适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法的研究

目的 建立适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法.方法 以6种富含次生代谢物质的药用顽拗植物为材料,对7种DNA提取方法进行比较.结果 CTAB法3对中药材具有通用性,操作简便、快速,提取的DNA浓度和合格率比其他对照方法高,能满足DNA条形码PCR扩增的要求.该方法主要特点:(1)用3%的CTAB浓度代替常用的2%CTAB;(2)采用1%的PVP与0.2%β-巯基乙醇共同去除杂质和防止DNA降解;(3)采用10000 r/min离心15 min去除蛋白质等杂质.结论 CTAB法3是适合中药材DNA条形码研究的DNA提取方法.     

不同栽培品种橘皮中主要活性成分的动态积累

目的：利用不同方法对白及基因组DNA进行提取,比较提取质量的差异,找到一种最适于白及基因组的DNA提取方法,以满足白及DNA条形码研究的需要。方法：采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法、十二烷基硫酸钠（SDS）法、碱裂解法和经本文改良的CTAB法提取白及叶片基因组DNA,利用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法及PCR扩增效果检测所提DNA的质量。结果：CTAB法、SDS法和改良CTAB法均能从白及中提取到基因组DNA,而碱裂解法几乎提取不到。其中改良CTAB法提取的DNA纯度和完整度均高于其他方法,PCR扩增效率达到100 %,且扩增条带明亮清晰。结论：经本文改良的CTAB法是提取白及基因组DNA的最佳方法,该方法提取的基因组DNA适用于DNA条形码研究。     

DNA提取4种中药材方法的筛选

目的筛选龙胆Gentiana scabra Bunge、锁阳Cynomorium songaricum Rupr、天花粉Trichosanthes kirilowii Maxim.、菟丝子Cuscuta chinensis Lam.的DNA提取方法。方法通过试剂盒法、SDS法、高盐低p H法、CTAB法以及改良PVP法,对4种中药材DNA进行提取。紫外分光光度、琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增进行检测,SPSS20.0软件进行统计学分析。结果改良PVP法所得4种中药材DNA的得率均较高。SDS法和改良PVP法提取的DNA条带较清晰,高盐低p H法提取者呈弥散状态,试剂盒法和CTAB法提取者几乎看不到条带。试剂盒法和改良PVP法提取的DNA可完全扩增ITS2和psb A-trn H序列,而其他3种方法未能完全扩增。结论改良PVP法高效简单,最适合提取这4种中药材DNA。     

沉香DNA提取方法及种质资源聚类分析研究

目的：分别建立适用于提取不同类型沉香样品（叶片、干燥枝条、药材）DNA的方法,通过ITS2序列对沉香药材进行种质资源聚类分析。方法：根据沉香叶片、干燥枝条、药材的组织差异,分别采用试剂盒法和优化的CTAB法提取DNA;利用紫外分光光度仪、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增及ITS2序列测定来检测DNA的纯度、浓度及可用性,以比较不同DNA提取方法的效率;将样品测序结果与从GenBank下载的沉香属（Aquilaria spp.）、拟沉香属（Gyrinops spp.）,及沉香药材常见混伪品的ITS2序列,进行聚类分析。结果：优化的CTAB法提取得到的DNA纯度比试剂盒法稍低,但浓度更高。两种方法所提沉香总DNA进行ITS2序列的PCR扩增成功率和测序成功率均为100%。ITS2序列能准确鉴别出4个沉香混伪品和2个拟沉香物种,且15个沉香样品ITS2序列与Aquilaria subintegra（泰国）、Aquilaria sinensis（中国）、Aquilaria crassna（柬埔寨、泰国）三个沉香物种均100%相似。结论：本研究中的两种DNA提取方法均可用于沉香DNA条形码研究;优化CTAB法比试剂盒法更适用于药材DNA的提取,该方法为有关中药材DNA的提取提供了参考;ITS2序列可为沉香种质资源的鉴定和系统发育分析提供必要的实验依据。     

适合果实类中药的DNA条形码鉴定方法研究

目的:探索适合果实类中药的通用DNA条形码鉴定方法。方法:以南五味子、五味子药材为实验材料,筛选最佳DNA提取方法和提取部位,选择ITS2片断进行PCR扩增后测序,所得序列用MEGA 5.10软件分析比对,计算遗传距离(K2P),利用Neighbour-joining tree(NJ树)法和Blast法进行序列比对,构建系统聚类树;并用木瓜等8种常用果实类中药验证方法的可行性和有效性。结果:适合果实类中药的通用DNA条形码鉴定方法是:采用试剂盒法(离心柱型)提取种仁部位DNA,以ITS2片段为DNA条形码序列进行PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳检测及测序后,录入"中药材DNA条形码鉴定系统"进行物种鉴定。结论:该方法可有效应用于果实类药材的鉴定。     

基于COI 条形码的中药材蛇蜕及其易混伪品的DNA 分子鉴定

目的：对中药材蛇蜕及其易混伪品进行分子鉴定,以确保该中药材的临床用药安全。方法：以COI 序列作为DNA 条形码,对蛇蜕原药材进行DNA 提取,PCR 扩增和序列测定,对13 个物种的68 份样品进行DNA Barcoding Gap 分析和系统聚类分析。结果：蛇蜕3 种基原黑眉锦蛇Elaphe taeniura Cope、锦蛇Elaphe carinata（Guenther）和乌梢蛇Zaocys dhumnades（Cantor）具有DNA Barcoding Gap,在邻接（NJ）系统聚类树上分别聚为独立一枝。结论：COI 作为DNA 条形码,不仅可以鉴定中药材蛇蜕的3 种基原,而且可以区分蛇蜕及其易混伪品,表明DNA 条形码可以用于中药材蛇蜕的鉴定。     

应用DNA条形码技术鉴定中药材酸枣仁

目的：利用DNA条形码鉴定技术对中药材酸枣仁及其混伪品进行分子鉴定。方法：对研究材料进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,利用CodonCode Aligner拼接后,将所得序列转换为彩色条形码图片及二维DNA条形码。用软件MEGA进行遗传距离分析,构建NJ（邻接）树。结果：酸枣仁基原植物酸枣的ITS2序列种内遗传距离为0-0.009,远小于其与混伪品的种间遗传距离（0.084-0.190）;由所构建的NJ树可以看出,酸枣不同来源的样本聚在一起,表现出单系性。结论： ITS2条形码能够有效地鉴别酸枣仁药材与其混伪品,为保障其用药安全提供新的技术手段。同时,专属二维DNA条形码可以跨平台快速获取酸枣仁的DNA条形码信息,实现对该药材市场流通的数字化监控。     

中麻黄基因组DNA不同提取方法的比较

目的:比较不同DNA提取方法,选择最适于中麻黄基因组的方法.方法:采用改良CTAB,SDS法、试剂盒法提取中麻黄基因组DNA;用琼脂糖凝胶电泳法和紫外分光光度法检测所得总DNA的得率和纯度,并进行ISSR-PCR扩增检测.结果:3种方法均可从新鲜中麻黄中提取出产量较高的基因组DNA,但其中改良CTAB法提取的总DNA纯度高,质量好,扩增产物的电泳条带也较明显;SDS法和试剂盒法提取的总DNA质量差,不适用于下游分子生物学实验.结论:改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法为中麻黄基因组DNA提取的最佳方法,该方法提取的基因组DNA适用于中麻黄基因组PCR扩增和其他分子生物学研究.     

改进的CTAB法提取32种中药破壁饮片DNA及物种鉴定

中药破壁饮片是由传统中药饮片经过气流破壁技术加工而成,已失去了原药材原有的外观性状特征,传统的鉴别方法已很难鉴别其真伪。本研究选用ITS2序列作为DNA条形码对32个中药破壁饮片品种进行研究,验证DNA条形码技术应用于中药破壁饮片上的可行性。通过提取32个品种的DNA、PCR扩增及双向测序获得ITS2序列,在中药材DNA条形码鉴定系统和NCBI数据库中进行比对。实验结果表明:32个品种通过改良的CTAB法均能成功提取DNA,PCR扩增及测序后均能得到高质量的ITS2序列。因此,基于ITS2序列的DNA条形码技术可有效地鉴定中药破壁饮片,为中药破壁饮片真伪鉴别提供有效手段。     

含灯盏花中成药DNA提取及其分子鉴定

目的:优选适用于含灯盏花中成药的DNA提取方法和聚合酶链式反应(PCR)扩增引物,并通过测序和系统发育分析实现对其原料灯盏花的分子鉴定。方法:采用4种十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)改良方法对3种含灯盏花的中成药进行DNA提取,测定DNA的纯度和浓度。采用内转录间隔区(ITS)、matK、psbA-trnH、rbcL位点通用引物对提取的中成药DNA进行PCR扩增,并对PCR扩增最佳位点进行测序,通过构建系统发育树进行分子鉴定。结果:4种CTAB改良方法均能获得含灯盏花中成药DNA,其中CTAB改良方法一提取的DNA质量浓度显著高于其他改良方法;PCR扩增中以matK位点2对引物(matKXF/matK5R或matK3F/matK1R)最佳,可通过1次PCR成功获得具有单一条带且浓度较高的PCR产物,序列与灯盏花对照药材同源性为100%,系统发育树显示可与同属其他植物区分。结论:通过CTAB改良方法一可以有效提取含灯盏花中成药样品的DNA,采用matK位点引物matKXF/matK5R或matK3F/matK1R进行1次PCR扩增并对产物进行测序,通过序列比对可完成其原料灯盏花的鉴定。     

荭草DNA提取方法实验研究

目的利用不同方法对荭草DNA提取,比较提取质量的差异,为研究药材的遗传多样性、种类鉴定和基因指纹图谱的构建等提供优质基础。方法采用改进的CTAB法和SDS法提取荭草叶片基因组DNA,利用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法测定样品OD260/OD280的比值,检测所提DNA的纯度和质量。结果采用CTAB法提取的荭草基因组DNA样品的纯度和浓度均高于SDS法,其DNA的OD260/OD280值为1.801～1.993,CTAB法所提的DNA泳带分布较集中,无拖尾现象,其DNA浓度能够满足RAPD、SSR/ISSR扩增模板的需求。结论改良CTAB法是提取荭草基因组DNA的最佳方法。     

山茱萸药材鲜品与干品总DNA提取方法比较

目的:探讨山茱萸药材鲜品与干品总DNA的提取方法,比较鲜、干品总DNA质量,为以后的研究奠定基础。方法:采用改良CTAB法A,B和经典SDS法,提取山茱萸药材鲜品和干品总DNA,对其进行DNA含量测定和电泳检测。结果:改良CTAB法A提取山茱萸药材鲜品与干品总DNA的OD260/OD280比值在1.7~1.9之间,电泳条带清晰,无拖尾,对山茱萸药材鲜品与干品DNA进行综合比较,结果显示鲜品获得的DNA质量高于干品。结论:改良的CTAB法A是分离高质量完整DNA的方法简便、快速,该方法得到的DNA适合下一步分子生物学研究。     

中成药DNA提取技术优化及其在人参类制剂分子鉴定中的应用

目的 建立并完善从中成药及保健品中提取DNA的有效方法,并在人参类制剂中进行验证。方法 使用中成药和保健品中常用的辅料(如淀粉、蔗糖、葡萄糖等)模拟CTAB法提取DNA过程,用以筛选影响提取DNA效率的因素;使用甲醇作为沉淀试剂优化传统的CTAB法,并使用MAS-PCR方法对市场上人参类中成药及保健品进行分子鉴定,以验证优化的技术。结果 中成药及保健品中的淀粉(包括药源性淀粉和辅料添加的淀粉)通过CTAB反应后生成极性较大的复合物,其与70%乙醇不能互溶,而且在碱性条件下对DNA有强烈的溶解作用,从而影响了CTAB法提取DNA的提取效率;利用甲醇作为沉淀试剂能够有效去除CTAB裂解过程中产生的高极性复合物的影响,70%甲醇-醋酸钠溶液能够有效提取中成药及保健品的DNA;利用优化的DNA提取方法和MAS-PCR法实现了11种市售人参类制剂的快速分子鉴定,结果显示8种与商品描述一致、1种有掺伪情况、2种为伪品。结论 使用甲醇作为沉淀试剂优化传统的CTAB法,可以较好地克服中药制剂中淀粉对DNA提取的不利影响,可以有效地实现基于DNA的中药制剂分子鉴定。     

基于ITS2序列的中药材桔梗种子DNA条形码鉴定

目的：桔梗为中国常用大宗药食兼用中药材,种植面积广,建立基于DNA 条形码技术的桔梗种子鉴定方法具有重要意义。方法：本研究共收集29份中药材桔梗基原植物和种子样品;利用体式显微镜、X射线影像工作站观察种子的形态特征及种子成熟度;优化DNA提取方法;基于中药材DNA条形码鉴定系统（http://www.tcmbarcode.cn）和《中国药典中药材DNA条形码标准序列》对种子物种进行鉴定。结果：不同群体来源或同一群体来源桔梗种子形态特征存在较大差异,识别困难;本实验可以实现单粒桔梗种子（约1mg）的DNA提取、PCR扩增和序列测定;5份样品同一群体内种子ITS2序列存在差异;中药材DNA条形码鉴定系统和《中国药典中药材DNA条形码标准序列》可以作为种子物种鉴定的依据。结论：DNA条形码分子鉴定法可以对中药材桔梗种子进行鉴定,同时为中药材种质资源鉴定提供了新方法,对中药材种子质量标准的建立提供依据。     

改良CTAB法提取新疆一枝蒿干叶基因组DNA

目的:从自然干燥的新疆一枝蒿中提取高质量的基因组DNA,为该药材的分子生物学研究提供参考。方法:采用2种改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法与常规CTAB法提取新疆一枝蒿中基因组DNA,通过加适量聚乙烯吡咯烷酮(PVP)研磨样本,在核裂解前用细胞核裂解液(STE)洗涤多酚类和多糖类物质,利用95%乙醇室温沉淀DNA等措施。改良CTAB法2与1相比不用液氮研磨样本。通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法和相关序列扩增多态性(SRAP)检测提取DNA的质量。结果:2种改良CTAB法所得DNA质量均优于常规CTAB法,DNA完整性较好,A260 nm/A280 nm在1.8~2.0,多糖类杂质去除较为干净。SRAP检验条带清晰、多态性良好。结论:2种改良CTAB法均适用于高质量新疆一枝蒿干叶基因组DNA的提取,得到的DNA纯度和完整性均较理想,可为后续分子生物学研究提供良好模版。     

枸杞基因组DNA提取及指纹图谱分析

目的建立一种适于RAPD分析的快速提取枸杞叶片基因组DNA的方法,并利用RAPD技术研究枸杞属植物基因组DNA指纹图谱。方法采用改进的CTAB法提取枸杞冷藏幼叶的基因组DNA,利用RAPD技术对其进行指纹图谱分析。结果改进的CTAB法提取的10份枸杞材料基因组DNA均适于RAPD分析;可提供清晰的RAPD指纹图谱,利用筛选出的2个随机引物对供试材料DNA进行随机扩增,共得到56条带,其中多态性条带44条,多态性百分率为78.6%。结论表明改进的CTAB法提取的枸杞基因组DNA不需经氯化铯梯度离心或柱层析纯化,可以直接用于RAPD分析;RAPD对枸杞属植物进行指纹图谱分析是可行的。     

连翘干叶片和鲜叶片DNA提取方法和质量比较研究

目的探讨三种DNA提取方法对连翘干叶片和鲜叶片DNA质量的影响,比较干叶片和鲜叶片DNA提取质量。方法采用常规CTAB法、高盐低pH法和新改良CTAB法提取连翘干叶片和鲜叶片DNA,进行A260/A280测定、琼脂糖凝胶电泳检测和RAPD扩增分析。结果新改良CTAB法提取的连翘干叶片和鲜叶片DNA的A260/A280比值在1.8～2.0之间,电泳条带清晰无拖尾,选用随机引物（S7）对上述DNA样品进行RAPD扩增,可获得具有一定多态性扩增谱带。对连翘干叶片和鲜叶片DNA样品综合比较,结果显示由干叶片获得的DNA质量高于鲜叶片。结论新改良CTAB法是一种分离高质量完整DNA的简便、快速方法,该方法得到的干叶片DNA质量较鲜叶片更适合下一步分子生物学研究。     

喀西茄AFLP技术体系的建立与优化

目的研究建立一套适合于喀西茄的AFLP技术体系。方法比较CTAB法和改良CTAB法提取DNA的效果;设置不同浓度梯度的引物、dNTPs和Mg2+,优化选择性扩增体系。结果改良CTAB法提取的DNA质量优于CTAB法,加入50 ng/μl的两种引物各1.0μl,2 mmol/L dNTPs 2.4μl和25 mmol/LMg2+1.6μl的选择性扩增体系最优。结论建立了适合于喀西茄的AFLP技术体系。