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相似文献
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1.
目的探讨转化生长因子β1(TGF-β1)基因单核苷酸多态性(SNP)及其单倍型与慢性乙型肝炎易感性之间的关系。方法以155例慢性乙型肝炎患者和170例健康对照者为研究对象,应用聚合酶链反应.限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)和DNA测序的方法对TGF-β1基因-509C/T、869T/C(Leu10Pro)单核苷酸多态性进行基因分型,同时采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测血清TGF-β1水平。用SHEsis软件分析TGF-β1基因的连锁不平衡及单倍型频率。结果TGF-β1基因869T/C(Leu10Pro)多态性在慢性乙型肝炎组和正常人群中的分布差异无统计学意义(P〉0.05),而TGF-β1基因-509C/T多态性在两组人群中的分布差异有统计学意义(P〈0.05),等位基因频率的相对风险分析发现,T等位基因携带者患慢性乙型肝炎的风险是C等位基因的1.507倍(OR=1.507,95%CI:1.106~2.054);携带T等位基因的慢性乙型肝炎患者血清TGF-β1水平显著高于不携带者(P〈0.05)。联合基因型分析发现,TGF-β1基因-509C/T、869T/C单核苷酸多态性存在着强烈的连锁不平衡(ID’I=0.891),与-509C/869T单倍型携带者比较,-509T/869C单倍型携带者显著增加了慢性乙型肝炎的发病风险(OR=1.663,95%CI:1.193-2.320)。结论TGF-β1基因-509C/T多态性和-509T/869C单倍型与慢性乙型肝炎的发病具有相关性,其中T等位基因可能是慢性乙型肝炎的遗传易感基因,携带T等位基因的个体可能通过促进TGF-β1的高度表达进而增加了慢性乙型肝炎的发病风险。  相似文献   

2.
人类基因组中单倍型(haplotype)和单倍域(haplotype block)的结构提供了人类进化的宝贵信息,并成为发现人类复杂疾病易感基因的有效策略。一个单倍域可分割成多个具有有限单倍型多样性的离散的区域,代表每个区域结构特征的少量标签单核苷酸多态性(tag single nucleotide polymorphism,tSNP)可使绝大部分单倍型相互区分开来。因此,标签SNP在单倍型和单倍域的构建和关联研究中具有重要地位。构建单倍型和单倍域的方法分为两类,分别是基于大家系中基因分型数据和基于统计学的算法。通过系统回顾几种单倍型和单倍域的构建方法,了解它们在不同的疾病模型或根据不同的分割标准,进行关联研究的检验效能,客观评价每种方法的优、缺点、应用前景及其在关联研究中的应用。随着国际人类基因组单倍型图的完成和单倍型构建统计学运算规则的完善,融合数学、物理学、计算机科学等学科的单倍型构建方法将对人类遗传学、复杂疾病易感基因的定位和克隆鉴定等生命科学的相关领域产生深远的影响。  相似文献   

3.
目的分析汉族人群caspase-8、-10基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisins,SNPs)位点及其构成的单倍型,为研究caspase-8、-10基因与多基因复杂疾病的关联分析奠定基础。方法采用PCR、变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-10基因的第2.5外显子,caspase-8基因的第8-10外显子及其部分侧翼序列的多态性位点;分析配对位点的连锁不平衡关系,最大期望值法估算它们构成的单倍型。结果(1)caspase-10基因的第2、5外显子分别检出一个SNP位点A2823G和A12799G,其中A12799G是新发现的低信息度的SNP;caspase-8基因中检测到3个SNP位点A43466G、G51484A、G52951A,分别位于第8、9外显子和第9内含子;它们均未改变所编码蛋白的一级结构;(2)caspase-10基因中A2823G位点与caspase-8基因中3个位点间已达到连锁平衡,caspase-8基因中A43466G与G52951A、G51484A与G52951A也达到连锁平衡,连锁不平衡系数分别接近于0;只有A43466G与G51484A存在强的连锁不平衡,连锁不平衡系数接近于1;(3)caspase-10基因的A2823G位点与caspase-8基因的3个位点预计产生11种单倍型,其中A-2823/A-43466/G-51484/G-52951是主要单倍型,频率为0.381l,其次是A.2823/A-43466/G-51484/A-52951,频率为0.2536;这4个SNP位点联用,多态信息含量可达到0.7106。结论浙江地区汉族人群caspase-10、-8基因中的SNP位点至少处于3个不同的单倍型块;联合多个相邻的位点构成单倍型,可以弥补单个SNP信息度较低的不足。  相似文献   

4.
目的 探讨中国汉族人群中hMLH1和hMSH3基因多态性及其组成的单倍型与乳头状甲状腺癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)遗传易感性的关系.方法 采用以医院为基础的1:1配对病例对照研究设计;应用聚合酶链反应、限制性片段长度多态性和等位基因特异性寡核苷酸探针杂交技术检测204对乳头状甲状腺癌患者和健康对照的hMLH1和hMSH3基因的多态性.结果 (1)以hMLH1基因1151TT为参照,1151TA基因型可以使PTC发病风险边缘性升高,OR值为2.15(95%CI:0.99~4.85);1151TA+AA基因型可使FIE发病风险显著性升高,OR值为2.15(95%CI:1.02~4.69);(2)hMLH1基因单倍型-93G、1151A、655A在病例组的频率明显高于对照组,差异有统计学意义(Y2=6.49,P=0.011).以-93G、1151T、655A单倍型为参照,-93G、1151A、655A单倍型可以使PIE发病风险升高,OR值为2.67(95%CI:1.16~6.53).(3)hMSH3基因单倍型3124G、2835A在病例组的频率明显高于对照组,差异有统计学意义(x2=4.11,P=0.043).以3124A、2835G单倍型为参照,3124G2835A单倍型能使PTC发病风险边缘性升高,OR值为3.08(95%CI:0.92~13.25).结论 hMLH1基因1151T/A多态与PIE的易感性有关,hMLH1基因-93G、1151A、655A单倍型和hMSH3基因3124G、2835A单倍型与PTC相关.  相似文献   

5.
6.
目的 探讨儿茶酚-O-甲基转移酶(catechol-O-methyl transferanse,COMT)基因8个单核苷酸多态性位点(single nRcleotide polymorphism,SNP)与粤东潮汕地区精神分裂症的关系.方法 应用聚合酶链式反应-聚丙烯酰胺凝胶芯片技术检测COMf基因的8个SNP位点(rs4680、rs4818、rsl65599、rs737865、rs2075507、rs6267、rs6269、rs4633)在粤东潮汕地区的279例精神分裂症患者和100名健康对照中的分布,并借助于plink软件对所得数据进行关联分析.结果 单个位点等位基因频率在两组间的分布差异无统计学意义;单倍型(G)-G-A-A[(rs4680)-rsl65599-rs2075507-rs6269]和单倍型A-A-C-(G)[rs2075507-rs6269-rs4633-(rs6267)]频率两组分布差异有统计学意义,精神分裂症组低于正常对照组,提示它们可能是精神分裂症的保护因素.结论 在中国粤东地区汉族人群中,COMT基因的8个SNP位点(rs4680、rs4818、rsl65599、rs737865、rs2075507、rs6267、rs6269、rs4633)与精神分裂症无关联性,其中的两个单倍型可能是精神分裂症的保护因素.但本研究不能排除COMT基因可能存在其他功能性变异位点与精神分裂症相关.
Abstract:
Objective To investigate the association between 8 polymorphisms in the catechol-O-methyl transferase gene (COMT) and schizophrenia in Yuedong-Chaoshan region of China. Methods Eight single nucleotide polymorphism (SNPs), namely rs4680, rs4818, rs165599, rs737865, rs2075507, rs6267,rs6269 and rs4633, in the COMT gene were genotyped in 279 schizophrenia patients and 100 healthy controls. Results There was no significant difference between any single SNP and schizophrenia.However, association might exist between haplotypes (G)-G-A-A [(rs4680) -rs165599-rs2075507-rs6269]and A-A-C-(G) [rs2075507-rs6269-rs4633-(rs6267)] and schizophrenia. Conclusion In the population of Yuedong region of China, the eight SNPs (rs4680, rs4818, rs165599, rs737865, rs2075507, rs6267,rs6269 and rs4633) in the COMT gene are unlikely to play a major role in the susceptibility to schizophrenia.There might be protective haplotypes in the COMT gene against schizophrenia.  相似文献   

7.
目的分析发现于墨西哥裔美国人群中的2型糖尿病易感基因calpain-10单核苷酸多态性(single nucletide polymorphism。SNP)及其组合型在韩国人群中的分布。方法采用聚合酶链式反应.限制性片段长度多态性技术,分析312名健康韩国人calpain-10基因UCSNP-43、-19、-63位点的基因型及其组合型,计算基因型、等位基因和组合型频率。结果UCSNP-43位点基因型频率为1/1型的是86.2%、1/2型的是13.5%、2/2型的是0.3%,等位基因频率为G的是0.930、A0.070。UCSNP-19位点基因型频率为1/1型的是9.9%、1/2型的是44.6%、2/2型的是45.5%,等位基因频率为D的是0.322、I的是0.678。UCSNP-63位点基因型频率为1/1型的是57.4%、1/2型的是35.9%、2/2型的是6.7%,等位基因频率为C的是0.754、T的是0.246。各基因型分布匀符合Hardy-Weinberg平衡定律。韩国人中上述3个单核苷酸多态性基因型组合类型共见12种,75.6%由3种基因型组合构成。按UCSNP-43,-19,-63排列,分别为GG-DI-CC(单倍型组合111/121)、GG-DI-CT(112/121)、GC-II-CC(121/121),其频率分别为10.6%、28.8%、36.2%。结论韩国人calpain-10基因SNP分布与白人、美籍墨西哥人及美籍Pima印第安人等种族间存在较大差异,与中国和日本人群较为相近,其112/121单倍型组合频率显著高于美籍墨西哥人。  相似文献   

8.
目的 探讨儿茶酚-O-甲基转移酶(catechol-O-methyl transferanse,COMT)基因8个单核苷酸多态性位点(single nRcleotide polymorphism,SNP)与粤东潮汕地区精神分裂症的关系.方法 应用聚合酶链式反应-聚丙烯酰胺凝胶芯片技术检测COMf基因的8个SNP位点(rs4680、rs4818、rsl65599、rs737865、rs2075507、rs6267、rs6269、rs4633)在粤东潮汕地区的279例精神分裂症患者和100名健康对照中的分布,并借助于plink软件对所得数据进行关联分析.结果 单个位点等位基因频率在两组间的分布差异无统计学意义;单倍型(G)-G-A-A[(rs4680)-rsl65599-rs2075507-rs6269]和单倍型A-A-C-(G)[rs2075507-rs6269-rs4633-(rs6267)]频率两组分布差异有统计学意义,精神分裂症组低于正常对照组,提示它们可能是精神分裂症的保护因素.结论 在中国粤东地区汉族人群中,COMT基因的8个SNP位点(rs4680、rs4818、rsl65599、rs737865、rs2075507、rs6267、rs6269、rs4633)与精神分裂症无关联性,其中的两个单倍型可能是精神分裂症的保护因素.但本研究不能排除COMT基因可能存在其他功能性变异位点与精神分裂症相关.  相似文献   

9.
目的 探讨一氧化氮合酶1(nitric oxide synthase 1,NOS1)基因多态性与精神分裂症易感性的相关性.方法 选取NOS1区域的28个标签单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,应用Illumina GoldenGate定制芯片对382例汉族精神分裂症患者和448名正常人的DNA进行分型,并分析其与精神分裂症的相关性.结果 单位点分析提示SNP位点rs1520811与精神分裂症存在关联,但是经过Bonferroni多重校正后差异无统计学意义(P>0.05).单体型分析未发现单体型与精神分裂症的相关性.结论 未证实NOS1为精神分裂症的易感基因.  相似文献   

10.
目的 探讨儿茶酚-O-甲基转移酶(catechol-O-methyl transferanse,COMT)基因8个单核苷酸多态性位点(single nRcleotide polymorphism,SNP)与粤东潮汕地区精神分裂症的关系.方法 应用聚合酶链式反应-聚丙烯酰胺凝胶芯片技术检测COMf基因的8个SNP位点(rs4680、rs4818、rsl65599、rs737865、rs2075507、rs6267、rs6269、rs4633)在粤东潮汕地区的279例精神分裂症患者和100名健康对照中的分布,并借助于plink软件对所得数据进行关联分析.结果 单个位点等位基因频率在两组间的分布差异无统计学意义;单倍型(G)-G-A-A[(rs4680)-rsl65599-rs2075507-rs6269]和单倍型A-A-C-(G)[rs2075507-rs6269-rs4633-(rs6267)]频率两组分布差异有统计学意义,精神分裂症组低于正常对照组,提示它们可能是精神分裂症的保护因素.结论 在中国粤东地区汉族人群中,COMT基因的8个SNP位点(rs4680、rs4818、rsl65599、rs737865、rs2075507、rs6267、rs6269、rs4633)与精神分裂症无关联性,其中的两个单倍型可能是精神分裂症的保护因素.但本研究不能排除COMT基因可能存在其他功能性变异位点与精神分裂症相关.  相似文献   

11.
To further clarify schizophrenia (SCZ), disrupted in schizophrenia 1 (DISC1) is a promising candidate gene expressed predominantly within the hippocampus. Several lines of evidence suggest that DISC1 may be involved in susceptibility to SCZ. In this study, we investigated whether genetic polymorphisms in the coding region of DISC1 were associated with several SCZ clinical phenotypes in a Korean population. To examine any association between DISC1 and SCZ, we genotyped three clinical single nucleotide polymorphisms (SNPs) (rs3738401, R264Q; rs3738402, L465L; rs821616, S704C) in the coding region of the DISC1 gene using the Illumina Sentrix Array Matrix chip and direct sequencing in 303 patients with SCZ and 300 healthy controls. Our case-control analysis showed that none of these SNPs was associated with SCZ. In further endophenotype stratification, however, we found a significant association between rs821616 and the poor concentration subgroup of SCZ, determined using the Operational Criteria Checklist (codominant model, p=0.015). Our results suggest that DISC1 may be a susceptibility gene for poor concentration among Korean patients with SCZ.  相似文献   

12.
目的 探讨SIRT1基因多态性与广西永福地区人群长寿的关联性.方法 采用长寿对照设计,选取广西壮族自治区永福县共500人为研究对象,包括长寿组223人、平均年龄(93.17±3.08)岁,对照组277人、平均年龄(46.92±17.12)岁.应用聚合酶链反应-高分辨熔解曲线技术结合测序验证法检测SIRT1基因上的rs3758391,rs3740051,rs2273773,rs4746720和rs10997870位点的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)的分布情况,比较长寿组与对照组人群的等位基因、基因型频率的分布特征,分析SIRT1基因多态性与长寿的关联性.结果 长寿组rs4746720位点CT基因型频率高于CC和TT基因型频率,差异具有统计学意义(P=0.000,OR=2.098,95%CI:1.412-4.117),其等位基因频率在两组间分布的差异无统计学意义.rs3758391 、rs3740051 、rs2273773位点的基因型频率和等位基因频率在长寿组和对照组间分布的差异均无统计学意义.结论 SIRT1基因rs4746720单核苷酸多态性与广西永福地区长寿人群相关联.  相似文献   

13.
目的探讨程序性细胞死亡受体1( programmed cell death 1,PDCD1)基因多态性与结直肠癌的发生发展的关联性。方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-restriction fragment length polymorphism, PCR-RFLP)方法对426例结直肠癌患者及500名正常个体的rs36084323、rs11568821、rs2227981、rs2227982和rs10204525位点进行多态性分析。结果rs36084323位点G等位基因在显性遗传模型下与TNM分期进展期结直肠癌的发生正关联(OR=1.59,95%CI:1.02~2.48)。rs36084323、rs11568821、rs2227981、rs2227982和rs10204525位点组成的单倍型G-G-C-T-A和A-G-C-C-G与结直肠癌的发生负关联。结论PDCD1基因rs36084323位点AG和GG基因型与TNM分期进展期的结直肠癌存在正关联。而G-G-C-T-A和A-G-C-C-G单倍型与结直肠癌的发生负关联。  相似文献   

14.
目的探讨腺苷A1受体基因(ADORA1)多态性与精神分裂症关联的关系。方法选取ADORA1基因上rs3766558位点采用聚合酶链式反应—限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对119例精神分裂症病例,包括88例正常对照组ADORA1基因分型进行检测和进行遗传关联分析。结果病例组和正常对照组基因型分布符合Hard-Weinberg平衡法则,rs3766558单倍型相对风险分析,结果为χ2=6.301,P=0.026和χ2=4.771,P=0.029。差异到达显著(P<0.05)。结论漳州地区人群ADORA1基因rs3766558与精神分裂症存在关联。  相似文献   

15.
目的先天性巨结肠(HSCR)是一种复杂的先天性疾病,RET是其主要的易感性基因。本研究对RET非编码区单核甘酸多态性(SNP)-5G〉A(rs10900296),-1A〉C(rs10900297)和intron1 C〉T(rs2435357)进行分型分析,评估RET基因调控区SNPs及单倍型与先天性巨结肠之间的相关性。方法选取115名病例组病人和139名对照组正常人群,应用聚合酶链反应(PCR)技术和直接测序的方法进行基因分型。回归模型中使用OR值和95%置信区间(CI)作为基因型危险性的评价指标。结果 -5G〉A,-1A〉C,intron1C〉T各基因型频率在病例和对照人群的分布具有显著差异。-5 AA(OR=6.26,95%CI=3.62-10.83),-1 CC(OR=7.54,95%CI=2.06-27.66)和intron1 TT(OR=19.22,95% CI=7.54-48.99)基因型均能显著增加HSCR发病的风险。单倍型A-C-T(OR=6.28,95% CI=3.77-10.46)和双体型A-C-T/A-C-T(OR=13.62,95% CI=3.48-53.30)分析同样表明与HSCR发病风险存在较强的相关性,并呈现出一定的累积效应。结论 RET基因调控区的基因多态性可能与HSCR的发病易感性有关,支持RET通路的常见变异在HSCR的发展过程中起着重要的作用的假设。  相似文献   

16.
目的 研究PATZ1基因的4个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)rs2240424、rs2057951、rs2240427和rs714909的多态性与无精症的关系.方法 用PCR-限制性片段长度多态性分析方法,在180例无精症患者和190名正常男性中对上述4个SNP位点的基因频率和基因型频率分布进行调查.结果 rs2057951位点的等位基因C(35.0%vs.27.6%,P=0.031)和带有等位基因C个体(CT+CC)(57.8%vs.46.3%,P=0.027)的频率在无精症患者显著高于正常男性.4种SNP的单倍型在两组人群中的分布差异有统计学意义(P=0.01),单倍型ACAC(11.1%vs.6.6%,P=0.029)和ACGC(11.2%vs.5.2%,P=0.003)在无精症患者中显著高于正常男性.结论 PTAZ1的rs2057951位点的等位基因C和单倍型ACAC和ACGC增加无精症的易感性,提示PTAZ1基因可能与无精症发病相关.  相似文献   

17.
Objective: To assess the association of single nucleotide polymorphisms (SNPs) of leptin receptor (LEPR) gene with essential hypertension (EH) and body mass index (BMI) among ethnic Mongolian and Han Chinese from Inner Mongolia region. Methods: In total 411 Han Chinese patients with EH and 480 healthy controls, together with 658 Mongolian patients with EH and 403 healthy controls, were collected. The SNPs of the LEPR gene were determined with ligase detection reaction (LDR). Logistic regression was used to analyze the association of the polymorphisms of each locus with EH and BMI. MDR software was used to analyze the interaction between above loci and environmental factors. Results: Genotypic frequencies of LEPR gene rs7555955, rsll37100 and rsll37101 loci had differed significantly among ethnic Hans with EH and the control group (All P <0. 05). While those of rs7555955, rsl805094, rsll37100, rsll579567, rsl805134 and rs6669354 loci had differed significantly among ethnic Mongolians with EH and the control group (All P<0. 05). After adjustment for confounders, logistic regression analysis indicated that age(Oi=2. 97, 95%CJ: 1. 94-3. 99), BMI (Ofl = 3. 93, 95%CI:2. 91-5. 96), and rsll37101 (AA) (Oi=3. 96, 95%CI-.l. 32-11. 90) were independent risk factors for EH among ethnic Hans, while age (Oi=2. 99, 95%C7:2. 98-4. 57), BMI (Oi = 3. 03, 95%CI-. 1. 05-1. 27), rs7555955 (AG, AA) (OR = 12.12, 95%CI:2.80-52.43) OP = 6.35, 95%CI: 1. 44-27. 94), and rs7555955 (GG) were independent risk factors for EH among ethnic Mongolians (P <0. 05). Conclusion: Age and BMI are independent risk factors for EH in both ethnic Han and Mongolian Chinese. rsll37101 locus is associated with EH among ethnic Hans, while rs7555955 locus is associated with EH among ethnic Mongolians. © 2018 MeDitorial Ltd. All rights reserved.  相似文献   

18.
CYP24A1, an essential gene in regulation of vitamin D, has been reported to play an important role in enhancing immune activity and inhibiting tumorigenesis. Previous studies proposed that rs2585428, rs4809960, rs6022999 and rs6068816 in CYP24A1 gene might be greatly associated with cancer risk. To validate the findings, we here investigated the associations of these four polymorphisms and colorectal cancer (CRC) risk in a central Chinese population (426 colon cancer patients, 361 rectal cancer patients and 800 healthy controls). The genotyping was conducted by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and confirmed by sequencing. Our results revealed that the rs4809960 and rs6022999 were strongly associated with the CRC risk, especially with the colon cancer risk. Moreover, the analysis of haplotypes consisting of rs2585428(G > A), rs4809960(T > C), rs6022999(A > G) and rs6068816(C > T) indicated that haplotype ATGC significantly decreased the CRC risk, especially the colon cancer risk. Haplotype GCAT significantly increased the CRC risk, especially the rectal cancer risk. However, haplotype ACAC was only found to be associated with increased risk of CRC. To improve the statistical strength, an updated meta-analysis was further performed. The results showed that rs2585428 was associated with cancer risk in Caucasian population, rs4809960 was associated with breast cancer risk in Caucasian population, and rs6022999 was associated with cancer risk in Asian population. Collectively, the rs4809960 and rs6022999 may be the genetic biomarkers for prediction of colon cancer risk in Chinese population, the rs2585428 and rs6022999 may link to cancer susceptibility in Caucasian population and in Asian population respectly.  相似文献   

19.
机体免疫系统的功能状态是影响乳腺癌发生和发展的一个重要因素,受复杂精确的调节网络所控制,该网络任何环节发生异常都会使正常免疫调节失去平衡,影响其功能的发挥。免疫调节基因决定了各种免疫调节因子的数量和质量,因此在免疫调节中发挥了关键作用。在基因组中,由核苷酸水平上的差异引起的DNA序列多态性称为单核苷酸多态性(SNP),它们构成了人类遗传变异的主要部分。乳腺癌相关的免疫调节基因的单核苷酸多态性及单体型研究成为近年来国外研究的热点之一,研究表明,免疫调节基因的多态性在调节乳腺癌患者的免疫功能方面起着重要作用,影响乳腺癌的治疗和预后。  相似文献   

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