长链非编码RNA在癌症诊断中的应用

人类基因组中蛋白质非编码基因占大多数,这些非编码基因与癌症的发生、发展有密切联系。非编码基因转录形成的RNA称作非编码RNA。其中的长链非编码RNA(long non coding RNA,lncRNA)具有重要的基因调控功能并由此受到重视。由于部分lncRNA在各类型的癌症中表达异常,因此可以作为癌症的标志物用以诊断癌症。本文对lncRNA的分类、基因调控机制以及在癌症中的作用进行介绍,并对现有的以及部分潜在的癌症标志物lncRNA进行详细阐述。随着基因测序技术及微阵列技术的发展,更多的lncRNA会被发现并且能够成为重要的诊断肿瘤的标志物。     

非编码RNA参与昼夜节律调控研究进展

微小RNA(microRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)等非编码RNA(noncoding RNAs,ncRNA)属于表观遗传调控因子,通过在染色质水平、转录及转录后水平、翻译水平调控基因表达和功能,进而影响各种细胞生物学过程。在人体生理活动中,昼夜节律受到多种内外因素的调节,包括ncRNA。本文总结了参与调节昼夜节律的ncRNA,并讨论了在钟基因功能中ncRNA的作用机制,为进一步探究ncRNA在昼夜节律调控中的作用提供新的研究思路,为节律相关疾病的研究和诊治提供借鉴。     

长链非编码RNA在肌肉分化发育及疾病中的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)被证明在基因转录水平、转录后水平和表观遗传水平上发挥着重要的调控功能,进而影响疾病的发生,而肌肉的分化发育受到多种信号通路的调节。本文总结了长链非编码RNA的产生和作用方式,列出了调控肌肉分化发育的几种主要lncRNA,并讨论了肌肉疾病杜氏肌营养不良症(Duchenne muscular dystrophy,DMD)和面肩肱型肌营养不良症(facial muscular dystrophy,FSHD)中lncRNA的作用机制,为进一步探究lncRNA在肌肉分化发育疾病中的作用以及空间肌萎缩防护策略提供新的研究思路。     

支架内再狭窄非编码核糖核酸靶向治疗研究进展北大核心CSCD

血管内支架植入术作为一种微创、安全有效的方法,近年来广泛应用于下肢动脉硬化闭塞症(ASO)治疗,但支架内再狭窄(ISR)(血管直径缩小至参考血管直径50%以上)发生率仍然很高。因此,如何治疗ISR成为临床主要问题。非编码核糖核酸(ncRNA)是一类不编码蛋白质核糖核酸(RNA)分子,如微RNA(microRNA,miRNA)、环状RNA(circRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)的统称,可调节ncRNA中血管平滑肌细胞表型转化,如增殖、迁移、凋亡、新生内膜增殖等。该文举例说明了ncRNA作为ISR治疗可能的生物标志物或潜在治疗靶标,并阐述了相关新思想和新发现。     

长非编码RNA在表观遗传调控的研究进展

非编码RNA(Non-coding RNAs)是指不能翻译为蛋白质的功能性RNA分子,分为管家非编码RNA(Housekeeping non-coding RNA)和调控非编RNA(Regulatory non-codingRNA),其中具有调控功能的非编码RNA按其长度可分为两类[1]:短链非编码RNA(包括siRNA、miRNA、piRNA)和长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)。在哺乳动物基因组中mRNA只占全部转录本的2%,其余98%为非编码RNA[2]。lncRNAs一般是指大于200个核苷酸的RNA,位于细     

2014新一代测序论坛: 从技术到应用

随着近年来第二代测序技术的发明与推广,基因序列测序速度极大提升、成本大幅下降,使得基因组测序的大规模应用成为可能。同时,随着测序深度的提高,全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)、外显子测序、转录组测序、非编码RNA(如miRNA)测序、甲基化测序等新技术的应用,我们对许多物种的基因组,包括外显子、非编码区、转录组和基因拷贝数变异有了更深入、全面的认识,对生物性状、疾病的解析也取得了重大的突破。     

microRNA与细胞周期调控

microRNA(miRNA)是一类长度为22～25个核苷酸的小RNA,这类非编码的小RNA分子在转录后水平上特异性地调节基因的表达.研究表明,miRNA可调控在细胞周期进程中直接或间接发挥作用的蛋白质分子;其表达水平的改变会使得细胞周期进程失去控制从而导致肿瘤的发生.此外,miRNA可分别作为癌基因和抑癌基因发挥作用从而参与细胞周期进程的调控,尤其是对细胞周期检查点的调控;它们通过协同调控多个靶基因参与细胞周期进程.     

长链非编码RNA在动脉粥样硬化“损伤-应答”中的作用机制研究进展

长链非编码RNA(lncRNA)是一类序列长度大于200 bp的非蛋白编码RNA，通过调节前转录、转录、翻译及翻译后修饰而调控生物的表观遗传性状。动脉粥样硬化是因大、中动脉发生粥样病变而逐渐狭窄、闭塞，从而使靶器官出现缺血缺氧的血管病变。动脉粥样硬化的始动、进展机制可概括为“损伤-应答”学说，涉及脂质沉积、血管内膜炎症、细胞增殖与凋亡过程。有研究报道，lncRNA可通过调控不同的基因及分子表达来调控“损伤-应答”的发生发展。本文针对lncRNA调控“损伤-应答”的机制进行综述，旨在为相关的基础研究及临床诊疗提供参考。     

miR-93在肿瘤发生发展中的作用机制

MicroRNAs(miRNAs)是长约20~25个核苷酸的非编码RNA,在肿瘤中表达异常,发挥癌基因或抑癌基因的作用。miR-93是miR-106b-93-25簇的成员之一,在胃癌、乳腺癌和肺癌等肿瘤中高表达。miR-93通过调节靶基因的表达,参与调控肿瘤细胞增殖、转移和凋亡等过程,因此其表达水平与肿瘤的发生、发展、转移和预后等相关。此外,miR-93的表达还与抗肿瘤药物的耐药性相关。因此miR-93是肿瘤治疗的一个潜在的重要靶点。     

tRNAHis来源小RNA的发现及其功能初步预测

目的 证明肺癌细胞miRNA芯片中不存在高表达的miR-4454,而是来源于tRNAHis的同源序列16 nt小RNA,并对该16 nt小RNA生物学功能进行初步预测分析.方法 利用生物素标记的anti-miR-4454成熟体探针Northern印迹(NB)检测肺癌H460细胞内miR-4454成熟体及其前体,利用该探针钓取与之特异结合的RNA,测序确定该RNA的性质.Dicer酶体外切割tRNAHis,检测其切割产物并对切割产生的小RNA进行测序鉴定.在H460细胞中过表达tRNAHis来源的16 nt小RNA,通过转录组测序预测其生物学功能.结果 肺癌H460细胞中预测的miR-4454成熟体不存在,其前体序列与tRNAHis高度一致.Dicer酶体外切割tRNAHis能产生一条16 nt小RNA,序列鉴定与tRNAHis 3'端完全匹配,是一条新的tRNAHis来源小RNA.H460细胞中过表达tRNAHis来源的16 nt小RNA,转录组测序结果分析显示,tRNAHis来源的16 nt小RNA可能参与有丝分裂、细胞周期调控及碱基错配修复.结论 首次发现数据库预测的miR-4454在非小细胞肺癌细胞中不存在,证明它是来源于tRNAHis 3'端由Dicer酶切割产生的一种16 nt小RNA.过表达16 nt小RNA的转录组测序结果提示其可能参与细胞有丝分裂、周期调控及碱基错配修复.     

长链非编码RNA在肿瘤发生、发展中的作用研究进展

非编码RNA是指一类不编码蛋白质,但在生物体生命活动中具有功能的RNA分子。非编码RNA在发育和疾病中有众多角色,而其中一个突出的作用是调节基因的表达。非编码RNA按其长度可分为短链非编码RNA和长链非编码RNA（long non coding RNA,lncRNA）。LncRNA是一类长度大于200 nt、广泛存在于哺乳动物细胞中的一类蛋白非编码序列。LncRNA通过剂量补偿效应、表观遗传调控和细胞分化调控等环节在生命活动中发挥重要作用,尤其在一些复杂疾病的发生、发展过程中发挥重要功能。近年来,有关lncRNA在肿瘤发生、发展中的作用研究日益增多,已经成为肿瘤发病机制的研究热点。作者就lncRNA在肿瘤发生、发展中的功能及作用机制进行综述。     

miR-92 a在冠心病患者血浆中表达及调控通路研究

目的探讨冠心病患者血浆miR-92a的表达水平及其调控通路。方法选取自2017年10月至2018年2月就诊于北部战区总医院的118例胸痛患者为研究对象。其中,对照组35例,冠心病组83例[不稳定性心绞痛(UA)亚组34例,急性心肌梗死(AMI)亚组49例]。检测受试者血浆中miR-92a的相对表达量;使用miRNA数据库预测相关靶基因;通过GO分析和KEGG通路分析预测其与冠心病相关的信号通路。检测受试者血小板聚集率,判断是否存在阿司匹林抵抗(AR)及氯吡格雷抵抗(CR)。结果对照组血浆中miR-92a水平明显高于UA亚组和AMI亚组(P <0. 05); UA亚组与AMI亚组miR-92a水平比较,差异无统计学意义(P> 0. 05)。通过数据库预测,共有的miR-92a靶基因118个。GO分析及KEGG通路分析显示,与冠心病相关最显著的信号通路为血小板活化。对照组中,AR患者miR-92a水平显著低于非阿司匹林抵抗(NAR)患者(P <0. 05); CR患者miR-92a水平显著低于非氯吡格雷抵抗(NCR)患者(P <0. 05)。冠心病组中,AR患者与NAR患者、CR患者与NCR患者miR-92a水平比较,差异均无统计学意义(P> 0. 05)。结论 miR-92a在非冠心病者外周血中高表达,可能通过抑制血小板活化延缓冠心病进程。     

血清或血浆中的miR-375在肿瘤诊治和预后中的研究进展

microRNAs（miRNAs）是一类在转录后水平调控基因表达的内源性非编码小RNA分子,通过与下游靶基因3′-非编码区（3′-untranslated regions 3′-UTRs）结合,抑制mRNA的翻译或使其降解,进而发挥原癌基因或抑癌基因的作用。近年来研究表明,血清或血浆中的miR-375是肿瘤早期诊断、治疗、预后等密切相关的生物标志。     

MicroRNA-143与常见肿瘤关系的研究进展

MicroRNAs（miRNAs）是一类内源性的长度约18～25个核苷酸的非编码单链RNA分子,目前的研究证实,约半数miRNAs的上游基因位于染色体内与肿瘤相关的区域中,在肿瘤的发生与发展过程中既可扮演癌基因也可扮演抑癌基因的角色,其中MicroRNA143（miR-143）在多种肿瘤中呈低表达,通过多种作用机制发挥类似于抑癌基因的作用,本文就miR-143与肿瘤的研究进展作一综述。     

长链非编码RNA SNHG1对增生性瘢痕成纤维细胞增殖的影响

目的 探讨长链非编码RNA核仁小RNA宿主基因1(lncRNA SNHG1)对人增生性瘢痕成纤维细胞增殖的影响.方法 纳入2019－2021年在宁夏医科大学总医院烧伤整形外科接受手术治疗的22例增生性瘢痕患者,收集其增生性瘢痕组织与瘢痕旁正常皮肤组织(瘢痕旁3 cm以内),从中分离培养成纤维细胞.采用qRT-PCR从组...     

长链非编码RNAs与心血管疾病的研究进展

近年来,越来越多的研究表明非编码RNA在调节组织内稳态和病理生理中扮演着重要的角色.长链非编码RNA(lncRNAs)是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白质的功能性RNA分子,它能干预基因的表达和信号通路.虽然对lncRNAs功能和作用机制的研究尚处于起步阶段,但已有不少证据表明lncRNAs与临床疾病有着密切联系.本文就lncRNAs的特点、主要功能及其在心血管系统疾病的研究进行综述.     

胃癌患者血浆长链非编码RNA ENST000005688931.1 RNA片段异质性分析

目的 通过检测胃癌患者血浆中长链非编码RNA(lncRNA)ENST00000568893.1 RNA序列不同片段水平,探究RNA片段化分析作为筛选胃癌诊断标志物的可行性.方法 依据lncRNAENST00000568893.1 RNA全长序列将其分为3个不同序列片段,分别设计对应各RNA片段的PCR扩增引物,采用qRT-PCR方法检测lncRNA ENST00000568893.1 RNA不同片段在健康者、胃癌前病变和早期胃癌患者血浆中的含量.结果 lncRNA ENST00000568893.1 RNA是以片段化形式存在于血浆中,其不同片段在同类型的血浆样本中含量不同,同一片段在不同类型的血浆中含量不同.结论 基于lncRNA ENST00000568893.1 RNA片段在胃癌患者血浆中存在异质性,提示血浆RNA片段异质性可用于筛选胃癌标志物分子,将为肿瘤标志物分子的发现提供新的思路.     

肿瘤中GLI1 RNA编辑的下调及其潜在功能分析

目的检测癌相关基因GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑,比较编辑水平在肿瘤与正常细胞系中的差异,并分析编辑事件的潜在影响,以期揭示其与癌症发生发展的关联。方法通过PCR、RT-PCR及测序的方法检测GLI1编码区DNA和RNA序列上的差异,以此来识别该区域上的A-to-I RNA编辑事件和比较肿瘤与正常细胞系中编辑位点的编辑水平差异。使用多种生物信息学工具分析编辑事件的潜在功能影响。结果在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中均检测到GLI1转录本上对应染色体12∶56150891的位置发生A-to-I RNA编辑,该编辑事件导致GLI1第701位氨基酸由精氨酸转变为谷氨酸。与相应的正常细胞系相比,肝癌细胞系及乳腺癌细胞系中该位点的编辑水平明显降低。生物信息学分析表明此编辑事件能改变编码的氨基酸,并可能破坏外显子剪接增强子及影响蛋白质高级结构。结论 GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中普遍存在。该编辑事件在肝癌和乳腺癌细胞系中的下调提示其可能与癌症的发生发展相关。     

肿瘤中GLI1 RNA编辑的下调及其潜在功能分析

目的检测癌相关基因GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑,比较编辑水平在肿瘤与正常细胞系中的差异,并分析编辑事件的潜在影响,以期揭示其与癌症发生发展的关联。方法通过PCR、RT-PCR及测序的方法检测GLI1编码区DNA和RNA序列上的差异,以此来识别该区域上的A-to-I RNA编辑事件和比较肿瘤与正常细胞系中编辑位点的编辑水平差异。使用多种生物信息学工具分析编辑事件的潜在功能影响。结果在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中均检测到GLI1转录本上对应染色体12∶56150891的位置发生A-to-I RNA编辑,该编辑事件导致GLI1第701位氨基酸由精氨酸转变为谷氨酸。与相应的正常细胞系相比,肝癌细胞系及乳腺癌细胞系中该位点的编辑水平明显降低。生物信息学分析表明此编辑事件能改变编码的氨基酸,并可能破坏外显子剪接增强子及影响蛋白质高级结构。结论 GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中普遍存在。该编辑事件在肝癌和乳腺癌细胞系中的下调提示其可能与癌症的发生发展相关。