数据挖掘分析MYB家族在乳腺癌中的表达及其预后评估价值

目的：通过数据挖掘分析MYB家族（包括MYB、MYBL1和MYBL2）在乳腺癌中的表达和预后评估价值。方法：利用Oncomine、GEPIA2、cBioPortal、bc-GenExMiner v4.4、Kaplan-Meier Plotter和DAVID数据库分析MYB家族基因在乳腺癌中的表达、变异、临床病理特征相关性、预后意义,并进行功能富集分析。结果：MYB家族在多个数据集中显示其在乳腺癌组织的表达高于正常乳腺组织（P < 0.05）。在乳腺癌中,MYB家族基因主要以基因扩增、mRNA转录增强和转录减弱的方式变异。MYB家族基因表达与乳腺癌患者年龄、分子分型、SBR分级等临床病理特征相关（P < 0.01）。其中,在三阴性乳腺癌、基底细胞样乳腺癌和P53突变型乳腺癌中,MYB低表达、MYBL1和MYBL2高表达（P < 0.01）。MYB低表达和MYBL2高表达的乳腺癌患者无复发生存期和进展后生存期缩短（P < 0.01）。单因素Cox分析结果显示,MYB低表达和MYBL2高表达的转移复发乳腺癌患者预后差（P < 0.01）。多因素Cox分析结果表明MYBL2可作为乳腺癌转移复发的独立预后因子（P < 0.05）。同时,MYBL2共表达基因主要富集于细胞分裂生物学过程和细胞周期信号通路。结论：MYB家族成员在乳腺癌转移复发过程中发挥重要作用,可作为潜在的临床诊断和预后评价标志物,为后续深入开展分子机制研究和药物开发提供了依据和方向。     

促进乳腺癌增殖转移和肿瘤干细胞特征的研究

目的 研究Gankyrin在乳腺肿瘤中的表达及其促进肿瘤进展的分子机制。方法 利用数据库研究Gankyrin在乳腺癌中的表达情况,并分析其表达与患者生存的关系。在BT549和MDA-MB-231乳腺癌细胞系过表达和敲减Gankyrin基因后,利用CCK-8、Transwell和流式细胞实验分析细胞增殖、转移和肿瘤干细胞的比例。结果 通过数据库分析显示Gankyrin在乳腺癌组织表达较高(P＜0.01),其高表达与患者的不良预后有关(P＜0.01)。与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中Gankyrin启动子甲基化水平较低(P＜0.01)。通过在乳腺癌细胞中过表达和敲减Gankyrin基因后,表明Gankyrin具有促进乳腺肿瘤细胞增殖和转移的能力,可以维持乳腺癌细胞的肿瘤干细胞特征(P＜0.01)。结论 Gankyrin在乳腺癌高表达与患者的不良预后相关,其可能作为乳腺癌肿瘤标记物。     

乳腺癌预后的相关基因生物信息学分析

目的：通过对肿瘤基因组图谱计划（TCGA）基因表达谱和microRNA测序数据的生物信息学分析,寻找乳腺癌预后相关的关键分子事件。方法：收集并整理TCGA数据库中乳腺癌基因表达谱和microRNA测序数据,通过线性模型和经验贝叶斯方法结合传统t检验筛选乳腺癌中异常表达的基因和microRNA,利用R语言包microRNA-mRNA预测microRNA潜在靶向调控的基因。另外通过基因集富集算法（GAGE）分析预测microRNA及其潜在靶基因在乳腺癌中参与的异常信号调控通路;Cox回归风险模型探讨影响乳腺癌患者预后的关键分子事件。结果：共发现17 533个基因中有344个基因在乳腺癌中异常表达,同时鉴定了135个异常表达的microRNA;通过预测分析发现8个microRNA及31个潜在调控的靶基因参与了139条乳腺癌中异常变化的分子信号通路;Cox回归风险模型结果显示SFRP1表达升高提示预后良好（HR=0.9,P=0.015）,has-miR-342-5p单独作用对乳腺癌预后无明显影响（HR=0.99,P=0.144）,然而,交互作用研究显示,has-miR-342-5p抑制SFRP1表达时提示乳腺癌病人预后不良（HR=1.88,P=0.016）。结论：通过对TCGA乳腺癌基因表达谱和microRNA测序数据深入挖掘发现了乳腺癌中表达异常的microRNA及其靶基因,进一步分析了它们所参与的关键信号通路,并揭示has-miR-342-5p抑制SFRP1表达的分子事件发生时,乳腺癌病人预后较差。     

基于生物信息学数据库探讨FOXO3基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的：探讨叉头转录蛋白O亚族3（FOXO3）基因在膀胱癌中的表达及临床意义。方法：利用GEPIA数据库分析FOXO3基因在膀胱癌与其癌旁正常组织中的表达情况，及其与患者预后的关系，利用UALCAN数据库分析膀胱癌中FOXO3表达与淋巴结转移的关系；通过TIMER数据库分析FOXO3基因表达与膀胱癌免疫浸润水平的相关性；通过String数据库分析与FOXO3相互作用的蛋白。结果：GEPIA数据库分析结果显示，FOXO3基因在膀胱癌组织中的表达显著低于癌旁正常组织（P < 0.01）；低表达FOXO3基因的患者总生存率（OS）和无疾病生存率（DFS）均显著高于高表达者（P < 0.05）。UALCAN数据库分析结果显示膀胱癌中FOXO3的表达与淋巴结转移无明显相关。TIMER数据库分析显示FOXO3基因表达与B细胞（r=0.133，P < 0.05）、CD8⁺T细胞（r=0.262，P < 0.01）、CD4⁺T细胞（r=0.12，P < 0.05）、巨噬细胞（r=0.252，P < 0.01）、中性粒细胞（r=0.242，P < 0.01）和树突状细胞（r=0.162，P < 0.01）的免疫浸润水平呈正相关。蛋白相互作用网络分析发现，AKT1、SIRT1、EP300、BCL2L11、SOD2、SGK1、AKT2、CREBBP、CDKN1B、SMAD4等蛋白与FOXO3具有明显相互作用。结论：基于肿瘤基因数据库分析发现，FOXO3基因在膀胱癌组织中低表达，其高表达与患者预后不良相关；FOXO3表达与膀胱癌免疫细胞的浸润水平有关。     

基于生物信息学数据库探讨FOXO3基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的：探讨叉头转录蛋白O亚族3（FOXO3）基因在膀胱癌中的表达及临床意义。方法：利用GEPIA数据库分析FOXO3基因在膀胱癌与其癌旁正常组织中的表达情况，及其与患者预后的关系，利用UALCAN数据库分析膀胱癌中FOXO3表达与淋巴结转移的关系；通过TIMER数据库分析FOXO3基因表达与膀胱癌免疫浸润水平的相关性；通过String数据库分析与FOXO3相互作用的蛋白。结果：GEPIA数据库分析结果显示，FOXO3基因在膀胱癌组织中的表达显著低于癌旁正常组织（P < 0.01）；低表达FOXO3基因的患者总生存率（OS）和无疾病生存率（DFS）均显著高于高表达者（P < 0.05）。UALCAN数据库分析结果显示膀胱癌中FOXO3的表达与淋巴结转移无明显相关。TIMER数据库分析显示FOXO3基因表达与B细胞（r=0.133，P < 0.05）、CD8⁺T细胞（r=0.262，P < 0.01）、CD4⁺T细胞（r=0.12，P < 0.05）、巨噬细胞（r=0.252，P < 0.01）、中性粒细胞（r=0.242，P < 0.01）和树突状细胞（r=0.162，P < 0.01）的免疫浸润水平呈正相关。蛋白相互作用网络分析发现，AKT1、SIRT1、EP300、BCL2L11、SOD2、SGK1、AKT2、CREBBP、CDKN1B、SMAD4等蛋白与FOXO3具有明显相互作用。结论：基于肿瘤基因数据库分析发现，FOXO3基因在膀胱癌组织中低表达，其高表达与患者预后不良相关；FOXO3表达与膀胱癌免疫细胞的浸润水平有关。     

跨膜4超家族成员1在原发性肝细胞癌组织中的表达及其对患者预后的影响

目的：探讨跨膜4超家族成员1（TM4SF1）在原发性肝细胞癌（HCC）组织中的表达及其与HCC患者预后的关系。方法：用免疫组织化学方法检测TM4SF1在120例HCC组织和相应癌旁组织,以及30例非恶性肿瘤患者正常肝组织（正常对照组）中的表达,并分析其与HCC患者临床病理指标及预后的关系。结果：TM4SF1在肝癌组织中的表达明显高于癌旁组织及正常对照肝组织（P均 < 0.01）。TM4SF1在甲胎蛋白（AFP）高水平组、有淋巴结转移组、有门静脉癌栓（PVTT）组、临床TNM分期Ⅲ-Ⅳ期组、分化程度低-未分化组、术后转移组、复发组的表达分别高于AFP低水平组、无淋巴结转移组、无PVTT组、Ⅰ-Ⅱ期组、高-中分化组、术后无转移组、无复发组（P均 < 0.05）。TM4SF1高表达组的无瘤生存期和总生存期明显短于低表达组（P均 < 0.01）。TM4SF1高表达、PVTT、TNM分期Ⅲ-Ⅳ期是无瘤生存期和总生存期的独立风险因素（P均 < 0.05）。结论：TM4SF1在HCC中高表达,并参与HCC发生、发展过程。TM4SF1的表达水平可能作为判断HCC预后的指标。     

XRCC3基因多态性与西北地区妇女乳腺癌的关联性研究

目的：通过对中国西北地区妇女乳腺癌与健康人群XRCC3基因多态性位点的研究,找出基因多态性与乳腺癌发病的相关性。方法：采集西北地区的517例乳腺癌患者和1 008例健康人群外周血,提取DNA后采用高通量芯片检测方法,测定XRCC3基因rs861534、rs861537、rs3212092和rs861530共4个多态性位点的基因分型。结果：Logistic回归分析发现XRCC3 rs861534位点的AG/AA基因型,病例组与对照组比较差异有统计学意义（P < 0.01,OR=0.36;P=0.013,OR=0.08）,同时,GG+AG基因型与对照组比较差异有统计学意义（P < 0.01）,XRCC3 rs861530位点的Logistic回归分析显示AG+AA基因型与对照组比较差异有统计学意义（P=0.044）。相关临床病理学指标分析显示rs861537位点的GG/AG基因型在ER⁺与ER^-患者中的分布差异有统计学意义（P=0.048,OR=1.50）。rs3212092位点的CC+CT基因型在Her-2^-与Her-2⁺患者中的分布差异具有统计学意义（P=0.027,OR=2.06）。结论：在中国西北地区妇女人群中XRCC3基因rs861534和rs861530两个位点的多态性与乳腺癌的发病有相关性。在XRCC3 rs861537位点,GG/AG基因型ER⁺携带者可能具有较高的乳腺癌内分泌治疗风险;在rs3212092位点,携带CT和TT基因型的Her-2⁺表达患者具有明显的乳腺癌转移复发风险。     

E-钙黏蛋白表达与乳腺癌临床病理学指标相关性的Meta分析

目的：探讨中国乳腺癌患者肿瘤组织中E-钙黏蛋白（E-cadherin）表达与临床病理学指标的相关性。方法：在中国生物医学文献数据库（CBM）、中国知网（CNKI）、PubMed和Cochrane Library等国内外数据库中搜索有关乳腺癌肿瘤组织中E-cadherin蛋白表达与中国乳腺癌患者临床病理学指标的研究文献,以比值比（OR）及95%可信区间（CI）作为E-cadherin蛋白表达、淋巴结转移、组织学分级、临床分期及受体表达（ER/PR/Her-2）的效应量,采用Review Manager 5.0进行统计学分析。结果：共有32篇文献入选,Meta分析结果显示,E-cadherin在乳腺癌组织中的表达与淋巴结转移[OR=0.27,95% CI （0.18,0.41）,P<0.05]、组织学分级[OR=0.50,95% CI （0.33,0.77）,P<0.05]、临床分期[OR=0.43,95% CI （0.24,0.76）;P<0.05]明显相关。结论：E-cadherin的异常表达与乳腺癌进展及转移密切相关,是乳腺癌患者早期诊断和个体化治疗的潜在分子标志物。     

TRIM59在结直肠癌中的表达及其与临床病理指标的关系

目的： 探讨三结构域蛋白59（TRIM59）在结直肠癌组织中的表达及其临床意义。方法： 收集86例结直肠癌患者的癌组织及癌旁组织,分别采用实时荧光定量PCR（qPCR）和免疫组化检测TRIM59 mRNA和蛋白在结直肠癌及癌旁组织中的表达情况;分析其与患者临床病理指标和生存率的关系。结果： 结直肠癌组织中TRIM59 mRNA表达水平较配对的癌旁组织升高（t=12.86,P<0.01）。结直肠癌组织中TRIM59蛋白阳性表达率为62.79%（54/86）,高于癌旁组织的32%（37/86）,差异具有统计学意义（χ²=6.74,P=0.009）。TRIM59蛋白高表达与患者TNM分期（χ²=8.515,P=0.003）、肿瘤浸润深度（χ²=7.167,P=0.007）以及淋巴结转移情况（χ²=5.511,P=0.018）相关。Kaplan-Meier生存分析结果显示TRIM59高表达患者总生存率（OS）和无病生存期（DFS）均明显短于TRIM59低表达患者（均为P<0.05）。结论： 结直肠癌组织中TRIM59呈高表达,且与肿瘤TNM分期、肿瘤浸润深度、淋巴结转移情况及患者预后相关。     

肝癌组织中抗凝血酶Ⅲ基因表达的临床意义

目的 探讨肝癌组织中抗凝血酶Ⅲ(Antithrombin-Ⅲ,AT3)基因表达水平及其与临床特征和预后的关系。方法 收集公共数据库中214例肝癌组织的基因表达谱及相关临床数据,对样本中AT3基因表达水平与临床特征和预后的关系进行相关性分析。结果 单因素分析提示,AT3低表达组中,血清甲胎蛋白含量较高(P＜0.001),肿瘤体积较大(P=0.015),TNM分期较差(P=0.001),转移风险较高(P＜0.001)。生存分析提示,肿瘤体积较大(P=0.023)、多发结节(P=0.047)、合并肝硬化(P=0.016)、TNM分期较晚(P＜0.001)、高转移风险(P=0.001)及AT3低表达(P=0.005)与肝癌患者预后有关。多因素Cox回归分析亦提示AT3表达水平是肝癌患者预后的独立影响因素(HR=0.850,95%CI:0.745~0.970,P=0.016)。结论 肝癌组织中,AT3表达水平与患者临床特征及预后有关,其低表达可能是影响肝癌预后的危险因素之一。     

蛋白酪氨酸磷酸酶受体J在乳腺癌组织中的表达及其与临床预后的相关性

目的：探讨蛋白酪氨酸磷酸酶受体J（PTPRJ）在乳腺癌中的表达,并分析其与临床病理指标和预后的关系。方法：应用免疫组化SP法检测198例乳腺癌组织及其配对癌旁正常组织中PTPRJ的表达情况,并分析PTPRJ表达与乳腺癌临床病理指标及预后的关系。结果：免疫组化染色结果显示PTPRJ在癌旁正常组织中的表达显著高于乳腺癌组织（P=0.003）,PTPRJ表达水平与淋巴结转移（P=0.014）、TNM分期（P=0.003）,ER状态相关（P=0.048）。Kaplan-Meier生存分析显示PTPRJ低表达组患者的总生存率明显低于PTPRJ高表达组（P=0.002）。多因素COX比例风险模型分析显示TNM分期和PTPRJ表达是影响患者总生存的独立预后因素。结论：PTPRJ在乳腺癌中低表达,与肿瘤进展密切相关,可作为评价乳腺癌患者预后的有效指标之一。     

长链非编码RNACASC9在结直肠癌组织中的表达及其临床意义

目的：探讨长链非编码RNA癌症易感性候选基因9(lncRNA CASC9)在结直肠癌组织中的表达及其临床意义。方法：收集结直肠癌患者癌组织和癌旁组织87例,采用实时荧光定量PCR (qPCR)法检测lncRNA CASC9的表达情况,分析lncRNA CASC9在结直肠癌组织和相应癌旁组织中的表达水平及其与临床病理指标的相关性,采用Kaplan-Meier法进行生存分析,Log-rank法检验lncRNA CASC9表达量与结直肠癌患者临床预后的关系。结果：lncRNA CASC9在结直肠癌组织较癌旁组织中表达明显升高(P<0.01)。结直肠癌组织中lncRNA CASC9的表达水平与癌组织的不同分化程度(χ²=6.877,P=0.032)、TNM分期(χ²=7.660,P=0.022)以及是否发生淋巴结转移(χ²=9.901,P=0.002)相关,而与性别、年龄、肿瘤直径、肿瘤位置均无明显相关关系(均为P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现,lncRNA CASC9高表达患者总生存期和无进展生存时间均较lncRNA CASC9低表达患者明显缩短(χ²=17.91,P<0.01;χ²=11.23,P=0.001)。结论：lncRNA CASC9在结直肠癌组织中的表达明显升高,与结直肠癌的分化程度、TNM分期、淋巴结转移有关,其有可能成为判断结直肠癌患者预后的潜在生物标志物。     

乳腺癌新辅助化疗前后Ki67变化对疗效及预后的意义

目的：探讨乳腺癌新辅助化疗（NACT）前后Ki67表达变化对疗效和预后预测的临床意义。方法：回顾性分析汕头大学医学院附属肿瘤医院2009年12月—2013年9月期间收治的104例乳腺癌NACT后手术的患者。采用免疫组织化学评估配对的化疗前穿刺活检标本和手术切除标本中Ki67的表达情况。根据NACT前后Ki67的变化分为Ki67下降组和Ki67未下降（不变或升高）组,并对两组的临床病理学资料进行比较和生存分析。结果：NACT后Ki67下降组占62.5%（65/104）,未下降组占37.5%（39/104）。NACT前高表达Ki67的患者经NACT后Ki67显著下降（63/91,P < 0.01）。Ki67下降组更容易获得有效的临床效果即达到临床完全/部分缓解（59/65,P=0.005）,且NACT后Ki67下降值与临床疗效相关（r=0.302,P=0.002）。NACT后Ki67下降组的无病生存率明显高于Ki67未下降组,差异有统计学意义（P=0.027）;Ki67下降组的总生存率高于Ki67未下降组,但差异无统计学意义（P=0.171）。结论：乳腺癌NACT后Ki67表达下降可能是疗效和预后的预测因子。     

溶质载体超家族50蛋白在乳腺癌中的表达及其临床意义

目的：探讨溶质载体家族50蛋白成员1(SLC50A1)在乳腺癌中的表达及其临床意义。方法：选取符合入组标准的乳腺癌患者 39例，使用酶联免疫吸附测定法(ELISA)对入组患者的血浆进行 SLC50A1蛋白浓度检测。分别使用 Kendall's tau-b以及Mann-Whitney U检验对SLC50A1蛋白浓度与患者治疗期间的临床指标进行相关性及差异性分析，并根据log-rank检验结果进行多因素 Cox回归分析。应用生物信息学技术分析 TCGA数据库中乳腺癌组织及癌旁正常组织 SLC50A1基因表达水平的差异。结果：乳腺癌患者血浆SLC50A1水平在早期与晚期患者组、雌激素受体阳性和阴性组、Ki67高表达与低表达组中的差异均有统计学意义(P<0.05)，SLC50A1表达与 CA153水平存在正相关关系(Kendall's tau-b=0.257，P=0.004)。Cox回归分析结果显示 SLC50A1表达水平是乳腺癌患者的独立预后因素(HR=0.385，P=0.03)。TCGA数据库分析结果表明，乳腺癌组织中的SLC50A1基因表达水平较癌旁正常组织升高(P<0.01)。结论：晚期乳腺癌患者血浆 SLC50A1水平升高，SLC50A1表达水平是乳腺癌的独立预后因素，SLC50A1有望作为乳腺癌预后预测与治疗的靶点。     

p-mTOR蛋白在结直肠癌组织中的表达及患者预后判断中的价值

目的：检测p-mTOR（Ser2448，活化形式的mTOR）蛋白在结直肠癌中的表达变化并评价其用于判断患者预后的价值。方法：采用组织芯片-免疫组织化学染色技术，检测441例结直肠癌及其配对癌旁正常组织中p-mTOR的表达，收集患者至少5年的随访信息，并分析其表达水平与临床病理指标及患者预后的相关性。结果：免疫组织化学染色结果显示p-mTOR在癌旁正常结直肠上皮细胞中阳性表达率为4%（17/441），而在结直肠癌组织中阳性表达率为58%（254/441），两者间差异显著（P < 0.01）。统计分析结果显示，在结直肠癌组织中，p-mTOR的表达水平与肿瘤分级、淋巴结转移、远处转移及病理分期显著正相关（P均 < 0.05）。同时，p-mTOR的表达水平与结直肠癌患者的预后显著相关（P均 < 0.05），p-mTOR高表达患者的无病生存期和总生存期分别为52和60个月，明显短于p-mTOR低表达患者的71和70个月。Cox多因素分析结果显示p-mTOR表达水平为结直肠癌患者的独立预后因素。结论：p-mTOR在结直肠癌组织中表达上调，其高表达与结直肠癌患者预后不良相关，有可能作为预测结直肠癌患者术后死亡及复发转移风险的候选分子标志物。     

p-mTOR蛋白在结直肠癌组织中的表达及患者预后判断中的价值

目的:检测p-mTOR(Ser2448,活化形式的m TOR)蛋白在结直肠癌中的表达变化并评价其用于判断患者预后的价值。方法:采用组织芯片-免疫组织化学染色技术,检测441例结直肠癌及其配对癌旁正常组织中p-mTOR的表达,收集患者至少5年的随访信息,并分析其表达水平与临床病理指标及患者预后的相关性。结果:免疫组织化学染色结果显示p-mTOR在癌旁正常结直肠上皮细胞中阳性表达率为4%(17/441),而在结直肠癌组织中阳性表达率为58%(254/441),两者间差异显著(P<0.01)。统计分析结果显示,在结直肠癌组织中,p-mTOR的表达水平与肿瘤分级、淋巴结转移、远处转移及病理分期显著正相关(P均<0.05)。同时,p-mTOR的表达水平与结直肠癌患者的预后显著相关(P均<0.05),p-mTOR高表达患者的无病生存期和总生存期分别为52和60个月,明显短于p-mTOR低表达患者的71和70个月。Cox多因素分析结果显示p-mTOR表达水平为结直肠癌患者的独立预后因素。结论:p-mTOR在结直肠癌组织中表达上调,其高表达与结直肠癌患者预后不良相关,有可能作为预测结直肠癌患者术后死亡及复发转移风险的候选分子标志物。