ERRγ对子宫内膜癌细胞移植瘤组织中Akt、ERK表达的影响

目的:以ERα（+）子宫内膜癌细胞株Ishikawa为研究对象,建立子宫内膜癌细胞的裸鼠皮下移植瘤模型,进一步研究在子宫内膜癌细胞移植瘤中ERK、p-ERK、Akt、p-Akt蛋白的表达及其意义。方法:利用转染前后的Ishikawa细胞建立子宫内膜癌细胞裸鼠皮下移植瘤模型,采用免疫组织化学链霉亲和素-生物素过氧化物酶复合物(SABC法)检测裸鼠移植瘤中ERRγ蛋白的表达情况。Western blot方法检测移植瘤组织中Akt、p-Akt、ERK、p-ERK蛋白的表达情况。结果:免疫组化检测Ishikawa 细胞移植瘤组与no-silence Ishikawa细胞移植瘤组（空载体组）ERRγ蛋白表达阳性率无显著性差异（P＞0.05）,Ishikawa 细胞移植瘤组与ERRγ-shRNA Ishikawa细胞移植瘤组阳性率具有显著性差异（P＜0.05）。Western blot方法检测3组组织的活化情况:ERRγ-shRNA Ishikawa细胞移殖瘤组中Akt、p-Akt、ERK、p-ERK表达量均低于Ishikawa 细胞移殖瘤及no-silence Ishikawa细胞移殖瘤组（P＜0.05）。结论:沉默ERRγ基因的瘤组织的ERK及Akt的表达呈现低表达,从而可以推测:通过ERRγ的表达来调节ERK及Akt信号通路的表达,进一步抑制子宫内膜癌Ishikawa细胞增殖,促进其凋亡。     

miRNA let-7f-1-3p在伯基特淋巴瘤中的差异性分析

目的 研究伯基特淋巴瘤（BL）中差异表达的miRNA,探讨可用于BL鉴别诊断的miRNA标志物.方法 收集BL病例,miRNA芯片筛选其与淋巴结反应性增生之间的差异miRNA表达谱;运用miRWalk数据库对差异miRNA进行靶基因预测;利用MAS3对靶基因进行GO注释和KEGG信号通路分析.结果 与淋巴结反应性增生组织相比,BL中共有46个表达异常的miRNA,包括3 1个上调miRNA和15个下调miRNA;对miRNA let-7f-1-3p靶基因预测得到2837条靶基因,与BL密切相关的基因有16个：CENPC1、FANCF、IL4R等;GO注释显示主要涉及多细胞器官发育,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控等生物学过程,KEGG分析显示主要涉及癌症信号通路,TGF-beta信号通路中.结论 在BL中发现了表达异常的miRNA,生物信息学分析对差异miRNA分析结果提示,这些差异miRNA可以作为BL鉴别诊断的新肿瘤标志物.     

过表达calbindin-d28k在卡铂诱导子宫内膜癌细胞凋亡中的作用及机制

摘 要：［目的］ 研究过表达钙结合蛋白calbindin-d28k对卡铂诱导子宫内膜癌Ishikawa细胞凋亡的影响及其可能的作用机制。［方法］ 构建calbindin-d28k基因真核过表达calbindin-d28k质粒,稳定转染子宫内膜癌Ishikawa细胞;实时荧光定量PCR( qRT-PCR) 及免疫印迹方法检测细胞中靶基因mRNA及蛋白的表达;MTT法检测不同浓度卡铂作用下子宫内膜癌Ishikawa细胞的存活率Hoechst 33258染色法观察卡铂诱导的子宫内膜癌Ishikawa细胞胞核变化。 ［结果］ 卡铂对子宫内膜癌Ishikawa细胞的最佳作用浓度为100μg/ml,可显著性上调细胞活性Caspase-3蛋白的表达（P<0.05）;稳定转染组Ishikawa细胞calbindin-d28k mRNA水平上调约10倍,蛋白水平升高约1.6倍(P<0.05);过表达calbindin-d28k后,卡铂诱导子宫内膜癌Ishikawa细胞的凋亡作用减弱,活性Caspase-3蛋白的表达水平下调约7倍（P<0.05）。［结论］ 过表达calbindin-d28k蛋白可抑制卡铂诱导的子宫内膜癌Ishikawa细胞的凋亡作用,并与通过下调Caspase-3有关。     

PSMAe/p特异性驱动shRNA靶向干扰前列腺癌LNCap细胞的研究

探讨前列腺特异性膜抗原增强子/启动子（PSMAe/p）驱动短发夹RNA（shRNA）靶向干扰前列腺癌细胞的特异性。方法:运用RNA干扰技术,以转铁蛋白-聚乙二醇-聚乙烯亚胺（Tf-PEG-PEI）作为基因转移载体,以前列腺癌LNCap细胞为研究对象,并以前列腺癌PC-3细胞、膀胱癌T24细胞及人胚肾HEK293细胞做为对照,将外源增强绿色荧光蛋白（EGFP）基因及以PSMAe/p为启动序列靶向EGFP的干扰质粒转入培养细胞,以实时定量PCR（qRT-PCR）及Western blot分别检测EGFP基因及蛋白在4种细胞各组中的表达情况,研究PSMAe/p驱动shRNA靶向干扰前列腺癌细胞的特异性。结果:在前列腺癌LNCap细胞组中,与单独转入EGFP基因（pEGFP-C1）的细胞组（A组）及转入EGFP基因（pEGFP-C1）+空载体质粒组（pPSMAe/p-UPRT）（C组）相比,转入EGFP基因（pEGFP-C1）及干扰质粒［pPSMAe/p-shEGFP-poly（A）］组（B组）,EGFP基因表达及蛋白表达水平下调,分别与对照组（A组、C组）相比差异具有统计学差异（P<0.05）,而转入EGFP基因（pEGFP-C1）的细胞组（A组）和转入EGFP基因（pEGFP-C1）+空载体质粒组pPSMAe/p-UPRT）（C组）间比较差异无统计学意义（P>0.05）;而在前列腺癌PC-3细胞、膀胱癌T24细胞及人胚肾HEK293细胞中EGFP基因及蛋白表达水平在实验组与对照组、对照组间比较差异无统计学意义（P>0.05）。结论:PSMAe/p驱动shRNA具有细胞特异性,其可驱动特异基因片段在前列腺癌LNCap细胞中表达,从而实现基因治疗的细胞特异性,可作为前列腺癌基因治疗的靶向策略之一。      

miR-762对子宫内膜癌Ishikawa细胞放疗敏感性的影响及机制研究

目的:分析miR-762在子宫内膜癌（EC）患者癌组织中的表达水平及其对子宫内膜癌Ishikawa细胞放疗敏感性的影响及机制研究。方法:qRT-PCR检测54例EC癌组织和癌旁组织以及正常子宫内膜细胞ESC和EC细胞系中miR-762及腺瘤性结肠息肉2（APC2） mRNA表达水平。不同放射剂量处理Ishikawa细胞,qRT-PCR检测miR-762和APC2 mRNA表达水平。将Ishikawa细胞分为空白对照组（blank组）、Lv-NC组（感染miR-762 sponge阴性对照慢病毒）,Lv-miR-762 SP组（感染miR-762 sponge慢病毒）、Lv-miR-762 SP+si-NC组和Lv-miR-762 SP+si-APC2组。qRT-PCR和Western blot检测miR-762和APC2表达水平。双荧光素酶报告基因实验检测miR-762和APC2的靶向关系。采用6 Gy射线照射各组Ishikawa细胞,克隆形成实验检测细胞放射敏感性;CCK-8检测细胞增殖活性;流式细胞术检测细胞凋亡;Western blot检测细胞中CyclinD1、p21、Bcl-2和Bax等蛋白表达水平。结果:在EC癌组织及细胞系中miR-762高表达,而APC2低表达。随着射线照射剂量的增加,Ishikawa细胞中miR-762表达水平逐渐升高（P＜0.05）,APC2 mRNA表达水平逐渐降低（P＜0.05）,呈剂量依赖性。双荧光素酶报告基因实验证实,APC2是miR-762靶基因。抑制miR-762可明显下调miR-762表达水平,上调APC2表达水平,增强细胞放射敏感性,抑制细胞增殖,促进细胞凋亡,并下调CyclinD1和Bcl-2蛋白表达水平,上调p21和Bax蛋白表达水平（P＜0.05）。此外,干扰APC2基因可显著逆转抑制miR-762表达对Ishikawa细胞放射敏感性的促进作用。结论:miR-762在EC癌组织及细胞系中高表达,抑制其表达可通过上调APC2表达从而增强Ishikawa细胞的放射敏感性。     

宫颈癌细胞中ΔNp63α的MicroRNA表达谱及其对hsa-let-7b-3p的调控机制

目的 在宫颈鳞癌细胞中筛选出ΔNp63α显著调控的miRNAs,并探讨其对宫颈癌细胞功能的影响。 方法 通过miRNA芯片技术筛选出ΔNp63α过表达的SiHa细胞株（SiHa/p63）中差异明显的miRNAs,并进行qRT-PCR验证;通过qRT-PCR在沉默ΔNp63α的ME-180细胞株（ME-180/Shp63）中检测差异表达的miRNAs,并选择差异较显著的hsa-let-7b-3p作为研究对象;向SiHa细胞中转染hsa-let-7b-3p 刺激剂,通过生长曲线、Western blot以及流式细胞仪检测hsa-let-7b-3p对SiHa细胞增殖及凋亡的影响。 结果 （1）在ΔNp63α过表达的SiHa细胞株中,筛选出10个变化较显著的miRNAs;（2）在ΔNp63α沉默的ME-180细胞中,筛选出5个与上述变化趋势一致的miRNAs;（3）hsa-let-7b-3p过表达抑制SiHa细胞的增殖;（4）hsa-let-7b-3p过表达促进SiHa细胞的凋亡。结论 宫颈癌细胞株中,miRNA hsalet-7b-3p的表达与ΔNp63α的表达呈正相关,且可以有效抑制细胞增殖,其作用机制可能与诱导细胞周期阻滞和促进细胞凋亡相关。     

AP-4基因表达下调抑制子宫内膜癌细胞侵袭和迁移能力

目的:观察靶向抑制激活增强子结合蛋白-4(AP-4)基因的表达对子宫内膜癌细胞侵袭和迁移能力的影响。方法:用荧光定量PCR(qRT-PCR)检测人子宫内膜癌细胞株HEC-1A、RL-952、HEC-1B、ishikawa中AP-4基因的表达水平。采用脂质体介导的细胞转染法将AP-4 siRNA转染至HEC-1A细胞,同时设置转染对照。转染48 h后,采用qRT-PCR和蛋白印迹法(Western blot)检测转染后各组HEC-1A细胞中AP-4的表达水平,通过细胞划痕实验观察转染后各组细胞迁移情况,采用Transwell实验检测转染后各组细胞侵袭能力。采用Western blot检测转染后各组细胞中上皮细胞标志分子E-钙粘蛋白(E-cadherin)和间充细胞标志分子N-钙粘素(N-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)表达水平。结果:AP-1基因在四株子宫内膜癌细胞中均有表达,在HEC-1A细胞中相对表达水平最高(P<0.05),用于后续转染实验。qRT-PCR和Western blot结果均显示转染AP-4 siRNA能够成功抑制HEC-1A细胞中AP-1 mRNA和蛋白的表达(P<0.05)。Transwell实验显示转染AP-4 siRNA后HEC-1A细胞侵袭能力明显受到抑制(P<0.05)。划痕实验显示转染AP-4 siRNA后HEC-1A细胞迁移能力明显受到抑制(P<0.05)。Western blot结果显示转染AP-4 siRNA后HEC-1A细胞中N-cadherin和Vimentin蛋白水平降低,E-cadherin蛋白水平升高,抑制了上皮间质转化(EMT)过程(P<0.05)。结论:AP-4基因表达下调能够有效抑制子宫内膜癌细胞的侵袭和迁移能力,该过程可能与逆转细胞EMT过程有关。     

miR-34a通过靶基因Notch1调控子宫内膜癌细胞的增殖和凋亡

目的:探讨miR-34a通过靶基因Notch1调控子宫内膜癌细胞的增殖和凋亡。方法:通过荧光定量PCR检测miR-34a在子宫内膜癌和癌旁组织中的表达,并通过双荧光素酶报告基因检测miR-34a的靶基因,子宫内膜癌Ishikawa细胞转染miR-34a mimics及对照miR-NC,并转染Notch表达载体,通过MTT和流式细胞术分别检测miR-34a和Notch1对子宫内膜癌Ishikawa细胞增殖和凋亡的影响,并通过Western blot检测miR-34a对Notch1蛋白表达的影响。结果:miR-34a在人子宫内膜癌组织中表达显著下调（P<0.05）,双荧光素酶报告基因实验证实miR-34a能与Notch1 3' UTR结合,miR-34a mimics能够显著抑制细胞活力（P<0.05）,促进细胞凋亡（P<0.05）,并且miR-34a mimics显著抑制Notch1蛋白表达（P<0.05）。结论:miR-34a能够通过调控靶基因Notch1的表达,抑制子宫内膜癌细胞的增殖,促进细胞凋亡。     

抑癌蛋白PTEN在雌激素和胰岛素样生长因子1诱导子宫内膜癌细胞ERK活化中的作用

背景与目的:雌激素和胰岛素样生长因子1(insulinlikegrowthfactor1,IGF-1)在子宫内膜癌细胞中的信号转导机制尚不清楚。本文拟研究雌激素和IGF-1在子宫内膜癌细胞信号转导中激活细胞外信号调节激酶(extracellularsignal-regulatedkinase,ERK)的情况,探讨与细胞骨架蛋白同源的磷酸酶(phosphataseandtensinhomologue,PTEN)在雌激素和IGF-1诱导的ERKs活化中的作用。方法:构建野生型PTEN和突变型PTEN(G129E)的逆转录病毒载体,体外转染Ishikawa细胞,用G418筛选稳定表达的细胞系。Westernblot检测PTEN基因在Ishikawa细胞中的表达,并检测和观察17-β-雌二醇和IGF-1对细胞系Ishikawa-EGFP(对照)、Ishikawa-PTEN和Ishikawa-PTEN(G129E)ERKs活化的浓度效应和时相特点,以及17-β-雌二醇在瞬时转染pCXN2hERα和pCXN2hERβ的NIH3T3细胞中激活ERK的情况。结果:IGF-1可激活ERK,以ERK2为主。不同浓度IGF-1作用于Ishikawa-EGFP和Ishikawa-PTEN时,对ERK2活化无明显区别。40μg/L的IGF-1作用显示5min时ERK2活化最明显。PTEN在IGF-1作用Ishikawa30min、2h和24h时均能抑制ERKs活化,而在5min时没有明显作用。40μg/LIGF-1刺激Ishikawa-PTEN(G129E)5min,和Ishikawa-EGFP相比,无明显改变。17-β-雌二醇可激活ERK,以ERK2为主。不     

TAN通过Galectin-9及其配体Tim-3途径促进子宫内膜癌细胞迁移、侵袭及血管生成

目的:探究肿瘤相关中性粒细胞（tumor associated neutrophil,TAN）对子宫内膜癌（endometrial cancer,EC）进展的影响,并初步研究相关的分子机制。方法:免疫组织化学染色检测15例子宫内膜癌患者肿瘤组织及癌旁组织内半乳糖凝集素9（Galectin-9）及其受体T细胞免疫球蛋白结构域分子3（Tim-3）、TAN的表达,实时荧光定量PCR（qRT-PCR）和Western blot检测组织内Galectin-9与Tim-3在mRNA和蛋白上的表达水平;从患者血液中分离TAN细胞,通过瑞士-吉姆萨染液染色和流式细胞术进行鉴定;建立人子宫内膜癌Ishikawa细胞与TAN细胞共培养体系,并用Tim-3/Galectin-9信号竞争性拮抗剂α-lactose或rhGAL-9培养Ishikawa细胞,CCK-8检测Ishikawa细胞增殖活性,Transwell法检测细胞迁移与侵袭能力,体外血管生成实验检测细胞血管生成情况,免疫荧光染色检测细胞内Galectin-9与Tim-3的荧光表达。结果:子宫内膜癌组织内Galectin-9和Tim-3均呈高表达,且存在中性粒细胞浸润现象;从患者血液中成功分离到TAN;Ishikawa细胞与TAN细胞共培养后,Ishikawa细胞增殖活性升高,迁移数目与侵袭数目均增加,形成血管的管道分支数目增加,Galectin-9与Tim-3的平均光密度值升高（P＜0.01）;在Ishikawa细胞与TAN细胞共培养体系中添加40 μmol/L α-lactose处理后,Ishikawa细胞增殖活性下降,迁移数目与侵袭数目均减少,血管管道分支数目也减少,Galectin-9与Tim-3的平均光密度值降低（P＜0.01）;而在Ishikawa细胞与TAN细胞共培养体系中添加2.0 μg/mL rhGAL-9作用后,Ishikawa细胞增殖活性升高,迁移数目与侵袭数目均明显增加,血管管道分支数目增加,同时,Galectin-9与Tim-3的平均光密度值升高（P＜0.01）。结论:肿瘤相关中性粒细胞能够提高子宫内膜癌细胞增殖活性,促进肿瘤细胞的迁移、侵袭以及血管生成,其分子机制可能与调控Galectin-9及其受体Tim-3表达相关。     

非小细胞肺癌PC-9细胞厄洛替尼耐药潜在机制的RNA测序分析

目的:通过RNA测序分析比较亲本PC-9细胞和厄洛替尼获得性耐药PC-9细胞（PC-9/ER）表达谱的差异,揭示非小细胞肺癌（NSCLC）表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKI）耐药的潜在机制。方法:采用间歇诱导方法,建立PC-9/ER耐药细胞株,通过MTT实验绘制厄洛替尼药物浓度-细胞存活率曲线。通过RNA测序分析PC-9/ER细胞的差异表达基因并进行GO和KEGG功能富集分析;通过qRT-PCR进一步筛选可能参与EGFR-TKI耐药的潜在基因或可能的靶点。结果:厄洛替尼对PC-9/ER细胞增殖的抑制率显著低于PC-9细胞的抑制率,PC-9/ER细胞的耐药指数为41.92。与PC-9细胞相比,RNA测序PC-9/ER细胞筛选出1 028个差异表达基因,其中720个基因表达上调,308个基因表达下调,而且差异表达基因显著富集在PI3K-AKT通路和癌症通路。qRT-PCR验证差异表达基因的转录水平与测序结果基本一致。结论:ST6GALNAC3、CYP1A1、PAPPA2、INHBE和ACSS3等基因可能参与EGFR-TKI的耐药过程,针对PC-9/ER细胞差异表达基因的后续实验可能为将来改善NSCLC的靶向治疗进一步提供实验和理论依据。     

敲低纤维连接蛋白1表达抑制甲状腺乳头状癌细胞增殖北大核心

目的:研究纤维连接蛋白1(fibronectin 1,FN1)对甲状腺乳头状癌细胞增殖的影响及相关分子机制。方法:采用慢病毒感染的方法敲低甲状腺乳头状癌细胞TPC-1和BCPAP中FN1的表达,通过CCK8实验证明FN1对甲状腺乳头状癌增殖的影响;采用三代测序技术对FN1敲低的TPC-1细胞及其对照组进行全长转录组测序,筛选差异表达基因,使用BMKCloud在线分析软件对差异基因行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库对筛选出的差异表达基因进行蛋白互作网络分析。结果:敲低FN1能够抑制甲状腺乳头状癌细胞的增殖;FN1敲低后与对照组转录本的表达差异明显,GO功能富集显示差异转录本主要集中在细胞过程、细胞部分的组成、细胞黏附功能、催化活性功能,在KEGG富集上显示在HIF-1信号途径、糖酵解、碳代谢富集明显,PPI结果显示FN1和HSPA8是关键蛋白。结论:本研究通过细胞实验证明敲低FN1的表达能够抑制甲状腺乳头状癌细胞的增殖,测序及生物信息学分析为后续甲状腺乳头状癌诊断及靶向治疗的进一步研究提供数据支持。     

PM2.5染毒HBE细胞前后差异表达的microRNAs及其生物信息学分析

目的：采用microRNA（miRNA）测序和生物信息学方法，分析大气细颗粒物（PM_2.5）染毒人支气管上皮HBE细胞前后差异表达的miRNAs，预测差异miRNAs的生物学功能和信号转导途径。方法：用50 μg/mL的PM_2.5混悬液染毒HBE细胞，以未染毒组作为对照组，处理24 h后提取总RNA样品，Small RNA样品预处理试剂盒构建文库，并利用illumina HiSeq^TM 2500/MiSeq测序平台进行高通量测序。以调整后P < 0.05的筛选标准得到差异miRNAs，使用miRanda和RNAhybrid两个软件共同预测差异miRNAs的靶基因并进行GO和KEGG功能富集分析，利用STRING数据库和Cytoscape软件对miRNAs和靶基因及靶基因之间的相互作用关系进行可视化分析。结果：高通量测序方法共检测到PM_2.5染毒前后的包含1 137个miRNAs的表达谱，27个为差异表达的miRNAs，其中7个上调，20个下调。GO和KEGG富集分析发现，这些差异miRNAs主要参与细胞代谢、酶活性调节等生物学过程，聚集于胞内如细胞质、细胞器等，涉及代谢途径、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路等与细胞增殖、分化、凋亡及癌症发生等相关的重要信号通路。此外，通过构建相互作用网络图，鉴定了miR-371b-3p、miR-371a-5p、miR-27a-3p、miR-7-5p、miR-372-3p等相互作用数量前11位的核心miRNAs，以及3个核心靶基因（VEGFA、MAPK3、CCR5）。结论：PM_2.5染毒HBE细胞后引起了27个miRNAs的差异表达，涉及PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路及MAPK信号通路等与癌症发生发展相关的重要信号通路，其中筛选了11个核心miRNAs和3个核心基因，为深入研究PM_2.5致癌毒理作用机制提供了实验依据。     

PM2.5染毒HBE细胞前后差异表达的microRNAs及其生物信息学分析

目的：采用microRNA（miRNA）测序和生物信息学方法，分析大气细颗粒物（PM_2.5）染毒人支气管上皮HBE细胞前后差异表达的miRNAs，预测差异miRNAs的生物学功能和信号转导途径。方法：用50 μg/mL的PM_2.5混悬液染毒HBE细胞，以未染毒组作为对照组，处理24 h后提取总RNA样品，Small RNA样品预处理试剂盒构建文库，并利用illumina HiSeq^TM 2500/MiSeq测序平台进行高通量测序。以调整后P < 0.05的筛选标准得到差异miRNAs，使用miRanda和RNAhybrid两个软件共同预测差异miRNAs的靶基因并进行GO和KEGG功能富集分析，利用STRING数据库和Cytoscape软件对miRNAs和靶基因及靶基因之间的相互作用关系进行可视化分析。结果：高通量测序方法共检测到PM_2.5染毒前后的包含1 137个miRNAs的表达谱，27个为差异表达的miRNAs，其中7个上调，20个下调。GO和KEGG富集分析发现，这些差异miRNAs主要参与细胞代谢、酶活性调节等生物学过程，聚集于胞内如细胞质、细胞器等，涉及代谢途径、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路等与细胞增殖、分化、凋亡及癌症发生等相关的重要信号通路。此外，通过构建相互作用网络图，鉴定了miR-371b-3p、miR-371a-5p、miR-27a-3p、miR-7-5p、miR-372-3p等相互作用数量前11位的核心miRNAs，以及3个核心靶基因（VEGFA、MAPK3、CCR5）。结论：PM_2.5染毒HBE细胞后引起了27个miRNAs的差异表达，涉及PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路及MAPK信号通路等与癌症发生发展相关的重要信号通路，其中筛选了11个核心miRNAs和3个核心基因，为深入研究PM_2.5致癌毒理作用机制提供了实验依据。     

PARP1对黑素瘤细胞克隆形成的影响及其作用机制

目的:探究聚二磷酸腺苷核糖多聚酶1［poly (ADP-ribose) polymerase 1,PARP1］对黑素瘤细胞克隆形成的影响及可能的作用机制。方法:在黑素瘤A2058细胞系中利用小干扰RNA干涉PARP1表达水平,利用平板克隆形成实验观察干涉PARP1对黑素瘤细胞克隆形成的影响。提取PARP1干涉片段及对照片段转染细胞的总RNA进行全基因组表达谱芯片检测。Realtime RT-PCR对部分差异性基因进行验证。应用DAVID数据库对差异性基因进行GO及KEGG通路富集分析。Realtime RT-PCR对富集分析结果中可疑靶基因进行验证。结果:干涉PARP1表达可显著抑制黑素瘤细胞克隆形成。全基因组芯片结果显示干涉PARP1表达可引起128个基因表达上调,77个基因表达下调。通过Realtime RT-PCR对部分差异表达基因进行验证,结果表明与芯片筛选结果一致。GO和KEGG富集分析结果显示PARP1调控的差异性表达基因在生物学功能及参与的信号通路中存在部分交集,即MAPK信号通路及其正向调控机制。双特异性磷酸酶5（DUSP5）作为MAPK通路中的抑制分子,Realtime RT-PCR证实干涉PARP1可促进其表达水平升高。结论:干涉PARP1可能通过促进DUSP5表达从而抑制MAPK信号通路活性,进而发挥抑制黑素瘤细胞克隆形成的作用。     

肺癌缺氧A549细胞的microRNA芯片表达谱分析

目的:研究缺氧对肺腺癌A549细胞中microRNA表达谱的影响,分析靶基因参与的生物学功能和通路。方法:基于miRNA芯片技术和生物信息学分析方法,分析缺氧条件和正常氧条件下培养的A549细胞中差异表达的miRNA,并预测这些miRNA的靶基因,分析靶基因参与的生物学功能和通路。结果:本研究共筛选出14个差异表达miRNA,包括9个在缺氧细胞中上调miRNA和5个下调miRNA。上调和下调miRNA的靶基因都参与DNA转录、核染色质修饰等功能,并且都参与Wnt信号、TGF-β信号和MAPK信号通路。结论:缺氧的肺腺癌A549细胞中miRNA表达谱发生了显著改变,差异表达miRNA对某些基因具有调控作用。     

长链非编码RNA在喉乳头状瘤中的表达及功能分析

目的:分析喉乳头状瘤（laryngeal papilloma,LP）中长链非编码 RNA(long chain non-coding RNA,lncRNA)的差异表达谱并预测其靶基因,为喉乳头状瘤的治疗及预防提供新的思路及靶点。方法:用RNA-seq技术对喉乳头状瘤组织及瘤旁组织测序,以差异倍数（FC）作为标准筛选差异表达lncRNAs,分析并提取10 kb范围内lncRNA顺式调控靶标基因,并进入基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析其生物学功能及参与信号通路等。结果:共筛选出227个差异表达基因(Log2FC≥2或≤0.5,P<0.05),其中高表达的上调基因76个(33%)、下调基因151个(67%)。满足位置要求和共表达关系的lncRNA顺式调控靶标基因共有44个,并进入GO和KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因GO BP显著富集在信号传导,KEGG通路显著富集在MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路。结论:lncRNA差异表达及其靶基因以及相关信号通路可能与喉乳头状瘤复发及其癌变密切相关。     

肺癌患者血浆外泌体microRNAs标志物的筛选

目的:筛选肺癌患者血浆外泌体中的异常microRNA(miRNA),以期为肺癌筛查及辅助诊断提供新的标志物和方向。方法:选择6名肺癌患者(腺癌3例、鳞癌2例,小细胞肺癌1例)和4名健康对照者血浆样本,采用差速离心法提取血浆外泌体,采用Agilent Bioanalyzer对抽提的RNA进行质量检验,对血浆外泌体miRNA进行高通量测序分析,采用TargetScan、PITA和miRNAorg数据库进行靶基因预测,应用R软件进行靶基因的KEGG和GO分析。结果:miRNA表达分析发现,与正常对照者比较,肺癌患者血浆外泌体中有142种miRNAs表达异常,其中62种miRNAs表达上调,80种miRNAs表达下调。GO分析显示,这些miRNAs的靶基因主要参与了以DNA为模板的转录、转录调控及信号转导等。KEGG分析显示,这些miRNAs的靶基因主要参与轴突导向信号通路、钙信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节等。结论:通过对肺癌患者和健康对照者血浆外泌体miRNAs进行高通量测序,初步筛选出差异表达miRNA,经生物信息学分析,推测其对肺癌转移具有良好预测潜力,有望成为肺癌筛查和辅助诊断的候选生物标志物。     

基于生物信息学分析的结肠癌枢纽基因筛选及调控网络构建

目的:联合多种生物信息学分析方法筛选结肠癌枢纽基因,进一步对枢纽基因进行分析并构建调控网络,以期探索结肠癌的发病机制。方法:从GEO基因芯片数据库筛选结肠癌组织的基因表达数据集,利用在线工具GEO2R筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEG),对差异基因进行Gene Ontolog(GO)分析、KEGG通路分析、蛋白相互作用网络构建等。结果:共纳入2个结肠癌GEO数据集（GSE41258和GSE44076）,筛选出在这2个数据集中有交集的差异表达2倍以上的基因120个,其中表达上调的基因29个,表达下调的基因91个。对上述120个差异表达基因进行KEGG通路分析发现近端小管碳酸氢钠回收、氮素代谢、胰液分泌、PPAR信号通路等与结肠癌的发生密切相关。利用STRING及Cytoscape软件筛选得到包括趋化因子1（CXCL1）、基质金属蛋白酶1 （MMP1）、MMP7等在内的10个调控结肠癌发生的枢纽基因,进一步在TCGA数据库中验证这些基因的表达。结论:通过生物信息学方法有效地筛选出与结肠癌发生密切相关的枢纽基因,为进一步研究其机制提供了理论依据。     

基于竞争性内源RNA网络探讨豆甾醇干预肺鳞癌的作用机制

目的：利用生物信息学和网络药理学方法,对肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库进行分析,探究豆甾醇与肺鳞癌（LUSC）发生发展相关的调控网络及药物作用机制。方法：综合TCGA RNA-seq数据,利用R 4.0.2进行加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异表达分析、基因本体论（GO）分析和蛋白相互作用网络（PPI）分析筛选核心基因,构建竞争性内源RNA（ceRNA）网络,基于网络药理学进行分子对接,分析豆甾醇作用于LUSC的机制。结果：WGCNA联合差异表达分析共确定801个信度高的基因,它们与染色体分离、有丝分裂核分裂、染色体着丝粒区域等功能密切相关。基于PPI分析得出前10个关键基因（CDC20、BUB1、CCNB2、BUB1B、CDK1、CCNB1、KIF2C、NDC80、CDCA8、CENPF）,且均与生存率密切相关,最终构建了CDCA8与上游miRNA hsa-let-7b-5p及与之关联的14个lncRNAs的ceRNA网络。豆甾醇与CDCA8对接良好。结论：14个lncRNAs与hsa-let-7b-5p竞争性调控CDCA8,可能在肺鳞癌发生发展过程中发挥重要作用,可能是豆甾醇干预LUSC的潜在机制。