亚洲牛带绦虫Spef1-Like基因及其蛋白结构特征的生物信息学分析

目的分析和预测亚洲牛带绦虫的Spef1-Like基因及其编码的蛋白质的结构和功能。方法利用生物信息学网站如美国国家生物技术中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(Ex-PASY,http://ca.expasy.org/)所提供的有关基因和蛋白序列和结构功能分析工具,以及专业的生物信息学软件包如pc-gene,VectorNTIsuite,从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库当中识别该基因及编码区,分析和预测该基因编码的蛋白质的理化性质,一级结构中的修饰位点及模序,亚细胞定位特征,二级结构特征以及蛋白三维空间构象,蛋白亲水性及潜在抗原表位。结果该基因全长1099bp,编码区为117-929bp,编码271个氨基酸,与GenBank当中的其他序列比对,预测该基因为全长基因。编码的蛋白质理化性质比较稳定,含有多个能被其他酶修饰的位点,无跨膜区,预测其主要含有三个亲水性较强的抗原表位,空间结构上相距较近。结论生物信息方法可从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出Spef1-like基因并进行分析。     

亚洲带绦虫成虫钙调神经磷酸酶B基因的克隆和生物信息学分析

目的从亚洲带绦虫（Taenia asiatica）成虫cDNA文库中克隆亚洲带绦虫成虫钙调神经磷酸酶B基因（calci—neurinB），并分析和预测其编码蛋白的结构和功能。方法构建亚洲带绦虫成虫cDNA质粒文库，从文库中识别钙调神经磷酸酶B基因并进行生物信息学分析和登录。结果该基因登录号为ABN14963．1，是全长基因，长度747bp，编码区为56～563，编码169个氨基酸；无跨膜区，蛋白的理化性质稳定；含有4个“EF—hand”Ca^2＋结合区域；与Gen—Bank中日本血吸虫同源基因的一致性达90％，相似性达95％；预测3个主要的抗原表位99～104、20～25、23～28在钙调神经磷酸酶B蛋白空间结构的分子表面。结论应用生物信息学方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出一个钙调神经磷酸酶B基因。     

生物信息学分析亚洲牛带绦虫乳酸脱氢酶基因及其蛋白的结构与特性

目的分析和预测亚洲牛带绦虫(Taeniasaginata asiatica,Ta)乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)基因及其编码蛋白的结构和特性,以指导其生物学功能的实验研究。方法利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心(NC-BI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)中有关基因和蛋白序列、结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,如DNAman和Vector NTI suite,从亚洲牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别乳酸脱氢酶(TaLDH)基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象,酶的活性中心在拓扑结构和空间构象中的位置分布等。结果该基因全长1285bp,编码区为92bp-1084bp,编码331个氨基酸,其推导氨基酸序列与其它物种乳酸脱氢酶氨基酸序列一致性达50%左右,具有乳酸脱氢酶保守结构域。其编码的蛋白相对分子量理论预测值和等电点分别是35268.9Da和8.03。其编码的蛋白有3个跨膜区、没有其它亚细胞定位序列。α螺旋(H)、β折叠(E)和无规卷曲(L)的比例分别是36.56:22.96:40.48,L-乳酸脱氢酶活化位点,位于189-195aa,TaLDH氨基酸序列中有16个潜在抗原表位,酶催化位点的关键氨基酸在不同物种中保守,在空间结构中3个关键氨基酸相互靠近。结论应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了TaLDH的cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面的信息。     

牛带绦虫亚洲亚种苹果酸脱氢酶基因的生物信息学分析

利用美国国家生物技术信息中心（NCBI）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY）中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析工具,结合其他生物信息学分析软件包进行分析。牛带绦虫亚洲亚种苹果酸脱氢酶（MDH）基因是全长基因,长度为1212bp,编码区为30～1028bp,编码332个氨基酸,无跨膜区,具有多个磷酸化位点,蛋白理化性质稳定;预测3个主要的抗原表位（aa95～aa100、aa322～aa327和aa117～aa122）在MDH空间结构上相距较远的分子表面,aa117～aa122属于带绦虫共有的线性抗原表位。预测胞桨型苹果酸脱氢酶是一个潜在的诊断抗原。     

亚洲牛带绦虫泛素缀合酶基因及其蛋白质结构与功能的生物信息学分析

目的分析和预测亚洲牛带绦虫泛素缀合酶基因及其编码蛋白的结构与功能特性,用于指导其生物学功能的实验研究。方法利用美国国家生物技术信息中心和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,如VectorNTIsuite,从亚洲牛带绦虫成虫cDNA质粒文库中识别出泛素缀合酶基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构等。结果该序列为全长基因,编码区为76bp-537bp,编码154个氨基酸。该序列为泛素缀合酶基因同源序列。其编码蛋白的理论分子量为17397.1,亚细胞定位在细胞核。预测该蛋白无跨膜区。与吸虫属的泛素缀合酶进化关系最近。结论应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了亚洲牛带绦虫泛素缀合酶cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面的信息。     

猪带绦虫乳酸脱氢酶基因的序列分析、克隆表达和免疫学分析

目的利用生物信息学方法从猪带绦虫成虫cDNA文库中识别乳酸脱氢酶A(lactate dehydrogenase A,LDH-A),分析和预测其编码蛋白的结构和功能,并对其进行克隆表达和免疫学特性研究。方法利用NCBI和ExPASy中有关基因、蛋白的序列和结构信息分析工具,结合其它生物信息学分析软件包,从猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别乳酸脱氢酶A(TsLDH-A)的基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白的结构与功能;并将TsLDH-A克隆到原核表达质粒pET-28a(+)中,在大肠杆菌BL-21/DE3中诱导表达,表达产物经纯化后用蛋白印迹(Western Blotting)进行免疫学分析。结果该基因全长1 332bp,编码331个氨基酸。其氨基酸序列与其它物种LDH-A氨基酸序列一致性可达54%,具有乳酸脱氢酶保守结构域。其编码的蛋白理论分子量为3 5461.1Da,有3个跨膜区和多个磷酸化位点,蛋白的理化性质较稳定。预测有4个主要的B细胞抗原表位,L-乳酸脱氢酶活化位点之一的His192包含于表位190-199aa中。酶催化位点的3个关键氨基酸在空间结构上相互靠近。PCR、双酶切及DNA测序结果均表明重组质粒pET-28a(+)-TsLDH-A构建成功。SDS-PAGE结果表明目的基因在大肠杆菌BL-21/DE3中获得表达,经亲和层析获得了高纯度蛋白。重组蛋白能被TsLDH-A重组蛋白免疫的SD大鼠血清、感染了猪带绦虫的病人血清及猪血清识别,表明其具有较好的免疫原性和免疫反应性。结论应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了TsLDH-A的全长序列并预测得到其编码蛋白的结构与功能方面的信息,该基因可在原核表达系统中获得具有免疫学活性的表达。     

华支睾吸虫糖基转移酶基因全长序列的克隆和生物信息学分析

目的分析和预测华支睾吸虫囊蚴全长cDNA质粒文库中编号为cs091c06的糖基转移酶基因EST序列结构和功能特征及其编码蛋白的理化性质,预测该基因的生物学意义和应用前景。方法利用NCBI网站和ExPaSy等生物信息学在线分析工具和Vector NTI suite等软件包,分析华支睾吸虫囊蚴全长cDNA质粒文库中cs091c06的EST序列及编码蛋白的理化性质、结构与功能特征。结果 BLASTx工具分析该EST序列是糖基转移酶的同源基因,序列全长为1 402bp,其完整的编码框为37～1 011bp,编码325个氨基酸。Target P和Signal P软件预测该编码氨基酸前30个氨基酸是分泌信号肽,蛋白的理化性质较稳定。蛋白质一级结构扫描发现两个糖基转移酶的保守功能区分别位于67～178aa和69～253aa,且在该基因的N端发现明显的蛋白质糖基化位点,分别位于76～79aa和190～193aa。在该基因的氨基酸序列中,共发现8个B细胞表位和6个T细胞表位。RT-PCR结果显示,该基因在华支睾吸虫成虫阶段高表达,囊蚴和虫卵阶段低表达。结论华支睾吸虫糖基转移酶基因与多个物种同源,编码蛋白可能是华支睾吸虫重要的虫体分泌排泄抗原成分;阶段特异性表达特征提示该基因很可能参与华支睾吸虫重要虫源蛋白糖基化过程,可作为华支睾吸虫病疫苗候选分子和药物靶标。     

日本血吸虫SjBT基因的获得与生物信息学分析

目的　从日本血吸虫 (Schistosomajaponicum ,Sj)成虫cDNA文库中获得并分析日本血吸虫新基因 ,为防治日本血吸虫病提供药物靶标或候选疫苗。　方法　构建日本血吸虫成虫cDNA文库 ,用序列标签法随机挑取重组阳性克隆进行测序 ,对部分序列进行步移法测序获取其全长cDNA ,并进行生物信息学分析和登录。　结果　获得了 1个日本血吸虫新基因 ,全长 14 3 9bp ,编码 44 3个氨基酸 ,与肝片形吸虫微管蛋白基因具有 79%的同源性。编码蛋白的理论分子质量为 7.2 198ku ,等电点为 9.12 ;抗原表位可能位于cDNA序列 3 73～ 3 96处。　结论　表达序列标签法、步移法测序和生物信息学技术有利于发现日本血吸虫新基因。     

日本血吸虫SjBT基因的获得与生物信息学分析

目的从日本血吸虫(Schistosoma japonicum，Sj)成虫cDNA文库中获得并分析日本血吸虫新基因，为防治日本血吸虫病提供药物靶标或候选疫苗。方法构建日本血吸虫成虫cDNA文库，用序列标签法随机挑取重组阳性克隆进行测序，对部分序列进行步移法测序获取其全长cDNA，并进行生物信息学分析和登录。结果获得了1个日本血吸虫新基因，全长1439bp，编码443个氨基酸，与肝片形吸虫微管蛋白基因具有79％的同源性。编码蛋白的理论分子质量为7．2198ku，等电点为9．12；抗原表位可能位于cDNA序列373～396处。结论表达序列标签法、步移法测序和生物信息学技术有利于发现日本血吸虫新基因。     

Identification and bioinformatics analysis of lactate dehydrogenase genes from Echinococcus granulosus

ObjectiveTo identify full length cDNA sequence of lactate dehydrogenase (LDH) from adult Echinococcus granulosus (E. granulosus) and to predict the structure and function of its encoding protein using bioinformatics methods.MethodsWith the help of NCBI, EMBI, Expasy and other online sites, the open reading frame (ORF), conserved domain, physical and chemical parameters, signal peptide, epitope, topological structures of the protein sequences were predicted and a homology tertiary structure model was created; Vector NTI software was used for sequence alignment, phylogenetic tree construction and tertiary structure prediction.ResultsThe target sequence was 1 233 bp length with a 996 bp biggest ORF encoding 331 amino acids protein with typical L-LDH conserved domain. It was confirmed as full length c DNA of LDH from E. granulosus and named as EgLDH (GenBank accession number: HM748917). The predicted molecular weight and isoelectric point of the deduced protein were 3 5516.2D a and 6.32 respectively. Compared with LDH s from Taenia solium, Taenia saginata asiatica, Spirometra erinaceieuropaei, Schistosoma japonicum, Clonorchis sinensis and human, it showed similarity of 86%, 85%, 55%, 58%, 58% and 53%, respectively. Eg LDH contained 3 putative transmembrane regions and 4 major epitopes (54aa-59aa, 81aa-87aa, 97aa-102aa, 307aa-313aa), the latter were significant different from the corresponding regions of human LDH. In addition, some NAD and substrate binding sites located on epitopes 54aa-59aa and 97aa-102aa, respectively. Tertiary structure prediction showed that 3 key catalytic residues 105R, 165D and 192H forming a catalytic center near the epitope 97aa-102aa, most NAD and substrate binding sites located around the center.ConclusionsThe full length c DNA sequences of Eg LDH were identified. It encoded a putative transmembrane protein which might be an ideal target molecule for vaccine and drugs.     

亚洲带绦虫六钩蚴Ta 8基因的克隆表达及免疫原性分析

【摘要】 目的 原核克隆表达亚洲带绦虫六钩蚴8kDa基因(Ta 8),探索其表达蛋白在检测亚洲带绦虫感染中的应用价值。 方法 用RT-PCR方法从亚洲带绦虫六钩蚴cDNA中获取Ta 8基因,克隆到原核表达质粒pET-28a(+)中,在大肠埃希菌BL21/DE3中用IPTG诱导表达,表达产物通过SDS-PAGE进行鉴定,用镍离子金属螯合剂亲和层析柱进行纯化,纯化的重组蛋白用蛋白印迹进行免疫学分析。 结果 PCR、双酶切及DNA测序结果均表明pET-28a(+)-Ta 8重组质粒构建成功。SDS-PAGE结果表明目的基因在大肠埃希菌BL21/DE3中获得高效表达,亲和层析获得了高纯度蛋白。重组蛋白可被其免疫的SD大鼠血清识别但不能够被正常大鼠血清识别,表明其具有免疫原性。 结论 本研究成功地构建了亚洲带绦虫六钩蚴8kDa基因重组质粒,在大肠埃希菌BL21/DE3中获得了成功表达;证明了8kDa基因表达产物具有免疫原性;还发现该绦虫成虫的头节、成节、孕节中也存在8kDa基因。     

亚洲带绦虫60S核糖体蛋白L8基因的克隆表达和免疫学分析

目的原核克隆表达亚洲带绦虫成虫60S核糖体蛋白L8基因（TaRPI。8）,探索其应用前景。方法用RT—PCR方法从亚洲带绦虫成虫cDNA中获取RPI．8基因,克隆到原核表达质粒pET一28a（＋）中,在大肠埃希茵BL21／DE3中用IPTG诱导表达,表达产物通过SDS-PAGE进行鉴定,用镍离子金属螯合剂亲和层析柱进行纯化,纯化的重组蛋白用蛋白印迹进行免疫学分析。结果PCR、双酶切及DNA测序结果均表明pET-28a（＋）一TaRPL8重组质粒构建成功。SDS-PAGE结果表明目的基因在大肠埃希菌BL21／DE3中获得高效表达,亲和层析获得了高纯度蛋白。重组蛋白可被其免疫的SD大鼠血清识别但不能够被正常大鼠血清识别,表明其具有免疫原性。结论亚洲带绦虫成虫TaRPI．8基因可在大肠埃希菌BL21／DE3中获得具有免疫原性的表达,为进一步的功能研究奠定了基础。     

间日疟原虫乳酸脱氢酶编码区全长基因的克隆、序列分析及线性B细胞表位预测

目的克隆中国间日疟原虫乳酸脱氢酶(PvLDH)编码区全长基因,并对其进行生物信息学分析。方法自间日疟原虫抽提RNA,根据已知的PvLDH基因设计特异性引物,采用RT-PCR扩增PvLDH编码基因,将其克隆至pMD18-T载体,经PCR和双酶切鉴定后进行序列测定,利用生物信息学在线工具对序列进行分析并做B细胞表位预测。结果 PCR产物电泳结果显示所克隆的基因为951bp,基因测序结果与GenBank报道的基因序列有一个碱基差异,但编码氨基酸无差异。在线分析预测出12个B细胞表位,与恶性疟原虫乳酸脱氢酶预测表位对比分析,发现一个PvLDH特异性表位。结论成功克隆了我国间日疟原虫乳酸脱氢酶编码区全长基因,并预测出1个PvLDH特异性线性B细胞表位。     

cDNA sequence analysis of a 29-kDa cysteine-rich surface antigen of pathogenic Entamoeba histolytica.

A gamma gt11 cDNA library was constructed from poly(U)-Sepharose-selected Entamoeba histolytica trophozoite RNA in order to clone and identify surface antigens. The library was screened with rabbit polyclonal anti-E. histolytica serum. A 700-base-pair cDNA insert was isolated and the nucleotide sequence was determined. The deduced amino acid sequence of the cDNA revealed a cysteine-rich protein. DNA hybridizations showed that the gene was specific to E. histolytica since the cDNA probe reacted with DNA from four axenic strains of E. histolytica but did not react with DNA from Entamoeba invadens, Acanthamoeba castellanii, or Trichomonas vaginalis. The insert was subcloned into the expression vector pGEX-1 and the protein was expressed as a fusion with the C terminus of glutathione S-transferase. Purified fusion protein was used to generate 22 monoclonal antibodies (mAbs) and a mouse polyclonal antiserum specific for the E. histolytica portion of the fusion protein. A 29-kDa protein was identified as a surface antigen when mAbs were used to immunoprecipitate the antigen from metabolically 35S-labeled live trophozoites. The surface location of the antigen was corroborated by mAb immunoprecipitation of a 29-kDa protein from surface-125I-labeled whole trophozoites as well as by the reaction of mAbs with live trophozoites in an indirect immunofluorescence assay performed at 4 degrees C. Immunoblotting with mAbs demonstrated that the antigen was present on four axenic isolates tested. mAbs recognized epitopes on the 29-kDa native antigen on some but not all clinical isolates tested.