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1.
目的 了解北京市西城区2015年手足口病(HFMD)患儿肠道病毒71型(EV 71)分离株VP1区基因特征,分析其变异情况.方法 收集北京市西城区2015年HFMD病原学检测分型鉴定为EV 71的阳性标本,对部分标本进行病毒分离、培养,并通过实时荧光PCR鉴定阳性培养物.EV 71阳性培养物提取病毒核酸,对其VP1区全长序列进行PCR扩增和测序.从Genbank中选取EV 71不同基因型别参考序列,利用生物信息学软件进行同源性和系统进化分析.结果 共分离到6株EV 71(Genbank登录号为KU376383-KU376388),其VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.00%~99.00%和98.00%~100.00%,与参考序列VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.00% ~ 97.00%和93.00% ~ 100.00%.进化分析显示,6株EV 71均为C4a基因亚型.结论 2015年北京市西城区EV 71流行株属于C4a亚型,未出现明显变异.  相似文献   

2.
目的 了解江苏省2012-2014年柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CA16)流行毒株基因型概况.方法 收集江苏省2012-2014年儿童手足口病标本并送样,进行病毒分离培养获取相应毒株,用CA16特异性引物通过反转录聚合酶链反应技术进行VP1区基因片段扩增和测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,并与CA16参比株序列进行同源性比较并构建基因进化树.结果 分离得到82株CA16毒株,测序结果显示全部属于基因亚型B1,VP1基因分析显示其中9株毒株序列的基因亚型为B1a,另外73株毒株序列的基因亚型为B1b.CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为87.8%~100.0%和97.5%~100.0%;与CA16国际标准株G10核苷酸和氨基酸同源性分别为75.2% ~ 78.2%和90.5% ~91.9%.结论 江苏省2012-2014年分离获得CA16毒株属于基因亚型B1,以B1a和B1b两个分支共同进化和流行,其中又以B1b为优势亚型.  相似文献   

3.
目的 了解江苏省胃肠炎暴发疫情中诺如病毒(NoV)感染状况,并对其病原分子流行病学特征进行初步研究.方法 收集江苏省2012年10月至2013年3月7起胃肠炎暴发疫情患者肛拭子标本共67份,采用实时荧光RT-PCR定性检测,NoV阳性标本用RT-PCR扩增其聚合酶区及VP1区基因片段进-步测序分型.结果 7起疫情均为NoV感染引起的暴发,检测阳性率为67.2%(45/67).全部45株阳性毒株序列分析表明7起疫情中除-起是由GⅡ.3型感染引起外,其余6起均由新GⅡ.4感染引起,其中38株毒株与2012年澳大利亚参考株GⅡ.4/Sydney株同源性均在99%以上.进-步对6株新型Sydney变异株的衣壳蛋白VP1区扩增测序,并与9株近年流行株的VP1区氨基酸序列比对,发现该6株毒株的VP1区部分氨基酸已出现突变,而氨基酸位点的突变是与病毒抗原性密切相关.结论 江苏省7起疫情暴发聚集且感染毒株型别单-,说明已出现新NoV变异株,其原型株GⅡ.4/Sydney已在国外多地引起暴发和流行,提示该毒株将是今后防控监测的重点.  相似文献   

4.
目的对2018年北京市一起聚集性发热疫情的病原进行鉴定,并对其进行分子流行病学分析。方法采集此次疫情4例患儿咽拭子标本,提取标本核酸,用实时荧光PCR对其进行初步病原学鉴定。用分型引物通过RT-nPCR对肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行扩增,通过测序和GenBank Blast比对确定肠道病毒型别,并对其进行序列和进化分析。结果 4例患儿标本均为CVA4阳性,在VP1区,其核苷酸序列同源性为100%;序列分析发现,其与2016年澳大利亚CVA4分离株MH111027同源性最高,为99%;与2004—2016年中国境内CVA4分离株同源性为83%~90%。进化分析显示,此次疫情毒株与近年来中国境内流行的CVA4优势毒株不在一个进化树分支上。结论引起此次聚集性发热疫情的病原体是CVA4,其与近年来我国流行的CVA4优势毒株具有不同的种系来源。  相似文献   

5.
黄瑶  周乐  巢国祥 《现代预防医学》2014,(13):2318-2322,2329
目的分析2010-2012年扬州地区手足口病的病原构成,并对柯萨奇A组16型(CA16)的VP1基因进行基因特征分析,了解扬州地区CA16病毒基因组VP1基因变化趋势。方法对2010-2012年从扬州市各县市区医院采集的手足口病临床标本1 309例进行肠道病毒荧光PCR检测,挑选56株CA16阳性标本进行病毒分离培养鉴定,并对6株CA16病毒分离株进行VP1基因测序,测序后利用DNAstar7.0软件进行基因比对,构建系统发生树。结果1 309份标本中检测到372份EV71阳性,295份CA16阳性,157份其他肠道病毒阳性。56株CA16阳性标本接种RD细胞获得30株CA16阳性毒株,测定其中6株病毒的VP1核苷酸序列,其同源性为96.4%~99.9%,氨基酸同源性为99.0%~100.0%,同GenBank中77株CA16参比毒株序列进化分析显示其属于B1b基因群。结论2010-2012年扬州市HFMD的主要病原为CA16(35.80%)和EV71(45.15%),2011年以来其他肠道病毒比例显著上升。本地区分离CA16毒株同源性较高,与近年多数中国大陆分离株形成进化树上亲缘关系较近的一群,未出现明显毒力变化。  相似文献   

6.
目的 开展肠道病毒71型(EV71)基因变异监测,为EV71型传染病防治提供依据.方法 对福建省2013-2014年手足口监测标本进行病毒分离和鉴定.选取34株(每年各17株)各地市具有代表性EV71型分离株进行VP1基因测序,对所得序列进行比对,构建进化树,并分析氨基酸变异情况.结果 34株EV71型分离株均为C4a亚型,VP1区的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.3%~99.8%和98.3%~100%,2013与2014年毒株VP1基因未见明显变异.分离株的氨基酸同源性比较,共有22株在6个位点的氨基酸发生突变.结论 福建地区2013-2014年流行的EV71毒株基因型仍为C4a亚型,但序列进化和氨基酸变异分析提示,福建省存在不同的EV71传播链,应持续给予关注.  相似文献   

7.
目的 研究2021年引发成都市急性胃肠炎聚集性疫情的诺如病毒GII.P16-GII.4 Sydney_2012株的遗传进化和分子病原学特征。方法 采集2021年1—12月成都市65起急性胃肠炎聚集性疫情病例粪便及肛拭子样本825份,采用实时荧光定量PCR检测。结果为阳性的样本经由常规RT-PCR对RdRp区和VP1区扩增后测序,以BioEdit、MEGA-X将所得序列与全球各参考株序列比对并构建进化树,对其同源性、氨基酸变异、蛋白质三维结构等基因特征进行分析研究。结果 自上述65起疫情检出7种诺如病毒基因型,其中13起由Sydney_2012株引起。比对分析结果显示,其同一起Sydney_2012疫情中标本序列相似性为98.6%~100%,疫情之间序列相似性为96.2%~100%。结论 Sydney_2012株可能成为成都地区流行的优势株,甚至有引起爆发疫情的可能性。持续加强诺如病毒疫情监测,有助于提升防控预警能力。  相似文献   

8.
目的 检测分析引发浙江省急性出血性结膜炎(AHC)爆发流行的病原学及毒株的分子特征.方法 采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应方法直接从AHC患者眼拭子样本中检测肠道病毒(EV)和柯萨奇病毒A24变异株(CA24v)核酸;用Hep-2细胞分离病毒,对阳性分离物扩增病毒VP1基因和3C区片段,测定核苷酸序列,应用DNAMAN和MEGA软件进行同源性和进化分析.结果 3株浙江CA24v分离株VP1基因全长915个核苷酸(nt).3C区全长549 nt,均没有nt的插人和缺失;浙江分离株Zhejiang/13/08与CA24v原型株EH24/70在VP1和3C区核苷酸同源性分别为85.3%和86.5%,与2005年新加坡分离株Singapore/DSO-26/05和2007年广东分离株Guangdong/332/07株在VP1区和3C区的核苷酸同源性分别为97.0%~99.1%和96.7%~99.5%;浙江CA24v分离株在3C区进化树的Ⅲ基因亚型B分支上(GⅢ/B),在VP1进化树的CA24v Group2分支上.结论 引起2007-2008年浙江省急性出血性结膜炎爆发流行的病原为CA24v GⅢ亚型,该病毒最有可能来源于新加坡.  相似文献   

9.
目的 为确证2004年浙江省临海市病毒性脑膜炎暴发疫情的病因,分析病原的遗传变异及进化关系.方法 采集患者脑脊液样本60份,采用RD和Hep-2细胞同时分离病毒,中和试验法鉴定病毒型别;对分离株VP1和VP4/VP2基因测序,进行同源性与进化分析.结果 从60份脑脊液样本中分离到埃柯病毒30型(E30)19株,分离率为31.7%;对4株E30分离株VP1区核苷酸序列测定,其长度均为876个核苷酸(nt),编码292个氨基酸(aa).临海分离株与E30原型株Bastianni在VP1区的nt和aa同源性分别为82.4%~84.1%和93.5% ~ 94.2%;4株临海E30株之间nt和aa的同源性分别为87.1%~99.9%和97.9% ~ 100.0%.临海分离株分成两类,同类病毒株间的差异很小,而两类病毒株间的差异很大,nt和aa的最大差异率分别为12.9%和2.1%.与临海E30株同源性最高的为2002-2003年浙江E30株.在VP1基因进化树上,临海E30株分别位于G和H基因亚型分支上,其中临海G基因株与2003年浙江、江苏和山东E30株位于同一进化分支,临海H基因株与2002年浙江诸暨株位于同一进化分支.VP4/VP2区进化分析结果与VP1区相似.结论 2004年临海市病毒性脑膜炎暴发疫情由E30G和H不同基因亚型的E30流行株引起;临海E30株与2002-2003年浙江、江苏和山东E30株具有密切的亲缘关系;H基因亚型株推测为新的E30变异株,首先分离于2002年浙江省.  相似文献   

10.
目的 探讨安徽省手足口病患儿中肠道病毒71型(human enterovirus 71,HEV71)的分子流行病学特征.方法 对2009-2012年HEV71所致手足口病患儿的19份咽拭子标本进行HEV71病毒VP1区全基因核苷酸序列测定,其中1份标本来自河南信阳患儿,其余均来自安徽省辖区患儿.所得序列与国内外HEV71毒株的核苷酸序列做比对分析,构建进化树.结果 19株病毒核酸VP1区全基因均为891个核苷酸,编码297个氨基酸.所得序列与A、B、C基因型的核苷酸同源性分别为82.6%~83.6%、83.3%~85.5%、86.7% ~ 98.9%;氨基酸同源性分别为96.0% ~97.0%、96.0% ~97.7%、97.0% ~ 100.0%.结论 六安市2009-2012年HEV71流行株在种系进化上与我国大陆近几年分离的毒株具有较高的同源性(94.6%~98.9%),同属于C4a基因亚型,与中国大陆前几年分离株C4b基因亚型较近.  相似文献   

11.
目的了解北京市2008年手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD)流行期间,人肠道病毒71型(Human Enterovirus71,HEV71)分离株的VP1编码区基因特征。方法采集发病1~3d的咽拭子标本33份,采用人横纹肌肉瘤(Human Rhabdomyosarcoma,RD)细胞进行EV分离,用特异引物通过逆转录-聚合酶链反应扩增进行毒株鉴定。对分离到的HEV71进行VP1编码区全长扩增,并对扩增产物采用双脱氧链终止法进行序列测定,Bioedit7.0.5和Mega3.1软件进行序列比对和系统进化树分析。结果从33份咽拭子标本中共分离到16株病毒,经鉴定:HEV7114株,柯萨奇病毒(Coxsackie Virus,CV)A组16型(CVA16)2株,其中1例为HEV71和CVA16混合感染。对10株HEV71进行了VP1编码区全序列测定,10株病毒的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.5%~100%和98.9%~100%;与安徽省阜阳市2008年流行株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.4%~99.1%;与C4基因型代表株的核苷酸序列同源性〉92%。基于HEV71的VP1编码区核苷酸序列构建亲缘性关系树,北京市2008年流行株与C4亚型代表株聚为一簇,属于C4基因亚型中的C4a分支;且10株病毒处于四个相对独立的进化分支。结论北京市2008年从HFMD患儿分离的HEV71均为C4亚型,且属于2004年以来我国的优势分支——C4a。亲缘性分析提示,此次流行中至少存在4个HEV71传播链。由于近年来HEV71在中国持续大规模流行,迫切需要对HEV71进行连续的分子流行病学监测,及时阐明现阶段流行毒株的基因特征,为疾病预防控制提供病毒学依据。  相似文献   

12.
目的 分析中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus group A type 10,CA10)流行毒株基因型分布概况和进化规律,为手足口病防控提供数据支撑。方法 利用MEGA 6.0软件对GenBank核酸数据库收录的流行于中国大陆地区的CA10毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并对毒株彼此间的核苷酸和氨基酸同源性进行计算。结果 纳入本研究的中国大陆地区CA10毒株共计218株,中国大陆地区CA10流行毒株的基因型以C型为主。与原型株CA10-Kowalik相比,中国大陆地区CA10毒株核苷酸和氨基酸的同源性分别为69.4%~73.9%和90.6%~93.6%;中国大陆地区CA10毒株内部的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.4%~100.0%和92.9%~100.0%。结论 本研究提示应针对CA10毒株流行趋势和基因型分布情况,采取有效措施防控手足口病。  相似文献   

13.
  目的  分析我国2010―2018年柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)毒株VP1区基因流行和进化规律,为手足口病的防治提供科学依据。  方法  从GenBank获得2010―2018年我国CV-A6病毒全长VP1区核苷酸序列,用MEGA V7.0和Interactive Tree of Life V5(iTOLV5)软件构建进化树,用DNAstar V8.1.3软件对核苷酸同源性进行分析。  结果  880条序列来源的CV-A6毒株以D3亚型为主,占毒株总数的95.45%,不同基因型核苷酸同源性为80.8%~86.0%,同基因型内核苷酸同源性为88.1%~100.0%。D2亚型VP1区相对稳定,无整体氨基酸变异情况;而D3毒株VP1区发生多点氨基酸替换,其中A5T、T283A、N137S、V242I、A30V、I174V氨基酸替换循环出现,这种进化模式与越南地区相似,但与日本地区却不同。VP1区5T、30A、137N、242V比例逐年增加,可能与CV-A6引起我国手足口的轻症和重症病例比例上升有关。  结论  具有VP1区遗传多样性的CV-A6 D3株的出现可能是CV-A6在反复流行的一个重要因素,这有助于解释我国CV-A6的流行情况和流行特点。  相似文献   

14.
  目的  探讨中国柯萨奇病毒A组2型(coxsackievirus A2, CV-A2)毒株的遗传进化特征。  方法  收集中国CV-A2毒株的VP1区及全基因序列,采用MEGA 10.2.4软件构建系统进化树并开展氨基酸位点突变分析,采用SimPlot 3.5.1软件进行基因重组分析。  结果  共收集到118条VP1序列和26条全基因序列。CV-A2毒株主要来源于广东省,毒株数量自2011年开始迅速增多。基于VP1序列构建的进化树有7个分支,原型毒株为独立A组,多数CV-A2毒株聚集于G组。具有全基因组序列的CV-A2代表株的基因重组分析显示毒株间存在基因重组。另外,VP1氨基酸序列共有22个突变位点。  结论  中国流行的CV-A2毒株已发生较明显的基因重组和VP1区域氨基酸位点突变,监测CV-A2的演化对于手足口病的防控具有重要意义。  相似文献   

15.
安徽省肠道病毒71型VP1区基因分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的阐述引起安徽省2008年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)流行的肠道病毒71型(enterovirus71,EV71)基因特征。方法采集HFMD暴发初期患者标本,进行病毒分离、培养,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定上述培养物。扩增病毒株及核酸样本的VP1编码区全基因,并进行序列测定和分析。结果暴发初期分离出3份病毒株,经中和试验及RT-PCR证实为EV71。根据VP1全基因序列与EV71基因型、亚型参考株构建亲缘性关系树,17份测序结果与C4亚型聚为一簇,与A、B、C1、C2、C3、C4基因型别(亚型)的核苷酸的同源性分别为:82.0%-83.0%、84.3%-85.4%、89.7%-91.1%、89.1%-90.7%、88.3%-89.8%、93.0%-94.6%;氨基酸的同源性分别为:93.9%-95.2%、96.6%-97.6%、97.9%-98.6%、98.6%-99.3%、98.3%-98.9%、98.6%-99.6%;簇内比较显示,1株2006年的EV71毒株与另16份2008年样本在C4亚型内又分属两个亚簇,核苷酸、氨基酸的同源性分别为:96.2%-96.9%、98.3%-99.3%。结论引起安徽省2008年HFMD的EV71为C4亚型,与2006年分离的1份毒株有差异,提示安徽省存在C4亚型的不同分支。  相似文献   

16.
Serotype A is the most genetically and antigenically diverse of the foot-and-mouth disease virus (FMDV) serotypes. Records of its occurrence in Kenya date back to 1952 and the antigenic diversity of the outbreak viruses in this region is reflected by the current use of two different vaccine strains (K5/1980 and K35/1980) and previous use of two other strains (K18/66 and K179/71). This study aimed at enhancing the understanding of the patterns of genetic variation of serotype A FMDV in Kenya. The complete VP1 coding region sequences of 38 field isolates, identified as serotype A FMDV, collected between 1964 and 2013 were determined. Coalescent-based methods were used to infer times of divergence of the virus strains and the evolutionary rates alongside 27 other serotype A FMDV sequences from Genbank and the World Reference Laboratory (WRL). This study represents the first comprehensive genetic analysis of serotype A FMDVs from Kenya. The study detected four previously defined genotypes/clusters (termed G-I, G-III, G-VII and G-VIII), within the Africa topotype, together with a fifth lineage that has apparently emerged from within G-I; these different lineages have each had a countrywide distribution. Genotypes G-III and G-VIII that were first isolated in 1964 are now apparently extinct; G-VII was last recorded in 2005, while G-I (including the new lineage) is currently in widespread circulation. High genetic diversity, widespread distribution and transboundary spread of serotype A FMDVs across the region of eastern Africa was apparent. Continuous surveillance for the virus, coupled to genetic and antigenic characterization is recommended for improved regional control strategies.  相似文献   

17.
目的 分析中周南方四省区HIV-1感染者中流行CRF01 AE病毒株的遗传特征.方法 从广东、广西、江西和湖南省(自治区)2006年新报告HIV-1感染者的血浆样本中提取病毒RNA,用反转录/巢式PCR方法扩增gag和env基因片段,对获得的CRF01 AE病毒株核酸序列进行系统进化分析,并通过计算基因距离和Entropy核苷酸多态性差异方法分析毒株的遗传特征.结果 从210例CRF01_AE病毒株感染者中,发现四省区流行的CRF01 AE病毒株存在2个主要的流行簇.流行簇Ⅰ共有123例样本,未发现与之直接相关的国际参考毒株.流行簇Ⅱ共有57例样本,与越南CRF01 AE病毒株关系密切,且存在不同时间样本的混杂.gag和env基因遗传距离分析结果表明,流行簇Ⅰ内基因遗传多样性均明显小于流行簇Ⅱ;核苷酸多态性分析结果显示,在gag基因片段42个位点核苷酸组成具有显著差异,env基因片段40个位点核苷酸组成存在显著差异;流行簇Ⅰ相对于流行簇Ⅱ多态性减少的位点上有61个,多态性增加的位点有21个.结论 在中国南方四省区流行的CRF01 AE病毒株中首次观察到2个独立的流行簇.流行簇Ⅰ病毒株为该地区最主要的CRF01 AE病毒株,其流行时间相对较短,在人群中所占比例较多,可能是病毒在流行过程中形成的具有传播优势的病毒株.流行簇Ⅱ病毒与来自于越南的CRF01 AE病毒株有较高同源性,且存在与越南病毒株间的多次传播.  相似文献   

18.
目的 了解2018年10月至2019年1月间泰州地区急性胃肠炎疫情主要致病原,掌握其传播流行规律。方法 采集学校聚集性疫情中患者的咽拭子和肛拭子标本,进行病原学核酸检测,测定阳性疫情株VP1基因序列,构建系统发生树,分析疫情株所属流行亚群,推测该流行亚群做传染病人口学模型和传播路径,以及VP1基因变异性分析。结果 共采集疫情样100人份,检出诺如病毒GII型阳性45份,测定其中20份标本VP1基因序列,除1份为GII.3型外,其余均为GII.2亚型,该GII.2型疫情株间同源性平均达99.4%,其与2016-2017年中国、日本流行株属于同一流行亚群,该亚群起源于上海地区,且仍处于流行上升阶段。结论 本时间段泰州市急性胃肠炎学校聚集性疫情的主要致病原是GII.2型诺如病毒,其属于一个活跃的流行亚群。  相似文献   

19.
20.
目的 对2004年深圳市一起肠道病毒71型(EV71)引发手足口病流行的基因型别分析.方法 用EV71型特异性引物进行RT-PCR,并对EV71的VPl和VP4基因进行克隆,所得的序列与EV71型A、B、C基因型代表株的核苷酸序列用TreeView和PHYLIP软件(3.6b)进行系统进化分析.结果 4株病毒与C基因型代表株比较接近,VP1区核苷酸同源性在87.8%~92.0%之间,VP4区核苷酸同源性在85.9%~87.4%之间;与A、B基因型代表株比较差异较大,VPI区核苷酸同源性为81.9%~84.2%,VP4区为80.6%~85.0%;4株病毒VP1核苷酸同源性为94.1%~99.8%,VP4同源性为100%,组成一个独立的小分支.结论 对EV71的VPI和VP4区进行基因进化分析,可得出类似的结果 ,4株EV71深圳流行株可命名为C4亚型.  相似文献   

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