4株志贺菌无抗生素压力下连续传代90次的耐药表型及CRISPR/Cas系统变化

目的 分析无抗生素压力下连续传代90次的4株志贺菌耐药表型及成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPR）/CRISPR相关蛋白（Cas）基因变化。方法 对临床分离的4株耐药谱不同的志贺菌进行无抗生素压力连续传代90次,传代结束后用琼脂稀释法检测传代前、后志贺菌最小抑菌浓度;用PCR对CRISPR位点进行扩增并测序,CRISPR Finder和Clustal X 2.1分析CRISPR位点的变化。结果 经无抗生素压力传代90次后,4株志贺菌对某些抗生素的敏感性有不同程度的增加：mel-sf1998024/zz对氨苄西林、头孢氨苄、头孢噻肟、氯霉素的耐药性降低,mel-s2014026/sx对诺氟沙星、甲氧苄啶的耐药性降低,mel-sf2004004/sx对氨苄西林、头孢呋辛、头孢噻肟、氯霉素、甲氧苄啶的耐药性降低,mel-sf2013004/bj对氯霉素的耐药性降低;志贺菌mel-sf1998024/zz和mel-sf2013004/bj经无抗生素压力传代后,CRISPR3位点3''的重复-间隔序列丢失,其中间隔序列匹配基因的编码产物是Cas蛋白。结论 志贺菌在无抗生素压力下,可降低或丢失对某些抗生素的耐药性。部分志贺菌CRISPR3位点的结构发生了变化,CRISPR3位点与cas基因可能存在共进化。     

耐喹诺酮类福氏志贺菌基因突变分析

目的研究福氏志贺菌DNA旋转酶gyrA基因、拓扑异构酶ⅣparC基因突变与其喹诺酮类药物耐药的关系.方法对临床收集的1株喹诺酮类药物敏感福氏志贺菌、2株喹诺酮类药物耐药程度不同的福氏志贺菌,对上述2个靶基因进行聚合酶链反应(PCR)扩增及核酸序列分析.结果首次发现临床分离喹诺酮类耐药福氏志贺菌parC基因突变,导致121,129,131,134,141,L51位5个位点氨基酸编码改变;耐药程度较高的菌株共发现gyrA、parC基因上6个突变位点,耐药程度较低的菌株发现gyrA基因1个突变位点.结论福氏志贺菌DNA旋转酶gyrA基因和拓扑异构酶ⅣparC基因突变均与其喹诺酮类药物耐药有关,靶基因突变位点数量可能与喹诺酮类药物耐药程度有关,临床耐药株靶基因突变存在多态性.     

志贺菌中成簇规律间隔短回文重复序列的分子分布特征

目的 探索志贺菌中成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的分布。方法 共选择志贺菌分离株52株, 其中河南41株, 江西6株, 北京5株。利用PCR扩增志贺菌的4个CRISPR位点(S1、S2、S3、S4), 产物送测序, 分析CRISPR的重复序列和间隔序列。结果 志贺菌的4个CRISPR位点阳性率分别为33. 69%(S1)、50.00%(S2)、82.69%(S3)和73.08%(S4);S1和S3包括2种亚型, S2有3种亚型, S4包括4种亚型。2004年前分离的河南分离株中检出S1位点, 2004年后分离的菌株中均未检出该位点;S2、S3和S4在两组的分布没有差异。结论 志贺菌各CRISPR位点含有不同亚型, 河南分离株S1的分布与细菌分离时间有关, 而S2、S3 及S4和分离时间无关。     

CRISPR1上游侧翼序列用于大肠埃希菌和志贺菌鉴定的效果评价

目的 探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列（CRISPR）1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。方法 通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因（CRISPR-associated,cas）,并分析其种系;选取CRISPRs上、下游各500 bp侧翼序列,使用Clustal X进行序列比对;采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列,以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。结果 73.4%（149/203）的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统,包含了A、B1、D种系;8.4%（17/203）的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2%（35/203）的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas,这2种大肠埃希菌均属于B2种系;9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas。在大肠埃希菌（B2种系外）、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌（B2种系）各存在61 bp侧翼序列,序列一致性为99%,且有种属特异性,PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均>91%。结论 基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌,且具有很好的效果。     

志贺菌对氟喹诺酮的耐药机制及流行状况研究

目的：研究志贺菌对氟喹诺酮的耐药机制及其流行状况。方法：对氟喹诺酮耐药志贺菌的gyrA基因和parC基因进行扩增、测序，查找突变点；用重复基因外回文序列-聚合酶链式反应（REP-PCR）对志贺菌进行基因分型。结果：两株耐氟喹诺酮的菌株都存在gyrA基因87位Asp（GAC）→Asn（AAC）和177位Gly（GGT）→Ser（AGT）的点突变，一株另有120位Met（ATG）→Leu（CTG）、203位Ile（ATC）→Leu（CTC）、204位Ser（AGC）→Thr（ACC）和205位Ile（ATT）→Leu（CTT）的点突变，另一株还有204位Set（AGC）→Ile（AAC）的点突变。除87位点突变外，其余突变位点均未见报道。parts基因未发现点突变。REP—PCR基因分型结果提示16株宋内志贺菌有7种指纹图谱，12株福氏志贺菌有两种指纹图谱。结论：两株志贺菌对氟喹诺酮耐药是由gytA基因点突变所致，耐药表型对突变的类型有一定的预见性，但耐药程度与突变频率的相关性不确定。2004年夏秋季武汉地区散发流行的志贺菌有相同或相似的克隆，血清型单一的宋内志贺菌存在基因多样性，福氏志贺菌中f2a比f4c的遗传多样性高。REP—PCR是一种快捷有效的基因分型法，可用于志贺菌同源性分析及暴发流行时的追根溯源。     

福氏志贺菌血清型单重PCR鉴定方法的建立及应用

目的 建立基于O抗修饰基因的福氏志贺菌血清型PCR鉴定方法.方法 根据福氏志贺菌O抗原合成及修饰特异基因设计引物,以常见的14种福氏志贺菌血清型(包括1a、1b、1c、2a、2b、3a、3b、4a、4b、5a、Y、X、Xv和F6)为标准菌株,建立福氏志贺菌血清型单重PCR鉴定方法;并以痢疾志贺菌、宋内志贺菌、鲍氏志贺菌和腹泻相关的其他菌属菌株验证特异性;应用该方法对106株福氏志贺菌临床分离株进行PCR血清分型.结果 建立一种福氏志贺菌血清型单重PCR鉴定方法,通过8个PCR反应,能够鉴定目前已知的15种血清型中的14种(Xv除外).检测灵敏度在10 pg至1 ng DNA(20μl反应体系).对106株福氏志贺菌临床分离株的检测结果提示,PCR分型方法与玻片凝集法具有很高的一致性.结论 本研究建立的福氏志贺菌血清型单重PCR鉴定方法具有特异性、灵敏性,可用于临床检测.     

结核分枝杆菌对环丝氨酸耐药分子特征的初步研究

目的 探讨结核分枝杆菌对环丝氨酸耐药性与alrA、ddlA和cycA基因突变的关系,分析环丝氨酸耐药与基因型的关联性。方法 从菌株库中选取145株临床分离株,采用比例法测定菌株对环丝氨酸耐药表型、微孔板刃天青显色法测定最小抑菌浓度,PCR扩增、DNA直接测序法测定目的基因全长,与标准菌株H37Rv比对。间隔区寡核苷酸基因分型（spoligotyping）进行菌株基因型鉴定,分析耐药表型与基因型的关系,采用χ²检验分析差异有无统计学意义。结果 145株临床分离株中,环丝氨酸耐药菌株为24株,敏感株为121株。24株耐药菌株中,3株（12.5%）发生cycA非同义突变,涉及的密码子为188位、318位和508位,1株（4.2%）发生alrA非同义突变,涉及密码子为261位。敏感菌株的目的基因中仅检出同义突变。药敏试验证实,突变株的最小抑菌浓度均有不同程度的升高。北京基因型为88株,环丝氨酸耐药率为20.5%（18/88）,非北京基因型为57株,环丝氨酸耐药率为10.5%（6/57）,两者耐药率差异无统计学意义（χ²=2.47,P>0.05）。结论 alrA和cycA单核苷酸非同义基因突变可能是环丝氨酸耐药的机制之一。尚不能确定北京基因型或非北京基因型菌株与环丝氨酸耐药有相关性。     

一起由宋内志贺菌引起的寄宿学校细菌性痢疾暴发病原学和流行病学分析

目的 对安徽省阜阳市某寄宿学校感染性腹泻暴发开展流行病学调查与病原学分析,为有效控制和处置疫情提供科学依据。方法 根据病例流行病学特征对2017年9月13-15日发病病例溯源假设进行检验,采集患者和厨师粪便、肛拭子、水样和食堂食品等进行致病菌分离与检测,对可疑致病菌进行生化鉴定、毒力基因检测、药敏试验、PFGE和多位点序列分型。结果 浅水井供水范围内宿舍楼的罹患率（3.41%）高于深水井（0.98%）,差异有统计学意义（χ²=17.215,P<0.001）。从患者样品中分离到16株宋内志贺菌,均携带ipaH基因且不携带set1基因,其中7株携带sen基因和ial基因。16株宋内志贺菌对氨苄西林、四环素、复方新诺明、头孢唑啉、头孢噻肟、庆大霉素、萘啶酸、链霉素高度耐药,9株宋内志贺菌对多西环素耐药。16株宋内志贺菌的PFGE带型相似度为100.0%,ST型均为ST152。结论 本次细菌性痢疾暴发的病原为宋内志贺菌,浅水井水可能为感染来源。     

志贺菌敏感株诱导耐药与marOR基因突变关系

目的对志贺菌敏感株进行诱导使其耐多药,研究其诱导耐药前后marOR基因的差异。方法用4类抗生素的次抑菌浓度对临床分离鉴定的志贺菌敏感株进行诱导耐多药试验。对志贺菌敏感株及诱导耐多药株的marOR基因进行聚合酶链反应(PCR)扩增后,测序比较其诱导耐药前后marOR基因序列的差异。结果成功获得志贺菌诱导耐多药株,命名为YD株;其最小抑菌浓度(MIC)分别为初始菌株的6～8倍;该诱导耐药株对庆大霉素、诺氟沙星、磺胺甲基异恶唑、头孢噻吩等均耐药;测序结果发现诱导耐药株marOR基因YD株有6个位点出现突变,其中5个为同义突变,1个为错义突变(1630位点A→G,赖氨酸→精氨酸)。结论 marOR基因的突变可能是志贺菌诱导耐药的调控机制之一。     

北京市2010-2020年多重耐药肯塔基沙门菌流行特征分析

目的 了解北京市肯塔基沙门菌临床分离株的流行情况、耐药水平及分子特征。方法 对2010-2020年分离的22株肯塔基沙门菌采用微量肉汤稀释法进行抗生素药物敏感性检测;全基因组测序进行多位点序列分型、基因组岛和耐药基因识别。采用PFGE分析菌株的分子流行病学特征。结果 22株菌对8~22种抗生素耐药,尤其是对环丙沙星、阿奇霉素和头孢菌素类等都表现为超高水平的多重耐药。21株菌超广谱β-内酰胺酶表型阳性。全基因组序列分析显示,22株肯塔基沙门菌均为ST198,携带SGI1-K基因组岛。所有菌株均有耐药基因tetA、sul1、qacE,喹诺酮耐药决定区gyrA基因存在2个突变位点（S83F、D87 N）、parC基因存在3个突变位点（T57S、S80I、T255S）。β-内酰胺类相关耐药基因（blaCTX-M-55、blaCTX-M-14b、blaTEM-141、blaTEM-206、blaTEM-209、blaTEM-214、blaTEM-1B）、氨基糖甙类耐药相关基因[aac（3）-Id、aac（3）-IId、aac（6''）-Iaa、aadA7、aadA17、aph（3''）-Ia、aph（3''）-Ib、aph（6）-Id、rmtB]以及floR、dfrA14、mphA和qnrS1等基因在不同年代菌株间存在明显差异。PFGE图谱分析显示,22株菌株之间相似性>85%,与全球广泛传播的ST198-X1流行株高度同源,在传播扩散过程中,耐药谱和PFGE图谱都发生了变化,分为两大聚类簇。结论 北京市流行的肯塔基沙门菌为多重耐药的ST198-X1-SGI-1K国际流行株,自2016年以来保持低水平流行,引起散发感染病例和聚集性腹泻事件。对氟喹诺酮类、ESBL和阿奇霉素等耐药严重,应加强多重耐药肯塔基沙门菌的监测。     

Les enquêtes cas–cohorte

In this paper, we present the main tools for conception, implementation and analysis of case–cohort surveys. In particular, we describe the classical weighted estimators, the weighted approach recently suggested by Breslow et al. and the multiple imputation approach, an alternative to weighted analysis of case–cohort data. Variance estimators are also described. We show how to obtain the subcohort size. Finally, we mention the functions and procedures available in R, SAS and Stata software and we illustrate their implementation using simulated subcohorts from the PRIME cohort.     

Vingt-deux cas de cryptococcose neuromeningée en Tunisie

Neuromeningeal cryptococcosis is a serious infection witch occurs essentially in immunodepressed patients and especially AIDS patients. We report 22 cases of cryptococcosis meningitis confirmed by the parasitology laboratory, in the Tunis Rabta hospital, over a 16-year period. Sixteen patients were HIV infected and six were not HIV infected. The clinical examination documented fever and headache as well as focal neurological signs especially in HIV infected patients. The mycological examination of CSF proved the diagnosis of neuromeningeal cryptococcosis in all cases. The first line treatment was Amphotericin B in 13 cases, Amphotericin B and 5Fluorocytosine in three cases, and fluconazole in six cases. 14 patients died, seven recovered, and one was lost to follow-up.