甲醛固定石蜡包埋组织中DNA的降解情况

为了对比国外甲醛固定石蜡包埋组织中DNA的保存质量与国内标本的差异．特设计实验如下。     

甲醛固定石蜡包埋组织中DNA的三种提取方法比较

为了寻找最佳的自普通10％甲醛固定石蜡包埋组织中提取DNA的方法,取我院2000年手术切除的10％甲醛固定石蜡包埋的食管癌标本10例,分别以蛋白酶K消化酚氯仿抽提法,蛋白酶K消化氯化钠盐析法和不同pH值下加热提取法提取其DNA,然后进行电泳和PCR扩增分析。结果显示,蛋白酶K消化酚氯仿抽提法,蛋白酶K消化氯化钠盐析法所得DNA产量和质量均高于不同pH值下加热提取法。从而认为蛋白酶K消化氯化钠盐析法简便快捷,不用接触有毒的化学药品,是理想的DNA提纯方法。     

用于甲醛固定石蜡包埋组织的改良免疫荧光法***

背景：甲醛固定石蜡包埋的标本易于保存,免疫荧光法定位定量能精确支持多种标记物。 目的：建立适合于甲醛固定石蜡包埋组织的改良免疫荧光法。 方法：将取自类风湿性关节炎和无骨性关节炎患者的滑膜血管翕和髋臼增生组织的石蜡切片进行常规脱蜡复水,观察不同的柠檬酸缓冲液热修复时间、血清封闭时间、一抗浓度和荧光标记物在免疫荧光法中显色的差异。 结果与结论：柠檬酸高温修复15 min后滴加抗原修复液比单纯高温修复10~20 min,组织结构保存更为完整,且背景染色无显著区别;选择体积分数10%二抗来源正常血清室温封闭40 min作为最佳的抗原封闭条件,既可以保证良好的封闭效果,同时又不影响一抗和抗原位点结合;较高一抗浓度(10 mg/L)能保证明显的荧光信号、低背景和可接受的成本。进行石蜡切片免疫荧光实验,并用普通荧光显微镜观察,应避免采用FITC等蓝色激发光、呈现绿色荧光信号的标记染料基团。提示柠檬酸高温修复15 min后滴加抗原修复液,选择体积分数10%二抗来源正常血清室温封闭40 min,较高一抗浓度,普通荧光显微镜观察可提高免疫荧光法的检测质量。     

组织固定对核酸含量及完整性的影响

归档组织是回顾性研究丰富而巨大的资源库，但是往往因为组织的处理不当或者固定剂的影响使得组织中核酸含量严重降解，造成一些研究受到阻碍。如何保证组织中高质量核酸，重视组织的获得、处理、合适的固定剂及固定条件，是研究成功的前提条件。     

一种从石蜡包埋组织中快速提取DNA的方法

目的建立从甲醛固定石蜡包埋组织中高效、快速提取基因组DNA的方法。方法将一片10μm厚石蜡包埋大肠癌组织切片直接浸入150μl消化液中,56℃孵育0.5h、1h和2h,灭活蛋白酶K后离心取上清即为DNA提取物。琼脂糖凝胶电泳检测所提取DNA的片段分布,紫外分光光度法测定DNA的产量及纯度。以提取的DNA为模板,PCR扩增不同长度产物片段并进行产物的直接测序以评价提取方法。结果该提取方法能够获得较长片段的基因组DNA,从一片10μm厚石蜡切片中即可获得大约60μg的DNA,在0.5h消化条件下获取的模板DNA,即可实现对152bp、293bp、392bp和541bp等4种不同片段的100%扩增,1h消化组的PCR产物可直接用于DNA测序。结论建立了一种简单、快速地从甲醛固定石蜡包埋组织中提取DNA的方法,只需一步消化即可获得满足普通PCR及测序需要的基因组DNA。     

甲醛固定石蜡包埋食管鳞状细胞癌组织蛋白提取方法的比较

目的 探讨从甲醛固定石蜡包埋(FFPE)食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中高效率提取蛋白质的方法.方法 6种裂解液和100℃、105℃两种条件分别提取8例甲醛固定石蜡包埋食管鳞状细胞癌组织蛋白,Bradford法测定蛋白浓度、十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)、Western blotting和免疫组...     

石蜡包埋组织PCR检测中DNA提取方法的比较及改进

目前,PCR常用于新鲜组织或细胞提取标本中的核酸分子的检测,较少用于检测石蜡包埋的陈旧组织中的DNA,其主要原因是后者核酸的提取较为困难。针对这种情况,我们在对文献报道的几种石蜡包埋组织提取DNA的方法进行了比较的基础上,进行了改进,提高了石蜡包埋组织提取DNA进行PCR的阳性率,现介绍如下。     

插入缺失位点和miniSTR在甲醛固定石蜡包埋组织中的应用检测

目的 ：研究插入缺失位点InDel与mini短串联重复序列(STR)遗传标记对甲醛固定石蜡包埋组织应用的价值。方法 ：19份甲醛固定石蜡包埋组织作为疑难检材,应用3种常染色体遗传标记多重扩增系统,即InDel系统(Investigatior^? DIPplex Kit)、miniSTR系统(华夏白金扩增试剂盒)和STR系统(Goldeneye^?20A),对STR分型不完整或失败的检材,再分别用InDel和miniSTR系统进行DNA分型检测,比较两者的分型质量和检出率。结果 ：19份甲醛固定石蜡包埋组织经Goldeneye 20A试剂盒检测,均分型不完整。应用miniSTR系统检测显示,7份样本的检出率100%,其中,D19S433基因座的检出率为100%,D5S818、D13S817和D1S1656基因座的检出率最小,为36.84%。应用InDel系统检测发现,1份样本InDel位点电泳分型完整,所有样本的位点丢失率均小于50%,其中7份样本的位点丢失率低至10%以下。结论 ：应用遗传标记对甲醛固定石蜡包埋组织这类疑难降解检材进行检测,插入缺...     

石蜡包埋胰腺癌组织中DPC4基因改变的检测

目的 研究石蜡包埋胰腺癌组织中ＤＰＣ４基因的改变。方法 用聚合酶链反应－单链构象多态性分析（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）银染技术检测４６例石蜡包埋胰腺癌组织中ＤＰＣ４基因的缺失和突变。结果 ＤＰＣ４基因第１、２、３、４、８和１１外显子的纯合性缺失率为１３／４６（２８．３％）,具体分布为１例在第１１外显子;１例在第１、２、３、４、８和１１外显子的纯合性缺失率为１３／４６（２８．３％）,具体分布为１例在第１１外     

环保脱蜡液与二甲苯对石蜡包埋组织DNA质量影响的比较

目前,大部分分子病理检查都是基于PCR实验进行的,由于PCR实验的本质是体外酶促合成特异性DNA片段,因此从石蜡包埋组织中提取优质的DNA显得尤为重要.二甲苯作为脱蜡液一直被广泛采用,由于其具有一定的毒性,长期接触会导致神经衰弱等症状,不利于工作人员的健康,应尽可能避免使用.本文现介绍一种新型环保脱蜡液及传统二甲苯对石蜡包埋组织中DNA进行抽提,并比较二者的抽提效果.     

新鲜冷冻和福尔马林固定石蜡包埋胃黏液腺癌组织中miRNA表达谱的比较

目的通过miRNA芯片对比分析新鲜冷冻与福尔马林固定石蜡包埋的胃黏液腺癌组织中miRNAs的表达谱,初步探讨大量存档且有完整病理资料的福尔马林固定石蜡包埋样本能否很好的应用于miRNA的表达分析。方法选取6例2017年术前未行放、化疗的胃黏液腺癌患者手术切除同一组织的新鲜冷冻标本和福尔马林固定石蜡包埋样本,进行镜下形态学观察并提取总RNA、质检,然后芯片杂交、信号扫描、数据转换后进行对比、相关性及表达谱的主成分分析。结果新鲜冷冻标本中提取的总RNA质量相对较高,保存度比较完整,从福尔马林固定石蜡包埋组中提取的总RNA有不同程度的降解。芯片杂交后统计结果显示两组样本中miRNA的表达谱差异有显著性,以fold_change(差异倍数log2)的绝对值≥2为标准,分别有76个(P0.05)和14个(P0.01)miRNA呈差异表达,但配对标本之间均有较好的相关性。结论配对的新鲜冷冻与福尔马林固定石蜡包埋的胃黏液腺癌组织中miRNAs的表达谱差异有显著性,所以用福尔马林固定石蜡包埋组织分析miRNA基因的绝对表达值,结果可能不准确,能否反映全部miRNA基因的相对表达也需进一步的实验去证实。     

甲醛固定石蜡包埋切片经特殊染色后荧光定量聚合酶链反应检测的再利用

结核病是由结核分枝杆菌(mycobacterium tuberculosis, MTB)感染引起的特异性炎症,在甲醛固定石蜡包埋组织切片中查见MTB是确诊结核的金标准.目前,结核病诊断的主要辅助检测方法是特殊染色和qRT-PCR检测.在临床病理诊断中,部分结核病患者由于获取标本困难,穿刺标本微小,病理组织多被用于H...     

微波辐射固定和微波辐射与甲醛结合固定动物组织方法

利用微波辐射固定组织和微波辐射与固定液结合固定组织的报道已有不少[1-4],但多是某一具体方法的报道,而很少对在利用微波辐射固定组织中起决定作用的因素进行探讨,也很少有对微波辐射与固定液结合固定组织的方法进行全面性探讨。为此,我们进行了微波辐射固定动物组织和微波辐     

石蜡包埋组织中3种DNA提取方法的比较及优化

近年来,分子病理学技术迅速从科研发展到常规的病理诊断.目前常规检测包括:细菌病毒的检测[1-3]、肿瘤相关基因的突变[4,5]、靶向药物的分子检测[6,7]等,存档的福尔马林固定-石蜡包埋组织(formalin fixed and paraffin embedded tissues,FFPET)常常是形态学研究的宝贵资源,回顾性基因的研究与患者的治疗和临床诊断密切相关.因此DNA提取的质量将直接影响所有以DNA为研究对象的分子生物学实验,对复杂的多重PCR如T/B细胞克隆评价[8]、应用Array-CGH[9]、MLAP-based测定[10]等DNA的质量和纯度提出更高的要求.但是从FFPET中提取DNA以及用DNA进行基因研究中存在检测成功率低、重复性差等问题,多数文献描述提取DNA方法成功率为60%～80%[11],因此提取DNA的质量、纯度、片段的长度决定后续实验的成功与否.同时,对石蜡组织提取DNA前样本的量在很多文献中描述不一,针对提取DNA的方法不同,选择最合适的组织样本量,本组研究通过比较不同抽提方法对肿瘤组织不同蜡膜用量所得DNA质量,总结3种提取DNA的方法对应最合适的蜡膜用量,建立标准化操作程序.     

新鲜和石蜡包埋宫颈癌组织中HPV l6/18检测

目的为了了解宫颈癌新鲜组织和石蜡包埋宫颈癌组织中HPV检测的差异。方法FQ-PCR技术用于77例宫颈新鲜组织和44例石蜡包埋的宫颈组织中HPVl6/18的检测。结果宫颈癌新鲜组织HPV的检出率为51.43%(36/70),石蜡包埋的櫖颈癌组织检出率为22.72%(10/44)P=0.0024)。两组病毒拷贝对三值分别为5.75±2.36和3.21±1.98(P=-0.000317)。结论宫颈癌新鲜组织HPV的检出率显著高于石蜡包埋的宫颈癌组织,病毒拷贝数有极显著差异。     

石蜡包埋对心、肺和脾组织的收缩影响

在石蜡包埋过程中,酒精、二甲苯和石蜡等都对组织产生明显的收缩影响,严重地影响了显微镜下对细胞和组织的观察及测量结果.1998年我们曾对石蜡切片和恒冷切片进行比较,认为石蜡切片距新鲜组织结构的距离相差甚远[1].后来我们又系统地研究了石蜡包埋过程对肝、肾组织的收缩影响,并对其收缩系数进行了推算[2],为显微镜下研究细胞和组织的大小提供了数据.但不同的组织由于其细胞密度和细胞间质的多少不同,表现的收缩影响程度各不相同,因此,有必要对全身其它组织作进一步的调查,为显微镜下准确地判断和测量各种组织的大小提供参考依据.     

组织固定处理及包埋常见问题与对策

对于石蜡切片而言,组织的固定是组织随后脱水、透明、浸蜡等处理的第一步,也是最重要的一步.包埋操作是否规范对后续组织切片同样具有重要的决定意义.本文就组织固定、处理及包埋常见的问题与对策,进行分析与讨论,旨在与技术人员一起学习交流,以提高组织固定处理及包埋的质量,为组织切片和染色以及病理诊断提供有力的保证.     

宫颈癌新鲜组织和石蜡包埋组织中端粒酶检测比较

目的为了了解宫颈癌新鲜组织和石蜡包埋宫颈癌组织中端粒酶活性检测的差异。方法TRAP-PCR用于30例宫颈新鲜组织和40例石蜡包埋的宫颈组织中端粒酶活性的检测。结果宫颈癌新鲜组织端粒酶活性检出率为73.33%(22/30),石蜡包埋的宫颈癌组织检出率为27.50%(11/40)(P<0.001)。两组平均端粒酶活性分别为1.362±0.768和0.624±0.386(P<0.001)。结论宫颈癌新鲜组织端粒酶活性检出率显著高于石蜡包埋的宫颈癌组织,平均端粒酶活性有极显著差异。