Cornelia de Lange综合征患儿3例的基因型及表型分析

目的对3例Cornelia de Lange综合征(CdLS)患儿的临床表型及基因检测结果进行分析, 明确其致病原因。方法选取2020年3月12日、8月14日、12月5日于甘肃省妇幼保健院医学遗传中心就诊的3例CdLS患儿为研究对象。收集患儿及其父母的临床资料, 采集外周血样进行家系高通量测序分析。结果 3例患儿的主要临床表现包括发育迟缓、智力低下、特殊面容和其他伴随症状。根据国际诊断共识标准, 3例患儿被拟诊为CdLS。通过家系全外显子组测序及生物信息学分析, 确诊CdLS。患儿1携带NIPBL基因c.5567₅569delGAAinsTAT错义变异, 患儿2携带SMC1A基因c.607A>G错义变异, 患儿3携带HDAC8基因c.628+1G>A剪接变异。3例患儿均为新发变异。结论 3例患儿均确诊CdLS, 并发现了致病基因变异位点, 其中NIPBL基因c.5567₅569delGAAinsTAT及HDAC8基因c.628+1G>A变异位点既往未见报道, 丰富了CdLS的变异谱。     

一例重型Cornelia de Lange综合征患者的NIPBL基因变异分析

目的分析1例重型Cornelia de Lange综合征(Cornelia de Lange syndrome,CdLS)患儿的NIPBL基因变异,明确其遗传学病因。方法提取患儿及其父母外周血中DNA物质,应用全外显子基因组测序法检测相关基因变异,应用Sanger测序法验证变异。对可疑变异进行生物信息学预测。结果经全外显子基因组测序分析并经Sanger测序验证,发现患儿NIPBL基因第9外显子存在c.1507A>G(p.Lys503Glu)杂合错义变异,该变异为新发变异,且为未报道过的新变异。经PolyPhen-2、Mutation Taster、SIFT预测软件预测c.1507A>G(p.Lys503Glu)变异为可能有害变异,并经HomoloGene系统分析NIPBL蛋白第503位Lys在各种属间均高度保守,该位点氨基酸改变可导致编码的NIPBL原有蛋白功能发生障碍。而经过PubMed BLAST系统进一步分析发现该位点氨基酸的改变可通过影响Neuromodulin_N superfamily结构域的形成来导致NIPBL蛋白功能发生障碍的。结论NIPBL基因c.1507A>G(p.Lys503Glu)错义变异可能为该患儿罹患重型CdLS的致病原因,基因变异检测结果可以为家系的遗传咨询和产前诊断提供依据。     

MCCC2基因变异致3-甲基巴豆酰辅酶A羧化酶缺乏症患儿的家系分析

目的对1例临床疑诊3-甲基巴豆酰辅酶A羧化酶缺乏症(3-methylcrotonyl-coenzyme A carboxylase deficiency,MCCD)患儿及其父母进行基因变异分析,寻找该家系的致病变异,为临床诊断提供分子遗传学依据。方法抽提先证者及其父母的外周血基因组DNA,应用全外显子组基因测序技术对疑似为MCCD疾病的先证者进行致病基因筛查。根据高通量测序结果,对先证者及其父母进行变异位点的Sanger测序验证分析。应用计算机软件预测变异位点氨基酸进化保守性和变异可能导致的蛋白质结构和功能变化,分析变异位点的性质。结果Sanger测序结果显示先证者为MCCC2基因c.1342G>A(p.Gly448Ala)纯合错义变异,为未报道过的新变异。先证者母亲为c.1342G>A(p.Gly448Ala)杂合变异携带者,父亲未检测到该变异。用PolyPhen-2和Mutation Taster软件预测该变异为致病性,变异区域序列在不同物种间高度保守。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,MCCC2基因c.1342G>A(p.Gly448Ala)变异判定为可能致病性变异(PM2+PP2~PP5)。结论先证者MCCC2基因c.1342G>A(p.Gly448Ala)纯合错义变异是其分子发病机制,基因变异分析有助于明确临床诊断。     

SPTB基因c.5798+1G>A新变异导致遗传性球形红细胞增多症一家系

目的对一个遗传性球形红细胞家系致病基因进行鉴定和突变致病性分析。方法采集该家系共17人的外周血样。采用高通量测序分析先证者外周血DNA,筛选候选致病变异并进行家系共分离分析。然后采用同源重组构建pCAS2c.5798+1G和pCAS2c.5798+1A型质粒,转染293T细胞,应用反转录PCR、TA克隆和Sanger测序分析候选致病变异对剪接的影响,同时提取患者外周血RNA,分析候选致病变异在体内的剪接情况。结果高通量测序结果显示先证者携带SPTB基因c.5798+1G>A变异,且该变异与家系患者的表型共分离。体、内外剪接实验结果显示c.5798+1G>A变异明显影响RNA的正常剪接,导致阅读框移码产生提前终止的密码子。结论SPTB基因c.5798+1G>A新变异是导致该家系遗传性球形红细胞症的原因。     

一个丙酸血症家系的PCCB基因两个新变异鉴定

目的分析1个丙酸血症(propionic acidemia,PA)家系的致病变异。方法通过多重探针杂交富集患儿PCCA和PCCB基因的全部编码外显子及其侧翼区序列进行高通量测序,检测可疑变异,运用Sanger测序在家系中进行变异验证。提取患儿父亲外周血淋巴细胞RNA,应用逆转录-聚合酶链反应联合Sanger测序对新剪切变异进行验证;采用多种在线软件对错义变异进行致病性分析。结果在患儿PCCB基因第1内含子和第7外显子检出复合杂合变异,分别是c.184-2A>G剪切变异和c.733G>A(p.G245S)错义变异,Sanger测序验证表明二者分别来自父母。mRNA水平验证表明,c.184-2A>G变异可导致PCCB基因转录产物第2外显子的缺失;多个软件预测c.733G>A错义变异具有致病性,245位置的氨基酸在不同物种均具有高度保守性。结论PCCB基因变异可能是该家系患儿的致病原因,新变异的检出丰富了PCCB基因的变异谱。     

Ⅱ型Cornelia de Lange综合征胎儿1例的临床表型及致病变异分析

目的探讨1例疑似Ⅱ型Cornelia de Lange综合征(CdLS2)的引产胎儿的孕期影像学表现及致病基因变异。方法以2019年9月3日于中国医科大学附属盛京医院妇产科确诊的1例CdLS2胎儿为研究对象。收集胎儿的临床资料和家族史。胎儿引产后应用全外显子组测序筛选致病变异, 用Sanger测序对其进行家系验证。结果孕33周影像学检查提示胎儿透明隔略增宽, 胼胝体显示不清, 额叶体积略小, 皮质变薄, 侧脑室融合畸形, 羊水过多, 胃泡偏小, 消化道闭锁。全外显子组测序发现胎儿携带X染色体SMC1A基因的c.2076delA(p.Lys692Asnfs*27)杂合移码变异, 其父母均未检出相同的变异。结合美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南变异判断为致病性。结论 CdLS2胎儿的遗传学病因考虑为SMC1A基因c.2076delA变异。上述结果为其父母的遗传咨询及再生育风险评估提供了依据。     

一例β-酮硫解酶缺乏症患儿ACAT1基因变异分析

目的探讨1例经新生儿疾病筛查拟诊为β-酮硫解酶缺乏症(β-ketothiolase deficiency,BKD)患儿的致病基因变异特点,明确其致病原因。方法通过多重探针杂交富集患儿ACAT1基因的全部编码区及其侧翼区序列进行高通量测序,确定可疑变异后应用Sanger测序进行变异位点验证。采用多种在线软件对所检出的变异进行致病性分析。结果在患儿ACAT1基因检测到c.121-3C>G和c.275G>A(p.Gly92Asp)复合杂合变异。Sanger测序验证显示父亲和两个姐姐均携带c.121-3C>G杂合变异;家系其他成员均未检测到c.275G>A变异,但在该变异下游的第4内含子检出患儿携带c.334+172C>G(rs12226047)杂合多态性改变,其两个姐姐及母亲也检测到相同SNP位点,其父亲未检测到此SNP位点。表明c.275G>A与172C位于同一染色体上。经软件预测,提示c.121-3C>G和c.275G>A变异均为有害性。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,ACAT1基因c.275G>A变异为致病性变异(PS2+PM2+PM3+PP3+PP4);c.121-3C>G变异为可能致病性变异(PM2+PM3+PP3+PP4)。结论ACTAT1基因c.121-3C>G和c.275G>A变异可能是患儿的致病原因,本研究变异类型丰富了ACAT1基因的变异谱。     

一例Nicolaides-Baraitser综合征的临床与遗传学分析

目的探讨1例表现为癫痫、语言发育迟缓、智力发育轻度迟缓的女性患儿的遗传学病因。方法采集患儿及其父母的外周血样并提取基因组DNA,应用高通量测序技术对患儿进行检测,对疑似致病变异进行Sanger测序验证及生物信息学分析。结果测序结果显示患儿SMARCA2基因存在c.3592 G>A(p.V1198M)杂合变异,生物信息学分析预测其为致病性;在患儿父母的外周血DNA中未发现相同的变异。结论该患儿被确诊为SMARCA2基因杂合变异所致的Nicolaides-Baraitser综合征。     

Dravet综合征患者SCN1A基因变异分析

目的分析Dravet综合征(Dravet syndrome,DS)患者的临床特征和基因变异特点,明确其致病原因。方法采集患者及其父母外周血并提取基因组DNA,应用高通量测序技术进行检测,对疑似致病变异进行Sanger测序验证及生物信息学分析。结果高通量测序显示例1 SCN1A基因第12外显子存在c.2135delC(p.Thr712Lysfs*1)杂合变异,例2 SCN1A基因第10外显子存在c.1522 G>T(p.Glu508*)(杂合变异),生物信息学分析预测为致病性。Sanger测序验证结果显示患者父母未检测到相同变异,均为新发变异(de novo)。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,SCN1A基因c.2135delC和c.1522G>A变异均为致病性变异(PVS1+PS2+PM2+PP3)。结论SCN1A基因变异可能为两例Dravet综合征患者的致病原因,新变异的检出丰富了基因变异谱,为家系的遗传咨询提供了依据。     

一例青少年的成人起病型糖尿病10型患儿的1NS基因变异分析

目的对1例青少年的成人起病型糖尿病10型(MODY10)患儿的INS基因进行分析,明确其致病原因。方法应用高通量测序技术对患儿的INS基因进行突变筛查,使用Sanger测序技术验证变异位点并筛査患儿父母的相应位点。结果基因变异分析提示患儿及其母亲INS基因第1外显子存在c.130G>A(p.Gly44Arg)杂合变异。蛋白质结构预测及ACMG指南评估,均提示该变异存在致病性。结论INS基因第1外显子c.130G>A(p.Gly44Arg)变异可能为患儿的致病原因。     

Novel mosaic variants in two patients with Cornelia de Lange syndrome

Cornelia de Lange syndrome (CdLS) is a dominantly inherited developmental disorder caused by mutations in genes that encode for either structural (SMC1A, SMC3, RAD21) or regulatory (NIPBL, HDAC8) subunits of the cohesin complex. NIPBL represents the major gene of the syndrome and heterozygous mutations can be identified in more than 65% of patients. Interestingly, large portions of these variants were described as somatic mosaicism and often escape standard molecular diagnostics using lymphocyte DNA.Here we discuss the role of somatic mosaicism in CdLS and describe two additional patients with NIPBL mosaicism detected by targeted gene panel or exome sequencing. In order to verify the next generation sequencing data, Sanger sequencing or pyrosequencing on DNA extracted from different tissues were applied. None of the pathogenic variants was originally detected by Sanger sequencing on blood DNA.Patient 1 displays an unusual combination of clinical features: he is cognitively only mildly affected, but shows severe limb reduction defects. Patient 2 presents with a moderate phenotype. Interestingly, Sanger sequencing analysis on fibroblast DNA of this patient did not detect the disease-causing variant previously observed on the same DNA sample by exome sequencing. Subsequent analyses could confirm the variants by Sanger sequencing on buccal mucosa DNA. Notably, this is the first report of a higher mutational load in buccal mucosa than in fibroblast cells of a CdLS patient.Detection of low-level mosaicism is of utmost importance for an accurate molecular diagnosis and a proper genetic counseling of patients with a clinical diagnosis of CdLS. Next-generation sequencing technologies greatly facilitate the detection of low-level mosaicism, which might otherwise remain undetected by conventional sequencing approaches.     

Analysis of NIPBL gene mutation in a patient with Cornelia de Lange syndromeCSCD

Objective: To analyze the genotype-phenotype correlation in a case with Cornelia de Lange syndrome (CdLS). Methods: Genetic testing was carried out for a baby girl born by Cesarean section. The patient had clinical features including peculiar face, long bushy eyebrows, hypertelorism, wide sagittal suture, low-set ears, retrognathia, Polydactyly and polysyndactyly of first toes, weak cry, poor suck and slow response, and was suspected as CdLS. Results: Sequencing of CdLS-related genes including NIPBL, SMC1A, SMC3, RAD21 and HDAC8A has identified a novel heterozygous deletional mutation of the NIPBL gene. The deletion region has encompassed exon 46 and part of exon 47. The frameshift caused by the mutation has led to significant alteration of its protein sequence. Conclusion: A novel deletional mutation of the NIPBL gene has been identified, which has enriched its mutational spectrum and may facilitate further research into the genotype-phenotype correlation of CdLS. © 2018 MeDitorial Ltd. All rights reserved.     

一例Rothmund-Thomson综合征患儿的 RECQL4基因变异分析

目的:探讨1例Rothmund-Thomson综合征(Rothmund-Thomson syndrome, RTS)患儿的临床表现和基因变异,明确其可能的致病原因。方法:采集患儿及其父母、妹妹的外周血,对患儿进行全外显子组测序进行基因变异分析,并用Sanger测序方法对变异基因的家系分布进行验证。结果:基因检测结果显示...     

KMT2A基因新发无义变异导致Wiedemann-Steiner综合征一例

目的对1例原因不明发育迟缓伴面部畸形患儿进行分子遗传学分析,明确其致病原因。方法二代全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)筛选符合表型并可能致病的基因变异,应用Sanger测序在患者及其父母中进行变异验证。结果WES结果显示患儿KMT2A基因(NM_001197104)存在第15外显子c.4906C>T(p.Arg1636Ter)杂合变异,患儿父母均未检测到该变异,经检索相关数据库及文献均未见报道,为未报道过的新变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,KMT2A基因c.4906C>T变异判定为致病性变异(PVS1+PS2+PM2+PP3)。结论KMT2A基因第15外显子c.4906C>T(p.Arg1636Ter)变异可能是这例Wiedemann-steiner综合征患儿的致病原因。新变异的检出扩展了KMT2A基因变异谱。     

一例早发癫痫性脑病42型患儿的临床表型及基因变异分析

目的探讨一例早发癫痫性脑病42型患儿的基因型与表型特征。方法详细询问患儿的病史,结合其临床表型、影像学及遗传学特征进行临床诊断,并对其父母进行Sanger测序验证,明确致病变异的来源。结果患儿无意识头向一侧轻度歪斜,眼球向同侧斜视,脑电图异常放电。磁共振成像显示左额后皮层可疑异常信号,伴右侧上颌窦及筛窦炎症。全外显子组测序提示患儿携带CACNA1A基因c.5789G>A杂合变异,Sanger测序提示父母双方并未携带相同的变异,提示其为新发变异。结论先证者CACNA1A基因c.5789G>A杂合变异可能是导致其早发癫痫性脑病42型的原因。