江西省部分医院临床分离沙门菌耐药性与分子分型研究

摘要 目的 〖HT5"SS〗研究江西省部分医院临床分离的致泻沙门菌耐药性与分子分型,为临床科学选择抗菌药物提供参考。方法 采用微量肉汤稀释法和基因检测技术,对江西省部分医院临床分离的腹泻性沙门菌进行药敏试验和基因分析。结果 从医院住院感染性腹泻患者送检标本中分离出沙门菌103株,对四环素耐药率达到61.17%,有27.18%的菌株呈现多重耐药性。该省多数地区医院分离的沙门菌对磺胺类、四环素类、头孢类抗菌药物耐药率均有上升趋势,对喹诺酮类抗菌药物较敏感。从2015年分离的菌株基因分型检测发现52种带型,每种带型包含菌株为1～3株,相似度为0%～100%。结论 该省医院分离的腹泻感染沙门菌耐药状况比较严重,菌株PFGE带型呈现多样性,提示应加强抗菌药物管理。     

2016-2019年北京市海淀区沙门菌血清分布、分子分型及耐药性分析

  目的  分析北京市海淀区沙门菌血清分布、脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型和耐药情况,并找出其相关性,从而掌握海淀区沙门菌的流行特征和耐药现状。  方法  对2016 — 2019年北京市海淀区检出的76株沙门菌进行血清分型、PFGE分型和药敏试验。  结果  肠炎沙门菌菌株占比最高,为59.2%（45/76）;76株沙门菌经PFGE聚类分析得到35种带型,各带型之间相似度为48.7%～100.0%,其中,51株沙门菌聚集形成4个簇（带型相似度≥85%）;76株沙门菌药物敏感率最高的为亚胺培南100.0%（76/76）,中介率最高的为左氧氟沙星80.3%（61/76）,耐药率最高的为萘啶酸68.4%（52/76）;总体多重耐药率为52.6%（40/76）,呈现出27种多重耐药谱。  结论  2016 — 2019年北京市海淀区沙门菌血清型和PFGE带型一致性很高,同一血清型菌株PFGE带型相同或相似度很高。 相同血清型沙门菌,PFGE带型相同或成簇的菌株间耐药谱有很强的关联性。     

1995-2016年新疆维吾尔自治区伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型分析

目的 通过对新疆维吾尔自治区（新疆）1995-2016年伤寒沙门菌进行分子流行学特征分析,为今后监测和疫情预警提供依据。方法 利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对527株伤寒沙门菌进行分子分型和流行特征研究。结果 527株伤寒沙门菌分为145个PFGE带型,条带相似度为57.42%~100.00%。有部分带型多年持续存在,且出现在不同地区。共发现32组分子分型成簇性病例。结论 新疆伤寒沙门菌在基因型上存在高度多态性,同时也有优势带型长期连续存在,且存在分子分型成簇性病例,需要加强实验室监测。     

2012－2018年江苏省无锡市肠炎沙门菌药物敏感性与分子分型研究

  目的   分析2012 — 2018年江苏省无锡市肠炎沙门菌分离株的药物敏感性和分子分型。   方法   收集2012 — 2018年分离自无锡市食源性疾病监测哨点医院门诊腹泻患者、从业体检人员、食物中毒以及环境水样监测的110株肠炎沙门菌菌株,采用BD Phoenix全自动细菌鉴定/药敏系统测试方案和脉冲场凝胶电泳（PFGE）方法,进行药物敏感性试验和PFGE分子分型分析。   结果   110株肠炎沙门菌对环丙沙星、厄他培南、亚胺培南、美罗培南、阿奇霉素和头孢他啶/阿维巴坦6种抗生素均敏感,对萘啶酮酸、氨苄西林和氨苄西林/舒巴坦的耐药率较高;77（70.00%）株菌为多重耐药,以耐3种抗生素为主（45.45%,50/110）。PFGE将110株菌分为39个带型,各带型包含1～31株菌,EN17、EN21和EN24为优势带型。   结论   无锡市肠炎沙门菌耐药状况严重,应引起重视,菌株的分子分型多样,具有优势带型。     

2010-2013年广东省深圳市南山区腹泻患者沙门菌血清学和脉冲场凝胶电泳分析

目的 分析广东省深圳市南山区2010-2013年哨点医院腹泻患者分离的沙门菌血清型分布和脉冲场凝胶电泳(PFGE)带型. 方法 对1868份腹泻患者的粪便标本进行沙门菌分离、鉴定、血清学分型和脉冲场凝胶电泳. 结果 共分离到92株沙门菌,总分离率为4.93%.4～10岁年龄组腹泻病例的沙门菌分离率最高,达23.21%,1～3岁组次之,达8.26%,1岁组和11岁各年龄组分离率差异无统计学意义,介于1.45%～5.41%.性别和分离年份差异无统计学意义.92株沙门菌分布于19种血清型,鼠伤寒沙门菌最多,占38.04%,肠炎沙门菌次之,占31.52%,第3位是斯坦利沙门菌,占7.61%.61株沙门菌可以分为41种PFGE带型,每种带型最多有7株菌.鼠伤寒门菌产生17个PFGE带型,主要带型为 T1型,肠炎沙门菌的带型为E1型.发现2起家庭聚集性的沙门菌感染,1起为罗森沙门菌感染导致的1对双胞胎幼儿发病,另1起为1对夫妇和1位老人在家庭聚餐后感染肠炎沙门菌. 结论 4～10岁年龄组腹泻病例沙门菌分离率最高,需高度重视该年龄组的卫生习惯和卫生状况;本地区腹泻患者沙门菌血清型以鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌为主;PFGE分型及时能对传染病的预防和控制起到重要作用.     

2018-2020年福建省南平市沙门菌分子分型及耐药性分析

目的 了解2018—2020年福建省南平市沙门菌血清学分型、分子分型及耐药情况,为沙门菌引起的食源性疾病的溯源和临床合理用药提供指导。方法 依据GB 4789.4-2016《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门菌检验》微生物检验方法和《食源性疾病监测工作手册》对收集到的样本进行检测,采用分离培养及生化实验进行沙门菌鉴定,利用玻片凝集法进行血清学试验,利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对分离到的菌株进行遗传相关性分析,用微量肉汤稀释法进行耐药性分析。结果 55株沙门菌菌株分属21种血清型,以肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为主,分别占30.90%和29.09%;食品中分离的沙门菌有19种血清型,食源性疾病病例中分离的沙门菌有4种血清型;菌株的PFGE形成13种带型,具有多态性,相似度为37.29%～100.00%,总体相似度达到63.77%。同一血清型可出现不同的PFGE带型,部分肠炎、鼠伤寒、唐卜逊沙门菌出现成簇现象。沙门菌对氨苄西林、萘啶酸、磺胺异恶唑有较高的耐药性,分别达到67.27%、65.45%、54.55%。对三代头孢菌素类药物（头孢他啶、头孢西丁）和庆大霉素以及阿奇霉素等药物敏感。...     

2017年四川省内江市鼠伤寒沙门菌监测与分子分型研究

目的 了解四川省内江市食源性鼠伤寒沙门菌分子分型结果与流行情况,为该菌的防控提供参考依据。方法 收集内江市所有哨点医院食源性疾病病例资料,并采集粪便标本进行沙门菌分离培养,使用脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型,使用Bionumerics 6.6软件进行电泳图谱分析。结果 2017年共分离到48株鼠伤寒沙门菌,主要分离自儿童。5-10月是发病高峰,病例占全年的89.6%（43/48）,7月发病最多（17/48）。PFGE分型结果获得39种带型,每种带型包含菌株1~5株不等,相似度区间（65%~100%）,有5组相似度100%的菌株,但病例之间无密切接触史,其中1组均有皮蛋暴露史。结论 内江市鼠伤寒沙门菌在儿童中流行较广,夏秋季节感染患者多,皮蛋可能是潜在的感染来源。分子分型结果提示菌株之间有一定的关联性,少数菌株具有引起暴发的潜力,应加强该菌的监测和防控。     

沙门菌监测点汤卜逊沙门菌分离株的分子分型和耐药性分析

目的应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征。方法抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）。结果药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率最高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素（头孢噻肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋）均未产生耐药性。PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sal16位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别。结论分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发。目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化。     

中国肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型数据库的分析

目的 了解近几年我国肠炎沙门菌临床分离株的流行病学及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型特点,为以实验室为基础的食源性疾病暴发的发现及疫情控制提供依据。 方法 根据PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案,对2004-2012年分离自我国13个省(直辖市)的981株肠炎沙门菌进行流行病学及PFGE分子分型分析。 结果 981株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE获得126种带型,其分辨能力(D值)为0.8336。优势带型为JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001、JEGX01.CN0002、JEGX01.CN0005和JEGX01.CN0016。暴发相关带型是JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001和JEGX01.CN0150。肠炎沙门菌优势带型PFGE的共有条带分别为(0.8%)655、325、310、245、178和110 kbp。 结论 我国肠炎沙门菌临床分离株存在PFGE优势型别,PFGE对于肠炎沙门菌XbaⅠ单酶切分型能力有限,用于暴发确认或发现时需多种酶切联合使用,提高分辨能力。     

89株山夫登堡沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型及耐药性分析研究

目的 分析2005-2011年杭州市下城区89株山夫登堡沙门菌的脉冲场凝胶电泳(pulse-field gel electrophoresis,PFGE)分子型别和耐药性,建立杭州市沙门菌指纹图谱数据库。 方法 89株山夫登堡沙门菌用XbaⅠ酶切、PFGE获得电泳图谱,使用BioNumerisc统计软件聚类分析比较同源性。采用K-B法测定菌株对抗生素敏感性。 结果 以相似度85%为判定标准,89株山夫登堡沙门菌可分为10个PFGE带型,其中68株集中在一个PFGE基因型内。不同年份基因型无明显规律性。89株山夫登堡沙门菌对所选11种抗生素敏感性85.19%。 结论 杭州市下城区2005-2011年分离的89株山夫登堡沙门菌有明显的克隆株优势带型存在,对抗生素敏感性较高。     

2014—2018年仙桃市伤寒沙门菌分子分型及耐药性分析

目的了解仙桃市伤寒沙门菌的耐药性及分子分型特征。方法收集2014—2018年分离的29株伤寒沙门菌开展药敏试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型及多位点序列分型(MLST)分析。结果药敏结果显示,29株伤寒沙门菌中27株菌对26种临床常见抗菌药物均为敏感/中度敏感,余2株菌有不同程度的耐药性,其中1株菌株耐药谱分布较广,对β-内酰胺/β-内酰胺抑制剂复合物类药物耐药。PFGE结果显示,29株伤寒沙门菌可分为6种PFGE型别,其中流行优势型为HuBXTSal003型别。MLST分型显示,29株菌株共有2种序列型,其中ST2为优势ST型。结论仙桃市伤寒沙门菌株存在优势PFGE带型及优势ST型,有多重耐药菌株出现。     

沙门菌血清型多态性与PFGE分型及其相关性研究

目的分析上海青浦区沙门菌血清型的分布情况和分子分型多态性,以及血清型与分子分型的相关性。方法从2015—2018年的人源性样品中分离并收集384株沙门菌,采用玻片凝集法进行血清学分型,脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行基因分型,BioNumerics软件进行聚类分析。结果 384株沙门菌可分为10个血清群、34个血清型别;以鼠伤寒和肠炎沙门菌为优势血清型,分别占24.7%和21.9%;常见血清型有伦敦、德尔卑、罗森、婴儿沙门菌等。341株菌株完成PFGE分型,以肠炎沙门菌的优势簇为主。结论 2015—2018年上海市青浦区沙门菌的血清型别和基因型表现出多态性的特征,各年份优势血清型稳定。同一血清型的沙门菌分子分型基本位于同一聚类簇中,但有部分血清型沙门菌表现出高度的遗传变异性。     

2008－2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药与分子分型研究

  目的  分析2008—2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药特征及分子分型特征。  方法  基于肠道病原监测平台收集的分离于2008—2018年的109株人源鼠伤寒沙门菌,采用生化检测试剂条和血清凝集试验进行菌株复核,采用微量肉汤法进行药敏试验,通过聚合酶链式反应方法检测β-内酰胺类、喹诺酮类和大环内酯类药物相关耐药基因,并通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型分析。  结果  北京市鼠伤寒沙门菌对传统抗生素普遍耐药,多重耐药率达52.29%,对临床一线推荐药物环丙沙星、头孢类药物和阿奇霉素的耐药率分别为21.10%,17.43%和1.83%。 还发现了对头孢类药物和环丙沙星共同耐药以及对头孢类药物和阿奇霉素共同耐药的菌株。 耐药基因检测结果显示,耐头孢类药物菌株中,最常见的超广谱β-内酰胺酶基因是bla_TEM-1,其次是bla_CTX-M-14,同时也首次于鼠伤寒沙门菌中发现了bla_OXA-29基因的携带。 环丙沙星耐药主要与gyrA、parC和parE基因的点突变有关。 耐阿奇霉素菌株中未检测出相关耐药基因。PFGE分子分型结果显示,109株菌可分为67个带型,存在包含13株菌的优势带型。  结论  北京市人源鼠伤寒沙门菌耐药形势严峻,PFGE图谱呈多态性分布,相同PFGE带型菌株间具有更相似的耐药谱,需进一步加强肠道病原菌的耐药监测以有效控制耐药性的传播扩散。     

鼠伤寒沙门菌分子分型及耐药性特点

目的了解广州市鼠伤寒沙门菌的分子分型以及耐药性特点。方法利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术对鼠伤寒沙门菌进行分子分型,采用纸片扩散(K-B)法进行药敏试验,且采用WHONET 5.6软件对药敏结果进行耐药分析。结果 PFGE结果聚类分析将44株鼠伤寒沙门菌分为15型,其中PFGE9型、PFGE8型、PFGE3型为广州市的优势菌型,菌株比例为54.5%(24/44)。耐药表型分型可将其分为21型,多重耐药菌占61.4%(27/44)。结论广州市鼠伤寒沙门菌分子分型呈多样性,分离株的多重耐药较为严重。     

2013-2015年安徽省合肥市食源性疾病患者分离沙门菌的病原学特征分析

目的分析安徽省合肥市食源性疾病患者所分离沙门菌的血清型别以及脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子型别特点。方法对2013 — 2015年在合肥市2家哨点医院就诊的2 618例食源性疾病患者，进行沙门菌的分离鉴定以及血清学分析，并用Xba Ⅰ酶切进行PFGE分析其分子型别特征。结果在2 618份患者标本中，共检测出76株沙门菌，总检出率为2.9%，共分为17种血清型，鼠伤寒沙门菌检出率最高，其次为肠炎沙门菌。 69株沙门菌经Xba Ⅰ酶切，共产生53种PFGE带型，每种带型包含1 ~ 5株沙门菌，其中鼠伤寒沙门菌共产生20种带型，肠炎沙门菌共产生10种带型。结论初步了解合肥市食源性疾病沙门菌感染是一种以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主、多血清型长期共存的散发性感染，获得了本地区食源性疾病沙门菌感染的基线水平的血清型别和PFGE分子分型数据库，为后续暴发监测奠定了基础。     

食源性沙门菌感染的实验室诊断及鼠伤寒沙门菌同源性分析

目的用改良的沙门菌分离鉴定方法提高肠道沙门菌的检出率,初步掌握上海市主要沙门菌流行状况及菌型分布,建立沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型数据库,以便在发生沙门菌病时快速溯源,为控制该病的传播提供技术支撑。方法用改良的沙门菌鉴定方法对可疑肠道粪便标本进行分离、培养和鉴定;用PFGE对鼠伤寒沙门菌进行DNA分子分型,分析试验菌株的同源性。结果用改良的沙门菌鉴定方法分离出的沙门菌中以肠炎沙门菌为主,占全部菌株的42.1%,其次为鼠伤寒沙门菌,占13.2%。PFGE分析的10株鼠伤寒沙门菌分成A、B 2个PFGE型,其中A型菌株6株,B型菌株4株。A型菌株有4个亚型。结论改良的沙门菌鉴定方法可以有效提高沙门菌的检出率;PFGE是一种研究鼠伤寒沙门菌分子分型的有效方法,鼠伤寒沙门菌的分型结果显示了相对集中的亲缘关系。     

2003-2014年浙江省宁波市肠炎沙门菌分子分型及耐药特征研究

目的 分析浙江省宁波市2003-2014年肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型及耐药特征。方法 采用PulseNet China网络实验室的标准方法,对2003-2014年间分离的68株肠炎沙门菌进行Xba Ⅰ和Bln Ⅰ酶切分型,使用BioNumerics软件对菌株的PFGE图谱进行聚类分析;使用纸片扩散法检测菌株对10种抗生素的耐药性。结果 68株肠炎沙门菌经Xba Ⅰ酶切分为8个PFGE带型。其中JEGX01.NB0001型为最优势型别,共53株,带型相似度90%以上的菌株占95.6%（65/68）,2003年和2013年超过80例以上的食源性暴发案例的肠炎菌株经双酶切聚类证实存在100%的同源性。所有肠炎沙门菌对抗生素耐药率为氨苄西林23.5%、强力霉素4.4%、氨曲南、头孢吡肟和头孢噻肟均为2.9%、氯霉素和复方新诺明均为1.5%,对庆大霉素、环丙沙星、亚胺培南均敏感,发现2株多重耐药菌。结论 宁波市散发和暴发的肠炎沙门菌分离株之间的分子带型差异度小,引发食源性暴发的流行株克隆之间存在流行病学关联。目前肠炎沙门菌对抗生素的耐药率处于较低水平,仍需加强对多重耐药株的监控。     

安徽省马鞍山市市售臭干子中沙门菌的污染状况及其耐药性与分子流行特征研究

目的 了解安徽省马鞍山市市售臭干子及其生产原料中沙门菌的污染状况、血清型分布、耐药情况及分子流行特征,探讨不同的血清型、分子型与耐药性之间的关系.方法 2020年6-9月采集马鞍山市市售臭干子及其生产加工的辅料等,并对其中的沙门菌进行检测;用微量肉汤稀释法对菌株进行药物敏感性试验;使用脉冲场凝胶电泳和多位点序列分型方法...     

浙江省134株甲型副伤寒沙门菌的分子分型研究

目的应用分子分型分析浙江省甲型副伤寒沙门菌的遗传相关性,分析流行规律,制定有效的防治措施。方法运用PFGE方法对浙江省134株甲型副伤寒进行分子流行病学研究。结果134株受检菌株分为11个型,其中1型占47.8%,2型占36.6%,3型占0.7%,4型占4.5%,5型占0.7%,6型占0.7%,7型占0.7%,8型占1.5%,9型占0.7%,10型占1.5%,11型占4.5%。结论1、2型菌株占全部134株的84.3%。可见,受检的134株菌同源性较高。其中8种菌型为少见菌型,可能与浙江省甲型副伤寒高度散发有关。     

2021年武汉市一起肠炎沙门菌引起的跨区食源性疾病暴发的病原学分析

  目的  对2021年武汉市一起跨区食源性疾病暴发事件进行病原菌的鉴定和溯源分析,查明事件暴发原因。  方法  采集此次食源性疾病暴发事件中相关人员的肛拭子样本、粪便样本和食品样本进行分离培养,用VITEK 2 Compact 全自动微生物鉴定系统鉴定分离到的菌株,并进行血清学分型,耐药性敏感试验;采用脉冲场凝胶电泳法（PFGE）对本次事件的检出菌及近两年本地区临床散发病例的同型别菌株进行分子分型和聚类分析;提取本次事件病原菌和本地区同型别菌株的核酸进行全基因组测序,通过基因注释和序列比对分析病原菌的毒力因子与耐药基因,结合多位点序列分型,变异位点检测和不同地区同型别菌株的全基因组序列构建基于单核苷酸多态性的系统发育树对病原菌进行溯源。   结果  共分离出5株肠炎沙门菌,其中2株来自食物样本,3株来自患者粪便和肛拭子样本。 5株检出菌的PFGE带型完全相同,均对抗生素阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、头孢唑啉、头孢西丁、头孢呋辛、甲氧苄啶–磺胺甲恶唑耐药,携带相同的耐药基因和毒力因子,均为ST11型。 本次事件检出菌株的序列间仅存在1个突变位点。 检出菌的全基因组序列与本地肠炎沙门菌序列高度相似。   结论  肠炎沙门菌为本次事件的致病菌。经同源性分析,此株病原菌为本地区肠炎沙门菌流行株。 全基因组测序技术可作为PFGE分子分型的补充应用于病原菌的监测和暴发事件调查。