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相似文献
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1.
目的:为建立基于单核苷酸多态性(SNP)技术鉴别砂仁3 个基原(阳春砂Amomum villosum、海南砂Amomum longiligulare、绿壳砂Amomum villosum var.xanthioides)的方法,对这3 个种共计60 份材料ITS2 序列进行分析比较。方法:将实验所得砂仁ITS2 序列,应用CodonCode Aligner 软件进行序列拼接比对。用MEGA 5.0 导出各序列变异位点,并对变异位点进行分析。为验证结果准确性,下载砂仁3 个基原GenBank 的所有ITS2 序列,共计34 条,对结果进行验证。结果:砂仁ITS2 序列比对后长度为230 bp,3个不同基原在135 bp 和199 bp 处存在稳定SNP(s)变异位点。结论:本研究开发的两个稳定的SNP(s)位点可以快速准确地鉴定砂仁药材3 个基原。  相似文献   

2.
基于DNA条形码鉴定豆蔻类中药材   总被引:4,自引:0,他引:4  
目的:利用ITS2序列对豆蔻类中药材进行DNA条形码鉴定研究。方法:本文采集了包括豆蔻两个基原白豆蔻Amomum kravanh与爪哇白豆蔻Amomum compactum、红豆蔻Alpinia galanga、草豆蔻Alpinia katsumadai等在内的70份样品,采用试剂盒法提取基因组DNA,应用Primer premier 5.0设计引物,通过聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)扩增其ITS2序列,并对PCR产物进行双向测序,所得序列经CodonCode Aligner V3.71拼接后,采用MEGA5.0 软件进行序列比对,计算种内和种间距离,构建邻接树(Neighbor-joining tree,NJ Tree)。ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(Hidden Markov model,HMM)的注释方法获得。结果:通过新设计引物扩增的序列可以注释到5.8 S与28 S,扩增序列位于ITS2间隔区。采用新设计的引物,所有实验样品均可获得ITS2序列,NJ树结果显示不同种豆蔻类药材分别聚为一支,可以互相区分,且可以与其混伪品相互区分。另外,通过序列比对发现有5个SNP(s)存在于豆蔻与其它物种种间,且有2个稳定的SNP(s)存在于白豆蔻和爪哇白豆蔻种间,可用于二者的准确鉴定。结论:ITS2序列作为DNA条形码可准确稳定地鉴别不同种豆蔻类药材,本研究将为保障临床安全用药提供新的技术手段。  相似文献   

3.
本研究应用ITS2序列鉴别蔓荆子及其混伪品,收集药材和基原植物样本共46份,通过提取基因组DNA、PCR扩增和双向测序获得ITS2序列,经CodonCode Aligner V4.2拼接注释获得序列,应用MEGA5.0对序列进行分析比对,计算种内和种间遗传距离(Kimura 2-Parameter,K2P),构建系统发育NJ树进行鉴定。结果表明,蔓荆子药材基于ITS2序列的种内最大K2P遗传距离均小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离,NJ树显示蔓荆子药材与其混伪品可明显分开,表现出良好的单系性。因此,应用ITS2序列能够准确地鉴定蔓荆子药材及其混伪品。  相似文献   

4.
凉茶药材鸡蛋花及其混伪品的DNA条形码鉴定   总被引:2,自引:1,他引:1  
该研究应用ITS2序列作为DNA条形码鉴定凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,共收集48份药材和基原植物样本,提取基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,经CodonCode Aligner拼接注释获得序列,然后应用MEGA5.0比对ITS2序列,计算种内和种间遗传距离,构建系统进化NJ树进行鉴定。结果表明,鸡蛋花ITS2序列长度为244 bp,种内遗传距离为0~0.016 6,远小于其与混伪物种间的遗传距离0.320 8~0.650 4,NJ树结果显示鸡蛋花与其混伪品均可准确区分。因此,应用ITS2条形码能够准确、有效地鉴别凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,为鸡蛋花药材的鉴定提供了一种新的分子手段,为其使用安全提供了有力保障。  相似文献   

5.
郝豆豆  张勇群  付苏宏  施静  张鹏飞  拉多 《中草药》2019,50(12):2967-2975
目的选用ITS2序列作为条形码来鉴定44种藏药材植物。方法用高盐低pH法提取藏药材植物的基因组DNA,通过PCR扩增藏药材植物的ITS2序列,共得到ITS2序列145条,分属于24科,39属,44种。在GenBank数据库中通过序列比对选取了部分藏药材的同源序列。将ITS2序列在Bioedit软件中进行序列比对,在MEGA软件中计算双参数(K2P)种内和种间遗传距离,并基于邻接法构建系统进化树来分析物种的系统发育关系。结果 ITS2区域有显著的种内、种间差异,基于ITS2区域的系统进化分析与形态学结果一致,并可以反映物种之间的亲缘关系。此外,藏药材的ITS2序列二级结构各有不同,为物种鉴定提供了另一种方法。结论 ITS2序列是藏药材植物鉴定和系统发育研究的非常有效的单条形码,为藏药材植物资源的利用和保护提供了科学依据。  相似文献   

6.
目的利用核糖体r RNA基因内转录间隔区(ITS2)序列,对甘肃道地药材岷县当归(岷归)及其混伪品和近缘属药材进行鉴定分析。方法对供试材料ITS2序列进行PCR并双向测序,所得序列经Codon Code Aligner校对拼接后,利用MEGA 6.0对序列进行分析比对,计算种内、种间遗传距离,利用邻接法(NJ)构建系统聚类树,并应用ITS2数据库网站预测其ITS2二级结构。结果经PCR扩增测序,15份甘肃栽培当归与标准样品岷归1号序列比对无差异,序列长度230 bp,GC含量为55.46%,37份当归混伪品与近缘属药材ITS2序列长度为228~233 bp,GC含量为51.53%~65.65%。岷归与混伪品、近缘属药材共53条序列中共检测到变异位点220个,保守位点10个,信息位点213个。根据K2P遗传距离计算,岷县当归种内遗传距离明显小于种间遗传距离,基于ITS2序列构建的NJ树和网站预测的ITS2二级结构,均能将岷归与其混伪品和近缘属药材区分。结论 ITS2序列可作为当归鉴定的DNA条形码,为当归市场的健康可持续发展提供有效的技术手段。  相似文献   

7.
《中药材》2017,(9)
目的:应用ITS2序列及其二级结构对姜科9个属16种植物进行鉴定及聚类分析。方法:应用Bio Edit v7.0.9.0软件进行序列比对,用MEGA6.0计算种间、种内遗传距离,以美人蕉为外类群构建系统进化树;并用The ITS2 Database在线软件预测二级结构。结果:ITS2序列可将17种植物互相区分开并聚为7类,其中红豆蔻与阳春砂、土田七与红球姜、美人蕉与菠萝姜这3组不同属的植物分别聚为一类,其他同属植物分别聚为一类。而姜科不同属植物的二级结构构型存在一定的特征。结论:姜科ITS2序列可对姜科16种植物进行分类鉴定,而ITS2序列二级结构构型则只能作为姜科属间分类的辅助依据。  相似文献   

8.
目的:应用ITS2序列对朱砂根及其混伪品进行鉴定研究,为中药临床准确用药、市场规范化管理等提供依据和保障。方法:对朱砂根及其混伪品进行DNA提取、PCR扩增ITS2序列、双向测序,对序列进行比对、计算遗传距离。结果:朱砂根ITS2序列长度为217 bp,种内有10个变异位点,有9种单倍型,平均G+C含量为59.1%,除变种红凉伞外,朱砂根与其各混伪品的种间最小遗传距离均大于朱砂根种内最大遗传距离,所以利用ITS2序列可以鉴别朱砂根及其混伪品。结论 :实验结果表明ITS2序列可以鉴别朱砂根及其混伪品,但对于其与变种的关系需进一步研究。  相似文献   

9.
目的 分析ITS2、rbcL序列在牛奶菜属植物及其近缘植物间的鉴别能力,并对牛奶菜属植物及其近缘植物的系统进化进行初步分析.方法 采用直接测序法测定所分析样品的ITS2、rbcL序列,获得的序列采用软件CodonCode Aligner人工校正,Contig软件拼接,用MEGA 4.0软件分析比对并进行遗传距离等分析,用NJ法对比对的序列构建系统分支树.结果 ITS2、rbcL序列对牛奶菜属植物及其他所分析样品有较好的鉴别能力,且鉴别能力ITS2优于rbcL;南山藤属、匙羹藤属植物与牛奶菜属植物间的亲缘关系非常相近.结论 条形码ITS2、rbcL序列能很好地区分牛奶菜属植物,且鉴别能力ITS2优于rbcL;建议将南山藤属、匙羹藤属等小属植物归入牛奶菜属内.  相似文献   

10.
目的利用糖体rRNA基因内转录间隔区(ITS2)序列,对牛膝及其易混品进行鉴定分析。方法提取牛膝及其易混品的DNA,使用ITS2通用引物进行PCR扩增并测序,拼接校对并去除低质量碱基获得目的序列,利用MEGA 7.0对目的序列进行分析比对,计算种内、种间遗传距离,利用邻接法(NJ)构建系统聚类树,同时应用ITS2数据库网站预测其ITS2二级结构。结果牛膝的ITS2序列长度为193 bp,与所有易混品种间遗传距离为0.178~0.958。NJ树显示牛膝单独聚一支,另外牛膝有明显ITS2二级结构特征,可与其易混品明显区分。结论 ITS2序列能够有效地区分牛膝与其易混品,为牛膝的用药安全提供技术保障。  相似文献   

11.
H Pan  F Huang  P Wang  L Zhou  L Cao  R Liang 《中药材》2001,24(7):481-483
OBJECTIVE: To identify Amomum villosum Lour. and some their adulterants on molecular biology. METHOD: The DNA of Amomum villosum Lour. and some their adulterants were extracted, and amplified using ITS-1 primer. The amplificed DNA were purified and then sequenced by direct PCR sequencing method. RESULT: The ITS-sequence of all of the samples are 248 bp in size. But there are 7 bases in Amomum villosum Lour var. xanthioides (Wall.ex Bak) T.L. Wu et Senjen and 12 hases in Amomum longiligulare T.L. Wu. differing from Amomum villosum Lour. CONCLUSION: The ITS-1 sequence can be used to identify effectively Amomum villosum Lour. and their adulterants.  相似文献   

12.
阳春砂与绿壳砂、海南砂的ITS-1测序鉴别   总被引:4,自引:0,他引:4  
目的:从分子水平鉴别阳春砂及其伪充品。方法:从阳春砂及其常见伪充品绿壳砂、海南砂中提DNA,以核基因组通用引物ITS-1为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果:样品ITS-1序列长度均为248bp,但绿壳砂有7个碱基与阳春砂不同,海南砂有12个碱基与阳春砂不同。结论:1序列可有效地鉴别阳春砂及其伪充品。  相似文献   

13.
阳春砂与几种常见姜科伪充品的RAPD分析   总被引:16,自引:4,他引:12  
本文采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术研究了姜科植物几种常见的中药材.结果显示,扩增结果具有良好的分辨性.阳春砂与海南砂、绿壳砂、缩砂、草果、益智仁、白豆蔻、草豆蔻等常见的姜科近缘伪充品之间呈现明显指纹差异,呈现多态性的引物占所选的12.17%,根据这些多态性可进行鉴别.不同产地的阳春砂RAPD指纹基本一致.用NJ方法构建了分子系统树,揭示阳春砂与绿壳砂、海南砂亲缘关系较近,而与草豆蔻、草果等关系较远,此结果与传统的分类方法基本一致.  相似文献   

14.
目的:采用ITS2序列对中药材半夏及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,为规范中药材半夏的市场流通,保障临床用药安全及疗效提供参考依据。方法:对半夏及其混伪品共59份样品,通过DNA提取及聚合酶链式反应(PCR)扩增其ITS2序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用邻接(NJ)法构建NJ系统聚类树。采用相似性搜索法、最小距离法、NJ 树法考察ITS2序列的鉴定能力。结果:半夏药材的ITS2序列长度为251 bp,应用相似性搜索法表明ITS2序列能够准确鉴定半夏药材及其混伪品;半夏种内最大K2P距离小于半夏与混伪品间的最小K2P距离;NJ树显示半夏药材可与其混伪品明显分开。结论:ITS2序列能准确、稳定鉴定中药材半夏药材及其混伪品。  相似文献   

15.
目的 对京大戟及其易混品进行DNA分子鉴定,以保证京大戟的用药安全.方法 对京大戟及其18种易混品共29份样品的内转录第二间隔区(ITS2)条形码序列进行分析.对京大戟ITS2序列种内序列变异,京大戟与其易混品间的种间序列差异进行分析比较,并构建京大戟及其易混品的NJ树.结果 京大戟ITS2序列种内变异较小,平均K-2...  相似文献   

16.
??OBJECTIVE To identify Dalbergiae Odoriferae Lignum and its adulterants using DNA barcoding. METHODS ITS2 is one of the popular DNA barcoding in the identification of traditional Chinese medicine. In this paper,the ITS2 regions of Dalbergiae Odoriferae Lignum and its adulterants were amplified and sequenced bi-directional.The length and GC content of ITS2 sequence were analyzed through MEGA5.0 software. The genetic distances were computed by kimura 2-parameter (K2P) model. Dalbergiae Odoriferae Lignum and its adulterants have been identified through the species identification system for traditional Chinese medicine and neighbor-joining (NJ) phylogenetic tree. RESULTS The sequence lengths of ITS2 of Dalbergiae Odoriferae Lignum were 216 bp, and the GC content was 68.5%. The minimum K2P interspecific genetic distances of Dalbergiae Odoriferae Lignum and its adulterants were 0.009, which was larger than that of the intraspecific genetic distances of Dalbergiae Odoriferae Lignum.The Dalbergiae Odoriferae Lignum and its adulterants can be obviously identified using the Species identification System and NJ phylogenetic trees.CONCLUSION ITS2 Regions as DNA barcode can identify Dalbergiae Odoriferae Lignum and its adulterants accurately.  相似文献   

17.
基于ITS2条形码序列鉴定中药材佩兰及其混伪品   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的:对中药材佩兰及其混伪品进行ITS2条形码鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:提取佩兰的DNA,利用PCR技术扩增其ITS2序列,双向测序,所得序列经过CodonCodeAligner拼接后,用软件MEGA5进行相关数据分析,计算其种内、种间遗传距离,并构建系统发育树。结果:佩兰药材的ITS2序列长度为218 bp;佩兰种内最大K2P距离为0.009,与混伪品种间最小K2P距离为0.024。ITS2序列的NJ系统聚类树可明显区分佩兰药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论:ITS2条形码序列能够成功鉴定中药材佩兰与其混伪品,为保障临床安全用药提供了新的技术方法。  相似文献   

18.
目的:快速准确的鉴别中药积雪草及其混伪品。方法:采用ITS2序列片段,对其进行PCR扩增、测序,运用Codon CodeAligner、MEGA4.1等软件进行序列拼接和分析,构建积雪草及其混伪品的NJ树。应用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果:积雪草及其混伪品ITS2序列之间存在明显差异,不同积雪草样品在NJ树上独立聚为一支。结论:运用ITS2序列可以准确鉴定积雪草及其伪品。  相似文献   

19.
大青叶及其混淆品的ITS2序列鉴定研究   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
目的:对中药材大青叶及其混淆品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:采用PCR直接测序法,测定核基因ITS2区,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,构建NJ(邻接)树,并利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果:大青叶基源植物菘蓝ITS2序列长度为191bp,其种内平均K2P遗传距离(0.002)远小于其与混淆品的种间平均K2P遗传距离(0.882);由所构建的系统聚类树图可以看出,各物种均表现出了单系性,而同时又与其它物种明显区分开;比较ITS2二级结构发现,各物种在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论:ITS2作为条形码可以方便快捷的鉴别大青叶正品及其混淆品,对药典中其它药材的相关研究也具有重要的参考价值。  相似文献   

20.
基于ITS2序列的羌活及其混伪品的DNA条形码鉴定   总被引:1,自引:1,他引:0  
孙稚颖  陈士林  姚辉  宋经元 《中草药》2012,43(3):568-571
目的对羌活及其混伪品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法利用PCR测序法,对样品进行核基因ITS2片段扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,并构建邻接(NJ)树。利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果羌活与宽叶羌活ITS2序列长度均为228 bp,二者种内平均K2P(Kimura-2-parameter)遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离;由所构建的系统聚类树图可以看出,羌活与宽叶羌活均表现出了单系性,而同时又与其他混伪品明显分开;比较ITS2二级结构发现,羌活基原植物与其混伪品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论 ITS2序列作为DNA条形码可以方便快捷地鉴别羌活及其混伪品,为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了重要分子依据。  相似文献   

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