基于Illumina MiSeq高通量测序分析黄芪内生真菌的多样性

目的:分析黄芪内生真菌群落多样性,为筛选菌种进行发酵炮制转化黄芪中活性成分的定向炮制工艺研究提供参考依据。方法:应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定黄芪内生真菌的18S rDNA NS1-Fung区域序列并进行物种丰度等生物信息分析。结果:获得有效序列29 677条,操作分类单元188个,测序数量接近于饱和,测序数据量合理。黄芪内生真菌主要分布于驼孢锈菌属(Hemileia),赤霉菌属(Gibberella),粪盘菌属(Ascobolus),假裸囊菌属(Pseudogymnoascus)和曲霉属(Aspergillus)共5个属。结论:黄芪内生真菌群落多样性较低,Hemileia和Gibberella是黄芪内生真菌的优势种群。     

滇重楼内生真菌分离与多样性研究

通过研究滇重楼内生真菌菌群的多样性,为探讨内生真菌作为生物活性物质的价值提供科学依据。该文通过对云南省嵩明县、鹤庆县、保山市野生滇重楼植株的采集,从其根、块茎、叶中分离内生真菌,并基于ITS序列分析和形态学方法进行分类鉴定。试验分离得到内生真菌749株,分别归属于41个属,其中3个属仅在根部出现,12个属仅在块茎出现,8个属仅在叶部出现。各个样地分离出的内生真菌表现出一定的差异,其中鹤庆样地块茎部位分离的内生真菌多样性最高,各样地间,各部位间的内生真菌组成相似性系数低。研究认为,不同样地、不同部位的滇重楼内生真菌的差异性可能与生境以及各部位结构、成分等因素有关。     

玉竹根茎内生真菌的多样性及其生态功能预测

目的 分析玉竹根际土、根茎和根内真菌的群落组成以及物种多样性，预测根茎核心真菌群的生态功能，从而挖掘出与玉竹活性成分相关的功能菌群。方法 利用Illumina MiSeq高通量测序技术对玉竹根际、根茎和根内真菌ITS区的rDNA进行序列测定，测序分别获得有效序列68132、53254和69478条，可操作分类单元(OTUs)986、131和233个。将获得的OTUs通过FUNGuild软件对真菌群落进行功能分类。结果 (1)玉竹根际土真菌的物种总数和群落复杂程度高于内生真菌，内生真菌存在强优势菌，群落多样性较低。Cistella、镰刀菌属(Fusarium)、外瓶霉菌属(Exophiala)、Setophoma和新赤壳属(Neocosmospora)为药用部位根茎的优势菌属。(2)玉竹根茎中主要被分为5个功能类群，分别为未定义腐生菌、动物病原菌-未定义腐生菌、寄生真菌-植物病原菌-植物腐生菌、丛枝菌根和植物病原菌。其中Cistella和新赤壳属被划分为未定义腐生菌，外瓶霉属真菌被划分为动物病原菌-未定义腐生菌，Setophoma真菌被划分为寄生真菌-植物病原菌-植物腐生菌。另外，球囊菌...     

水仙内生真菌的分离鉴定及聚类分析

目的 分离纯化水仙根茎中的内生真菌,并进行菌群组成及其多样性分析。方法 采用表面消毒、划线法从水仙鳞茎和根中分离内生真菌,基于形态学特征和核糖体转录间隔区（ITS-rDNA）序列分析,对分离株进行分类鉴定;以内生真菌的多样性指数（H）和均匀度指数（E）为指标,分析水仙内生真菌的菌群组成及其多样性。结果 共分离到18株内生真菌,其中16株来自根部,2株来自鳞茎,分别占总分离菌株的88.89%和11.11%。PCR扩增其中14株真菌ITS-rDNA,得到大小约500 bp片段,用BLAST软件对其测序结果进行相似性比对,发现4株为青霉属Penicillium,相似性95%～99%;3株为曲霉属Aspergillus,相似性99%～100%;3株为喙枝孢属Rhinocladiella,相似性为99%;其他4株分别为木霉属Trichoderma、链格孢属Alternaria、赤霉属Gibberella和镰孢霉属Fusarium,相似性都为99%。青霉菌为水仙内生真菌优势菌属。通过构建系统发育树发现这14株内生菌明显分为2大类群,Shannon多样性指数为1.778,均匀度为0.913 7。结论 水仙内生真菌菌群组成具有一定程度的多样性和差异性。     

基于ITS序列的丹参连作根际土壤真菌群落组成及多样性分析

目的:该文研究了丹参连作根际土壤真菌群落组成及多样性变化,有利于阐述丹参-土壤-真菌根际微环境的变化,为揭示连作障碍形成的原因提供理论基础。方法:基于高通量测序技术,分别对未种植丹参(CK),连作1年(Y1)及连作两年(Y2)的根际土壤进行转录间隔区(ITS)测序,3种处理中分别得到14 153,19 024及7 622条有效序列,注释为1 027,1 095及712种真菌可操作分类单元(OTU)。结果:随着连作年限的增加,真菌群落多样性呈现出先下降后上升的变化趋势。在纲分类水平上,优势菌群分别为伞菌纲(Agaricomycetes),锤舌菌纲(Leotiomycetes)及银耳纲(Tremellomycetes),在3种处理中所占比例大小分别为Y1CKY2,Y2Y1CK,CKY2Y1;在属分类水平上,CK中优势菌属为耐冷酵母(Guehomyces),Y1及Y2较CK相比分别下降96.13%和90.21%,异常威克汉姆酵母(Wickerhamomyces)在Y2中所占比例增幅明显(6.64%),较CK及Y1相比分别增加290.59%及564.00%。结论:CK及Y1样品中根际土壤真菌在属水平上群落结构上具有更高的相似性,Y2样品群落结构分布热图显示炭疽菌属(Cryptosporiopsis)等致病真菌成为优势菌属,推测与连作丹参病害率高有一定相关性。研究结果为阐述丹参连作障碍形成、发展绿色种植提供理论支撑。     

安徽和浙江蝉花内生细菌的分离及其多样性研究

目的:探究蝉花内生细菌的多样性,分析内生细菌的抑菌性,完善对蝉花内生细菌的认识。方法:扩增ITS序列对野生蝉花进行鉴定;利用不同培养基对蝉花内生细菌进行分离鉴定;抑菌圈法分析内生细菌的抑菌活性;高通量测序技术研究蝉花内生细菌的多样性。结果:安徽、浙江产地蝉花分别分离到47、43株细菌;其中A2-2、T4-1抑菌效果较强。通过高通量测序,共获得有效条带78 678条,依据97%相似性聚类分析,共获得OTU 633个。安徽蝉花的Cedecea sp.、浙江蝉花的Burkholderia sp.为该产地内生细菌的优势种属;Venn图和Heatmap显示两产地蝉花的内生细菌群落结构差异性不高,种群丰度存在一定的差异。结论:蝉花作为一种药用虫生真菌,其菌核内有丰富的内生细菌资源,其中某些优势菌可抑制某些病原菌的生长。     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析黄芪内生细菌多样性

目的分析黄芪内生细菌群落多样性,为筛选菌种发酵转化黄芪中活性成分的定向炮制工艺研究提供参考依据。方法应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定黄芪内生细菌的16 S rDNA V3-V4区域序列并进行物种丰度等生物信息分析。结果获得有效序列40 051条,操作分类单元(OTUs)967个,测序数量接近于饱和,测序数据量合理。黄芪内生细菌主要分布于Anderseniella属、芽孢杆菌属Bacillus、伯克氏菌属Burkholderia、不动杆菌属Acinetobacter、寡养单胞菌属Stenotrophomonas、海洋芽胞杆菌属Oceanobacillus 6个属。结论黄芪内生细菌群落多样性较低,Anderseniella属和芽孢杆菌属Bacillus是黄芪内生细菌的优势种群。     

454测序方法对人参种子内生真菌种类的研究

目的:研究人参内生真菌的生物多样性。方法:采用454测序技术对人参种子内生真菌进行分析。结果:测试的样品中,样品4与其他样品内生真菌区系差异较大,而其他四份样品之间存在的差异较小。子囊菌门真菌在人参种子内生真菌中占有绝对优势,平均百分比为32.7%;针对归类到属而言,共鉴定到属的种类为46个属,其中镰刀菌属序列数所占比列最大,为优势菌属。结论:人参种子中的内生真菌具有多样性,内生菌的分布在种子个体中也存在差异性。     

延胡索不同组织器官中内生真菌菌群结构与多样性分析

目的 明确延胡索Corydalis yanhusuo不同组织器官中内生真菌菌群结构与多样性。方法 通过形态和分子手段相结合的方法对延胡索块茎、叶、茎、根中的内生真菌进行分离、鉴定及菌群结构分析。结果 共分离得到内生真菌2161株,根据菌株的形态学特征划分成106个形态型,分子鉴定为57个分类单元,归属到41个属,其中木霉属Trichoderma、毛链孢属Monilochaetes为块茎的专有属,腐霉属Pythium、白僵菌属Beauveria为叶的专有属,亚球壳属Sphaerulina、核瑚菌属Typhula为茎的专有属,小囊菌属Microascus为根的专有属;相似性分析表明,延胡索不同组织器官内生真菌组成结构上存在差异;Shannon-wiener多样性指数及Simpson指数分析显示延胡索根和茎中内生真菌多样性指数、丰度均显著高于块茎和叶。结论 延胡索组织器官中内生真菌资源丰富,为延胡索内生真菌资源的开发利用提供了基础资料和参考依据。     

桃儿七地下茎内生真菌的分离和鉴定

目的：探索甘肃兴隆山桃儿七内生真菌的多样性和丰度,为鬼臼毒素的获取方式提供新途径,保护濒危药用植物桃儿七资源。方法：采用组织块培养法从一株桃儿七地下茎中分离纯化内生真菌,利用分子鉴定和常规的形态学方法对重复出现的4株内生真菌进行分类鉴定。结果：本研究采用组织块内生菌分离方法分离纯化了20株内生真菌,鉴定的4株菌分别是赭曲霉Aspergillus ochraceus,Eucasphaeria capensis,布氏白僵菌Beauvetia brongniaritii和镰孢菌Fusarium sp.。结论：内生真菌的多样性和丰度与桃儿七的生境有关,甘肃兴隆山桃儿七内生真菌优势属为Aspergillus,Eucasphaeria,Beauvetia和Fusarium。     

桃儿七内生真菌分离及其抑菌活性初步研究

目的 探明桃儿七内生真菌资源多样性及其抑菌活性特征.方法 通过组织块法对内生真菌进行分离,并选择5种植物病原真菌和4种细菌作为指示菌,采用对峙法和改进的菌块法测定抑菌活性.结果 从桃儿七根、茎、叶中分离出49株内生真菌,根部最多,22株,其次为茎部,18株,叶部最少,9株;经形态学分类鉴定归于2个目,3个科,9个属,梭孢霉属为优势菌属;有22株菌对1种或多种供试植物病原真菌有不同程度的抑制作用,占分离菌株数的44.8％,有8株菌对2种或多种供试植物病原真菌有明显的抑制作用,其占所分离菌株总数的16.3％,有3株菌对4种或多种供试植物病原真菌有明显抑制作用,2株内生真菌分别对2种供试指示细菌具有明显的抑制作用.结论 桃儿七内生真菌具有多样性和明显的抗外源真菌活性,抑菌活性菌株主要分布在曲霉属、单孢枝霉属、梭孢霉属,其内生真菌的研究和开发具有重要的生态和经济意义.     

基于高通量测序和组织分离法的虎耳草内生真菌多样性分析及其抗氧化活性研究

目的 结合高通量测序技术和传统可培养技术对虎耳草Saxifraga stolonifera内生真菌类群及多样性进行系统分析,并对其抗氧化活性进行初筛,为虎耳草内生真菌资源的开发与利用奠定基础,也为天然抗氧剂的筛选提供了菌种资源。方法 虎耳草内生真菌多样性的分析采用Illumina Miseq高通量测序技术和组织分离法,利用化学法检测虎耳草内生真菌对1,1-二苯基-2-苦基肼自由基（2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl radical,DPPH）、羟基自由基（hydroxyl radical,OH）和2,2′-联氮-双-3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸[2,2′-azino-bis(3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid),ABT]等自由基的清除率,进而筛选出具有抗氧化活性的菌株。结果 高通量测序分析发现虎耳草内生真菌隶属于347属,其中Dactylonectria(15.68%)为根部优势菌属,茎部的优势菌属为Humicola(9.57%),而叶部优势菌属为炭疽菌属Colletotrichum(5.33%)。利用组织分离法从虎耳草...     

多花黄精内生菌群落结构多样性及其与有效成分含量相关性研究

目的通过分析多花黄精Polygonatumcyrtonema内生菌菌群结构多样性及其与主要有效成分含量之间的相关性,探讨多花黄精内生菌对其药材品质的影响。方法收集不同产地多花黄精样品,采用高通量测序对内生菌群落结构进行分析,并测定多糖、总皂苷等有效成分含量,通过双因素关联分析探究菌群多样性及其与有效成分之间的关系。结果 5个产地15组多花黄精样品共得到1 183 635条有效序列,划分为59 474个操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),其中细菌分19门,47纲,120目,201科,419属;属水平上,泛菌属为优势菌群,最大占比达到61.1%。真菌分7门,27纲,70目,132科,187属;属水平上,子囊菌门一未鉴定属、赤壳属为优势菌群,其中赤壳属的最大占比达到10.7%。在丰度前10的内生真菌和细菌中,共有10个菌属与有效物质含量呈显著相关,其中真菌有2个菌属呈负相关,1个菌属呈正相关;细菌2个菌属呈负相关,5个菌属呈正相关。结论通过分析不同产地多花黄精内生菌群落结构及其多样性,掌握了多花黄精内生菌资源状况,分析发现内生菌与有效成分之间存在关联,这为深入探讨多花黄精内生菌与其品质的相关性,进而采用生物施肥策略提升品质等提供了科学依据。     

新疆药用阿魏属植物内生真菌的生态分布与多样性

为了探索新疆药用阿魏属植物内生真菌的生态分布与多样性,采用微生物学研究方法与技术,从多伞阿魏、阜康阿魏、大果阿魏、新疆阿魏、里海阿魏及羊食阿魏的根、叶及茎中分离内生真菌;运用形态和分子生物学方法对其进行了鉴定;并使用Shannon-Wiener 多样性指数和Sorenson 系数,分析6种药用阿魏内生真菌的组成、分布、多样性及相似性.分离得到内生真菌337株,分属于38个属,其中,链格孢属、短梗霉属及镰刀菌属为优势菌群;在新疆阿魏中分离得到的内生真菌最多,阜康阿魏根中分离出来的内生真菌Shannon-Wiener多样性指数(H')最大,达到1.85;多伞阿魏叶和新疆阿魏叶的内生真菌菌群相似性最高,相似性系数达到0.75.结果显示,6种新疆药用阿魏植物中皆存在内生真菌;阿魏不同部位内生真菌的分布、多样性及相似性等均存在差异,具有一定的物种及组织专一性;为阿魏属植物内生真菌的深入研究奠定了理论基础.     

桃儿七茎部产鬼臼毒素类成分的内生真菌筛选及鉴定

目的:筛选和鉴定濒危藏族药桃儿七茎部产鬼臼毒素类成分的内生真菌,为保护桃儿七植物资源和发现新的天然活性菌株提供参考。方法:采用组织块法对桃儿七茎部的内生真菌进行分离,利用TLC和HPLC检测其代谢产物中的鬼臼毒素类成分,检测波长254 nm,流动相乙腈-水(40∶60)。采用形态学和分子生物学相结合的方法对产鬼臼毒素类成分的内生真菌进行鉴定。结果:共分离得到9株内生真菌,其中菌株J-1,J-2,J-3的发酵液中含有鬼臼毒素类成分,分别鉴定为Chaetomium globosum strain MF564,C.sp.4RF3和Pseudallescheria sp.T55。结论:从桃儿七茎中分离到3株产鬼臼毒素类成分的内生真菌,分别来源于2个新属的不同种菌株,为开发新绿色生物能源和实现内生真菌工业发酵生产鬼臼毒素类成分奠定了理论基础。     

基于高通量测序研究番红花不同生长期根际土壤中真菌群落结构及多样性

目的 以新疆番红花Crocus sativus L.不同生长期的根际土壤为材料,研究土壤真菌群落结构与多样性。方法 提取番红花不同生长期的根际土壤总DNA,应用Illumina NovaSeq 6000高通量测序平台进行测序分析。结果 对番红花3个生长期[生长初期（S1）、生长中期（S2）、生长后期（S3）]的3组样本进行高通量测序,共获得4252个操作分类单元（OTUs）,包含9个真菌门,并对检测到的真菌属中相对丰度前20的真菌属进行了分析。结果发现,不同生长期番红花优势真菌群落共有门属分别是子囊菌门（Ascomycota）、被孢霉门（Mortierellomycota）、链格孢属（Alternaria）、球腔菌属（Mycosphaerella）和爪甲白癣菌属（Arthrographis）。3个生长期的真菌组成有所不同,S1和S2生长期特有的属分别是平脐蠕孢属（Bipolaris）和谷菌根菌属（Archaeorhizomyces）,S3有2个特有的属和1个特有的门,分别是棘壳孢属（Setophoma）、枝孢属（Cladosporium）和油壶菌门（Olpidiomycota）。Alpha和Beta多样性分析结果表明,不同生长期番红花根际土壤真菌群落赵氏指数（Chao1）、香农指数（Shannon）和观察到的种类数（Sobs）差异有统计学意义,样本中真菌物种组成存在一定差异。结论 利用高通量测序技术可快速、全面地获得土壤真菌组成信息。番红花不同生长时期根际土壤中真菌群落结构与多样性存在差异,菌群多样性随番红花的生长呈现不断上升的趋势;在番红花不同的生长期尤其是S1土壤样本中均检测到相对丰度较高的有害菌链格孢菌属和被孢霉门。为进一步揭示新疆番红花S1易发生种球腐烂病害,以及根际真菌的多样性与番红花球茎内生真菌、病原菌相互作用机制研究提供新思路。     

广藿香内生真菌类群分析及其抗菌活性研究

从广藿香的根、茎、叶中共分离得到72株内生真菌,根据ITS序列分析鉴定为25属40个种,其中拟茎点霉属Phomopsis、刺盘孢属Colletotrichum、镰刀菌属Fusarium为优势种群;广藿香内生真菌的分布存在明显的组织特异性,以茎中内生真菌的分布最多,占分离菌株总数的78%;活性测试结果显示共有15个属34株内生真菌至少对1种供试菌具有抗菌活性。结果表明广藿香内生真菌多样性丰富,部分菌株具有明显的抑菌活性,值得进一步深入研究。