Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

Comparison of galE gene of Campylobacter jejuni strains associated Guillain-Barré syndrome

目的 测定3株格林.巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)相关宅肠弯曲菌的gale基因序列,并同GenBank中的空肠弯曲菌菌株相应序列进行比较,了解致GBS的序列特征并分析其遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株AMAN型空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序.将基因测序结果通过与NCTC11168菌株进行对照比较寻找galE基因突变位点并对gaZE基因片段进行遗传距离计算.结果 3株致GBS空肠弯曲菌菌株的galE基因均由987个碱基构成.与NCTC11168的galE基因序列相比,此3株空肠弯曲菌菌株gale基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变.遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%.结论 GBS相关空肠弯曲菌中galE基因核苷酸序列的确存在相同变异且发生变异概率较非GBS相关空肠弯曲菌明显增大,遗传距离反映了此3株致GBS的空肠弯曲菌具有一定的区域特征.     

吉兰-巴雷综合征相关空肠弯曲菌WLAX基因序列分析

目的了解吉兰-巴雷综合征(GBS)相关空肠弯曲菌的WLAX基因序列特征,为进一步研究GBS相关空肠弯曲菌的分子致病机制打下基础。方法通过PCR方法对该基因进行扩增,将PCR产物克隆到质粒载体上,然后进行测序,将测序结果通过DNAstar软件进行比较和聚类分析。结果与非GBS相关空肠弯曲菌比较,GBS相关空肠弯曲菌的WLAX核苷酸序列发生变异的频率增大;菌株的核苷酸序列与全基因测序空肠弯曲菌NCTC11168比较存在差异;聚类关系反映了空肠弯曲菌具有一定的区域特征。结论GBS相关空肠弯曲菌中WLAX基因发生突变的概率明显增大,这些突变与GBS致病性的关系有待于进一步确定。     

motA基因在空肠弯曲菌致病性相关趋化和定植中的作用

目的 确定鞭毛马达蛋白(flagellar motor protein)MotA编码基因在空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)致病性相关趋化和定植中的作用.方法 采用PCR扩增motA基因以及用于motA基因敲除的Kan~r基因和plus-motA基因片段,目的扩增产物克隆后测序.根据同源重组原理,构建空肠弯曲菌NCTC11168株motA基因自杀质粒(pBlueskrit-Ⅱ-SK~(motA-kan))和motA基因敲除突变株(motA~-).采用半固体平板迁移试验、基于硬琼脂平板(hard agar plus,HAP)的脱氧胆酸钠(SDC)体外趋化试验、小鼠空肠定植试验,了解空肠弯曲菌motA~-突变株和野生株鞭毛动力、SDC趋化和BALB/c-ByJ小鼠空肠内定植能力差异性.结果 所克隆的空肠弯曲菌motA基因核苷酸和氨基酸序列与已报道的相应序列相似性为100%.PCR和测序及含抗生素培养基连续传代培养结果证实,自杀质粒和motA~-突变株构建成功.motA~-突变株在半固体琼脂平板上的菌斑直径、在HAP上对0.2moL/L SDC趋化聚集环直径、黏附于小鼠空肠黏膜表面以及空肠内容物中motA~-突变株数量均明显少于野生株(P<0.05).结论 本研究成功构建了空肠弯曲菌motA基因敲除突变株.motA基因是空肠弯曲菌鞭毛动力以及致病性相关趋化和定植的必需基因.     

吉兰-巴雷综合征相关空肠弯曲菌cstⅡ基因序列对比研究

目的 研究华北地区3株吉兰-巴雷综合征(Guillain-Barré syndrome,GBS)相关空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni,C.jejuni)的cstⅡ基因序列并寻找GBS相关及GBS无关的两类空肠弯曲菌菌株间可能与GBS致病性相关的基因突变位点和蛋白高级结构变化,分析菌株间遗传进化关系.方法 选取分离自GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株空肠弯曲菌菌株进行培养并提取基因组DNA测序,与GenBank中GBS无关空肠弯曲菌基因序列进行配对对比,寻找两类菌株间可能导致空肠弯曲菌致病能力差异的cstⅡ基因碱基突变位点及蛋白高级结构改变,观察这种变化是否为GBS相关菌株的共性,并构建遗传进化树.结果 与GBS无关菌株相比,3株致GBS菌株cstⅡ基因的氨基酸序列二级结构的第7个α螺旋的165～180区段均被打开形成了折叠或转角,该变化在其他GBS相关菌株的二级结构变化中同样得到体现.实验中75%的GBS相关菌株cstⅡ基因为双功能,25%GBS相关菌株及所有GBS无关菌株cstⅡ基因为单功能.LL株与实验中涉及的GBS相关菌株在进化上高度类聚.结论 双功能cstⅡ可能与空肠弯曲菌的致GBS特性相关.LL株cstⅡ基因在一定程度上反映了亚洲地区的GBS相关菌株cstⅡ基因的序列特征,为进一步探索GBS发病的地域性特点并对GBS菌株进行监测提供了资料.

Abstract：

Objective To investigate the pathogenic mechanism of Campylobacter jejuni(C.jejuni) associated with Guillain-Barré syndrome(GBS) and provide strategy for gene modification, the cstⅡ gene from 8 GBS-associated C.jejuni strains were compared with that from 3 GBS-unrelated C.jejuni strains, getting the base and amino acid mutations, the changes of secondary structures and finding the region which may be responsible for the pathogenicity of C.jejuni inducing GBS. Methods Three GBS-associated C.jejuni strains isolated from stools of GBS patients in north China were selected and cultured, which has been confirmed as GBS-associated by animal model. After sequencing the genome of them, the nucleotide sequences of cstⅡ gene were got through sequence alignment. The nucleotide sequences and deduced amini acid sequences of 3 GBS-associated cstⅡ genes were compared with that from 3 GBS-unrelated C.jejuni strains through bioinformatics software, getting the base and amino acid mutations, the changes of secondary structures. Other 5 GBS-associated cstⅡ genes were also aligned to know whether the differences we got above makes sense. In this way the genetic differences between two kinds of C.jejuni strains may be found and speculating the gene region related to the pathogenicity of GBS became possible. Results The cstⅡgene of 3 GBS-associated C.jejuni strains were all composed of 876 base pairs. Compared with GBS-unrelated C.jejuni strains, there were 9 consistent mutation sites in cstⅡ gene of LL and QYT stains, leading to 3 consistent amino acid mutation. The amino acid mutation of 114 and 182 sites in LL and QYT stains existed in other 5 GBS-associated C.jejuni strains. The sole amino acid mutation of ZHX strain -169 site, located near the 182 site. The seventh α-helix(165-180 region)of the secondary structure of the amino acid sequence from GBS-associated strains were shorter than that from GBS-unrelated strains, and the shorter regions were opened to form β-sheet or coli, which also existed in other GBS-related strains in this study.75% of the GBS-associated cstⅡ genes were Asn-51, while 25% of the GBS-associated and all of the GBS-unrelated cstⅡ genes were Thr-51.LL strain showed highly identity to other GBS-unrelated strains in this study. Conclusion The 165-180 segment of secondary structures in cstⅡ gene from local 3 GBS-associated C.jejuni strains are probably the responsible region involved in inducing GBS. The senior structure changes in this region may affect the activity of sialyltransferase and the structures of ganglioside epitope, so that the C.jejuni can acquire the pathogenicity of GBS. This finding may give a clue to genetic modified site. The bi-functional cstⅡ of C.jejuni may be related to the pathogenicity of GBS. The cstⅡ of LL strain to some extent represents the characteristics of Asian strains, which may directs strains monitoring.     

格林-巴利综合征空肠弯曲菌的wla基因簇序列对比研究

格林一巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)是发生于空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)感染后的脱髓鞘性周围神经病,根据病理生理表现的不同,GBS可分为急性炎症性脱髓鞘性多发性神经病(acute demyelinating pattern,AIDP)、急性运动轴突型神经病(acute motor axonal neuropathy,AMAN)及Miller.:Fisher综合征.我国常见的GBS类型为AMAN,其电生理改变及病理表现为轴突损害.大量研究表明,空肠弯曲菌感染后引起的细菌脂寡糖(1ipooligosaccharides,LOS)与周围神经中神经节苷脂的交叉免疫反应可能与GBS的发病有关[1].LOS编码区的突变和变异极其活跃,这种突变和变异有利于细菌逃避宿主的免疫反应.但由于LOS结构的变化,同时也导致了菌株致GBS能力的改变[2].wla基因簇编码的多种蛋白质参与了细菌表面LOS的生物合成[3],本文对3株致AMAN型GBS空肠弯曲菌菌株的wla基因簇进行扩增及测序,通过与已知空肠弯曲菌菌株的相应序列进行对比及分析,观察其序列特征及与致GBS的相关性.     

幽门螺杆菌omp11基因的克隆及序列分析

目的　对幽门螺杆菌 (Helicobacterpylori,Hp)郑州分离株MEL Hp2 7和NCTC116 37株外膜蛋白基因 (omp11)进行克隆和测序 ;确定不同Hp菌株omp11基因序列的变异性 ,并对该基因编码多肽的化学及免疫学特性进行预测 ,为幽门螺杆菌疫苗抗原的筛选提供数据。方法　提取Hp染色体DNA ,用自行设计的PCR引物 ,从染色体DNA上扩增出omp11基因 ,将其克隆到载体pNEB193中 ,用重组质粒转化大肠杆菌 (E .coliJM10 9)。对重组质粒进行酶切鉴定 ,对插入的omp11基因片段进行测序 ,应用生物信息学软件Omiga2 .0、GeneDoc2 .3和GenBank、Swiss port数据库对 4个Hp菌株 (MEL Hp2 7、NCTC116 37、2 6 6 95、J99)的omp11基因序列进行同源性分析 ,并对该基因编码多肽的主要化学特征和抗原结构域进行预测。结果　MEL Hp2 7和NCTC116 37株omp11基因的核苷酸序列长度均为5 6 1bp ,不同菌株间核苷酸序列的同源性为 96 .6 %～ 98.0 % ,与国内的MEL Hp2 7株同源性最高的菌株是NCTC116 37,二者的同源性为 97.9%。 4株Hpomp11基因编码的氨基酸序列长度均为 186aa ,不同菌株间氨基酸序列的同源性为 98.9%～ 10 0 % ,与MEL Hp2 7株同源性最高的菌株是 2 6 6 95 ,二者的同源性为 99.5 %。预测HpMEL Hp2 7omp11基因编码多肽的相对分子质量 (Mr)     

标准菌株和临床菌株oipA基因的检测及其核苷酸序列比对

目的：检测幽门螺杆菌标准菌株NCTC11637及临床分离菌株Hp1和Hp2的oipA基因,分析其核苷酸序列,比对其与国际标准菌株Hp 26695的同源性.方法：常规方法培养幽门螺杆菌,提取DNA,PCR法扩增oipA基因,检测其核苷酸序列,并比较其与Hp 26695的同源性.结果：NCTC11637及Hp1、Hp2均表达oipA基因.其核苷酸序列与Hp 26695比对,NCTC11637有48个突变位点、Hp1有48个突变位点、Hp2有50个突变位点,同源性均为94%.NCTC11637与Hp1的同源性为100%、与Hp2的同源性为97%.结论：NCTC11637、Hp1、Hp2均表达oipA基因,但不同菌株oipA基因的核苷酸序列有所不同.     

胎儿弯曲菌龟亚种中国分离株的种群结构、毒力基因及耐药性分析

目的了解胎儿弯曲菌龟亚种(Campylobacter fetus subsp.testudinum, Cft)的分子流行病学特征。方法对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序, 结合GenBank公布的全球Cft基因组数据进行流行病学分析;MLST-GrapeTree分析Cft的群体遗传结构;核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建Cft的系统发育树, rhierBAPS确定其种群结构;CARD、ResFinder及VFDB注释Cft的耐药及毒力基因;E-test法进行药敏试验, 并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。结果基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析, 共纳入全球41株Cft基因组信息, 其中人类来源24株, 动物来源13株, 未知来源4株。流行病学资料显示, 24株人类来源菌株中, 20株感染对象为黄种人, 1例为白种人(配偶是亚裔), 其余未知, 差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物, 包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示, 中国分离株以ST46为主要序列型, 美国则以S...     

麻疹疫苗株S-191全基因序列测定及与流行株进化关系的初步研究

目的 对国内现在使用的Shanghai-191(S-191)疫苗株进行全基因组测序,针对国内已经分离出的毒株,分析它们与疫苗株的核酸序列差异以及流行特征.方法 利用RT-PCR的方法分段扩增S-191疫苗株的全基因并测序,从GenBank中获得全球24条麻疹全基因序列和211株中国各省分离到的麻疹流行株以及WHO各基因型参考株的N基因C端456个核苷酸序列,计算麻疹序列13个编码区和非编码区的突变率,分析病毒株和疫苗株基因型和遗传距离,构建基因亲缘性关系树.结果 获得S-191疫苗株的全基因序列并递交GenBank收录,进化树分析表明大部分流行株为H1基因型.各省流行株与S-191相比遗传距离为6.7%～8.2%.突变率分析显爪非编码区的突变率明显高于编码区,编码区中N基因的突变率最大.结论 本研究表明,中国大陆的麻疹病毒流行株以H1基因型为主,不存在明显的地域流行差异,在时间上也没有明显的突变积累特征.S-191疫苗株与近年来的麻疹流行株在遗传距离上差异较大,其保护作用需做进一步追踪探讨.