金匮肾气丸防治骨质疏松症的机制研究

目的 探讨金匮肾气丸防治骨质疏松症的作用机制.方法 从TCMSP数据库中筛选金匮肾气丸活性成分与作用靶标,用Cytoscape3.6构建金匮肾气丸"药物-活性成分-靶标基因"网络图;在DisGeNET、GeneCards数据库中查询骨质疏松症疾病基因,与金匮肾气丸活性成分靶标基因取交集后,从STRING数据库获取PPI...     

基于网络药理学的济生肾气丸治疗糖尿病肾病的机制研究

目的:采用网络药理学方法预测济生肾气丸治疗糖尿病肾病(DN)的活性成分和作用机制。方法:利用TCMSP平台获得济生肾气丸药物活性成分及基因靶点,利用GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD和DrugBank等数据库获取DN相关的基因靶点,利用Venny 2.1绘制共同靶点韦恩图;采用Cytoscape 3.9软件构建“药物-成分-靶点”相互作用网络;利用STRING构建PPI网络并进行拓扑分析;通过R/BioConductor对共同靶点进行GO及KEGG富集分析。结果:共获得济生肾气丸生物活性成分72个,筛选到济生肾气丸治疗DN的潜在靶点167个,核心靶点为AKT1、INS、PTGS2、IL6、CASP3等,主要富集在脂质与动脉粥样硬化、AGE-RAGE、流体剪切应力、HIF-1等信号通路。结论:济生肾气丸通过抗氧化应激、抗炎、抗凋亡、抗增殖等作用修复DN受损的肾脏微血管系统,保护肾功能。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨聚精丸治疗精索静脉曲张性男性不育的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨聚精丸治疗精索静脉曲张性男性不育的潜在作用机制。方法:通过TCMSP数据库及BATMAN数据库检索聚精丸中药成分并获取成分对应的靶点;在“GeneCards”“DISGENET”“OMIM”“HPO”数据库检索“varicocele”、“male infertility”,获得精索静脉曲张性男性不育的潜在靶点;利用jvenn工具绘制韦恩图,获得中药靶点与疾病靶点的交集靶点;筛选出与交集靶点相对应的成分及中药,在Cytoscape3.8.2构建中药-活性成分-靶点网络图;应用STRING平台构建病药交集靶点的蛋白-蛋白相互作用网络(PPI);将病药交集靶点导入DAVID数据库进行GO富集分析并进行基于KEGG的通路富集分析;再将病药交集靶点上传至KEGG数据库,选择与本课题最为相关的通路,使用mapper工具构建KEGG通路图;进一步使用FDR值排名前15的通路与其相关靶点、成分绘制核心成分-靶点-通路图;最后,利用AutoDock及PyMol软件对核心基因的蛋白受体和小分子配体进行分子对接验证及结果的可视化分析。结果:共筛选出聚精丸207种成分和1...     

基于网络药理学探究当归补血汤治疗骨质疏松症的分子作用机制

目的基于系统网络药理学方法探讨当归补血汤治疗骨质疏松(OP)的分子作用机制。方法通过TCMSP平台筛选当归补血汤主要化学成分、对应靶点及靶标基因,借助Gene Cards数据库获取OP已知的相关靶点,将药物靶基因映射到疾病靶基因获得当归补血汤作用于OP的预测靶点;利用Cytoscape 3.5.1软件构建有效活性化合物-疾病靶点网络图以及STRING数据库绘制PPI网络,最后借用R 3.6.3软件进行关键蛋白分析,GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果获得当归补血汤有效活性化学成分共17个,关键成分7个,药物作用于疾病的交集靶点130个,关键靶点30个; GO功能分析揭示当归补血汤治疗OP涉及生物功能主要有核受体活性、配体转录因子活性、调控序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、细胞因子活性等; KEGG富集结果显示与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、乙型肝炎、前列腺癌、TNF信号通路等密切相关。结论本研究体现当归补血汤能通过多成分、多靶点、多通路作用于OP,可能与其发挥抗氧化作用和雌激素样作用有关,可为下一步实验验证提供理论基础。     

基于网络药理学探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨青娥丸治疗PMO可能的分子作用机制。方法运用TCMSP、ETCM、SymMap数据库及文献挖掘获取青娥丸主要活性成分,通过SwissTargetPrediction平台进行成分靶标预测;经GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库获取PMO相关靶点,与成分靶点取交集,获得青娥丸治疗PMO的潜在作用靶点;应用Cytoscape软件构建青娥丸治疗PMO的中药-活性成分-交集靶点网络图,使用String数据库及Cytoscape软件对交集靶点进行蛋白质相互作用网络分析,依据节点度值筛选关键靶点;通过DAVID平台对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,以探究青娥丸治疗PMO的分子作用机制。结果筛选出青娥丸活性成分40个,包括飞燕草素、槲皮素、山奈酚等核心成分;青娥丸治疗PMO的潜在作用靶点178个;对交集靶点进行蛋白质互相作用网络分析获取关键靶点68个,包括MAPK1、AKT1、PIK3CA、JAK2等核心靶点;关键靶点基因的GO及KEGG富集分析显示:关键靶标主要在质膜、膜筏、细胞核等位置发挥作用,通过一氧化氮生物合成过程的正调控、信号转导、蛋白质磷酸化等生物过程,发挥激酶活性、与蛋白质结合、与蛋白激酶结合等功能。关键靶点主要通过参与癌症通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、以及雌激素、催乳素、甲状腺素类信号通路对PMO进行调控。结论青娥丸中飞燕草素、槲皮素、山奈酚等核心成分,可能通过参与PI3K-Akt、HIF-1、雌激素、催乳素等信号通路,作用于MAPK1、AKT1、PIK3CA、JAK2等基因靶点,调节骨代谢,治疗PMO。     

二仙汤防治骨质疏松症的网络药理学研究

目的通过网络药理学分析二仙汤防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的关键靶点,探讨二仙汤防治OP的可能机制及信号通路。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选二仙汤的入血活性成分并预测其作用靶点;利用基因表达数据库(GEO)获取GSE56116基因芯片原始数据,分析二仙汤的治疗靶点;从疾病相关数据库检索已知OP致病基因;通过STRING和Cytoscape软件映射获得二仙汤治疗OP的关键靶点,建立关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行KEGG和GO富集分析揭示其可能的作用机制。结果通过检索TCMSP获得符合筛选标准的二仙汤活性成分84个,21个活性成分预测出145个作用靶点;通过R语言对基因芯片进行分析筛选出84个可能致病靶点,通过疾病相关数据平台获得691个OP相关致病靶点,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络筛选出40个关键作用靶点和9个核心作用靶点。KEGG和GO分析结果显示,二仙汤治疗OP的关键靶点主要富集在RNA聚合酶II启动子对转录的正向调节、一氧化氮合酶等生物学进程,主要富集的信号通路为TNF信号通路、低氧诱导因子1信号通路和雌激素信号通路等。结论通过网络药理学方法阐释二仙汤可能通过TNF信号通路和HIF-1信号通路治疗OP,本研究为揭开中药复方治疗疾病的作用机制提供了科学的方法。     

基于网络药理学研究女贞子-淫羊藿药对活性成分抗骨质疏松的分子机制

目的基于网络药理学探讨女贞子-淫羊藿中活性成分,通过筛选抗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的活性靶点,完成“活性成分-靶点-通路”的图解,阐述女贞子-淫羊藿联合应用的分子调控机制及其配伍的科学性。方法女贞子和淫羊藿的活性成分使用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)进行筛查,采用维恩图对其进行筛查,OP的活性靶点运用疾病靶点数据库进行筛选,将以上数据导入网络可视化软件Cytoscape 3.7.1进行整理,对有效靶点可以使用KEGG数据库进行信号通路富集分析。结果女贞子、淫羊藿活性成分根据药物相似性(DL)和口服生物利用度(OB)值检索出潜在活性成分共33个,及其相对应的227个潜在作用靶点;检索疾病靶点数据库得出与OP密切相关的靶点190个;KEGG通路富集分析,治疗OP的关键通路主要为破骨细胞分化通路、癌症途径等12条信号通路。结论女贞子-淫羊藿配伍的多成分在治疗OP方面具有多靶点、多通路的中医药特点。     

基于网络药理学的三仙汤治疗骨质疏松症作用机制研究

目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。     

基于网络药理学探究肾康栓治疗糖尿病肾病作用机制

目的:应用网络药理学探究肾康栓治疗糖尿病肾病的药物作用机制。方法:通过TCMSP现有数据库查询肾康栓的活性成分及靶点，在GeneCards数据库查询糖尿病肾病的靶点，制作韦恩图得到二者共同靶点。利用Cytoscape3.9.1软件制作药物-活性成分-靶点-疾病网络，在String平台得到PPI网络并进行拓扑分析，利用Metascape平台做GO和KEGG富集分析。结果:肾康栓活性成分117个，活性成分靶点226个，糖尿病肾病靶点1 191个，二者交集靶点108个，918条成分与靶点相互作用。JUN、STAT3、AKT1、RELA、MAPK1为肾康栓治疗糖尿病肾病关键靶点，AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、肿瘤信号通路等为重要通路。结论:肾康栓在多成分、多靶点、多通路的机制上治疗糖尿病肾病，为后续研究奠定理论基础。     

芪骨胶囊治疗绝经后骨质疏松症的分子机制

目的运用网络药理学的方法探究芪骨胶囊治疗绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)的活性成分与潜在分子机制。方法从BATMAN-TCM数据库中获取芪骨胶囊的主要活性成分及其对应的靶点,在Gene Cards数据库和GEO数据库中筛选PMOP疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集,运用Cytoscape软件构建"药物-成分-靶点"网络图,同时将交集靶点导入String在线软件构建蛋白互作网络,筛选出核心靶点进行GO(gene ontology)生物过程及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。结果筛选获得67个活性成分,核心活性成分包括24-羟基-11-脱氧甘草次酸、菊油环酮、β-谷甾醇、γ-谷甾醇等;获得交集靶点共57个,其中核心靶点有胰岛素(INS)、白介素-6(IL-6)、胰岛素样生长因子-1(IGF-1)等。核心靶点GO生物过程和KEGG通路富集分析结果显示,GO生物过程主要涉及女性怀孕、多细胞生物过程等,KEGG通路主要涉及雌激素信号通路、卵巢甾体生成、流体剪切应力与动脉粥样硬化、白细胞介素17信号通路等。结论对于芪骨胶囊治疗PMOP的作用机制可能与菊花、黄芪、肉苁蓉中的主要成分如α-蒎烯、菊油环酮、β-谷甾醇等有关,并可能通过雌激素、白细胞介素等信号通路作用于人体INS、IL-6、IGF-1等靶点发挥疗效。     

基于网络药理学探讨柚皮苷治疗骨质疏松症的潜在机制

目的基于网络药理学探讨柚皮苷治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的潜在机制。方法根据TCMSP数据库、Swiss Target Prediction数据库和Uniprot数据库得到柚皮苷的结构及其靶点,利用Gene Cards、OMIM数据库获取OP相关靶点,将交集靶点输入到STRING数据库以获取蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)信息,借助Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络、"柚皮苷-交集靶标-骨质疏松"网络,并使用Cytoscape 3.7.2软件、R软件进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果筛选得到柚皮苷105个作用靶标,其中与OP相关靶标44个,GO功能富集分析获得607个结果(P0.05),KEGG通路富集分析获得43个结果,其中相关信号通路有11条(P0.05),涉及p53、IL-17、NF-κB、Estrogen、Prolactin等信号通路。结论柚皮苷可能通过多靶点、多通路调节炎症反应、细胞周期和激素代谢来治疗OP。     

骨康方君臣佐使药治疗骨质疏松药理机制探讨

目的 基于网络药理学分析骨康方中药治疗骨质疏松(OP)的具体作用机制及其作用靶点、通路的异同.方法 首先通过数据库以及文献检索分别筛选出骨康方中君臣佐使各药的主要活性成分及其作用靶点;同时利用网络数据库得到OP相关的靶点;通过Venny 2.1分别筛选出君臣佐使-OP的交集靶点;然后通过STRING和Cytoscape...     

探讨彝药恒古骨伤愈合剂治疗骨质疏松症的系统药理学作用机制

目的 借助系统药理学探讨彝药恒古骨伤愈合剂（osteoking,OK）治疗骨质疏松症（osteoporosis,OP）的药效成分、作用靶点及作用机制，并运用分子对接技术进行对接验证。方法 借助TCMSP筛选OK的活性成分及作用靶点；查询GeneCard、OMIM、DisGeNet、TTD等数据库，筛选OP相关的基因靶点；利用STRING和 Cytoscape 软件构建交集基因靶点蛋白互作网络（PPI），查找OK治疗OP的核心靶点基因，对核心靶点借助DAVID、KEGG Mapper数据库进行GO、KEGG分析。最后运用Autodock进行对接验证。结果 收集到槲皮素、山奈酚、反式十八烷酸、反11-二十碳烯酸、熊果酸、β-谷甾醇、委陵菜酸等主要活性成分；涉及到细胞对脂质、有毒物质、脂多糖、细菌源分子、无机物、有机环化合物、有机氮化合物的反应等生物学过程；可能通过PI3K/Akt、Ras、MAPK等多通路发挥作用。分子对接提示熊果酸与AKT1、ALB、IL-6结合效果较好。结论 初步明确了OK通过多靶点、多通路参与促成骨、抑制破骨的作用，为下一步实验研究提供理论支持与设计思路。     

基于网络药理学的“淫羊藿-熟地黄”配伍治疗骨质疏松症作用机制研究

目的基于网络药理学方法探究"淫羊藿-熟地黄"药对治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的分子机制。方法BATMAN-TCM数据库收集"淫羊藿-熟地"药对化学成分及对应靶点; Gene Cards、OMIM数据库收集OP靶蛋白; Venny 2.1. 0在线工具找出映射,绘制韦恩图; STRING 11.0数据库建立蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI); cluster Profiler R包对所得共有靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析; Cytoscape3.7. 2软件构建相关数据分析网络。结果获得"淫羊藿-熟地黄"药对中13个主要化学成分和134个蛋白靶点,OP相关基因3 231个,映射后获得药物与疾病共有靶点57个,PPI分析显示前列腺素内过氧化物合酶(PTGS2)、雄激素受体(AR)、雌激素受体(ESR1)等可能是"淫羊藿-熟地黄"药对治疗OP的核心靶点。GO富集分析包含血液循环、细胞钙离子稳态、G蛋白偶联胺受体活性等生物功能。KEGG通路富集分析主要包括神经活性配体-受体相互作用、类固醇激素的合成、c AMP信号通路等11条相关信号通路。结论 "淫羊藿-熟地黄"配伍通过多途径、多靶点发挥治疗OP的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨六味地黄丸抗骨质疏松症的机制研究

目的基于网络药理学及分子对接方法探讨六味地黄丸在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)过程中的有效成分及作用机制。方法通过TCMSP数据库获得六味地黄丸组方的药物有效成分及其预测靶点;利用疾病数据库筛选骨质疏松症相关疾病作用靶点;将获得的关键靶点上传至STRING数据库完成PPI网络分析;利用DAVID数据库完成关键靶点的富集分析;通过Auto Dock Vina等软件完成化学有效药物成分与关键靶点的分析对接验证。结果共获得六味地黄丸组方化学有效成分69个、药物靶点蛋白128个及药物与骨质疏松症共同相关靶点81个;获得了IL6、TP53、VEGFA、TNF、JUN、MAPK1、EGF、EGFR、ESR1、CAT等PPI网络中的关键靶点。富集分析结果显示,其通过参与细胞增殖与凋亡过程、药物代谢、雌激素反应调节与细胞抗缺氧、抗衰老等生物学进程,调控TNF、药物代谢过程、HIF-1、VEGF、雌激素调节等信号通路,参与骨质疏松症的治疗过程;分子对接结果显示,调控网络中的关键靶点与相关有效成分之间具有较高的结合活性。结论借助生物信息学手段和分子对接技术,初步揭示了六味地黄丸抗骨质疏松症的作用机制,为后续进一步的机制研究及实验验证提供了目标与思路。     

基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制

目的基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制。方法借助TCMSP和Uniprot数据库筛选二仙汤活性成分和作用靶标;通过TTD、Genecards、OMIM、DisGeNET在线数据库搜索骨质疏松症基因;运用Cytoscape3.7.0软件构建“二仙汤药物-活性成分-交集靶标基因”网络图;使用STRING数据库构建PPI网络并基于CytoHubba插件中的MCC算法筛选获得关键基因;运用g:Profiler对关键基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,并使用Omicshare工具绘制高级气泡图,使用R软件绘制通路机制图。结果二仙汤活性成分有104种,二仙汤作用靶标与骨质疏松症基因的交集靶标基因有145个,基于MCC算法得到关键基因50个。GO分析结果显示,生物途径主要包括信号转导、生物过程的阳性调节等;细胞组分包括胞内细胞器腔、核浆等;分子功能主要包括酶结合、信号受体结合等。KEGG富集通路结果显示关键基因主要富集在PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路。结论二仙汤中的淫羊藿苷、槲皮素、山柰酚等活性成分可能通过PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路,作用于JUN、TNF-α、IL6、AR等多个关键基因,起到调节骨代谢,促进成骨细胞生成和抑制破骨细胞分化,治疗骨质疏松症的目的。