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1.
TaqMan荧光定量RT-PCR快速检测登革1、2型病毒   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 建立特异、灵敏、快速的荧光定量RT—PCR方法用于检测登革1、2型病毒核酸,并初步应用于登革热的临床标本检测。方法 根据GenBank登录的登革热毒株序列。应用生物学软件进行序列比对,分别在登革病毒1型的NS5基因和2型的C基因的保守区设计特异性引物和TaqMan探针。对荧光定量RT—PCR反应条件进行优化,验证该方法的特异性、灵敏度和稳定性。同时对疑似登革热病例血清标本进行检测。结果 该方法对登革1、2型病毒的检测有高度的特异性,与登革病毒的4个血清型之间以及流行性乙型脑炎病毒、肾综合征出血热病毒等均无交叉反应,检测的灵敏度均达0.1TCID50,可从疑似登革热病例血清标本中直接检测登革病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3h左右。结论 本研究建立的TaqMan荧光定量RT—PCR是一种快速检测登革1、2型病毒特异、敏感的方法,适用于临床早期诊断。  相似文献   

2.
目的研制能同时检测6种口岸重要虫媒病毒的微孔膜芯片。方法针对包括1—4型登革病毒、乙型脑炎病毒、西尼罗病毒、黄热病毒、基孔肯雅病毒和裂谷热病毒等6种虫媒病毒,选择合适的保守基因,设计特异性的PCR引物(5’端标记生物素)和检测探针,通过参数优化建立单管多重RT—PCR扩增体系;然后按每个阵列5X5的格式,并确保点样区域为96孔板的微孔大小,将探针喷点到处理后的尼龙膜上,通过条件优化建立稳定的PCR产物与固化探针的杂交体系;采用碱性磷酸酯酶标记链亲和素和化学显色底物NBT/BCIP来检测特异性的PCR杂交产物。选取2012年1—6月份从口岸输入的疑似登革热发热病例的临床血清标本,提取RNA后,直接采用本研究建立的微孔膜芯片进行未知虫媒病毒的快速检测。结果用1~4型登革病毒、乙型脑炎病毒、西尼罗病毒和基孔肯雅病毒等7种毒株、1种黄热病毒疫苗株和1种裂谷热病毒核酸体外转录的RNA模板验证已建立的微孔膜芯片,获得比较特异和稳定的实验结果。应用该研究建立的方法,从3份疑似登革热发热病例的临床血清标本中检出了1例登革1型病毒和2例登革2型病毒,与实时荧光PCR检测结果相符。结论该研究建立的6种虫媒病毒微孔膜芯片检测方法,具有快速、准确、自动化和高通量等特点,为快速应对口岸输入性发热病例提供了非常有价值的检测手段,也为进一步开发更多指标的病原体检测方法提供良好的示范作用。  相似文献   

3.
目的:建立特异敏感的热速检测流感病毒的分子生物学方法。方法:用多重逆转录聚合酶链反应连接多重聚合酶链反应扩增甲1、甲3和乙型流感病毒的HA基因的HA1片段。根据扩增产物的大小检测流感病毒。结果:以流感病毒的HA基因为模板设计的三对引物能特异性地扩增出942bp、1117bp和751bp的核酸片段,它们分别和甲1、甲3和乙型流感病毒有稳定对应关系。根据扩增产物的大小可以检测流感病毒。用这个方法能检测病毒浓度为0.1TCID50的样品。还可以直接从疑似流感病人的含漱液中检测到乙型流感病毒。结论:多重逆转录聚合酶链反应连接多重聚合酶链反应是检测流感病毒的特异敏感的方法,此法还能直接从疑似流感病人的含漱液中检测到乙型流感病毒。  相似文献   

4.
目的建立一种针对登革2型病毒(DENV-2)的快速、灵敏、特异的检测方法。方法从Gen Bank下载105株DENV-2病毒毒株全基因序列,应用生物软件Bioedit进行比对分析筛选出保守序列,在保守区域设计特异引物和探针,建立检测DENV-2的TaqMan荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法。结果该方法检测灵敏度达到102copies/μL;特异性验证中除登革2型病毒有明显扩增外,与墨累谷脑炎病毒、西尼罗病毒、蜱传脑炎病毒、登革病毒1、3、4型、黄热病毒和科萨努尔森林病毒、乙型脑炎病毒均无交叉反应。重复性实验结果表明该方法的组间和组内的变异系数(CV)均2%。对人工感染DENV-2的87只蚊虫标本进行比对实验,结果荧光定量RT-PCR检测出56份阳性,传统RT-PCR只检测出16份阳性,差异有统计学意义(χ~2=37.908,P=0.000)。结论 TaqMan荧光定量RT-PCR方法检测DENV-2,特异性强、敏感性高。  相似文献   

5.
目的 经生物信息学分析及实验验证,筛选登革病毒共有的特异性抗原片段,为其免疫学诊断试剂的研制奠定基础.方法 参考亲水性、抗原性、可塑性、表面可及性及二级结构信息,对登革病毒1-4型可能共有的特异性抗原表位进行系统的预测分析,分析其在不同毒株中的保守性,并对部分抗原表位进行高效原核表达,采用Western blot验证其反应原性.结果 利用pET32a原核表达系统对6种病毒(登革1-4型病毒、流行性乙型脑炎病毒、黄热病毒)部分可能的抗原片段进行了高效表达;经Western blot筛选,获得一段登革1-4型病毒共有抗原片段DV1-2,与实验中所用其它黄病毒属及甲病毒属多克隆抗体无明显的交叉反应.结论DV1-2为登革1-4型病毒共有的特异性抗原片段,可用于其免疫学诊断试剂的研制.  相似文献   

6.
目的建立特异、快速、灵敏的TaqMan实时荧光定量聚合酶链反应(TaqMan—based Real—timePCR)用于西尼罗病毒(WNV)核酸检测,为WNV的感染诊断和流行病学监测奠定技术基础。方法根据文献公开发表的WNV核酸检测引物和TaqMan探针,优选最佳引物探针。应用DNAWorks2.4在线软件设计8条寡核苷酸片段,基于PCR合成包含引物探针扩增区域的230个核苷酸作为WNV模拟核酸。并对TaqMan-based Real—timePCR条件进行优化,验证该方法的特异性、灵敏度。结果该方法对WNV核酸检测有高度特异性,与流行性乙型脑炎、登革热1~4型等虫媒病毒均无交叉反应,对构建的DNA检测灵敏度达100拷贝/反应。结论TaqMan—based Real—timePCR是一种快速检测WNV特异、敏感的方法,适用于WNV的早期感染诊断和流行病学监测。  相似文献   

7.
目的 建立特异敏感的快速检测含漱液中的流感病毒的分子生物学方法。方法 用多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应扩增甲1、甲3和乙型流感病毒HA基因的HA1片段,得到各病毒与特异性大小的扩增产物的对应关系。用同样的方法扩增含漱液中流感病毒的HA基因的HA1片段。根据这对应关系检测含漱液中的流感病毒。结果 以流感病毒的HA基因为模板设计的三对引物,用多重逆转聚合酶链反应能特异性地扩增出942bp、1117bp和751bp的核酸片段,它们分别和甲1、甲3和乙型流感病毒有稳定对应关系。用多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应扩增含漱液中流感病毒HA基因的HA1片段,根据扩增产物的大小检出含漱液中的乙型流感疾病。结论 多重逆转聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应能特异敏感地检出含漱液中的乙型流感病毒。  相似文献   

8.
目的 为了对2004年浙江省报告的输入性疑似登革热病例查明病因,从分子水平分析流行毒株的生物学特征,追踪传染源,为疾病的预防控制提供实验室依据。方法 对疑似患者血清标本采用ELISA、IFA和荧光RT—PCR方法分别检测登革病毒IgM、IgG抗体和病毒核酸,并用C6/36和BHK-21细胞分离登革病毒。采用RT—PCR方法扩增病毒E基因和NS1基因后分别进行序列测定,并与不同国家和地区的登革热毒株进行同源性和进化树分析。结果 从患者血清中检测到登革病毒IgM、IgG抗体和登革2型病毒核酸,并分离到登革2型病毒;浙江省登革2型病毒分离株(ZJ/01/04)与登革2型国际标准株Jamaica、国内Fujian/10/99株和Saudi/92株在E基因上氨基酸的同源性分别为97.1%、99.2%和99.6%,而与登革1、3、4型毒株相同区域氨基酸同源性分别为68.7%、66.9%和63.6%。基因进化树显示ZJ/OI/04分离株与Saudi/92株亲缘关系最近,在进化树的同一分支上。结论 从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该输入病例是由登革2型病毒引起,该毒株最有可能来源于沙特阿拉伯。  相似文献   

9.
目的建立登革1型病毒的快速特异的荧光定量PCR检测方法。方法设计登革1型病毒特异的引物和TaqMan探针,制作标准曲线,并检测其特异性、重复性、再现性和敏感性,采用荧光定量PCR和常规PCR对临床标本进行检测比较。结果成功构建了标准曲线,回归方程为Y=-3.410logX+45.10,相关系数R2=0.999,扩增效率Eff=96.5%,灵敏度可达103 copies/mL,此荧光定量PCR方法对登革1型病毒检测高度特异,与其他3型登革病毒和乙型脑炎病毒之间并无交叉反应;采用登革病毒种特异引物探针和本研究建立的登革1型病毒型特异引物探针对166份cDNA样本进行荧光定量PCR检测,均发现126份为阳性,阳性率均为75.9%,Ct值为20.84~36.36,浓度范围为1~1.3×104copy/μL;常规PCR方法检测到其中36份为阳性,阳性率为21.7%。结论荧光定量PCR方法能够快速灵敏地检测登革1型病毒,并能实现对病毒滴度的绝对定量。  相似文献   

10.
目的建立辛德比斯病毒的实时荧光RT-PCR检测方法。方法人工合成辛德比斯病毒特异性核酸序列作为阳性对照模板,设计实时荧光RT-PCR引物、探针并构建反应体系,对反应条件进行优化,验证该方法的特异性、灵敏度。结果建立的辛德比斯病毒实时荧光RT-PCR检测方法对辛德比斯病毒核酸检测有高度特异性,与1~4型登革病毒、流行性乙型脑炎病毒和基孔肯雅病毒均无交叉反应,检测灵敏度为103拷贝/反应。结论该方法灵敏度高、特异性强,适用于对辛德比斯病毒的快速检验。  相似文献   

11.
目的 对主要黄病毒结构蛋白的抗原表位情况进行系统分析,鉴别共同及特异性抗原表位并对可能的特异性抗原表位进行原核表达.方法 分别利用DNAStar及ANTHEPROT软件对登革病毒1~4型、流行性乙型脑炎(乙脑)病毒及黄热病毒E蛋白的亲水性、抗原性、可塑性、表面可及性和Garnier-Robson的二级结构进行分析,预测可能的抗原表位.在此基础上,根据表位位置和氨基酸序列的相似性,分析6种病毒的共有及特异性抗原表位,并参考GenBank中的序列信息,对预测的抗原表位进行比对,进一步分析抗原表位在不同病毒株中的保守性.然后利用pET32及pMAL-c2x系统对可能的特异性抗原表位进行高效原核表达、Western blot验证其抗原性.结果 经系统的生物信息学分析,共预测获得登革病毒1~4型、乙脑病毒及黄热病毒共有抗原表位15个,病毒特异性抗原表位47个.利用pET32及pMAL-c2x系统对6种病毒部分可能的特异性抗原表位进行了高效表达.Western blot结果显示登革病毒1型及2型表达抗原片段表现良好的抗原反应原性,并与试验中所用其他黄病毒及甲病毒多克隆抗体无明显的交叉反应.而所表达的登革病毒3型和4型、乙脑病毒及黄热病毒片段无抗原反应原性.结论 6条原核表达抗原片段经Western blot验证,获得登革病毒1型和2型特异性抗原片段.  相似文献   

12.
目的建立能同时检测登革热4种血清型的一步法多重荧光定量PCR检测方法,用于登革热病毒分型的早期实验室诊断。方法针对病毒Ⅰ~Ⅳ型使用优化的引物探针,调整反应温度和条件,稀释阳性样本,进行特异性、灵敏度、重复性检测,评估该反应体系的性能。结果 16份样本中,6份经抗体确证的登革热阳性样本使用自建方法检测全为阳性,且1型3份,2、3、4型各1份,均与预期结果一致。流感、乙脑、诺如阳性样本以及健康人血清检测未见特异性扩增曲线,特异性高。登革热病毒2、3、4型最低检测限为10~2 copies/ml。1型最低检测限为10~3 copies/ml。不同型别各浓度梯度检测变异系数小于10%。结论本实验设计的登革热单管多重荧光定量PCR检测体系特异性、灵敏度、重复性都较好。  相似文献   

13.
应用多重PCR技术快速鉴定登革病毒   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的建立一套应用多重PCR技术快速分型鉴定4种血清型登革病毒的方法。方法用随机引物将1~4型登革病毒RNA逆转录成cDNA,再将4对登革病毒型特异性引物同时加到一个反应管中进行多重PCR扩增,根据扩增片段的大小判断血清型,并用2004年收集的登革热病人血清标本验证新建立的方法。结果同时用4对登革病毒型特异引物进行多重PCR,1~4型登革病毒标准毒株相应扩增的片段大小分别为391、319、216和152bp,与预期的扩增片段大小相符。2004年4份登革热病人血清标本扩增的片段大小均为391bp,属1型登革病毒。结论新建立的方法是一种特异、快速的登革病毒分型鉴定方法。  相似文献   

14.
登革病毒实时荧光PCR快速检测技术研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的建立Taqman MGB实时荧光PCR技术快速检测登革病毒。方法利用Taqman MGB技术,根据登革病毒3′端非编码区的一段高度保守序列,设计登革1~4型荧光PCR通用引物和TaqmanMGB探针,以登革热毒株作为标准,以乙脑毒株作对照,建立实时荧光PCR检测登革病毒的快速方法。并对8份ELISA法检测阳性的临床血清标本进行RT-PCR及荧光PCR扩增。结果RT-PCR检测8份临床血清标本,2份阳性,阳性率为25%。实时荧光PCR检测登革病毒cDNA灵敏度为0.17pg/μl,病毒液灵敏度为10-5TCID50,与乙脑病毒无交叉反应,检测8份临床血清标本,5份阳性,阳性率为62.5%。从RNA提取到检测结果仅需4h。结论Taqman MGB实时PCR检测方法快速、敏感性高、特异性强,可作为登革病毒的快速检测方法,应用于登革热的临床早期诊断。  相似文献   

15.
16.
[目的]了解珠海市部分人群和入境船员中登革热的流行情况和珠海市流行的登革病毒株的型别和序列特征。[方法]分别采用胶体金快速法、酶联免疫吸附试验(ELISA)对登革热抗体进行检测;采用细胞培养和逆转录一聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行病毒鉴定,并对其结构蛋白基因序列进行克隆、测序及同源性分析。[结果]来自东南亚国家船舶的船员血清中登革病毒IgM抗体检出率为4.40%,IgG抗体为20.33%,其阳性样本经RT-PCR扩增,结果为阴性。而对本室保存的2001年珠海散发的登革热患者阳性血清,经用C6/36细胞培养分离出1株登革病毒,用登革病毒通用引物和Ⅱ型特异性引物,扩增出相应的片段,证实为登革Ⅱ型病毒;该分离株(DV2-1)的基因序列与其他9株登革Ⅱ型病毒进行系统发育关系的分析,结果显示分离株(DV2-1)与GD08/98株、FJ11/99株、16681株位于相近的分支,其中与1998年广东流行株GD08/98株系统进化关系最近。[结论]2001年珠海地区登革热的散发流行为登革Ⅱ型病毒所致,推测其可能是输入性传染。  相似文献   

17.
目的建立用于检测黄病毒属的TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法。方法从GenBank中检索黄病毒属代表株的全基因序列,通过DNAstar进行序列比对和blast进行保守序列搜索和分析,用Beacon Designer 7.0软件进行引物和TaqMan探针设计,以乙脑毒株MB090509 RNA为模板,优化反应条件并应用于现场蚊虫标本检测。结果确定黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR反应条件为:45℃15 min,95℃10 min,95℃10 s→54℃45 s,40次循环,引物和探针终浓度为200 nmol/L。灵敏度为常规RT-PCR方法 100倍,检出限2.9×10-3噬斑形成单位(PFU)/mL,与甲病毒属、东南亚十二节段RNA病毒属、布尼亚病毒属均无交叉反应。从161份现场蚊虫标本中检测出11份阳性标本,经病毒分离、测序均被证实为乙脑病毒。结论本研究建立的黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法具有广泛应用价值。  相似文献   

18.
目的建立可同时检测苏丹、扎伊尔、本迪布焦和科特迪瓦4种致病性亚型埃博拉病毒的双重荧光RT-PCR检测方法。方法根据4种致病性亚型埃博拉病毒的核蛋白NP基因保守序列,针对苏丹型/扎伊尔型病毒以及针对本迪布焦型/科特迪瓦型病毒,相应设计2套引物和探针。以体外转录的4种亚型埃博拉病毒RNA为模板,进行条件的优化以及方法特异性、灵敏度、重复性试验,建立双重荧光RT-PCR检测方法。结果新建立的双重荧光RT-PCR方法检测只对4种埃博拉病毒阳性对照RNA模板有特异性扩增,与肾综合征出血热病毒、登革病毒、黄热病毒、西尼罗病毒、日本脑炎病毒、基孔肯雅病毒均无交叉反应,2套引物和探针的检测灵敏度均可达到最低50拷贝/μL。苏丹型和本迪布焦型埃博拉病毒阳性对照RNA模板的4种稀释度(2×108、2×106、2×104、2×102拷贝/μL)重复检测3次均有较好的重复性。结论建立的方法能同时检测上述4种亚型埃博拉病毒,灵敏度高,特异性强,可用于埃博拉病毒疑似病例的检测。  相似文献   

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