河南省某一淡水养殖环节中非O1/O139群霍乱弧菌毒力基因及分子分型分析

目的 了解河南省淡水养殖环节中非O1/O139群霍乱弧菌毒力基因分布及分子分型情况。方法 对河南省淡水养殖环节中50株非O1/O139群霍乱弧菌和3株病人来源菌株进行全基因测序,利用PubMLST-Vc数据库分析其序列分型(ST),利用最小生成树关系图分析进化关系,通过VFDB数据库获得其毒力基因分布。结果 来源于淡水养殖环节和来源于病人的非O1/O139群霍乱弧菌53株菌株均具有黏附、趋化运动、抗吞噬、毒素及酶类等功能的8类毒力相关因子基因,缺失辅助定植、毒素共调、分泌等功能的毒力相关因子基因和副霍乱肠毒素等4个毒素基因。部分毒力相关因子或部分菌株的毒力相关因子毒力基因不全。与3株来源于病人的菌株相比,二者毒力因子基因携带情况相近,除MSHA Ⅳ型菌毛毒力因子mshA基因、荚膜多糖wbuB基因、wbfY基因、rmlB基因、血红素受体hutA基因及Ⅲ型分泌系统vscC2和vcrD2基因外,部分菌株二者携带相同的毒力因子基因。53株非O1/O139群霍乱弧菌分属19个ST型,ST4和ST5是优势ST型,养殖环节来源的菌株与病人来源的菌株分属不同的ST型。19个ST型等位基因位点变异差异数在1~7个,其中分离自淡水养殖环节的非O1/O139群霍乱弧菌菌株17个ST型等位基因位点变异差异数在1~7个,病人来源的非O1/O139群霍乱弧菌菌株2个ST型与分离自淡水养殖环节的非O1/O139群霍乱弧菌菌株ST1、ST2、ST6和ST10属同一簇,与ST1有6个等位基因位点存在差异。结论 河南省淡水养殖环节非O1/O139群霍乱弧菌菌株MLST分型多样化,携带多种毒力相关因子,不同来源菌株携带的毒力基因相同,虽然分属不同的ST型,但还是存在食品安全风险,提醒有关部门采取措施进行防控。     

O139群霍乱弧菌分子流行病学研究

目的分析2001-2006年广州地区霍乱暴发、散发事件及外环境监测中分离的O139群霍乱弧菌的致病相关基因型和PFGE型,追踪菌株的来源和变迁,探讨本地区O139群霍乱流行特点。方法采用多重PCR方法检测O139群菌株的4种致病相关基因,应用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对菌株进行分子分型,采用软件Bio Numerics Version4.0对分型数据进行处理和分析。结果广州地区O139群菌株中存在2种致病相关基因型,即A型和C型,18株感染者相关菌株中,除1株外,均为致病相关基因A型;10株珠江水分离株均为致病相关基因C型。28株O139群霍乱弧菌分为20个不同的PFGE型,归为4个聚类群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ群)。珠江水中O139群菌株存在PFGE克隆型的多样性。O139群暴发中分离的菌株PFGE型相同或相近,O139群散发疫情中的病例分离株与部分暴发株也具有相同或相近的PFGE型。结论分子分型方法结合流行病学资料,可分析O139群霍乱菌株的流行特点,致病相关基因分型可代替噬菌体-生物分型来判断和区分O139群霍乱弧菌的流行株与非流行株,从而为霍乱的预防、控制和预警提供科学依据。     

湖北省2012年流行株O139霍乱弧菌脉冲场凝胶电泳分型分析

目的分析3起霍乱疫情病原O139霍乱弧菌分子分型特征和遗传相关性,探讨O139霍乱疫情流行特征。方法对2012年湖北省3起霍乱疫情分离鉴定的35株O139霍乱弧菌菌株用水煮法提取DNA,利用聚合酶链反应检测霍乱肠毒素CT基因;取新鲜培养的菌株,制备约4.3个麦氏单位的细菌悬浮液,经裂解、洗涤及限制性内切酶NotI和SfiI酶切后进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,用凝胶成像仪获取电泳图像,分析DNA片段并用BioNumerics V4.6软件UPGMA方法(复选Dice相关系数)进行聚类分析。结果 35株O139霍乱弧菌ctxA基因PCR扩增产物约为308bp,分离自聚餐食用的凉菜、病人、带菌者及厕所标本(对应病人家)O139霍乱弧菌均为产毒株,经NotI酶切分为9种PFGE带型,SfiI酶切分为6种PFGE带型;A市2株病人分离菌和4株带菌者分离菌PFGE带型为KZGN11O139.CN0077+KZGS12O139.CN0054,B市1株病人分离菌和1株厕所分离菌PFGE带型为KZGN11O139.CN0302+KZGS12O139.CN0058,C市和D市分离菌株优势型为KZGN11O139.CN0276+KZGS12O139.CN0007,包括3株食品分离菌、2株厕所分离菌及16株病人和带菌者分离菌,另有6株PFGE带型呈现多样性。结论 2012年湖北省霍乱疫情特点为散发以及聚餐导致的局限暴发,3起疫情的分离菌株带型各不相同,呈现多样性,其中2起为单一菌型感染,1起为混合菌型感染,传染来源复杂且不明确,提示应加强霍乱的病原学监测。     

杭州市健康人群粪便中检出O1和O139群霍乱弧菌无毒力株

目的　对杭州市饮食、服务行业人员粪便标本进行霍乱弧菌监测。方法　 2 0 0 0年 5月～ 2 0 0 1年 7月采集 2 6 2 5 2名饮食、服务行业从业人员健康体检者粪便标本 ,分别接种于碱性蛋白胨水和 4号琼脂中。通过培养特性、菌落形态、革兰染色、动力和生化试验等检查 ,对所分离的疑似霍乱弧菌菌株进行初步鉴定。采用霍乱弧菌O1群及O139群单克隆抗体的玻片凝集试验、噬菌体分型、霍乱弧菌ctxA和tcpA基因的PCR进一步鉴定各疑似霍乱菌株。 结果　上述标本中检出O1血清群和O139血清群霍乱弧菌各 2株。 2株O1血清群霍乱弧菌的噬菌体分型分别为 19k和 5k ,为埃尔托生物型非流行菌株 ;2株O139血清群霍乱弧菌的噬菌体分型分别为 2 0k和 31k ;但ctxA和tcpA基因PCR检测结果均为阴性。结论　尽管所检出的 4株霍乱弧菌均为无毒力的非流行菌株 ,但因携带者从事职业的特殊性 ,仍应引起高度重视。     

福建省不产毒O1群霍乱弧菌分子特征分析

目的 调查福建省近年从病人和外环境中分离到的不产毒O1群霍乱弧菌的毒力基因分布特征,分析菌株间的遗传相似度。方法 运用PCR扩增技术分别检测15株不产毒O1群霍乱弧菌的毒力相关基因tcpA、rstR、hlyA、zot、ace、toxR、ctxA,并通过脉冲肠凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型。结果15株不产毒O1群霍乱弧菌各毒力相关基因的阳检数分别为hly-ET(8/15)、tcpA-CL(6/15)、hly-Cl(4/15)、ace(3/15)、toxR(3/15),其余毒力基因均为阴性。按照100%的相似度,PFGE分为12个基因型别,无集中优势的PFGE型别;根据TENOVER原则有两个相对优势的G1、G2 PFGE群。结论 不产毒的O1群霍乱菌株不同程度地携带有相关的毒力因子,病人株和环境株毒力基因分布无明显差异,不产毒O1群霍乱菌株存在基因组多态性。     

我国O139群霍乱弧菌CTX遗传单元基因分布特征

到目前为止 ,已发生的 7次霍乱世界大流行 ,都是由O1群霍乱弧菌引起的。 1992年在印度、孟加拉等国引起暴发流行的O139群霍乱弧菌 ,是一种新出现的由非O1群霍乱弧菌引起的霍乱流行的病原体 ,能产生与O1群霍乱弧菌相同的霍乱毒素 (CT) ,其所引起的霍乱在临床和流行病学上也与O1群所致的霍乱基本相同。近年来研究表明 ,与O1群霍乱弧菌相比 ,O139群霍乱弧菌具有独特的表型及分子特征。在霍乱弧菌中 ,CT是最主要的毒力因素 ,其结构基因位于染色体上大小为 7～ 9.7kb的CTX遗传单元上[1] ,它的核心区域 (4 .5kb)至少有 5个基因 ,依次排列是c…     

一株致多器官功能衰竭非O1/O139群霍乱弧菌的鉴定

目的对1例不洁饮食致多器官衰竭患者血液中霍乱弧菌进行鉴定。方法取患者静脉血进行细菌的分离培养,观察细菌的形态特征,并进行生化试验、质谱鉴定、血清学检测、16SrRNA分析、毒力基因检测。结果分离菌初步鉴定为非O1/O139群霍乱弧菌。MALDI-TOF MS鉴定该菌为霍乱弧菌,置信度99.9%。16SrRNA扩增产物测序后经blast分析,与数据库中霍乱弧菌相似性为99%。该菌无毒力基因ctx、Tcp,毒力基因lolB、toxR、rtxC、hlyA、Hap、PrtV、ompU均阳性。结论该致病菌为非O1/O139群霍乱弧菌,患者发生急骤性多器官功能衰竭死亡可能与该菌携带lolB、toxR、rtxC、hlyA、Hap、PrtV、ompU等毒力基因密切相关。     

霍乱弧菌O1群和O139群nhaA基因的克隆和变异性研究

目的 克隆霍乱弧菌O1群和O139群nhaA基因，并分析其变异性。方法收集我国1988—2000年散发霍乱弧菌O1群和O139群40株，用聚合酶链反应(PCR)扩增nhaA基因，克隆至pcDNA3载体，通过序列测定分析其同源性和变异性。结果 分别从霍乱弧菌Ol群和O139群扩增出约1．2kb的nhaA基因片段，基因序列分析表明，我国霍乱散发O1群和O139群的nhaA基因与Genbank中霍乱弧菌O1群野毒株参考序列同源性分别为99％和96％。编码氨基酸的突变率分别为2％和11％，nhaA基因重要的结构和功能决定簇(Aspl33、Aspl63、Aspl64、His225、Leu73和Gly338)未发生变异；第203、221位的氨基酸，O1群和O139群发生相同的变异。结论 nhaA基因编码氨基酸的变异可能是霍乱弧菌适应外环境变化的结果。     

非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究

目的 对国内部分地区非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株进行分子分型分析,了解菌株间的遗传进化关系。 方法 根据mlst.ucc.ie数据库提供的大肠杆菌多位点序列分型（Multilocus Sequence Typing, MLST）方案,对来自我国河南、黑龙江2省的29株产志贺毒素大肠杆菌分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因谱及菌株序列型（Sequence type, ST）,使用MEGA、eBURST生物信息软件分析不同ST序列群及菌株间的进化关系。结果 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌呈现较大的遗传多态性,可分为13个ST型别,其中ST155为优势型别（34.48%）。同时研究发现2个新等位基因型（fumC376、recA214）和3个新序列型（ST2460、ST2467、ST2468）。结论 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌菌株之间具有分子多态性,与国际流行菌株具有一定的亲缘关系。加强我国对这一类菌株的检测和监测具有重要的公共卫生意义。     

霍乱弧菌中SXT整合性接合元件研究进展

霍乱是由霍乱弧菌引起的急性肠道传染病,具有发病急、传播快等特征,是我国规定的甲类传染病之一。根据菌体抗原的不同,目前已将霍乱弧菌分出200个以上的血清群,但仅发现O1群和O139群霍乱弧菌能引发霍乱。1992年印度和孟加拉首次暴发了由O139群霍乱弧菌引发的霍乱流行,取代O1群霍乱弧菌成为优势菌株,     

我国主要沿海地区O1群霍乱弧菌分子分型特征分析

目的 采用MLST方法及基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术研究我国主要沿海地区192株O1群霍乱弧菌的种群结构、进化趋势及流行特性.方法...     

Genomic characterization of non-O1, non-O139 Vibrio cholerae reveals genes for a type III secretion system

Non-O1, non-O139 Vibrio cholerae can cause gastroenteritis and extraintestinal infections, but, unlike O1 and O139 strains of V. cholerae, little is known about the virulence gene content of non-O1, non-O139 strains and their phylogenetic relationship to other pathogenic V. cholerae. Comparative genomic microarray analysis of four pathogenic non-O1, non-O139 strains indicates that these strains are quite divergent from O1 and O139 strains. Genomic sequence analysis of a non-O1, non-O139 strain (AM-19226) that appeared particularly pathogenic in experimental animals suggests that this strain carries a type III secretion system (TTSS) that is related to the TTSS2 gene cluster found in a pandemic clone of Vibrio parahaemolyticus. The genes for this V. cholerae TTSS system appear to be present in many clinical and environmental non-O1, non-O139 strains, including at least one clone that is globally distributed. We hypothesize that the TTSS present in some pathogenic strains of non-O1, non-O139 V. cholerae may be involved in the virulence and environmental fitness of these strains.     

Phage types of Vibrio cholerae O1 and O139 in the past decade in India

Cholera has been a prevalent disease worldwide since the early 19th century. Vibrio cholerae O1 and O139 are the two serogroups that have been mainly implicated in causing cholera. This study reports the results of biotyping, serotyping and phage typing of V. cholerae O1 and O139 (1998-2007) strains received from different parts of India for the identification of the trends in the occurrence and spread of cholera in the country. However, there has been a notable steep decline in the occurrence of V. cholerae O139 strains over the past few years resulting in no strain of V. cholerae O139 being received from any part of India in 2007 and 2008. Of the total strains received, 79.1% were serotyped as Ogawa and the remaining 20.9% were found to be Inaba, which indicates that Ogawa was the predominant serotype. Almost 100% typeability was observed with the new scheme of V. cholerae O1, with type 27 being the dominant phage type and V. cholerae O139 strains were clustered into the predominant phage type T-1. From the phage typing and serotyping results, it can be concluded that V. cholerae O1 (T-27) and O139 (T-1) strains circulate throughout the country at any given time.     

我国羊种3型布鲁氏菌的多位点序列分型研究

目的对2004-2009年从病人标本中分离的羊种3型布鲁氏菌进行遗传多态性分析,了解菌株的遗传特征及遗传进化关系。方法采用多位点序列分型（Multiple locus sequence typing,MLST）技术,对47株布鲁氏菌菌株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,将各个基因的序列与标准菌株的等位基因型进行比对,确定其等位基因谱型及菌株序列型（STS）,分析与其它ST型间的遗传关系。结果 47株布鲁氏菌中,19株omp25基因与目前已有的等位基因型不同,被定义为1个新的等位基因型,即ST28。其余28株与已知的ST8型的各等位基因型一致。结论我国流行的羊种布鲁氏菌主要是羊3型菌株,国内的菌株与国外菌株遗传背景上有差异。MLST分型可以作为研究布鲁氏菌进化关系的重要手段之一。     

杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别研究

目的研究杭州地区单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)食品分离株的分子分型情况,了解当地流行株的型别特征。方法用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)的方法对单核细胞增生李斯特菌进行分子分型。PFGE结果进行聚类分析,并绘制MLST数据的最小生成树。结果 6个血清型组成的133株杭州食品分离株共获得19个MLST型别,并发现1个新的ST型ST767。ST9和ST121是数量最多的型别。用AscI和ApaI酶切分别获得33和45个PFGE带型。结论杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别分布广泛,大部分菌株是可引起人李斯特菌病的Lineage I和Lineage II菌株。食品中单核细胞增生李斯特菌的污染比较严重,应加强监测与管理以防食源性疾病的发生。     

Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains

The millions of deaths from cholera during the past 200 y, coupled with the morbidity and mortality of cholera in Haiti since October 2010, are grim reminders that Vibrio cholerae, the etiologic agent of cholera, remains a scourge. We report the isolation of both V. cholerae O1 and non-O1/O139 early in the Haiti cholera epidemic from samples collected from victims in 18 towns across eight Arrondissements of Haiti. The results showed two distinct populations of V. cholerae coexisted in Haiti early in the epidemic. As non-O1/O139 V. cholerae was the sole pathogen isolated from 21% of the clinical specimens, its role in this epidemic, either alone or in concert with V. cholerae O1, cannot be dismissed. A genomic approach was used to examine similarities and differences among the Haitian V. cholerae O1 and V. cholerae non-O1/O139 strains. A total of 47 V. cholerae O1 and 29 V. cholerae non-O1/O139 isolates from patients and the environment were sequenced. Comparative genome analyses of the 76 genomes and eight reference strains of V. cholerae isolated in concurrent epidemics outside Haiti and 27 V. cholerae genomes available in the public database demonstrated substantial diversity of V. cholerae and ongoing flux within its genome.