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相似文献
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1.
目的增强实验室对突发发热疫情的快速诊断能力,完善、优化聚集性发热的病原检测方法。方法采用多重巢式PCR扩增法,对1起聚集性发热疫情样本进行病原筛查,同时对扩增产物测序,进行BLAST比对,进行血清型分型,比较不同引物的扩增效果。结果采集7份病例咽拭子标本,以呼吸道病毒核酸多重联检试剂盒进行14种病毒筛查,其中4份为腺病毒阳性,阳性率为57.1%。采用3组巢式引物进行扩增,腺病毒阳性样本6份,均为腺病毒3型;测序成功的5株核苷酸、蛋白质序列同源性均为100.0%。第3组巢式引物扩增、分析效果较好,阳性率为71.4%。结论成品试剂盒可进行不明原因发热疫情的病原筛查;多重巢式PCR扩增法可增加病毒检出率,对病毒分型和序列分析。  相似文献   

2.
目的了解杭州市2008年和2011年肠道病毒71型(EV71)流行株VP1基因特征。方法手足口病患者咽拭子、粪便等样本先通过荧光RT-PCR方法初筛,然后选部分肠道病毒71型阳性样本进行病毒分离、培养;通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定上述培养物,并扩增VP1区全长基因和序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建基因进化树。结果从2008年和2011年手足口样本中分离到EV71阳性毒株各4株,VP1基因全序列测定结果显示其与C4亚型代表株核苷酸和氨基酸的相似性最高,分别为93.8%~95.2%、99.0%~99.7%。结论杭州市手足口病患者感染EV71病毒的流行株属C基因型的C4亚型。  相似文献   

3.
目的了解湖州市HIV-1型流行毒株的基因型分布情况,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法采集204份HIV-1型抗体阳性的全血标本,从样本中提取病毒RNA,采用巢式PCR方法扩增病毒gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA 4.0软件进行系统进化分析。结果 204份标本有138份样品扩增出HIV-1的gag基因片段,共存在4种HIV-1亚型和重组型。其中CRF07_BC重组亚型74株(53.62%)、CRF01_AE重组亚型40株(28.99%)、B亚型12株(8.69%)、CRF08_BC重组亚型12株(8.69%)。异性、同性性传播以CRF07_BC和CRF01_AE为主;注射吸毒传播以CRF07_BC为主。结论湖州市不同感染人群中主要存在4种基因亚型,CRF07_BC已成为湖州市不同感染人群中HIV主要流行亚型,重组型毒株占优势,应加强对HIV-1流行毒株亚型变异的监测,及时调整防控策略。  相似文献   

4.
武汉市美沙酮门诊治疗者丙型肝炎病毒基因分型   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的 探讨武汉市美沙酮门诊治疗者丙型肝炎病毒(HCV)及不同基因型感染状况.方法 用酶标记免疫(ELISA)法检测抗-HCV抗体,在86份抗-HCV抗体阳性的血清标本中,分别提取HCV RNA,通过逆转录巢式聚合酶链反应(RT-nested PCR)扩增C基因的羧基至E1基因的氨基端长度为474 bp的片段,测定其核苷酸序列,与GenBank中已知的HCV序列进行系谱分析,确定HCV基因型.结果 武汉市美沙酮门诊332名治疗者中抗-HCV IgG阳性率为94.3%;其中86份血清的HCV序列通过系谱显示6a型71例,占82.5%;3b 7例,占8.2%;1a 5例,占5.8%;1b 3例,占3.5%.结论 武汉市美沙酮门诊入组的吸毒者HCV感染以6a型为优势株,其次为3b,吸毒者中HCV感染率较高,且基因亚型呈现多样性.  相似文献   

5.
2009年河南肠道病毒71型VP1基因特征分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的了解河南省2009年肠道病毒71型(EV71)流行株VP1基因特征。方法采用RT-PCR方法从手足口病患者粪便、咽拭子样品中扩增VP1区全长基因和序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建序列遗传发育树。结果 262份样品中,VP1基因RT-PCR扩增鉴定结果显示111份样品阳性,选取其中20份样品进行VP1基因全序列测定,结果显示其与C4亚型代表株核苷酸同源性为90.8%~93.6%,氨基酸同源性为94.0%~99.3%。结论河南省手足口病患者感染EV71病毒的流行株属C基因型的C4亚型。  相似文献   

6.
目的研究长春市双阳区鼠类中汉坦病毒感染情况及其基因分型。方法收集2011年双阳地区捕获鼠类,取鼠肺组织,用间接免疫荧光检测,阳性标本进行汉坦病毒M片段扩增并测序,与其他毒株进行相似性比对及系统树分析。结果收集100份鼠肺,经IFA检测到1份阳性,阳性率为1%,对其进行逆转录巢式PCR扩增,结果为汉城(SEO)型HV,与代表株进行相似性比较发现,SY-4部分M基因片段序列与其他SEOV核苷酸相似性为95.4%~99.7%,氨基酸序列相似性为99%~100%。系统树显示,该序列属S3亚型。结论本次获得HV是SEO型,亚型为S3亚型。  相似文献   

7.
目的研究2012年5月-2013年4月肠道病毒71型(EV71)流行病学特征及VP1区基因型特征,为该地区手足口病的防治提供科学参考。方法用实时荧光PCR(FQ-PCR)方法对手足口病患儿咽拭子标本进行检测,对EV71阳性样本通过RT-PCR方法扩增VP1区全长基因,将扩增产物进行序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建遗传进化树。结果 196例EV71感染患儿男124例,女72例,男女比例为1.72∶1,年龄以3岁以下为主,占93.9%;3~6月份为高发月份;6株来源于不同疾病程度的样本测序成功,6株EV71 VP1基因间的核苷酸相似性为96.0%~99.7%,氨基酸相似性为94.6%~100.0%,来源不同疾病程度的EV71 VP1基因未发现特异性核苷酸变异;在系统进化树上,均与C4a亚型代表株处于同一分支,核苷酸相似性为96.0%~98.6%,氨基酸相似性为98.0%~99.6%。结论手足口病患儿感染EV71以3岁以下的婴幼儿为主,在3~6月份多发,男性感染高于女性;EV71流行株属肠道病毒71型C基因型的C4亚型,VP1基因与疾病的严重程度无明显关联。  相似文献   

8.
目的了解2007—2012年广东省内HIV-1感染的静脉吸毒者(IDUs)中HCV基因型的种类和亚型分布情况。方法对2007—2012年HIV-1抗体阳性IDUs样本进行HCV抗体检测,对HCV抗体阳性样本提取RNA,用反转录巢式聚合酶链反应方法扩增HCV核心基因Core片段和非结构基因NS5B片段,目的片段测序后通过分子系统发育树进行基因型分析。结果 209份样本分别来自惠州、东莞、阳江、云浮、清远、佛山、中山和江门,以阳江和东莞为主,占36.84%(77/209),以男性为主,占93.78%(196/209),年龄在18~49岁之间。HCV抗体阳性166份,阳性率为79.4%。进化树显示样本序列分别与标准株1a、1b、2a、3a、3b和6a等6种亚型聚集在一起,la、lb、2a、3a、3b、6a基因亚型构成比分别为10.6%、9.9%、1.4%、22.7%、11.3%、44.0%。结论 6a是广东省内被检测HIV-1感染IDUs中HCV主要流行亚型,其次为3a亚型。  相似文献   

9.
目的 分析中山市6例疑似麻疹疫苗相关病例的病原学特征。 方法 采集中山市2014-2015年6例疑似麻疹疫苗相关病例咽拭子样本并提取核酸,采用巢式PCR法扩增麻疹病毒核蛋白(N)基因羧基末端450个核苷酸片段并测序,分析其与世界卫生组织(WHO)参考株、麻疹病毒中国疫苗株沪191(Shanghai191,S191)基因的亲缘关系、核苷酸与氨基酸序列相似度。 结果 6份样本中,2份未检出核酸,4份检出核酸,序列比对结果示3株病毒核苷酸、氨基酸序列相似度均为100%,与S191株相比,核苷酸序列和氨基酸序列相似度也为100%,属于A基因型;1株病毒与Chin9322-H1a株相比,核苷酸序列相似度为97.7%,氨基酸序列相似度为96.6%,为H1a基因型。 结论 3例病例为疫苗株感染,1例为野毒株感染。  相似文献   

10.
目的:扩增2009年镇江市肠道病毒71型(EV71)vp1基因的核苷酸序列,同相关毒株序列进行同源性比对和进化分析,以了解2009年镇江市肠道病毒71型的基因组序列特征及可能的传播来源。方法:采集临床手足口病(HFMD)患者咽拭子标本,抽提病毒RNA,通过巢式PCR扩增肠道病毒71型vp1基因的核苷酸序列。利用Clustal X和MEGA5.0分析软件,进行同源性分析和构建系统发生树。结果:序列进化分析表明,测序获得的11株病毒基因与C基因型代表株比较接近,尤其与C4基因亚型最为相近,并且可进一步划分为C4a进化枝。说明本文的11株病毒皆属于EV71病毒C基因型、C4a亚型。结论:2009年镇江市的EV71病毒株可能与阜阳分离的EV71病毒有相同的起源,均属于C4a亚型,并且C4a亚型的EV71病毒在中国大陆有较广泛的分布和传播。  相似文献   

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