基于第12节段基因序列的版纳病毒分子遗传进化分析

目的 了解自1980-2012年在世界各地分离的版纳病毒分子遗传进化特征。方法 采用多种生物信息学分析方法,对1980-2012年我国及世界各地分离的版纳病毒进行基于第12节段基因序列的系统进化、分子溯源分析。结果 版纳病毒的共同进化祖先出现时间为315（95% HPD：63～619）年前,第12节段的进化速率为2.33×10^-3（95% HPD：2.84×10^-4～8.52×10^-3）碱基替换/位点/年,提示版纳病毒属于新发快速进化的虫媒病毒。结论 版纳病毒属于快速进化的新发虫媒病毒,其地域分布范围进一步扩大且已经分化出新的病毒变种,应加强对该病毒在自然界分布及其致病性的监测。     

首次从老挝蚊虫标本中检测到版纳病毒

目的对中国-老挝边境口岸地区云南省勐腊县和老挝勐新县采集的蚊虫标本进行版纳病毒检测。方法2009年8月在勐腊县、勐新县人房和畜圈采集蚊虫标本,从蚊虫研磨液中提取RNA,用RT-PCR方法扩增版纳病毒第3、5、7、9、l1、12节段序列,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测核酸扩增阳性标本的基因组带型,利用MEGA 4软件进行系统进化分析。结果共检测蚊虫标本80批,其中3批老挝标本扩增到版纳病毒第3、7、11节段核酸序列,聚丙烯酰胺凝胶电泳显示3个阳性分离物的基因组均为12条带双链RNA,系统进化分析显示3个老挝版纳病毒分离物位于2个进化分支,其中1株与越南分离株关系最近。结论首次从老挝蚊虫标本中检测到版纳病毒,老挝分离株与中国、越南分离株之间发生了基因重配。     

云南省一株版纳病毒的分离和鉴定

目的 对2008年在云南省勐腊县采集的蚊虫进行版纳病毒(BAV)分离和鉴定.方法 2008年7月在勐腊县南嘎村人房和畜圈采集蚊虫标本,用细胞培养法进行虫媒病毒分离并鉴定,测定分离到的BAV第5、8及11节段序列,利用MEGA4软件进行系统进化分析.结果 共采集到蚊虫7种1731只,分离到1株导致C6/36细胞产生规律病变的分离物,经血清学和分子生物学鉴定为BAV,系统进化分析显示第8节段和中国分离株关系最近,而第11节段和越南分离株关系最近.结论 系统进化分析提示该BAV毒株可能与越南分离株之间发生了基因重配.     

辽宁省部分地区2008年虫媒病毒分离鉴定

目的在辽宁省采集蚊虫标本进行病毒分离,了解虫媒病毒分布情况。方法2008年夏季在辽宁省丹东和锦州市采集蚊虫标本,利用C6/36和BHK-21等细胞分离病毒;对新分离病毒利用血清学、分子生物学和生物信息学方法进行鉴定。结果在辽宁省丹东和锦州市共采集蚊虫标本3属5种9296只,包括库蚊属的三带喙库蚊、淡色库蚊,伊蚊属的刺扰伊蚊、背点伊蚊和按蚊属的中华按蚊。从蚊虫标本中共得到4株病毒分离物,其中1株为乙型脑炎(乙脑)病毒(丹东市的三带喙库蚊),2株为版纳病毒(锦州市的中华按蚊),1株为辽宁病毒和版纳病毒混合(锦州市的中华按蚊)。新分离乙脑病毒属于基因Ⅰ型乙脑病毒,E基因编码病毒毒力和抗原表位的位点未发生改变。结论在辽宁省再次分离到乙脑病毒,并首次证明辽宁省存在辽宁病毒。     

小儿急性呼吸道感染与人博卡病毒相关性的研究

目的:了解小儿急性呼吸道感染与人博卡病毒(Human Bocavirus,HBoV)的相关性。方法:对2008年1～5月在长春市儿童医院住院的1007例急性呼吸道感染患儿鼻咽深部分泌物样本用PCR扩增的方法进行HboV NS1基因检测。随机选取8例HBoV阳性产物进行测序,并将测到的序列与GenBank中的基因序列和HBoV阳性病例的临床资料进行分析。结果:1007例标本共检测出44例HBoV阳性,阳性率为4.37%,其中急性上呼吸道感染、急性支气管炎、毛细支气管炎和支气管肺炎患儿人博卡病毒阳性检出率分别为1.29%(2/155)、5.71%(2/35)、8.70%(2/23)和4.79%(38/794)。HboV急性呼吸道感染的年龄分布为1岁以下39例,占88.64%;1岁以上5例,占11.36%;男女性别比值是1.75∶1;临床表现咳嗽伴喘憋占97.56%,咳嗽伴腹泻占34.14%,入院时体温升高占54.55%,肺部听诊闻及干和/或湿性罗音者占95.12%,X线胸片片状影占87.80%,病程平均为13.79天。结论:人博卡病毒是引起小儿急性呼吸道感染的病原之一;HboV所致呼吸道感染部位多在下呼吸道;感染患儿以1岁以内婴儿为主。     

儿童下呼吸道博卡病毒混合感染的临床分析

目的 研究博卡病毒混合感染对儿童急性下呼吸道感染临床特征的影响,分析其高危因素。方法 收集2017年11月-2019年10月苏州大学附属儿童医院呼吸科因急性下呼吸道感染住院儿童的鼻咽分泌物标本3 350例,进行呼吸道多病原学检测。结果 3 350例标本中博卡病毒(hBoV)阳性167例(5.0%),其中hBoV单纯感染102例(61.1%),混合感染65例(38.9%),混合感染主要病原有病毒26例(15.6%)、肺炎支原体16例(9.6%)、细菌11例(6.6%)、混合2种以上病原12例(7.2%)。hBoV单纯感染、hBoV混合病毒、hBoV混合支原体、hBoV混合细菌和hBoV混合2种以上病原各组在咳嗽、喘息、发热、呼吸困难、肺部啰音、住院时间等方面比较,差异均无统计学意义(P＞0.05)。hBoV混合细菌感染组发生重症肺炎的比例高于hBoV混合病毒及hBoV混合支原体感染组(χ²=15.648, P＜0.05)。Logistic回归分析显示入院前病程＞7 d是混合感染的独立危险因素(OR=1.040, 95%CI:1.002~1.079)。结论 hBoV有较高的混合感染率。hBoV混合细菌感染可能会加重病情。入院前病程＞7 d的患儿应警惕hBOV混合感染。     

辽宁省部分地区2006年虫媒病毒分离鉴定

目的 调查辽宁省虫媒病毒的种类及分布.方法 2006年8月在辽宁省沈阳市、营口市、盘锦市、锦州市和丹东市采集蚊虫标本,利用组织细胞培养分离病毒,对病毒分离物进行血清学和分子生物学鉴定.结果 5个市共采集蚊虫标本5410只,分离到8株阳性分离物,经鉴定其中3株(LN0684、LN0688、LN0689)为版纳病毒,1株(LN0636)为甲病毒属盖塔病毒,另外4株尚在鉴定.新分离的版纳病毒与我国此前的分离株处于同一个进化簇,核苷酸同源性91.2%～94.7%.新分离的盖塔病毒与韩国分离株(swine)在一个进化枝上,核苷酸同源性为99.2%,与俄罗斯分离株、中国大陆分离株及台湾分离株的核苷酸同源性在95%～99%之间.结论 2006年在辽宁省分离到3株版纳病毒、1株盖塔病毒和4株未知虫媒病毒.版纳病毒、盖塔病毒为辽宁省首次分离;盖塔病毒核苷酸同源性和韩国分离株最近.     

云南省东北等地区蚊虫及蚊媒病毒调查研究

目的了解滇东北等地区蚊虫及蚊传虫媒病毒分布特点,为虫媒病毒病防治提供科学依据。方法2009年在滇东北等地区的6个县采集蚊虫标本;蚊虫经分类鉴定后,用细胞培养法分离病毒,对病毒分离物进行分子生物学鉴定。结果共采集到4属（库蚊、按蚊、阿蚊、伊蚊）24种18562只蚊虫,其中三带喙库蚊、中华按蚊为主要蚊种,构成比分别为58．37％和28．45％;从蚊虫标本中分离到15株病毒,经分子生物学鉴定,其中2株（YN0911和YN0967）为基因I型流行性乙型脑炎（乙脑）病毒,均分离自三带喙库蚊;1株（YN0922）为版纳病毒,分离自中华按蚊;12株为淡色库蚊浓核病毒,其中9株分离自三带喙库蚊,3株分离自中华按蚊。结论三带喙库蚊和中华按蚊为调查地区的优势蚊种,并携带乙脯病毒、版纳病毒和淡仁．库蚊浓核病毒：滇东北地区首次分离到乙腩病毒。     

新疆伊犁地区不同品种犬博尔纳病病毒自然感染调查

目的 调查新疆伊犁地区不同品种犬博尔纳病病毒(BDV)流行现状和分析其可能的种系来源.方法 采用改进的巢式反转录PCR(nRT-PCR)方法,检测犬外周血单核细胞(PBMCs)BDV磷蛋白(p24)RNA基因片段.用BDV核蛋白(p40)RNA片段和质粒PMD19标准品验证p24阳性产物,排除可能的假阳性.验证后的阳性产物进行基因测序、同源比对、氨基酸序列和系统发生学分析.结果 8个品种150只犬中,仅哈萨克牧羊犬检出BDV p24片段,阳性率为11.0%(10/91).基因序列与德国马He/80和德国绵羊S6病毒株同源相似度分别为99.2%和95.7%,氨基酸相似度为100%和89.3%,亲缘关系与He/80最近,其次为S6.结论 新疆伊犁地区哈萨克牧羊犬可能存在BDV自然感染,其流行株与该地区伊犁马感染的He/80和引进德国美利奴绵羊的S6病毒株有关.     

首次从阿拉山口口岸地区沙鼠中检测到博卡病毒

目的掌握中国-哈萨克斯坦边境阿拉山口口岸地区鼠类携带博卡病毒情况,为中哈边境口岸鼠传疾病的防控提供技术支持。方法 2016年3-11月,采用夹夜法、弓形夹法在中哈边境铁路沿线区域开展鼠类监测,利用巢式PCR法对95份鼠类样本进行博卡病毒检测。结果共捕获鼠类300只,隶属8属12种,其中大沙鼠为优势鼠种。首次从1只大沙鼠和1只红尾沙鼠的肺脏样本中检测到博卡病毒核酸,阳性率为2.11%;2个博卡病毒NS1基因序列同源性为99.5%,在遗传进化树中单独聚为一支。结论中哈边境阿拉山口铁路沿线区域鼠类存在博卡病毒感染,应加强该区域鼠类监测,保障口岸公共卫生安全。     

Isolation and molecular characterization of Banna virus from mosquitoes, Vietnam

We isolated and characterized a Banna virus from mosquitoes in Vietnam; 5 strains were isolated from field-caught mosquitoes at various locations; Banna virus was previously isolated from encephalitis patients in Yunnan, China, in 1987. Together, these findings suggest widespread distribution of this virus throughout Southeast Asia.     

我国蝙蝠携带新发现病毒的研究进展

蝙蝠是多种新发现病毒的自然储存宿主.近几年的调查研究表明,我国蝙蝠中广泛存在新型SARS样冠状病毒及其他多种类型冠状病毒的自然感染,还从蝙蝠中检测或分离到新型轮状病毒、肝炎病毒、汉坦病毒、腺病毒、呼肠孤病毒和副粘病毒等多种重要病毒以及埃博拉病毒和尼帕病毒抗体.现就我国自然界蝙蝠携带新发现病毒的研究进展做一综述.     

Molecular evolution of emerging Banna virus

Banna virus (BAV) is an emerging pathogen that causes human viral encephalitis and has been isolated from types of blood-sucking insects and mammals in Asia. However, there are no reported systematic studies that describe the origin and evolution of BAV. Here, a phylogenetic analysis of BAVs isolated from a variety of potential vectors and vertebrate hosts worldwide revealed that BAVs emerged in the beginning of the 20th century and do not exhibit a species barrier. The mean substitution rate of BAVs was 2.467 × 10^− 2 substitution/site/year (95% HPD, 1.093 × 10^− 3 to 5.628 × 10^− 2). The lineage is mainly composed of BAVs from high-latitude regions, which are the most recently emerged viruses with significantly higher substitution rates compared with the lineage comprised of the isolates from middle or low-latitude regions. The genetic differences between BAV strains are positively correlated with the geographic distribution. Strains from the same latitude regions are almost 100% identical, whereas the differences between strains from long distance regions with different latitudes could be > 60%. Our results demonstrate that BAV is an emerging virus at a stage that involves rapid evolution and has great potential for introduction into non-endemic areas. Thus, enhanced surveillance of BAV is highly recommended worldwide.     

Fever versus fever: The role of host and vector susceptibility and interspecific competition in shaping the current and future distributions of the sylvatic cycles of dengue virus and yellow fever virus

Two different species of flaviviruses, dengue virus (DENV) and yellow fever virus (YFV), that originated in sylvatic cycles maintained in non-human primates and forest-dwelling mosquitoes have emerged repeatedly into sustained human-to-human transmission by Aedes aegypti mosquitoes. Sylvatic cycles of both viruses remain active, and where the two viruses overlap in West Africa they utilize similar suites of monkeys and Aedes mosquitoes. These extensive similarities render the differences in the biogeography and epidemiology of the two viruses all the more striking. First, the sylvatic cycle of YFV originated in Africa and was introduced into the New World, probably as a result of the slave trade, but is absent in Asia; in contrast, sylvatic DENV likely originated in Asia and has spread to Africa but not to the New World. Second, while sylvatic YFV can emerge into extensive urban outbreaks in humans, these invariably die out, whereas four different types of DENV have established human transmission cycles that are ecologically and evolutionarily distinct from their sylvatic ancestors. Finally, transmission of YFV among humans has been documented only in Africa and the Americas, whereas DENV is transmitted among humans across most of the range of competent Aedes vectors, which in the last decade has included every continent save Antarctica. This review summarizes current understanding of sylvatic transmission cycles of YFV and DENV, considers possible explanations for their disjunct distributions, and speculates on the potential consequences of future establishment of a sylvatic cycle of DENV in the Americas.     

Delta hepatitis virus infection in ethiopia

The results of Hepatitis Delta virus (HDV) antibody determinations carried on 566 HBsAg positive serum samples from a population of 5270 Ethiopian military recruits are reported.The prevalence of anti-HDV among apparently healthy HBsAg carriers was 5.8%. The prevalence increases with age within the available range (18–30 years). Differences might exist by area of origin and ethnic groups. The distributions of HBV markers was similar in anti HDV positive and anti HDV negative individuals, possibly due to the relatively young age of the population and/or the hyperendemic condition of the area.Corresponding author.     

湖北省部分地区2009年蚊传虫媒病毒调查

目的调查湖北省部分地区蚊传虫媒病毒种类和分布状况。方法 2009年夏季在湖北省黄冈市武穴市和咸宁市通城县采集蚊虫标本,用组织培养法分离病毒,用血清学和分子生物学方法对阳性病毒分离物进行鉴定,利用生物信息学软件对新分离病毒进行序列同源性和系统进化分析。结果采集到3属5种9424只蚊虫标本,阳性4株(HBTC0913、HBTC0917、HBTC0919和HBTC0921),经血清学和分子生物学鉴定均为版纳病毒;版纳病毒第12节段分子进化分析显示,4株新分离版纳病毒与中国北京、云南和内蒙古地区以及越南的分离株处于同一亚群,而印度尼西亚分离株处于另外一个进化群中;新分离株与其他分离株相比,第12节段编码区核苷酸同源性为87.2%～89.8%,氨基酸同源性为86.1%～90.9%。结论在湖北省分离到版纳病毒,与中国云南毒株YN6的进化关系较近。