哺乳动物EJC的研究进展

真核生物 m RNA出核转运和 m RNA前体剪接、m RNA降解等基因表达步骤相偶联。研究介导 m RNA出核转运相关蛋白时发现蛋白复合物同时在基因转录、m RNA前体剪接、出核转运及其下游步骤中出现。 m RNA剪接时遗留下来的外显子 -外显子连接点可作为顺式作用元件通过蛋白复合物在 NMD中发挥功能 ,降解含有提前出现终止密码子的 m RNA。本文对分离剪接后 m RNP复合物 (主要是 EJC)各组成成分及功能进行综述     

人CD44新剪接变异体克隆及分析

目的：应用逆转录多聚酶链式反应（RT-PCR）分析CD44在鼻咽癌组织和鼻咽癌细胞株中表达，来寻找新的人CD44剪接变异体。方法：在CD44基因起始和终止密码子两端及变异剪接外显子v10中和剪接位点处设计特异性引物，以鼻咽癌组织、细胞株5-8F和HNE1 cDNA为模板进行RT-PCR扩增，产物测序。然后，应用生物信息学对克隆序列进行分析。结果：新克隆的CD44剪接变异体有1634bp，包含一个完整的阅读框，起始密码子在序列的12位，终止密码子在序列的1301位，可变剪接区只有变异型剪接外显子10，预测编码429氨基酸。GenBank登陆号：EF581837。结论：一个新的、预测编码429个氨基酸的CD44剪接变异体存在于研究的人鼻咽癌组织和细胞株中，它的功能有待于进一步研究。     

人类剪接因子ASF/SF2及SC35具有不同的、重要功能的RNA结合特性

高等真核细胞前体mRNA的剪接需要某些辅因子的参与,其中包括高度保守的SR核蛋白家庭。SR蛋白家族成员ASF/SF2及SC35蛋白质涉及体外前体mRNA剪接位点的选择,但尚不清楚它们是否具有不同的RNA结合特性。如有,这种差异是否影响其与前体mRNA的相互作用? 作者以含ASF/SF2或SC35蛋白质RNA结合     

Prp8蛋白在前体mRNA剪接中的作用

前体mRNA的剪接是基因表达的关键一步,发生在蛋白质的转录之后与合成之前。在前体mR- NA剪接加工过程中需要将转录本中的内含子切除,因为它会干扰基因的转录。前体mRNA的剪接发生在细胞核中,是在一个大的RNA与蛋白质的复合物即剪接体的催化下完成的。Prp8(precursor mRNA process- ing)是参与前体mRNA剪接的最大的蛋白,其序列从酵母到人类是高度保守的。Prp8同时也是细胞核内一个最重要的剪接因子。在剪接过程中,Prp8组成剪接体的催化中心。有人推断Prp8是剪接体的支架蛋白,很可能在催化中心起到锚定RNA的作用,同时也调节着激活剪接体所必需的构象变化。Prp8还与色素性视网膜炎的发生密切相关。     

降钙素/降钙素基因相关肽基因前体RNA的加工

降钙素和降钙素基因相关肽是由一个基因表达出的两种功能完全不同的多肽激素,其基因的表达主要在RNA水平上受到调控。前体RNA在加工成为成熟RNA的过程中,在不同的组织中经过不同的剪接形成不同的RNA。其剪接的特异性受到顺式元件和反式因子的调控,基因 的exon4上游剪接受点和下游polyA位点均存在弱的加工位点,通过增强子序列使之产生选择性剪接,另外,可能存在组织特异的反式剪接因子。     

SR蛋白在几种生物中的缺陷型研究进展

SR蛋白是在真核生物RNA剪接中发挥重要功能的一类剪接因子。它们可以结合特定的RNA ,参与识别 5′及 3′剪接位点 ,与snRNP及其他剪接因子共同完成RNA的组成性和选择性剪接。这对于生物体的发育、分化等具有决定性作用。在多种生物中 ,SR蛋白家族的某一成员功能缺陷往往会导致发育停滞、分化障碍和致死效应。本文就几种SR蛋白在不同生物中的缺陷型研究进行了综述。     

CircRNA在自身免疫疾病中的研究进展

CircRNA是一类缺乏5'-帽和3'-polyA尾的共价环状非编码RNA,由前体RNA下游3'末端与上游5'末端反向剪接(backsplicing)而成,具有稳定、丰富、保守、特异表达等特点,包括外显子circRNA(ecircRNA)、内含子circRNA(ciRNA)、外显子-内含子circRNA(EIciRNA)。在沉寂了一段时间后,随着高通量测序技术的进步,近来大量circRNA被鉴定,重新受到研究者的重视。本文综述了自身免疫疾病中circRNA研究的进展,包括其在诊断及疾病分层中的应用以及可能的致病机制等。     

U5 snRNP在前体mRNA剪接加工中的作用

前体mRNA的剪接是基因表达过程中的关键一步,发生在基因的转录之后与蛋白合成之前。在由前体mRNA剪接加工而形成成熟mRNA时,需要将转录本中的内含子切除,因为它会干扰基因的表达。前体mRNA的剪接发生在细胞核中,是在一个大的RNA与蛋白质的复合体即剪接体的催化下完成的。复合体中含有U1、U2、U5,二聚体形式的U4/U6小核RNA(snRNA)和一些小核核糖核蛋白(snRNP)。U5snRNP特异蛋白包括hPrp8,hSnu114(aGTPase),hBrr2(aDExH/Dboxhelicase)和Prp28等。Prp8构成剪接体的催化核心,hSnu114可避免剪接复合体过早的活化。因此,U5snRNP在剪接体聚集过程和前体mRNA的剪接反应中发挥重要作用。     

基因转录与pre-mRNA剪接的偶联蛋白

真核基因的表达是一个复杂的过程,包括转录、pre-mRNA剪接、翻译等步骤。其中转录和pre-mRNA的剪接是基因表达中的两个重要环节,它们都要通过复杂的蛋白复合物来执行功能。目前研究发现这两个过程并不是绝对独立的,而是偶联在一起同时进行的。多种蛋白的偶联作用将二者联系在一起。RNA聚合酶Ⅱ、SKIP、SMN以及新近发现的人类P100蛋白不仅参与基因转录调节,同时它们在剪接加工中也具有相应的作用。     

核糖体18S rRNA m6A甲基转移酶METTL5的研究进展

<正>N⁶-甲基腺嘌呤(N⁶-methyladenosine, m⁶A)即在腺苷酸的第6位氮原子处发生甲基化，是真核生物核糖核酸(ribonucleic acid, RNA)普遍的表观遗传修饰之一，存在于多种类型的RNA分子上，参与生物发生、稳定性调节、半衰期控制和前体信使RNA(messenger RNA, mRNA)剪接、输出及翻译等诸多关键细胞过程。m⁶A甲基化修饰是一种动态可逆的过程，涉及到甲基化、去甲基化和甲基化修饰位点的识别，分别由m⁶A甲基转移酶、m⁶A去甲基化酶和m⁶A甲基化阅读蛋白介导^[1-3]。     

外显子捕捉法:在克隆的哺乳类基因组DNA中筛选其转录序列

在反向遗传化学的研究中,虽然通过筛选的方法已鉴定在Duchenne肌营养不良和囊性纤维变性等基因,但在染色体定位的基础上,从克隆的哺乳类基因组DNA中鉴定并重获已转录的序列仍是基因分离的重大难题。作者应用了一种新方法——外显子捕捉法(exon trapping)-来进行研究,通过在RNA的剪接过程中,用具顺式作用的序列来进行筛选。作者所用的外显子捕捉载体是pETV-SD,缺失剪接供体(SD)和剪接受体(SA)位点,在其     

潜在的肺癌肿瘤抑制基因RBM5的研究进展

RBM5首先作为LUCA-15于1996年被克隆出来,曾被命名为LUCA-15、RBM5、H37等。RBM5蛋白是RNA结合基序蛋白家族成员;该家族是由HU-GO基因命名委员会正式命名的RRB/RBM/RNP新近发现的蛋白亚群,此类蛋白是RNA结合蛋白,与RNA的剪接、翻译和稳定性有关,尤其是其在凋亡     

Exosome的功能及作用机制的研究进展

Exosome(外切酶体 )是一种包含了至少 10种必要组分的蛋白复合物 ,它在真核细胞 RNA加工和 m R-NA3′→ 5′方向降解过程中都起重要的作用。近两年来 ,exosom e还被发现在 m RNA的质量控制和 5′端去帽中起关键作用。随着对 m RNA的 AREs功能研究的进一步深入和 ski复合物的发现 ,人们对 exosom e作用机制的认识取得了突破性进展     

人LAIR-1/CD305基因启动子的生物信息学分析

目的:研究人LAIR-1/CD305启动子及其5′上游调控序列。方法:通过检索NCBI中的人类基因组数据库,获得LAIR-1的转录本序列及翻译起始位点上游2500bp的序列。利用Promoter2.0等软件预测LAIR-1的启动子序列,然后利用MatInspector等软件对启动子序列的转录因子结合位点和启动子功能模块进行预测。结果:LAIR-1基因的核心启动子区位于翻译起始密码子上游的600～200bp区域内。在转录调控区发现了一些重要的转录因子结合位点,并预测到13种启动子功能模块。结论:LAIR-1基因的表达可能受到多种转录因子和5′端上游调控序列的调控。     

HOXD13调控SOX9基因可能参与先天足部软组织畸形的发生

目的　研究HOXD13与SOX9基因在单纯性马蹄内翻足（idiopathic congenital talipes equinovarus,ICTEV）足部软组织畸形发生中的分子机制。 方法　软件预测SOX9基因5′上游3个HOXD13结合位点,构建SOX9基因上游不同长度片段以及结合位点野生和突变序列载体,并测定其荧光素酶活性。在体内用ChIP验证HOXD13与SOX9基因启动子区3位点结合作用。干扰HOXD13基因表达,qRT-PCR检测HOXD13和SOX9表达水平的改变。 结果　荧光素酶检测发现在SOX9基因5′上游-1158至-770 bp（位点1）和-512至-368 bp之间（位点3）为负调控区;-770至-512 bp之间（位点2）是正调控区。ChIP检测显示HOXD13蛋白可与SOX9基因位点3结合。干扰HOXD13表达,SOX9基因mRNA表达上调。 结论　HOXD13结合SOX9基因5′上游负调控区可上调SOX9基因表达。干扰HOXD13会上调SOX9基因表达,高表达SOX9基因可能与足踝部软组织的挛缩发生相关。     

HOXD13调控SOX9基因可能参与先天足部软组织畸形的发生

目的　研究HOXD13与SOX9基因在单纯性马蹄内翻足（idiopathic congenital talipes equinovarus,ICTEV）足部软组织畸形发生中的分子机制。 方法　软件预测SOX9基因5′上游3个HOXD13结合位点,构建SOX9基因上游不同长度片段以及结合位点野生和突变序列载体,并测定其荧光素酶活性。在体内用ChIP验证HOXD13与SOX9基因启动子区3位点结合作用。干扰HOXD13基因表达,qRT-PCR检测HOXD13和SOX9表达水平的改变。 结果　荧光素酶检测发现在SOX9基因5′上游-1158至-770 bp（位点1）和-512至-368 bp之间（位点3）为负调控区;-770至-512 bp之间（位点2）是正调控区。ChIP检测显示HOXD13蛋白可与SOX9基因位点3结合。干扰HOXD13表达,SOX9基因mRNA表达上调。 结论　HOXD13结合SOX9基因5′上游负调控区可上调SOX9基因表达。干扰HOXD13会上调SOX9基因表达,高表达SOX9基因可能与足踝部软组织的挛缩发生相关。     

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良SEDL基因剪接受体突变导致潜在剪接位点激活

目的 深入研究X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良（X-linked spondyloepiphyseal dysplasia tarda,SEDL）的发病机理，为最终防治本病提供依据。方法 应用逆转录-PCR及克隆测序方法对1例涉及SEDL基因第5内含子剪接受体缺失的SEDL患者进行mRNA表达研究。结果 该患者存在2个不同片段长度的mRNA表达产物，与GenBank正常序列进行BLAST比较后发现，393bp的表达产物是第6外显子内一个新的潜在剪接位点激活后形成的产物；433bp的表达产物与8号染色体的部分基因组序列完全一致。结论 SEDL基因第5内含子剪接受体位点及其后的第6外显子共13个碱基的缺失突变导致第6外显子内一个新的潜在剪接受体位点激活，使转录后的mRNA丢失了第6外显子内47bp的编码序列，并使紧接其后的2个密码子产生移码，导致翻译的提前终止（D109-S123del；S124fsX126）。另外，该突变可能激活了8号染色体上假基因SEDLP2的转录，从而部分地补偿了SEDL蛋白的功能。     

一种新型的乙型肝炎病毒剪接变异体

目的 证实乙型肝炎病毒(hepatitis Bvirus，HBV)前基因组RNA在458nt～1308nt(nt，核苷酸)之间可发生剪接并产生相应的基因组剪接变异体。方法对1株分离自慢性乙型肝炎患者血清的亚基因组HBVDNA(2366bp)进行测序并以Vector NT16．0软件进行分析。将全基因组HBVDNA(3215bp)理论上可能的剪接供体及受体内的核苷酸进行定点突变并将突变株转染HepG2细胞，以位于HBVDNA458nt及1308nt两侧的特异引物检测转染后的细胞内HBV核心颗粒DNA，并以相同引物检测458nt～1308nt发生缺失的HBV DNA在不同病程的乙型肝炎患者血清中的存在情况。结果23661bp HBV DNA在458nt～1308nt之间发生缺失并符合GT-AG剪接模式。3215bp全基因组HBV DNA在459nt及1306nt分别发生G→A及A→C突变后均不能产生458nt～1308nt缺失。458nt～1308nt发生缺失的HBVDNA在慢性乙型肝炎、肝硬化及原发性肝细胞癌患者血清的检出率分别为80％、75％及70％，显著高于HBV无症状携带者10％的检出率。结论HBV前基因组RNA在458m～1308nt之间可发生剪接并产生长度为2366bp的基因组剪接变异体。该类型基因组剪接变异体基因结构特点及在HBV相关性肝病中广泛存在提示它与HBV致病性密切相关。     

RNA m~6A修饰在肺部疾病中的研究进展

正N~6-甲基腺苷(N~6-methyladenosine,m~6A)修饰是指RNA中腺苷的第6位氮原子处发生的甲基化修饰。在已发现的RNA修饰中,m6A修饰被认为是真核生物m RNA中最常见的修饰类型。此外,这种甲基化修饰也可发生在r RNA、t RNA、mi RNA、circ RNA和lnc RNA[1]。Dominissini等[2]的研究显示,m6A修饰位点主要集中在终止密码子附近和长内部外显子上,这些位点存在共有序列RRm6ACH(R=G/A,H=C/U/A),并且在人类和鼠之间高度保守。由于RNA修饰增加了RNA结构的复杂性,影响生物学过程[3],     

中国乳腺癌患者BRCA1基因突变的研究

目的　在中国乳腺癌患者 BRCA1基因外显子 2、2 0和 11部分序列中寻找突变位点 ,探讨其与乳腺癌发病的关系。方法收集 86例无血缘关系的乳腺癌患者 ,用聚合酶链反应 -双链四色荧光标记的方法 ,分析 BRCA1基因的外显子 2和 2 0的全长序列和外显子 11的部分序列。结果　外显子 2、2 0和 11的序列中均未发现有突变 ,仅在外显子 11A的序列上有一个 C/ T多态 ,基因型频率高达 4 2 %。对这个高频单核苷酸多态 (single nucleotide ploymorphism,SNP)位点 ,先作了 Hardy- Weinberg检测 ,P>0 .0 5 ,确定这个 SNP的频率不受杂合性缺失的影响。再进行 χ2检测 ,与正常对照组进行比较 ,P>0 .1,两者差异无显著性。结论　这个高频 SNP位点与乳腺癌的发生无显著相关 ;在中国人群中没有发现其他乳腺癌患者人群中普遍存在的这几个突变热点 ,说明外显子 2、2 0和 11上的这部分序列对中国人群的乳腺癌发生影响不大。