基于网络药理学探究大黄煎剂治疗轻微型肝性脑病的作用机制

目的:基于网络药理学方法,预测大黄煎剂治疗轻微型肝性脑病(MHE)的作用靶点和作用机制.方法:使用TCMSP平台采集大黄煎剂的有效成分及作用靶点基因;再从Gene Cards、OMIM数据库搜集MHE的靶点,将二者取交集获得药物-疾病交集靶点;使用Cytoscape 3.7.2软件,将有效成分、药物-疾病交集靶点导入建立关系网络,并绘制网络图;将药物-疾病交集靶点导入String数据库,构建药物对疾病靶点蛋白相互作用的PPI网络;最后使用R语言程序对药物-疾病交集靶点基因进行GO和KEGG富集分析.结果:大黄煎剂筛选出11种活性成分、116个治疗MHE的潜在靶点;PPI网络结果中,筛选出大黄煎剂调控的核心靶点包括AKT1、JUN、MAPK1等;GO功能富集得到142个功能条;KEGG通路富集分析得到157条通路.结论:该研究初步预测大黄煎剂可能通过靶向作用关键蛋白和重要通路达到治疗MHE的目的,充分体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,并有望对大黄煎剂治疗MHE提供新的证据和研究思路.     

贞芪扶正胶囊辅助治疗艾滋病作用机制的网络药理学分析及分子对接验证

目的利用网络药理学方法及分子对接技术分析贞芪扶正胶囊辅助治疗艾滋病的分子机制。方法通过TCMSP获取贞芪扶正胶囊组方药物活性成分及作用靶点, 通过GeneCards、OMIM及DrugBank数据库获取艾滋病相关靶点;通过STRING 11.5数据库构建交集靶点PPI网络, 并采用Cytoscape 3.9.1软件进行网络拓扑分析;采用Metascape数据库对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape 3.9.1构建贞芪扶正胶囊成分-靶点-通路网络;利用Autodock Tools软件对核心靶点与活性成分进行分子对接。结果获得贞芪扶正胶囊31个活性成分及180个作用靶点, 确定TNF、IL6、AKT1、IL1B、TP53、VEGFA、RELA、EGFR、CASP3为核心靶点。GO功能富集分析获得生物过程1 436条、细胞组分53条、分子功能117条。KEGG通路富集分析获得167条通路, 与癌症、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等密切相关。分子对接结果显示, AKT1、TNF等核心靶点与槲皮素、山柰酚、木犀草素等成分有良好的结合活性。...     

基于网络药理学和分子对接探讨六君子汤治疗胃肠功能障碍的作用机制※

目的 基于网络药理学及分子对接技术分析六君子汤治疗胃肠功能障碍的核心成分、共作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCM-SP）数据库进行检索并筛选六君子汤的活性成分及作用靶点,运用Disgenet、MOIM、Genecards数据库检索胃肠功能障碍的相关作用靶点,取二者靶点交集,应用STRING平台及Cytoscape 3.10.0软件构建六君子汤-成分-靶点蛋白-疾病互作网络图;凭借微生信平台对所得交集靶点进行富集分析并绘制GO和KEGG富集分析图,最终使用pymol和AutoDock软件实现分子对接可视化。结果 六君子汤药物活性成分共131个,药物靶点218个,疾病相关靶点1376个,药物与疾病共靶点108个,GO分析中生物过程3584条,细胞组成186条,分子功能348条,KEGG分析获得通路229条,分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点对接成功,具有良好的结合活性。结论 六君子汤可能通过槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、木犀草素、豆甾醇、山奈酚等有效成分,作用于STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、MAPK1等靶点,参与糖尿病并发症通路、卡波西肉瘤相关病毒感染等信号通路,实现调节胃肠动力、抗炎等作用,从而改善胃肠功能障碍患者预后。     

基于网络药理学和分子对接探究天冬治疗过敏性哮喘的作用机制

目的：运用网络药理学方法和分子对接技术探究天冬治疗过敏性哮喘的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、TCMID及BATMAN-TCM、STP数据库获取天冬活性成分和靶点，通过GeneCards和OMIM、TTD数据库获得过敏性哮喘的治疗靶点，利用Venny 2.1得到交集靶点，并采用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络。应用Metacape进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析，使用Cytoscape 3.9.1构建“药物-活性成分-疾病-靶点网络”,运用Autodock vina 1.1.2进行分子对接验证。结果：筛选得到天冬8个活性成分、323个活性成分靶点基因和2629个疾病靶点基因以及169个交集基因，关键靶点包括蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、SRC、表皮生长因子受体(EGFR)、雌激素受体1(ESR1)、MMP9、白细胞介素2(IL2)等；涉及治疗过敏性哮喘的GO分析2212条，KEGG分析193条，主要通过磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、受体相关蛋白1(Rap...     

基于网络药理学方法及分子对接技术探究清热祛湿汤治疗膝骨关节炎作用机制

目的：采用网络药理学方法及分子对接技术研究清热祛湿汤治疗膝骨关节炎的作用机制。方法： 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 数据库检索清热祛湿汤药物成分靶点； 通过TTD、 Genecards、OMIM 数据库检索膝骨关节炎靶点；制作韦恩图获取药物-疾病交集靶点；通过Cytoscape3.9.0 软件 绘制药物有效成分-疾病-共同靶点网络图；利用String 数据库构建蛋白相互作用（PPI） 网络；使用R 语言软 件对交集靶点进行基因本体（GO） 富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG） 富集分析； 使用 AutoDockTools1.5.6 等软件对药物主要有效成分与疾病核心靶蛋白进行分子对接验证。结果：清热祛湿汤的有 效成分为槲皮素、木犀草素等；PPI 网络构建获得的核心靶蛋白是蛋白激酶B 抗体（AKT1）、纤溶酶原激活物 抑制物1 （SERPINE1） 等；GO 富集分析获得1 902 条GO 条目；KEGG 富集分析获得105 条信号通路；将 5 种药物有效成分与5 种核心靶蛋白进行分子对接，均具有较好的结合活性。结论：清热祛湿汤治疗膝骨关节 炎具有多成分、多靶点、多途径的特点，具体通过发挥调控炎症反应、软骨基质降解、软骨细胞的凋亡和增殖 等作用，延缓膝骨关节炎的进展。     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学及分子对接探讨怀牛膝治疗高血压的物质基础和作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨怀牛膝治疗高血压的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选怀牛膝的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM数据库获取高血压的靶点,利用Venn在线软件获取怀牛膝-高血压交集靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建“化合物-靶点-疾病”网络图。使用String数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用David数据库和R语言3.6.3中clusterProfiler包对关键靶点进行GO功能富集及KEGG通路分析,通过分子对接技术将怀牛膝主要活性成分与关键靶点进行对接验证。结果 共筛选出怀牛膝潜在活性成分16个,有效作用靶点183个。通过Venn图获得76个药物疾病共同靶点,PPI网络发现IL6、AKT1、VEGFA、CCL2、MMP9、NOS3、PTGS2等可能是怀牛膝治疗高血压的关键靶点。GO分析共包含396条富集结果,其中生物过程307条,分子功能54条,细胞组成35条。KEGG通路分析发现60个条目。分子对接筛选得到与靶点有结合潜力的化合物。结论 怀牛膝通过“多成分-多靶点-多途径”发挥降压作用,为深入研究其物质基...     

白头翁汤抗结直肠癌的网络药理学研究

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨白头翁汤抗结直肠癌的作用机制。方法：利用中药系统药理学分析平台（TCMSP）筛选白头翁汤的活性成分和对应靶点,利用疾病靶点数据库查找结直肠癌靶点,并通过venny2.1.0软件得到交集靶点,通过STRING数据库构建靶点互作网络图;采用Cytoscape软件构建方剂-药物-成分-靶点网络,对交集靶点进行GO和KEGG富集分析,最后采用分子对接技术对主要活性成分和关键靶点的结合能力进行验证。结果：白头翁汤包括白头翁、黄连、黄柏、秦皮4个主要活性成分以及182个潜在作用靶点,GO富集分析显示基因富集于2226条生物过程（BP）、70个细胞组成（CC）及197种分子功能（MF）;KEGG富集分析提示共同靶点富集于171条通路,分子对接提示主要活性成分与关键靶点具有较好对接活性。结论：白头翁汤对结直肠癌的治疗作用发挥可能与槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇等成分调控TP53、MAPK1、MAPK14、RELA等基因以及影响TNF、IL-17等信号通路相关。     

基于网络药理学研究白术厚朴汤干预肺结节的作用机制

目的:基于网络药理学技术,探究白术厚朴汤防治肺结节的作用机制。方法:检索中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得白术厚朴汤的活性成分及作用靶点,检索GeneCards数据库和OMIM数据库获得肺结节的相关靶点,利用在线作图工具Venny 2.1得到药物与疾病交集靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件构建药材-活性成分-靶点网络,并对交集靶点进行PPI网络绘制。利用R语言软件及相关程序包对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:筛选得到白术厚朴汤中活性成分57个和药物靶点520个,肺结节靶点2927个,药物-疾病交集靶点247个。关键成分包括黄芩素、柚皮素、川陈皮素等,关键靶点涉及AKT1、INS、IL6等。GO功能富集分析得到3140条生物过程,主要涉及对营养水平的反应、细胞对药物的反应、氧化应激反应等。KEGG通路富集分析得到169条信号通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、人巨细胞病毒感染、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染等。分子对接结果显示白术厚朴汤中黄芩素、柚皮素、川陈皮素等与AKT1、INS、IL6具有较好的亲和能力。结论:本研究表明白术厚朴汤可通过多成分、多靶点、多通路影响肺结节的发生。     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芩主要活性成分和作用靶点，通过OMIM、GeneCards、TTD及DrugBank等数据库筛选糖尿病和阿尔茨海默病的主要靶点，构建活性成分-靶点网络；利用STRING 11.0进行蛋白质互作分析，构建PPI网络以筛选重要靶点；运用Metascape库对关键交集靶点进行GO和KEGG富集分析；利用Cytoscape 3.7.2将分析得到的重要靶点和通路构建药物成分-疾病靶点-通路网络；进一步对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 筛选出黄芩重要活性成分有汉黄芩素、黄芩素、金合欢素、降穿心莲黄酮等，PPI网络中关键交集靶点61个，核心靶点有AKT1、IL-6、MAPK14、TNF、PRKCA、VEGFA等。GO富集分析得到细胞组成101条，分子功能76条，生物过程1 413条；KEGG通路富集分析得到258条，主要涉及AGE-RAGE信号介导的糖尿病并发症通路、IL-17、MAPK、TNF、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗通路等。分子对接结果可知，汉黄芩素、金合欢素、黄芩素、红...     

以C-C基序趋化因子配体2(CCL2)为受体挖掘治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)潜在中药单体化合物

目的:C-C基序趋化因子配体2(CCL2)为受体探索治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的中药单体化合物及作用机制。方法:以"C-C motif chemokine 2"为检索词在中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索作用于CCL2受体的中药单体化合物,并收集其作用靶点。在GeneCards及OMIM数据库中以"fever""cough""pneumonia""coronavirus"为检索词收集相应靶点,并添加"木瓜样蛋白酶(PLP)""树突状细胞特异性细胞间黏附分子-3结合非整合素因子(DC-SIGN)",合并作为COVID-19相关靶点。UniProt数据库标化靶点基因名,取中药单体化合物靶点与疾病靶点的交集。运行Cytoscape软件构建中药单体化合物-交集靶点网络,用交集靶点通过STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络;借DAVID数据库进行GO功能富集、KEGG通路富集,而预测中药单体化合物治疗COVID-19的作用机制。然后将所有中药单体化合物与CCL2、新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果:中药单体成分-靶点网络中包含单体成分2个,交集靶点153个,PPI网络分析显示关键靶点涉及AKT1、IL6、VEGFA等。GO功能富集所得GO条目115个,其中涉及CCL2条目有10个,KEGG通路富集所得信号通路97条,其中涉及CCL2有9条。分子对接结果显示槲皮素、汉黄芩素与CCL2、SARS-CoV-2 3CL水解酶和ACE2的亲和力与推荐化药相近。结论:槲皮素、汉黄芩素可与CCL2结合作用于肿瘤坏死因子信号通路、查加斯病(美国锥虫病)、甲型流感信号通路,从而可能发挥抗COVID-19的作用。     

基于网络药理学方法预测定喘汤治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制及验证研究

目的：分析定喘汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的分子机制,并通过细胞实验验证定喘汤的药理学作用。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库中,对定喘汤9味中药进行有效成分筛选,利用UniPort数据库得到中药活性成分相关靶点。随后在五大疾病数据库中以COPD作为关键词进行检索,收集疾病对应的靶点基因。对有效成分-交集靶点网络进行拓扑分析,根据中药有效成分与交集靶点之间连接情况筛选定喘汤治疗COPD关键成分。最后通过基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析确定定喘汤治疗机制并进行分子对接,从整体生物网络角度阐述定喘汤治疗COPD的免疫炎症机制,并通过细胞实验加以验证。结果：本实验筛选得到定喘汤274个活性成分,与疾病交集靶点262个。KEGG富集分析表明核心靶点作用于白细胞介素-17(IL-17)信号通路、NOD样受体信号通路及趋化因子信号通路等多种免疫和炎症反应相关的信号通路,分子对接显示核心化合物与靶点具有良好的对接活性。细胞实验表明,定喘汤能通过磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路,抑制人Ⅱ型肺泡上皮细胞炎症反应,...     

基于网络药理学探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制

目的:本研究基于网络药理学和分子对接方法探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索四逆散中中药的活性成分与作用靶点,利用GeenCard、OMIM数据库搜索功能性消化不良的疾病靶点,利用R语言取得药物与疾病的共同靶点,通过Cytoscape3.7.2构建药物-疾病靶点网络,利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,通过DAVID进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过Autodock Tools 1.5.6对核心靶点和核心成分进行对接验证。结果:共筛选出四逆散活性成分144个,有效作用靶点223个,药物疾病共同靶点152个。PPI网络发现AKT1、IL-6、MARK、JUN、STAT3等可能是四逆散治疗功能性消化不良的关键靶点。GO功能富集发现了795个GO条目,KEGG通路富集分析共筛选出作用通路127条,主要富集基因数量较大的通路有PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等。分子对接验证显示核心靶点和核心成分有较强的结合活性。结论:四逆散中的有效成分主要通过AKT1、IL-6、MARK、JUN、STAT3等靶点调节多条信号通路从而发挥治疗功能性消化不良的作用。     

基于网络药理学探讨桃核承气汤治疗精索静脉曲张的作用机制

目的 基于网络药理学方法探析桃核承气汤治疗精索静脉曲张的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt数据库、化源网、PharmMapper数据库筛选桃核承气汤中桃仁、大黄、甘草、桂枝、芒硝5味药物活性化合物和相关作用靶点，通过GeneCards数据库搜索精索静脉曲张相对应的疾病靶点，使用韦恩图对药物靶点与疾病靶点进行交集获得两者交集靶点，再通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图，将交集靶点导入STRING数据库进行剖析，并绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图，通过Metascape数据库对“化合物-疾病”交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，在Omicshare云工具将富集结果可视化。结果 共得到桃核承气汤活性成分141个，作用靶点230个，精索静脉曲张疾病靶点208个，交集靶点40个，其中起主要作用的活性成分为槲皮素、山萘酚、β-谷甾醇等，核心靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白p53 (TP53)等；GO功能富集...     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接探究丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法:获取丹参、郁金的中药活性成分及其作用靶点,检索PCOS疾病相关靶点,将二者取交集后利用Cytoscape 372构建“药物-成分-共同靶点”网络。并将共同靶点导入string数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。再将共同靶点基因导入DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后根据活性成分、作用靶点的相关节点参数进行排序,使用AutoDock Tools将核心活性成分和筛选出的靶基因编码的蛋白进行分子对接。结果:丹参、郁金共筛选出潜在活性成分80个,其中木犀草素、丹参酮Ⅱa、β谷甾醇等19种为主要活性成分,活性成分的作用靶点共157个。PCOS疾病相关靶点1 847个,交集靶点为93个,PPI网络及拓扑学分析显示AKT1、TP53、IL6、VEGFA、MAPK3、MAPK1是丹参、郁金治疗PCOS的核心靶点。GO功能富集分析显示丹参-郁金主要参与RNA信号转导、酶的调控等生物过程,KEGG通路富集分析得到了癌症信号通路、PI3K/AKT、FoxO、HIF-1等20条相关性最高的通路。将核心靶点编码的蛋白作为靶点分别与对应的药物核心活性成分对接,结果良好。结论:通过网络药理学研究及分子对接验证,显示丹参-郁金可通过多靶点、多信号通路对PCOS的疾病发生及进展起到一定的治疗、干预作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接探讨茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭的作用机制。方法：利用TCMSP、Uniprot数据库收集茵陈蒿汤活性成分及对应靶点;使用GeneCards和OMIM数据库收集慢加急性肝衰竭相关靶点,并筛选药物与疾病交集靶点;运用STRING数据库获得蛋白质相互作用（PPI）网络,Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-活性成分-靶点”网络,利用Metascape数据库进行GO生物功能和KEGG通路富集分析;借助AutoDock等软件进行分子对接验证。结果：茵陈蒿汤治疗ACLF的核心活性成分包括槲皮素、异鼠李素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇等,核心靶点有AKT1、MAPK、TNF、IL-6等。KEGG分析主要涉及AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和TNF信号通路等188条信号通路。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有良好的结合活性。结论：茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭具有多成分、多靶点、多通路的综合优势和特点。     

基于网络药理学和分子对接探讨五子衍宗丸治疗阿尔茨海默病的作用机理

目的 探讨五子衍宗丸治疗阿尔茨海默病（AD）的可能作用机理。方法 通过TCMSP、SwissTargetPredicition数据库得到五子衍宗丸的活性成分及作用靶点，在GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库中收集AD的疾病靶点，通过在线工具Venny 2.1.0获取二者交集靶点。使用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-活性成分-交集靶点”网络及蛋白-蛋白互作网络（PPI），并利用内置插件CytoNCA筛选出关键成分及关键靶点。在matespace数据库中完成交集靶点的GO功能及KEGG通路富集分析，并使用AutoDock软件进行分子对接验证。结果 五子衍宗丸的关键成分有高车前素、槲皮素、欧前胡素、异鼠李素等，作用主要涉及TNF、AKT1、IL-6等18个关键靶点。GO功能富集分析显示五子衍宗丸主要通过膜筏、树突、突触后、受体复合物等细胞成分参与磷酸化正向调节、炎症反应调节等生物学过程，发挥激酶结合、核受体活性等分子功能。KEGG通路富集分析得到阿尔茨海默病、2型糖尿病以及高级糖基化终末产物-受体（AGE-RAGE）、Janus激酶-...     

基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血(UGIB)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索三黄泻心汤活性成分及作用靶点，通过Gene Gards、OMIM、Pharmgkb及DrugBank疾病数据库获取UGIB疾病靶点，并获取二者交集靶点，借助Cytoscape3.9.0软件及STRING数据库构建中药-活性成分-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及挖掘出网络中潜在的蛋白质功能及核心网络，采用R软件对交集靶基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，最后通过AutoDock Tools及PyMOL等平台进行分子对接，预测三黄泻心汤加味关键成分与关键靶点的结合度。结果 共得到三黄泻心汤加味有效活性成分87个，UGIB疾病靶点3350个，二者交集靶点141个，富集得到GO中2149个生物过程条目，63个细胞组分条目，179个分子功能条目和168条KEGG通路。三黄泻心汤加味主要通过槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素、金合欢素等活性成分调节关键靶点ESR1、 MYC、 TP...     

基于网络药理学与分子对接的蒲公英抗乳腺癌的机制研究

[目的]基于网络药理学和分子对接法研究蒲公英抗乳腺癌的作用机制,以期为其临床抗乳腺癌机制的阐明提供参考。[方法]通过Batman-TCM、TCMID、TCMSP和CancerHSP数据库筛选蒲公英有效成分及其作用靶点,运用Cytoscape软件构建蒲公英有效成分与其靶点的互作网络;通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET、Pharmgkb、Malacards数据库筛选乳腺癌疾病靶点;通过STRING构建蛋白互作网络（PPI）,并通过DAVID数据库对核心靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;通过Pymol软件和AntoDock软件预测结合能力。[结果]通过4个成分靶点数据库和6个疾病数据库共筛选到10个蒲公英潜在有效成分和136个作用靶点,1 856个乳腺癌疾病靶点,41个潜在靶点基因;PPI网络中得到10个蒲公英治疗乳腺癌的关键靶点,经过GO和KEGG分析后得到53条GO分析结果和12条KEGG通路,GO分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能与RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始过程、核染色质、DNA结合等过程相关;KEGG分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能涉及癌症通路、含血清...     

网络药理学联合GEO数据挖掘与分子对接探究桔梗-鱼腥草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学联合 GEO 数据挖掘以及分子对接技术探究桔梗-鱼腥草药对治疗非小细胞 肺癌（NSCLC）的作用机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库搜集桔梗-鱼腥草 活性成分及其作用靶点,在 Gencards、OMIM 和 GEO 数据库获取疾病相关靶点,将二者靶点取交集获取桔梗- 鱼腥草与 NSCLC 的共同靶点,并使用 Cytoscape3.9.0 软件进行药物-活性成分-靶点互作网络构建获取核心成 分。通过 String 网站对药物-疾病共同靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析得到核心靶点。使用 Metascape 平 台对共同靶点进行 GO 及 KEGG 富集分析。最后运用 AutoDock 和 PyMol 软件对核心成分和核心靶点进行分子 对接和可视化处理。结果：共获得药物活性成分 7 个,药物-疾病共同靶点 139 个。其中核心活性成分 3 个：槲皮素、木犀草素、山奈酚;核心靶点 5 个：TP53、AKT1、JUN、TNF、EGFR。GO 分析得到 2 281 个 相关条目。KEGG 分析得到 326 条信号通路。分子对接显示槲皮素、木犀草素、山奈酚与 TP53、AKT1、 JUN、TNF、EGFR 之间均具有较强亲和力。结论：桔梗-鱼腥草药对可能通过 TP53、AKT1、JUN、TNF、 EGFR 等靶点和癌症通路、PI3K-AKT 信号通路等途径发挥抗 NSCLC 的作用。