基于 GEO 数据库的结肠癌差异基因筛选及其生物信息学分析

目的:筛选结肠癌(Colorectal cancer,CRC)癌组织与正常癌旁组织之间差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),分析结肠癌的发病机制和可能的生物标志物.方法:在基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中以"colon cancer"作为搜索词,检索关于CRC的基因表达芯片数据.采用R语言对获取的芯片数据进行基因的差异表达分析,对所得DEGs进行基因本(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路的富集分析,并对DEGs的编码蛋白进行蛋白互作分析,筛选其中的关键基因(hub gene).结果:在芯片GSE44861中共筛选出241个DEGs,包括74个上调DEGs和167个下调DEGs.GO和KEGG分析显示,DEGs分别在8条生物过程(Biological Process,BP)、5条细胞组成(Cellular Component,CC)、13条分子功能(Molecular Function,MF)注释和2条KEGG通路中富集.所有互作蛋白中筛选出10个hub基因,除P2RY14外,其余主要分布于MF注释的"CXCR趋化因子受体结合"、"趋化因子受体结合"、"趋化因子活性"、"受体配体活性"、"信号受体激活剂活性"、"激素活性",以及BP注释的"抗菌肽介导的抗菌体液免疫应答"、"抗菌体液反应"、"体液免疫反应".结论:CRC的发生可能与CXCR趋化因子受体结合以及肠道感染和免疫应答密切相关,P2RY14有可能成为CRC的筛查、诊断、预后的分子生物标志物.     

CCl4诱导的小鼠纤维化肝组织微小RNA差异表达谱及初步功能分析

 目的：应用微小RNA(miRNA)芯片技术研究miRNAs在四氯化碳（CCl4）诱导的小鼠纤维化肝脏中的差异表达谱,并基于基因本体论（gene ontology,GO)分析及信号转导通路分析发现差异miRNAs的主要功能。方法：实验分为正常组及模型组,皮下注射 CCl4复制小鼠肝纤维化模型;应用Agilent 小鼠 miRNA 寡核苷酸基因芯片检测各组肝脏miRNA表达谱。用随机方差模型t检验筛选2组间的差异miRNAs,并预测其靶基因。对靶基因进行GO分析及信号转导通路分析发现差异miRNAs发挥的主要功能。结果：正常组与模型组间共筛选出39个差异miRNAs,其中模型组较正常组上调的23个,下调的16个。GO分析及信号转导通路分析结果提示差异miRNAs可能调控的靶基因及其参与的生物学功能包括细胞的增殖与活化、细胞凋亡、细胞周期、细胞黏附、细胞迁移、炎症反应、转化生长因子β（TGF-β）/Smads信号转导通路、Wnt受体信号转导通路、蛋白代谢过程的调控等。GO分析发现关键的上调miRNA包括mmu-miR-322、mmu-miR-15b、mmu-miR-195、mmu-miR-200b、mmu-miR-214等,关键的下调miRNA包括mmu-miR-16、mmu-miR-130a、mmu-miR-101b、mmu-miR-30a和mmu-miR-30e等。对显著性GO与显著性信号通路所属的靶基因取交集,对网络中miRNA在网络中的调控地位进行评价,结果发现关键的上调miRNAs包括mmu-miR-200b、mmu-miR-322、mmu-miR-106b、mmu-miR-23a、mmu-miR-15b等,关键的下调miRNAs包括mmu-miR-16、mmu-miR-30e、mmu-miR-30c、mmu-miR-30a、mmu-miR-130a等。结论：纤维化肝组织miRNAs表达较正常肝组织发生明显变化;肝纤维化形成的各个环节,包括细胞的增殖与活化、细胞黏附、细胞凋亡、细胞迁移与分化、物质代谢、TGF-β信号通路等都可能受miRNAs的调控。     

采用非标记microRNA芯片筛选早产胎盘差异表达microRNA

目的应用非标记microRNA芯片筛选在早产胎盘组织中差异表达的miRNA,并分析其相关的靶基因。方法收集早产儿16例为病例组,同期健康足月产儿18例为对照组,取胎盘组织。通过非标记miRNA芯片技术构建早产胎盘组织miRNA表达谱,采用荧光实时定量PCR进行验证,并分析差异表达miRNAs的靶基因。结果 miRNA芯片结果显示44种miRNAs在早产胎盘组织和对照组胎盘组织中差异表达,其中下调表达的11种,上调表达的33种,荧光实时定量PCR验证出miR-493-3p显著下调,mi R-4632-5p显著上调,与芯片结果一致。经软件分析,miRNA靶基因有IL16、SH2D2A、CCNG2、PHB、WNT1、CCDC92、GIT1和ST7L等相关靶基因。结论早产胎盘组织中存在差异表达的miRNAs,提示这些差异表达的miRNAs在早产的发生中有重要的调控作用。     

胃相关性疾病伴肠上皮化生差异表达基因及中药预测的生物信息学分析

目的：通过生物信息学方法筛选胃相关性疾病伴肠上皮化生（IM）的关键基因与通路,探讨其发病机制及潜在治疗靶点,进而预测治疗IM的中药。方法：从公共基因芯片数据库（GEO）数据库中下载包含IM患者的胃黏膜基因表达谱数据,利用Rstudio3.5.2筛选出IM组织与正常胃黏膜组织的差异表达基因（DEGs）;使用DAVID 6.8数据库对DEGs进行GO和KEGG富集分析;基于STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建蛋白相互作用（PPI）网络,明确关键基因及核心功能模块;通过将关键基因与医学本体信息检索平台（Coremine Medical）相对应,筛选治疗IM的中药。结果：纳入2个包含IM的基因芯片数据集GSE78523和GSE60427,将2个数据集中IM相关的DEGs取交集获得135个基因,其中上调基因90个、下调基因45个。GO分析结果显示,DEGs主要涉及消化、细胞增殖的调控、细胞间黏附、钠离子跨膜转运、钾离子转运、胆囊收缩素信号通路、单核细胞趋化性、白细胞迁移、细胞外泌体等功能。KEGG通路富集结果显示DEGs显著富集于胃酸分泌、氮代谢、肾素-血管紧张素系统、蛋白...     

室间隔缺损胎儿心室肌组织微小RNAs时序性表达差异研究

目的采用微小RNAs（miRNAs）表达谱芯片分析不同孕龄（孕早期与孕中期）室间隔缺损（VSD）胎儿心室肌组织中时序性表达差异的miRNAs。方法连续性纳入2009年7～12月南京医科大学附属南京妇幼保健院因病理因素流产经解剖证实为VSD且不合并其他畸形的胎儿为VSD组。以同期因生理性难免流产,并经解剖证实无心脏畸形和其他器官畸形的胎儿为对照组,依据孕龄与VSD组1：1匹配。根据孕龄,将VSD组和对照组分别分为孕早期亚组和孕中期亚组。采用Agilent Human2.0 miRNAs表达谱芯片观察胎儿心室肌组织miRNAs表达变化,芯片数据采用生物信息学方法进行分析,包括差异miRNAs筛选,预测miRNAs靶基因Gene Ontology分析,靶基因信号通路分析,并采用实时PCR法验证芯片结果。结果 VSD组和对照组各纳入6例,两组孕早期亚组和孕中期亚组均各3例。①通过差异miRNAs筛选,发现孕早期VSD亚组与孕中期VSD亚组间有33个时序性表达差异的miRNAs。19个miRNAs在孕早期VSD亚组表达上调,在孕中期VSD亚组表达下调;14个miRNAs在孕早期VSD亚组表达下调,在孕中期VSD亚组表达上调。②生物信息学预测到2761个靶基因,大部分miRNAs的靶基因中含有与心脏发育直接相关的关键基因（TBX5、GATA4、TBX1和NKX2-5等）。③靶基因GeneOntology分析表明其中与细胞进程、代谢过程和生物调控相关的靶基因分别占整个靶基因数量的23.5%、18.3%和17.7%。④靶基因信号通路分析发现,WNT信号通路中的靶基因在孕早期VSD亚组与孕中期VSD亚组中存在时序性差异。⑤随机挑选孕早期VSD亚组与孕中期VSD亚组时序性表达差异的4个miRNAs（hsa-miR-19a、hsa-let-7e、hsa-miR-134和hsa-miR-206）进行验证,定量PCR结果显示,孕早期VSD亚组分别上调3.2（hsa-miR-19a）和4.1倍（hsa-let-7e）,下调5.3（hsa-miR-134）和4.4倍（hsa-miR-206）;孕中期VSD亚组分别下调4.8（hsa-miR-19a）和3.4倍（hsa-let-7e）,上调4.5（hsa-miR-134）和3.9倍（hsa-miR-206）。结论时序性表达差异的miRNAs在胎儿VSD畸形的发生中可能起着重要作用,但本研究样本量较小,需要进一步扩大样本量进行验证。这些差异表达miRNAs的预测靶基因与细胞发育、分化和代谢密切相关,含有与心脏发育直接相关的关键基因,部分靶基因为WNT信号通路中的关键因子,提示VSD的发生发展是机体在miRNAs的参与下,在多个层面上使基因表达失控的共同结果。     

基于生物信息学分析腹膜透析腹膜细胞的免疫相关基因差异表达北大核心CSCD

目的:应用生物信息学方法分析不同腹膜透析时间的腹膜细胞的免疫相关基因(IRGs)表达差异,探索参与腹膜损伤、腹膜纤维化的重要生物标志物。方法:下载基因芯片数据集GSE125498,利用GEO2R数据库分析平台筛选差异表达基因。从ImmPortPortal数据库下载IRGs列表,并筛选出差异表达的IRGs。应用DAVID、STRING生物信息学分析平台,及Cytoscape软件对筛选所得的差异表达IRGs进行生物学注释(GO)、信号通路富集分析(KEGG)及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。结果:与20例短期腹膜透析患者相比,在13例长期腹膜透析患者中筛选出差异表达IRGs 36个(|log2FC|>1.0,校正后P<0.05),其中35个上调基因,1个下调基因。GO分析结果显示差异表达IRG的生物学过程主要富集在免疫应答,细胞学组分主要定位于质膜,子功能主要富集在跨膜信号受体活性,KEGG信号通路主要富集在细胞因子-细胞因子受体的相互作用。在PPI网络中应用MCODE及cytohHubba模块筛选出的关键基因为CCR7、CD40LG、IL7R。结论:随着腹膜透析时间的延长,腹膜细胞的免疫应答活跃,相关基因CCR7、CD40LG、IL7R可能是腹损伤、纤维化形成的重要的免疫学标志物。     

高脂饮食诱导胰岛素抵抗小鼠血浆microRNA 表达谱及其与TLR4 的关系

目的:筛选高脂饮食诱导的胰岛素抵抗小鼠,以及应用Toll 样受体4(Toll-like receptor4,TLR4)抑制剂TAK-242 干预的胰岛素抵抗小鼠血浆差异表达的微小RNA(microRNA,miRNA),探讨胰岛素抵抗、TLR4 和差异表达miRNAs 的关系。方法:血浆标本来自前期实验的3 组小鼠,即以普通基础饲料喂养(Low fat diet,LFD)的正常对照组、给予TAK-242 的高脂饮食组(Treated high fat diet,HFD-T)和单纯高脂饮食组HFD-C,应用小鼠miRNA 芯片检测血浆miRNA 表达谱,筛选差异表达的miRNAs;采用实时荧光定量PCR 方法验证芯片结果。应用生物信息学方法,以TLR4 及其信号传导通路为中心,预测差异表达miRNAs 的靶基因,并对靶基因分别进行GO 和KEGG 富集分析,以判定差异miRNAs 主要影响的生物学功能或者通路。结果:miRNA 基因芯片筛查结果显示,单纯高脂饮食组与正常饮食组比对,筛选出差异显著的miRNAs 共计185 种,其中6 种miRNAs 表达上调,179 种miRANs 表达下调;给予TAK-242 的高脂饮食组与正常饮食组比对,筛选出差异显著的miRANs共计171 种,均表达下调;给予TAK-242 的高脂饮食组与单纯高脂饮食组比对,筛选出差异表达的miRNAs 共计13 种,均为下调。生物信息学分析结果显示,以TLR4 为中心挖掘与其互作的蛋白质,共发现有10 种蛋白;在TAK-242 给予的高脂饮食组与单纯高脂饮食组中差异表达倍数均在1 000 以上的4 种miRNAs (mmu-miR-3095-3p、mmu-miR-5113、mmu-miR-709 和mmu-miR-335-3p),可在TLR4 的互作蛋白质或Toll 样受体信号通路中找到其作用的靶基因,发现这些靶基因74% 属于生物过程基因,其中转录调控因子占82%。实时荧光定量PCR 检测mmu-miR-3095-3p、mmu-miR-5113、mmu-miR-709 和mmu-miR鄄335鄄3p水平,变化趋势与芯片结果一致。结论:胰岛素抵抗发生时,血浆miRNAs 表达谱存在改变,此变化与TLR4 及其信号通路相关。该研究结果丰富了胰岛素抵抗发生的机制,为寻找胰岛素抵抗血浆miRNAs 诊断标志物提供了实验依据。     

慢性神经病理性疼痛对大鼠脊髓背角miRNA表达的影响

目的 筛选慢性神经病理性疼痛大鼠脊髓背角差异表达的miRNA,并预测其调控的靶基因.方法 建立大鼠坐骨神经慢性压迫损伤CCI模型,在术后疼痛高峰期取腰膨大脊髓背角,用miRNA芯片筛选CCI大鼠差异表达的miRNAs,再用荧光实时定量RT-PCR验证差异表达的miRNAs,并利用MIRANDA、TARGETSCAN、PICTAR 3个数据库找出这些miRNA可能调控的靶基因.结果 CCI大鼠表达上调的有miR-99b,表达下调的有miR-674-3p、miR-879与miR-325-5p.RT-qPCR验证结果与芯片基本相符.预测这些miRNA可能的靶基因约26个,这些基因功能广泛.结论 慢性神经病理性疼痛可导致miRNA的表达发生变化,这些miRNA及其调控的靶基因为进一步研究奠定了基础.     

唾液腺腺样囊性癌中相关微小RNAs及其靶基因的生物信息学分析

目的 探讨唾液腺腺样囊性癌(SACC)潜在的微小RNAs(miRNAs）分子标志物,构建miRNA-mRNA调控网络,并阐明其潜在的分子机制。 方法 从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载2个SACC的微阵列芯片数据,通过R语言进行分析差异的miRNAs与mRNA。应用FunRich 3.1.3软件对差异miRNA进行转录因子富集分析以及预测差异miRNAs的靶基因。对SACC中差异miRNAs的靶基因进行基因本体论（GO）富集分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析以及蛋白互作分析。使用Cytoscape 3.7.0构建miRNA-mRNA调控网络。 结果 1. 共筛选出144个差异表达的miRNAs (DEMs)和1216个差异表达的mRNAs(DEGs);2. KEGG信号通路富集分析发现,靶基因主要参与Rap1信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路以及肌动蛋白细胞骨架的调节;3. STRING蛋白相互作用分析发现,ACSL1、SCD、MGLL、FABP4在蛋白相互作用网络中处于核心地位。 结论 我们筛选出SACC与相对正常组织间差异明显的miRNA和mRNA,并分析发现了这些差异分子主要参与的信号通路和功能。     

新疆地区维吾尔族人群高血压患者microRNA表达谱分析

目的筛选新疆地区维吾尔族人群原发性高血压(EH)患者与健康者血浆中microRNA差异表达谱,为进一步探究microRNA与新疆维吾尔族人群原发性高血压发病的关系提供依据。方法选取4例维吾尔族原发性高血压患者和4名维吾尔族健康人的全血,用Agilent Human miRNA芯片检测血浆microRNA表达谱。对差异表达的microRNA进行聚类分析、靶基因预测、靶基因注释等生物信息学分析。另外选取独立验证样本(15例维吾尔族原发性高血压患者及15名维吾尔族健康人),对差异表达的microRNA进行q PCR验证。结果实验组与对照组相比,筛选获得257个差异表达microRNA,其中161个上调表达,97下调表达。通过Target Scan、PITA、microRNAorg数据库对差异表达microRNA进行靶基因预测,对3个数据库预测到的靶基因取交集,获得6 580个microRNA调控的靶基因系。最终筛选得到表达上调最多和下调最多的两个microRNA,hsa-miR-1183和hsa-miR-30e-5p。结论原发性高血压患者有着独特的microRNA表达谱,筛选获得的差异表达microRNA,可能是原发性高血压早期诊断的生物标志物和潜在的治疗靶点,同时对于后续研究原发性高血压的发病机制具有提示作用。     

Differences in T cell immune-related lncRNA and mRNA expression patterns between right- and left-sided colorectal cancers

BackgroundRight-sided colorectal cancer (RCRC) and left-sided colorectal cancer (LCRC) harbor different genetic alterations associated with immune response.ObjectiveThis study aimed to analyze the differences in T cell immune-related RNA expression patterns between RCRC and LCRC.MethodsThe differentially expressed genes (DEGs) and lncRNAs (DElncRNAs) between LCRC and RCRC were screened from the Cancer Genome Atlas (TCGA) database. A correlation analysis between DEGs or DElncRNAs and differential T cells was also performed to obtain T cell-related genes, followed by miRNA prediction. The mRNA-lncRNA network and the competitive endogenous RNA (ceRNA) network were subsequently constructed, and the expression level of mRNA in the ceRNA network was verified using GSE104645.ResultsRCRC patients had a poorer prognosis and were older than LCRC patients. In total, 923 DEGs and 328 DElncRNAs were screened between LCRC and RCRC patients. Compared to RCRC patients, LCRC patients showed a decrease in CD8⁺ T cells. In addition, 26 miRNAs, 8 mRNAs, and 10 lncRNAs were included in the ceRNA network. Finally, the validation analysis revealed that CDHR1 and PRLR were significantly downregulated, while TRIB2 was upregulated in RCRC patients compared to LCRC patients.ConclusionThe analysis of T cell immune-related RNA expression might provide new insights into the underlying molecular mechanisms of the differences between LCRC and RCRC.     

Identification of miR-375 as a potential prognostic biomarker for esophageal squamous cell cancer: A bioinformatics analysis based on TCGA and meta-analysis

Accumulating evidence has demonstrated that aberrantly expressed miRNAs in cancer tissues regulated various cellular processes related to carcinogenesis. The present study aimed to identify the differentially expressed miRNAs between esophageal squamous cell cancer (ESCC) and adjacent normal esophageal tissue (ANET). In our present study, we identified 129 differentially expressed miRNAs between ESCC and ANET by analyzing high-throughput miRNA data downloaded from TCGA database. After investigating the prognostic value of the 129 differential expressed miRNAs, eight miRNAs were found to be associated with prognosis of patients with ESCC. The clinical significance and bio-function of miR-375 was further examined. We performed Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) to identify the top three gene sets that significantly altered between the patients with miR-375 low expression and high expression. In order to explore the mechanism of the development and progression of ESCC, the role of miR-375 in ESCC and its four candidate target genes was examined. At last, we performed a meta-analysis to verify the prognostic value of miR-375 in ESCC. In conclusion, our findings suggest that miR-375 serves as a promising independent prognostic factor for ESCC and function as a tumor suppressor.     

头颈部鳞状细胞癌预后相关的miRNAs的生物信息学分析

目的 利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库微小核糖核酸（miRNAs）表达谱数据分析头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）与癌旁正常组织间差异表达的miRNAs,结合临床信息寻找与HNSCC预后相关的miRNAs。方法 从TCGA中下载miRNAs表达数据,包括39例HNSCC患者和39个肿瘤邻近正常组织样本筛选差异表达的miRNAs,应用481例HNSCC患者的miRNAs表达谱和临床信息来评估找到的差异表达miRNAs的预后作用。结果 共筛选出114个差异表达的miRNAs,包括60个上调和54个下调的miRNAs。Kaplan-Meier生存分析显示miR-4652-5p和miR-99a-3p与HNSCC患者预后相关,单因素和多因素Cox回归分析显示,miR-4652-5p和miR-99a-3p是HNSCC的重要预后因素。结论 miR-4652-5p和miR-99a-3p与HNSCC患者预后相关,但miR-4652-5p和miR-99a-3p在头颈鳞状细胞癌发生发展中的分子机制仍需更全面的基础和临床研究进行探讨。     

miRNA-519a在子宫内膜癌中的诊断及预后价值及机制探寻

目的利用TCGA数据库探寻miRNA-519a在子宫内膜癌中的诊断及预后价值及机制。方法通过对TCGA数据库中UCEC数据进行差异表达和生存分析,挑选出肿瘤组织中显著高表达且高表达提示预后不良的miRNA,并对该miRNA的靶基因进行富集分析,将富集出的关键通路中的mRNA与UCEC组织中低表达的mRNA交集,找出miRNA在UCEC中的靶基因和通路,并进一步利用双荧光素酶报告基因分析检测miRNA与靶基因mRNA的靶向结合进而调控其功能。结果TCGA-UCEC数据库中癌旁组织和癌组织存在不同miRNA差异表达,共148个miRNA上调,75个miRNA下调(|logFC|>2);进一步对差异表达miRNA进行预后分析发现,和正常组织相比,miRNA-519a在UCEC组织中显著高表达,且高表达的患者预后不良;通过mirDB数据库预测miRNA-519a靶基因(共685个),并用DAVID数据库将这些mRNA进行KEGG-PATHWAY富集分析,发现miRNA-519a的靶基因富集于肿瘤相关通路,且该通路相关基因中PDGFRA和TGFBR2在UCEC组织中显著低表达;双荧光素酶报告基因分析证明,miRNA-519a可与PDGFRA和TGFBR2 mRNA的3'-UTR直接结合并抑制两者的表达。结论miRNA-519a能够作为UCEC诊断和预后的生物标志物,miRNA-519a通过调控PDGFRA和TGFBR2的表达进而调控肿瘤的进程。     

Identification of miRNA signatures in serum exosomes as a potential biomarker after radiotherapy treatment in glioma patients

Despite development in therapies, the high recurrence and low positivity of biomarkers for diagnosis still result in glioma with high mortality. In this study, we aimed to identify a potential miRNA signature to evaluate the effect of radiotherapy in glioma patients. MicroRNA (miRNA) sequencing was performed on miRNAs isolated from serum exosomes in a cohort of glioma patients before and after radiotherapy. A total of 18 up-regulated differentially expressed (DE) miRNAs and 16 down-regulated DE miRNAs were identified. Subsequently, the target genes of DE miRNAs were predicted based on multiple miRNA-target databases. Further, it was indicated that these targets were primarily involved in metabolic process, p53 signaling pathway and cancer pathways, suggesting that these miRNAs play a crucial role in glioma by regulating targets and affect the occurrence and development of the disease. In general, this study presented the variation of miRNAs in blood exosomes before and after radiotherapy. It can not only be helpful for the diagnosis of glioma, but also find new candidate biomarkers for monitoring the condition and evaluating the efficacy of radiotherapy in glioma. It provides a new idea for the diagnosis, treatment and prognosis evaluation of glioma.     

MicroRNAs and their predicted target messenger RNAs are deregulated by exposure to a carcinogenic dose of comfrey in rat liver

MicroRNAs (MiRNAs) are small noncoding RNAs that function as regulators of gene expression to control cell growth and differentiation. In this study, we analyzed miRNA and mRNA expression in the livers of rats treated with a carcinogenic dose of comfrey (Symphytum officinale) for 12 weeks. Groups of six rats were fed a normal diet or a diet containing 8% comfrey root. The animals were sacrificed 1 day after the last treatment and the livers were isolated for miRNA expression analysis using LC Sciences miRNA microarrays and for mRNA expression analysis using Affymetrix rat genome microarrays. MiRNA expression levels were significantly changed by comfrey treatment. The treated samples were separated clearly from the control samples in both principal component analysis (PCA) and hierarchical clustering analysis (HCA). Quantitative measurements of seven miRNAs using TaqMan real-time PCR were consistent with the microarray results in terms of fold-change and the direction of the change in expression. Forty-five miRNAs (P < 0.01) and 1,921 mRNAs (q = 0) were significantly changed by comfrey treatment. Using a target prediction algorithm, 434 differentially expressed genes (DEGs) were predicted to be targeted by the differentially expressed miRNAs (DEMs). The DEM-targeted DEGs were more likely to be involved in carcinogenesis than the DEGs that were not targeted by the DEMs. The nontargeted DEGs were enriched in noncancer-related biological processes. Our data suggest that comfrey may exert its carcinogenic effects by disturbing miRNA expression resulting in altered mRNA levels of the DEM-targeted genes that are functionally associated with carcinogenesis.     

心房颤动患者心房组织中差异表达miRNA的初步研究

目的：应用基因芯片技术研究心房颤动（房颤）患者心房组织中miRNA的表达谱,分析差异表达的miRNA,为进一步研究miRNA在房颤发生、发展中的作用奠定基础。方法：采用miRNA基因芯片技术检测房颤患者和非房颤患者心房组织样本中miRNA的表达水平;采用实时定量PcR（quantitativereal,timePCR,qRT．PCR）对部分差异表达的miRNA进行验证。结果：MiRNA基因芯片分析结果显示,与非房颤组织相比,房颤组织中差异表达的miRNA共有26个,其中16AmiRNA表达上调,10个miRNA表达下调。qRT．PCR验证结果与芯片结果相一致。结论：MiRNA在房颤患者心房组织中存在差异性表达。