型、生物过程、通路进行富集分析;运用Cyoscape 3.6.1软件构建“成分-靶点-疾病”网络,预测藤茶黄酮类成分可能干预的疾病。结果:建立藤茶化学成分数据库,收集到136种化合物,运用ADME最终筛选到8个黄酮类成分,对应430个潜在作用靶点。对藤茶黄酮类成分体内潜在的作用靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果显示,其潜在作用靶点涉及调节蛋白激酶活性、氧化应激、炎症等信号通路等。“成分-靶点”“靶点-疾病”等网络图显示,肿瘤坏死因子(TNF)、前列腺素内环氧化物合成酶2(PTGS2)、白细胞介素-1β(IL-1β)、雌激素受体1(ESR1)、蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤蛋白P53(TP53)为藤茶黄酮类成分发挥作用的主要靶点蛋白。结论:藤茶黄酮类成分协同发挥药理作用,体现出藤茶“多成分-多靶点”的特点,可能对肿瘤、神经精神类疾病、肝损伤、代谢类疾病有干预作用。同时发现藤茶对抑郁症、阿尔茨海默病等神经精神类疾病的作用研究较少,值得深入研究与开发。  相似文献   

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