基于单细胞RNA测序及生物信息学分析AFAP1L1在胃癌中的临床意义

目的 分析肌动蛋白丝相关蛋白1相似蛋白1(AFAP1L1)在胃癌（GC）中的预后价值和分子功能。方法 基于癌症基因组图谱（TCGA）的大量RNA测序数据,以及来自基因表达综合（GEO）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据。采用Kaplan-Meier生存分析验证AFAP1L1的预后价值。富集分析探讨AFAP1L1的潜在生物学功能。另外,本研究确定AFAP1L1和抗肿瘤药物敏感性的关系。在单细胞水平上分析AFAP1L1的表达特征。结果 AFAP1L1在GC患者中过表达与预后不良相关并参与血管生成的调控。此外,AFAP1L1与达沙替尼和福瑞替尼等抗肿瘤药物的敏感性相关。单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析显示,AFAP1L1主要表达于GC样本中的内皮细胞中。结论 基于生物信息学分析研究结果,AFAP1L1可以作为GC的预后生物标志物。     

SMRACAD1通过上皮-间充质转化促进胃癌细胞生长和迁移的机制研究

目的 探讨SMRACAD1对胃癌细胞增殖和侵袭的影响及作用机制。方法对癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库中373个胃癌组织和32个正常组织的SMRACAD1表达进行差异分析及京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析,采用蛋白印迹法（Western blot,WB）和实时荧光定量聚合酶链反应（quantitative real-time polymerase chain reaction,qPCR）检测SMRACAD1在人正常胃黏膜上皮细胞（GES-1）、人胃癌细胞（HGC-27）和人胃腺癌细胞（AGS）的表达。构建AGS细胞下调SMRACAD1表达和空白对照模型,平板克隆和CCK-8实验检测AGS细胞的增殖能力,划痕实验检测迁移能力,Transwell实验检测迁移和侵袭能力。WB检测SMRACAD1下调后对上皮-间充质转化（epithelial-mesenchymal transition,EMT）相关蛋白表达（E-cadherin、N-cadherin、V...     

使君子醇提物下调TPT1-AS1抑制肝癌细胞增殖、侵袭迁移

摘要：目的:考察使君子醇提物是否通过下调长链非编码RNA（lnc RNA） TPT1-AS1来抑制肝癌细胞的增殖、侵袭和迁移。方法:采用噻唑蓝（MTT）法检测使君子醇提物(10,50,100μg·ml-1)作用于肝癌HCC9204细胞的存活率,Transwell评估HCC9204细胞侵袭迁移,实时荧光定量PCR测定HCC9204细胞中TPT1-AS1表达,免疫印迹实验（Western blot）分析细胞核相关抗原Ki-67（Ki-67）、神经型钙黏蛋白（N-cadherin）、上皮型钙黏蛋白（E-cadherin）蛋白的表达。在HCC9204细胞中转染TPT1-AS1小干扰RNA si-TPT1-AS1,或转染TPT1-AS1过表达质粒pc DNA-TPT1-AS1并使用100μg·ml-1使君子醇提物处理,评价其对细胞的增殖、侵袭和迁移的影响。结果:50和100μg·ml-1使君子醇提物显著减少HCC9204细胞的存活率、迁移细胞数、侵袭细胞数、TPT1-AS1表达水平、Ki67、N-cadherin的蛋白表达水平,显著增加E-cadherin的蛋白表达水平（P<0.05）。敲减TPT1-AS1显著降低HCC9204细胞的存活率、迁移细胞数、侵袭细胞数、Ki67、N-cadherin的蛋白表达水平,显著提高Ecadherin的蛋白表达水平（P<0.05）。TPT1-AS1过表达逆转了使君子醇提物抑制HCC9204细胞存活、侵袭、迁移、Ki67、N-cadherin蛋白表达的作用,并逆转了其促进HCC9204细胞E-cadherin蛋白表达的作用。结论:使君子醇提物通过下调TPT1-AS1的表达,抑制肝癌细胞的增殖、侵袭和迁移能力。     

LINC01836是一种新的结直肠癌诊断和预后的生物标志物

目的:探索LINC01836和结直肠癌之间的关系。方法:通过癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库进行回顾性研究。在TCGA数据库下载2020年4月7日发布的V23.0版本的结直肠癌患者基因表达谱数据,通过Wilcoxon秩和检验、卡方检验、Fisher检验和logistic回...     

CLDN1在肝细胞癌中的表达及意义

目的研究紧密连接蛋白CLDN1在人肝细胞肝癌（human hepatocellular carcinoma,HCC）组织中的表达及其意义。方法收集郑州人民医院肝胆胰脾、肝移植病区及郑州颐和医院普外科2012年至2013年手术切除的HCC组织标本60例和正常肝组织50例,采用免疫组织化学染色检测CLDN1的表达。结果CLDN1在HCC组织中的阳性表达率为70％（42／60）,CLDN1的表达与患者年龄、性别、血液AFP浓度无关（P〉0．05）,与肿瘤分化程度无关（P〉0．05）。CLDN1在正常肝组织中低表达（0／50）。结论肝癌细胞表面存在CLDN1的异常高表达。推测CLDNI表达上调能够促进肝细胞肝癌的发生发展。     

长链非编码RNA BCYRN1对肺腺癌细胞生物学行为的影响

摘要：目的　探究长链非编码RNA（lncRNA）脑胞质RNA1（BCYRN1）在肺腺癌细胞中的表达及对细胞周期、凋亡、侵袭和迁移能力的影响。分析BCYRN1表达与肺腺癌患者临床病理特征及预后的关系。方法　分别培养正常肺上皮细胞BEAS-2B和肺腺癌细胞A549、H1299,采用实时荧光定量聚合酶链反应（qPCR）检测BCYRN1在正常细胞和肺腺癌细胞中的表达水平;分别将BCYRN1敲低及对照质粒转染入H1299肺腺癌细胞,流式细胞仪分析细胞周期和凋亡的变化;通过划痕实验、Transwell实验检测细胞侵袭和迁移能力的变化。结合癌症基因组图谱（TCGA）数据库,分析BCYRN1表达与肺腺癌患者临床病理特征的相关性。利用癌症阵列的lncRNA（lnCAR）数据库中lncRNAs表达数据,采用Cox回归分析BCYRN1表达与患者预后的关系。结果　BCYRN1在肺腺癌细胞中的表达水平显著高于肺正常上皮细胞（P＜0.05）;流式细胞分析提示BCYRN1敲低组的细胞出现S期阻滞,细胞凋亡率增加;划痕实验和Transwell实验显示BCYRN1敲低组H1299细胞侵袭和迁移能力减弱。生物信息学分析显示BCYRN1的表达与患者的N分期和肿瘤分期相关（P＜0.05）,BCYRN1高表达患者总生存期显著缩短。结论　LncRNA BCYRN1在肺腺癌细胞中高表达,下调BCYRN1可抑制肺腺癌细胞的侵袭和迁移能力,并使细胞周期发生阻滞。其高表达与肺腺癌患者N分期和肿瘤分期相关,BCYRN1高表达患者预后较差。     

亚洲人群肝细胞癌mRNA-miRNA表达谱整合分析挖掘疾病治疗靶点

目的通过整合数据库分析筛选出与亚洲人肝细胞癌(HCC)生存期相关微小RNA(miRNA),并探讨该miRNA潜在的生物学调控网络。方法利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取亚洲人群HCC癌组织编码基因(mRNA)和miRNA表达量数据集,采用perl语言和R语言对数据进行提取、整理和分析,利用加权基因共表达网络(WGCNA)获取miRNA的共表达基因,并对筛选得到的差异表达miRNA进行Kaplan-Meier生存分析,筛选出对总生存时间存在影响的miRNA。通过与WGCNA筛选得到的共表达基因和miRNA靶基因预测数据库miRPathDB结合探寻其潜在靶基因,并通过metascape网站进行功能预测。结果通过TCGA共下载到6例正常、126例HCC癌组织的mRNA表达量数据集和6例正常、166例HCC癌组织的miRNA表达量数据集,通过生物信息学分析筛选出hsa-mir-139-5p差异表达具有显著意义,且对HCC总生存期有显著影响,通过预测其靶基因,发现其与脂质代谢、碳代谢等代谢通路相关。结论hsamir-139-5p可作为潜在的HCC治疗靶点,但需要后续实验验证。利用生物信息学手段筛选生物标志物或治疗靶标,是一种高效而经济的研究方式。     

C/EBPβ通过pim-1介导足细胞损伤的作用机制

目的　探讨CCAAT增强子结合蛋白β（C/EBPβ）/丝氨酸/苏氨酸激酶1（pim-1）/NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3（NLRP3）轴介导小鼠肾脏足细胞损伤的作用机制。方法　体外培养及转染足细胞后分为Control组、siRNA-NC组（用siRNA-NC转染足细胞）、siC/EBPβ组（用siC/EBPβ慢病毒转染足细胞）、Vector-NC组（空载体转染足细胞）和pim-1-OE组（pim-1过表达慢病毒转染足细胞）。脂多糖（LPS）与腺苷三磷酸（ATP）刺激足细胞后分为LPS+ATP组、LPS+ATP+siRNA-NC组、LPS+ATP+siC/EBPβ组、LPS+ATP+siC/EBPβ+Vector-NC组和LPS+ATP+siC/EBPβ+pim-1-OE组。实时荧光定量PCR（qPCR）检测C/EBPβ和pim-1 mRNA水平。Western blot检测C/EBPβ、pim-1、NLRP3、p20半胱氨酸蛋白酶（Caspase）-1、Gasdermin D（GSDMD）、p17白细胞介素（IL）-1β蛋白水平。酶联免疫吸附试验（ELISA）检测炎性因子IL-1β和IL-6水平。染色质免疫共沉淀（chip）实验及双荧光素酶报告基因实验检测C/EBPβ与pim-1基因启动子结合。结果　与Control组和siRNA-NC组相比,siC/EBPβ组的C/EBPβ及pim-1 mRNA水平明显下降（P＜0.01）。与Control组相比,LPS＋ATP组NLRP3、p20Caspase-1、p17IL-1β蛋白水平及IL-1β、IL-6水平明显升高（P＜0.01）。与LPS+ATP+siRNA-NC组相比,LPS+ATP+siC/EBPβ组NLRP3、p20Caspase-1、p17IL-1β蛋白水平及IL-1β、IL-6水平降低（P＜0.01）。chip实验及双荧光素酶报告基因实验显示C/EBPβ可与pim-1基因启动子结合。与Control组和Vector-NC组比较,pim-1-OE组pim-1 mRNA水平明显升高（P＜0.05）。与LPS+ATP+siC/EBPβ+Vector-NC组相比,LPS+ATP+siC/EBPβ+pim-1-OE组NLRP3、p20Caspase-1、p17IL-1β、GSDMD蛋白水平及IL-1β、IL-6水平升高（P＜0.05）。结论　C/EBPβ/pim-1/NLRP3轴可能参与足细胞损伤,并作为LN治疗的潜在靶点。     

CDCA8通过调控增殖促进前列腺癌发生的作用机制研究

目的 探讨细胞分裂周期相关蛋白8（CDCA8）在前列腺癌（PCa）中的表达及作用机制。方法 通过生物信息学方法分析正常前列腺组织和PCa组织中CDCA8 mRNA水平差异。利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库中RNA表达测序数据分析CDCA8表达相关的PCa患者无病生存期（DFS）。免疫组织化学方法检测根治性前列腺切除...     

乳腺癌CYP1B1基因多态性与ER、PR表达的关系

细胞色素P450181（cytochrome P450181,CYP1B1）是细胞色素P450超基因家族成员之一,被认为其基因在癌症特异性高表达及由于其影响雌激素受体（estrogen reeeptor,ER）和孕激素受体（progesterone receptor,PR）表达而成为多种女性癌症（乳腺癌、子宫内膜癌、卵巢癌）的致病基因,     

NCAPG基因的表达上调促进肺腺癌细胞增殖并与不良临床预后相关

目的:探究非SMC凝聚素I复合亚基G（NCAPG）基因在肺腺癌组织中的表达以及与临床预后的相关性和其分子机制。方法:2017年1月至2019年12月在连云港市第二人民医院确诊并接受手术治疗的肺腺癌患者的肿瘤组织及邻近正常组织110份。使用TCGA数据库分析NCAPG基因表达与肺腺癌患者预后的关系。使用免疫组织化学（IH...     

神经梅毒患者脑脊液高迁移率族蛋白B-1检测结果分析

目的　探讨人高迁移率族蛋白B-1（human high mobility group protein B1，HMGB-1）在神经梅毒患者脑脊液中的表达。方法　研究对象来自2017年9月至2021年9月广州市皮肤病防治所梅毒患者47例，其中神经梅毒组患者21例，非神经梅毒组患者26例。收集两组患者脑脊液检测HMGB-1含量、脑脊液总蛋白量、白细胞数量进行甲苯胺红不加热血清试验（tolulized red unheated serum test，TRUST）、梅毒螺旋体明胶凝集试验（treponema pallidum particle agglutination，TPPA）、荧光梅毒螺旋体抗体吸收试验（fluoresent treponemal antibody-absorption test，FTA-ABS）。采用χ²检验和独立样本t检验。结果　神经梅毒组男18例，女3例，年龄（51.3±15.1）岁；非神经梅毒组男20例，女6例，年龄（48.6±8.3）岁。神经梅毒组患者脑脊液TRUST稀释倍数［（5.29±3.89）比（0.96±1.48），中位数4（2，8）比0（0，0）］、白细胞数量［（82.91±66.42）×10⁶/L比（14.00±17.23）×10⁶/L，中位数50.0（26.5，69.0）×10⁶/L比3.0（2.0，4.0）×10⁶/L］、总蛋白量［（714.57±134.69）mg/L比（288.22±115.20）mg/L］、HMGB-1 ［（1 265.16±345.10）ng/L比（693.92±166.26）ng/L］均高于非神经梅毒组，差异均有统计学意义（均P<0.05）。神经梅毒组脑脊液HMGB-1与白细胞数量呈正相关（r=0.62，P<0.01）。结论　神经梅毒患者脑脊液HMGB-1水平显著上升，有助于神经梅毒的诊断。     

siRNA干扰VNUT基因对INS-1胰岛素分泌的影响

目的:观察小干扰RNA（small interfering RNA,siRNA）干扰囊泡膜核苷酸转运体（vesicular nucleotide transporter,VNUT）基因对大鼠胰腺β细胞（INS-1）胰岛素分泌的影响。方法:2021年1月至6月通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）、蛋白印迹和酶联免疫吸...     

富于淋巴细胞型乳腺癌中PD-L1和CD8+TILs的表达及临床意义

目的　探讨富于淋巴细胞型乳腺癌（lymphocyte-predominant breast cancer,LPBC）中程序性死亡配体-1（programmed death ligand-1,PD-L1）和CD8⁺肿瘤浸润淋巴细胞（tumor-infiltrating lymphocytes,TILs）在肿瘤中不同部位的表达与临床病理学特征的关系及对患者预后的影响。方法　选取滨州医学院附属医院病理科2011年1月至2018年12月有完整临床病理资料的LPBC 60例,患者均为女性,中位年龄51岁,肿块中位直径为2.5 cm,淋巴结转移率40.0%,组织学类型均为浸润性导管癌。应用免疫组化EnVision法检测PD-L1在肿瘤细胞和免疫细胞中的表达以及CD8在间质（stromal,s）和瘤内（intratumoral,i）TILs中的表达,采用卡方检验或Fisher精确检验、Spearman秩相关检验进行相关性分析,采用Kaplan-Meier法进行生存分析并行Log-Rank检验。结果　LPBC中PD-L1阳性表达率为81.7%（49/60）,PD-L1在肿瘤细胞中的表达与组织学分级有关（P=0.041）,PD-L1在免疫细胞中的表达与肿瘤大小、Ki-67有关（P=0.004、0.001）。CD8⁺sTILs高密度组与更好的无瘤生存期（DFS）显著相关（P=0.037）,CD8⁺iTILs高密度组与更差的DFS显著相关（P=0.042）,CD8⁺sTILs和CD8⁺iTILs的表达与总生存期（OS）均无显著相关性（P=0.084、0.076）。CD8⁺iTILs表达与肿瘤细胞中PD-L1表达呈正相关（r_s=0.301,P=0.019）。结论　CD8⁺iTILs高表达的患者预后差,而CD8⁺sTILs高表达的患者预后好,CD8⁺iTILs表达与肿瘤细胞中PD-L1表达呈正相关,CD8⁺iTILs高表达患者预后差可能是由于肿瘤细胞PD-L1抑制了CD8⁺iTILs的肿瘤免疫作用。     

基于lncRNA模型预测宫颈癌免疫治疗应答

目的探究宫颈癌中免疫相关长链非编码RNA(lncRNA)模型与患者预后及免疫治疗应答的关系。方法在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取255例宫颈癌患者的转录组测序数据及相应的临床信息, 通过生物信息学方法提取免疫相关lncRNA, 使用Kaplan-Meier分析和多因素COX回归分析构建预测模型。受试者工作特征曲线(ROC)用于评估预测模型的效能。以模型评分的中位值将患者分为高低风险两组。使用CIBERSORT、单样本基因富集分析(ssGSEA)等算法评估不同分组间免疫浸润的差异, 使用基因本体(GO)富集分析、基因集合富集分析(GSEA)、基因集合变异分析(GSVA)分析探究模型与免疫通路的联系。同时使用肿瘤免疫功能障碍与排斥(TIDE)评分及免疫表观(IPS)评分探索不同分组间免疫治疗应答的差异。结果通过Kaplan-Meier分析和多因素COX回归分析构建了免疫相关lncRNA预测模型, 生存曲线显示出两组患者预后的差异有统计学意义(P<0.05), 预测模型的1、2、3年ROC曲线下面积分别为0.850、0.796、0.702。低风险组的免疫得分显著高于高风险组(P...     

神经纤毛蛋白-1在胃癌组织中的表达与临床病理特征及预后相关性的meta分析

目的　通过meta分析评估神经纤毛蛋白（NRP）-1表达与胃癌临床病理特征及预后的相关性。方法　检索从建库至2022年4月在PubMed、Web of Science、Embase、The Cochrance Library、中国知网、万方、维普等数据库公开发表的关于胃癌中NRP-1表达的研究,根据纳入的文献,提取相关数据,使用软件RevMan 5.3和Stata 12进行统计分析。结果　共纳入13项研究包括1 635例胃癌患者。meta分析结果显示：NRP-1高表达与胃癌患者的不良预后有关（HR=1.66,95%CI 1.25～2.22,P=0.000 5）,且与TNM分期（OR=0.37,95%CI 0.18～0.77,P=0.008）、分化程度（OR=0.43,95%CI 0.31～0.58,P<0.001）、淋巴结转移（OR=0.32,95%CI 0.16～0.63,P=0.000 9）、远处转移（OR=0.15,95%CI 0.06～0.39,P=0.000 1）有关,而与肿瘤长径（OR=0.40,95%CI 0.15～1.10,P=0.08）、肿瘤浸润程度（OR=0.44,95%CI 0.15～1.35,P=0.15）、Lauren分型（OR=0.73,95%CI 0.45～1.19,P=0.21）之间无明显关联。结论　NRP-1在胃癌中的表达与TNM分期、分化程度、淋巴结转移、远处转移有关。检测NRP-1的表达可能有助于判断胃癌患者的预后。     

miR-132对谷氨酸诱导的PC12细胞损伤的保护作用

目的　探讨微小RNA-132（miR-132）对PC12细胞的保护作用及其可能的作用机制。方法　研究时间为2021年9月至2022年3月。取对数生长期PC12细胞,采用谷氨酸处理,建立兴奋性损伤模型;实验组采用瞬时转染法转染miR-132 mimics,培养24 h后加入谷氨酸处理24 h。采用CCK8法检测各组PC12细胞存活率;流式细胞术检测活性氧（reactive oxygen species,ROS）及丙二醛（MDA）,酶联免疫吸附试验（ELISA）检测炎症因子白细胞介素（IL）-1β、IL-6的表达。采用LSD-t检验和χ²检验。结果　谷氨酸处理后的PC12细胞,miR-132表达水平低于对照组（P<0.01）。转染miR-132 mimics后PC12细胞的活力均高于转染NC mimics后（P<0.05）。转染miR-132 mimics后的氧化应激水平较NC mimics组降低（均P<0.05）。miR-132 mimics细胞炎症因子下调。结论　miR-132可促进PC12细胞的增殖、抑制PC12细胞凋亡,其机制可能为抑制氧化应激,下调炎症调节相关因子IL-1β、IL-6的表达。     

双去甲氧基姜黄素对小鼠乳腺癌的抗肿瘤作用及机制

目的　本研究旨在研究双去甲氧基姜黄素（bisdesmethoxycurcumin,BDMC）对小鼠乳腺癌的影响及机制。方法　采用小鼠乳腺癌4T1细胞,分为Control组及不同剂量（3、9、27 μM）BDMC组,通过CCK8法检测BDMC对小鼠乳腺癌4T1细胞增殖的影响,TUNEL染色检测BDMC对4T1细胞凋亡的影响,Western blot检测BDMC对4T1细胞Bax、Bcl-2及cleaved caspase-3表达的影响;采用4T1乳腺癌荷瘤小鼠模型,分为Control组及不同剂量（10、30 mg/kg）BDMC组,检测BDMC对小鼠肿瘤体积及体质量的影响,Western blot检测BDMC对乳腺癌小鼠肿瘤组织Bax、Bcl-2及cleaved caspase-3表达的影响。采用单因素方差分析。结果　与Control组相比,9、27 μM BDMC均能明显抑制4T1细胞增殖（均P<0.01）,促进其凋亡（均P<0.01）,同时上调细胞Bax/Bcl-2比值及cleaved caspase-3表达（均P<0.01）;10、30 mg/kg BDMC均能明显抑制乳腺癌小鼠肿瘤体积的增长（均P<0.05）,同时明显上调肿瘤组织Bax/Bcl-2比值及cleaved caspase-3表达（均P<0.05）,但对体质量无明显影响。结论　BDMC对乳腺癌小鼠模型具有明显的抗肿瘤作用,其机制与激活线粒体凋亡通路有关。     

三七总皂甙对老年不稳定型心绞痛患者Th1/Th2细胞功能失衡的影响

目的:观察三七总皂甙（PNS）对老年不稳定型心绞痛（UAP）患者的临床疗效和对辅助性T细胞（Th）分泌细胞因子的影响。方法:2014年6月至2018年6月期间广州医科大学附属第二医院老年UAP患者70例按照治疗方案的不同分为常规治疗组和PNS组各35例,另以30例老年体检者作为对照组。常规治疗组男/女为21/14,年龄...