首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到10条相似文献,搜索用时 31 毫秒
1.
目的探讨不依赖序列的单引物扩增技术结合Ion Torrent高通量测序平台对重症肺炎患儿呼吸道肺泡灌洗液进行病毒病原体宏基因组检测的效果。方法取临床重症肺炎患者肺泡灌洗液标本,进行病毒基因组核酸DNA/RNA的提取,随机引物扩增建库后,进行Ion Torrent高通量测序分析,测序结果进行本地blast分析筛选病毒序列,运用MetaVir数据库进行病毒归类分析。结果一共获得591 593条序列读长,病毒序列3 545条,占0.6%,其中主要病毒及序列有腺病毒1 760条(49.6%),淋巴囊肿疾病病毒1 422条(40.1%),Taterapox病毒65条(1.8%),智利巨型病毒37条(1.0%),云杉卷蛾雕背姬蜂病毒33条(0.9%),猫白血病病毒32条(0.9%),网状内皮组织增生证病毒30条(0.8%),RD114逆转录病毒18条(0.5%);呼吸道病原体荧光定量聚合酶链反应结果为腺病毒7型,提示患者腺病毒7型感染。结论该研究初步建立的病毒宏基因组分析技术平台可用于呼吸道相关已知和未知病毒病原体鉴定。  相似文献   

2.
摘要:目的:评价Ion Torrent测序技术检测Ⅰ型神经纤维瘤(NF1)基因及其突变类型的可行性。 方法:提取12例NF1患者的外周血DNA,用Ion Torrent个体化基因测序仪(PGM)对患者NF1基因进行测序,用Sanger测序法验证NF1基因相应的突变位点,Ion Torrent PGM检测后覆盖缺失的外显子样本用Sanger测序法重新检测。 结果:检测到10例患者存在NF1基因致病突变,其中2种无义突变,5种小缺失或插入突变,1种错义突变,2种剪接突变。2例患者未检测到致病突变。 结论:Ion Torrent测序技术检测含有大量外显子的NF1基因快速、准确;NF1基因突变可导致氨基酸密码子提前终止。  相似文献   

3.
目的:探讨通过自主设计定制的MPN致病相关基因的多重PCR引物试剂盒,使用Ion Torrent PGM第二代测序平台快速和准确地获取MPN患者基因突变信息的可行性和可靠性。方法:收集2015年1月至2015年10月就诊于南方医院血液科,经Sanger测序法检测JAK2V617F+和(或)CALR+、Ph-的10例MPN患者骨髓标本,然后使用Ion Torrent PGM第二代测序复核检测骨髓并对比两种方法结果的一致性。结果:Ion Torrent PGM第二代测序检测JAK2V617F、CALR和MPL就这3个基因而言,所有样本CALR基因52 bp缺失均未被检测出,其余测序结果与Sanger测序结果完全一致。结论:Lon Torrent PGM测序平台检测MPN患者多个基因突变,方法上具有可行性,能满足临床检测需求。本研究方法在1-2 d内可完成23个基因突变检测,具有灵敏、特异、快速、高通量及低成本的优势。  相似文献   

4.
目的探讨Ion Torrent PGMTM测序平台用于急性髓系白血病(AML)患者基因突变检测的可行性。方法提取27例AML患者初次治疗前的骨髓DNA,用Ion Torrent PGMTM测序仪对50个常见的肿瘤基因热点突变区进行检测,同时用Sanger测序法检测FMS样酪氨酸激酶3(FLT3)和核仁磷蛋白1(NPM1)基因的突变情况以进行验证。结果 50个目标基因中检出17个基因共29个突变位点,单个基因有多种突变方式,以单碱基替换为主。突变频率最高的是NPM1(22.2%)和FLT3(18.5%)。用Sanger测序法验证,NPM1两种方法检测的吻合度为100%,在FLT3验证中,其中有1例Sanger测序为阳性,而Ion Torrent PGMTM检测为阴性。结论 Ion Torrent PGMTM能够在短时间内得到AML患者的基因突变谱,但其在检测长片段插入/缺失中的缺陷仍需改进。  相似文献   

5.
目的应用非对称PCR-荧光偏振(FP)技术建立一种同步检测全血中4种主要疱疹病毒(单纯疱疹病毒1/2型,巨细胞病毒、EB病毒)的新方法。方法以人疱疹病毒属通用引物行非对称PCR,扩增从179例样本中抽提的DNA。PCR扩增产物与特异性单纯疱疹病毒1/2型(HSV-1/-2)、巨细胞病毒(CMV)和EB病毒(EBV)寡核苷酸探针混合物温育杂交,荧光偏振检测技术检测杂交液荧光偏振值,据荧光偏振值判断病毒感染类型,并以DNA序列测定结果为参照。结果与DNA序列测定的阳性检测符合率为100%,但DNA序列测定检测均未检出多重混合感染。非对称PCR-FP方法对HSV-1/-2检测的灵敏度达到1.0×10~3拷贝/ml,对EBV和CMV检测的灵敏度达到2.0×10~3拷贝/ml。结论本法对于4种主要疱疹病毒感染的筛查及预防、预后判断具重要价值。  相似文献   

6.
目的了解健康人群和丙型肝炎病毒(HCV)-RNA阳性患者血清标本中病毒群落的组成;比较健康组与HCV感染组血清标本中病毒群落组的差异性;挖掘新型HCV及其他新病毒。方法提取血浆样品中的全部核酸,反转录后采用Illumina index primers进行扩增构建病毒文库,随后进行Miseq深度测序,通过生物信息学分析筛选出与病毒相关的序列。结果 HCV01文库中总病毒序列数为1 514条,主要由黄病毒科(48%)、指环病毒科(29%)、反转录病毒科(7%)、微小噬菌体科(2%)构成;HCV02文库中总病毒序列数为2 820条,主要由指环病毒科(61%)、黄病毒科(18%)、反转录病毒科(8%)、微小噬菌体科(1%)构成;HCV03文库中总病毒序列数为3 534条,主要由指环病毒科(78%)、黄病毒科(4%)、反转录病毒科(4%)、人类内源性反转录病毒科(2%)、微小噬菌体科(1%)构成;HCV04文库中总病毒序列数为3 549条,主要由指环病毒科(90%)、反转录病毒科(2%)构成。结论血液中存在多种病毒,HCV感染患者血液中主要存在指环病毒科、黄病毒科、反转录病毒科病毒,而健康人群血液中主要为指环病毒科、反转录病毒科病毒;血清中HCV水平可能对指环病毒科病毒的复制有抑制作用,即HCV水平越高则指环病毒科病毒水平越低。  相似文献   

7.
目的用Ion Torrent半导体测序技术对11个血友病B(HB)家系的F9基因进行序列分析,寻找致病突变,并为遗传咨询和产前诊断提供依据。方法采集11个HB家系先证者及女性成员的外周血样本,抽提基因组DNA,利用Ion Torrent半导体测序技术检测F9基因致病突变,对发现的致病突变进行Sanger测序验证。进一步对7例高危家系孕妇进行羊膜腔穿刺,采集胎儿羊水样本,并进行产前诊断。结果 13例HB患者均存在F9基因致病性突变,共发现10种突变,其中1种为新的突变类型。对8例胎儿进行产前诊断,其中1例为半合子突变,2例为杂合突变,5例不携带母源致病突变。结论用Ion Torrent半导体测序技术检测F9基因的突变谱,对于HB家系携带者的产前诊断具有一定的临床意义。  相似文献   

8.
目的应用Ion Torrent半导体靶向测序技术检测1例枫糖尿症(MSUD)患儿的致病基因突变,明确其致病突变,并探讨该技术用于复杂单基因病检测的可行性。方法采集患儿外周血,提取基因组DNA,经多重PCR扩增富集目的基因片段,构建平均片段大小为300bp左右的文库,经乳液PCR及磁珠颗粒富集,最后采用318半导体测序芯片进行高通量测序,应用Ion Torrent Suite v3.0软件进行数据提取、序列比对及SNPs和Indels提取,再用dbSNP 137数据库过滤得到SNPs和Indels,可疑突变经Sanger法测序验证。结果检出患儿1个新发错义点突变并通过Sanger测序验证,突变是BCKDHB基因第6外显子的NM183050:c.586CT(p.His196Tyr)。结论 Ion Torrent半导体靶向测序技术可对复杂单基因遗传病进行快速、准确地基因诊断。  相似文献   

9.
目的评价Ion Torrent PGMTM测序仪检测苯丙酮尿症(PKU)患儿苯丙氨酸羟化酶基因(PAH)突变的可行性。方法提取15例确诊为经典型PKU的患儿及其父母外周血DNA,对PAH全部外显子及外显子-内含子交界区进行PCR反应,用Ion Torrent PGMTM测序仪测序,再对检出突变的样本进行Sanger法验证。结果 Ion Torrent PGMTM平均覆盖深度为1 465倍,平均覆盖率为99.3%;共检出29个突变位点,分属17种突变,其中p.P292L为新发突变,所有检测结果均与Sanger法相一致。结论用Ion Torrent PGMTM测序仪可快速简便检测PKU患儿PAH基因突变。  相似文献   

10.
正疱疹病毒(herpes viruses)是一类有包膜、基因组为双链DNA的病毒。目前发现的能感染人的疱疹病毒有8种,包括:单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus-1,HSV-1),单纯疱疹病毒2型(herpes simplex virus-2,HSV-2),水痘-带状疱疹病毒(varicella zoster virus,VZV),EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV),人类巨细胞病毒(human cytomegalovirus,HCMV),人类疱疹病毒6型(HHV-6),人类疱疹病毒7  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号