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相似文献
 共查询到17条相似文献,搜索用时 109 毫秒
1.
目的 对广西边境某市1例经异性接触感染HIV-1的患者血清样本进行近全长基因组序列扩增和分析,以期了解其重组模式和基因序列的特征.方法 采用RT-PCR和巢式PCR方法,对研究对象血清样本的病毒RNA进行逆转录、扩增、测序,分析基因重组断点并确认重组模式,并构建亚型系统进化树.结果 测序结果显示,毒株序列全长为8900...  相似文献   

2.
目的 对一条不能明确亚型的HIV-1近似全长基因组序列进行分析,确定毒株的重组特征及可能来源.方法 利用近末端稀释法分两段进行HIV-1近似全长基因组的扩增,获取序列后使用SimPlot软件分析近似全长基因组序列的重组模式及断点,采用分片段构建ML进化树的方法确认重组断点准确性,绘制重组病毒的基因镶嵌模式图.对各基因片...  相似文献   

3.
张琳  王福祥  陈晓红 《传染病信息》2019,32(6):509-511,520
目的 了解哈尔滨市男男性行为(men who have sex with men, MSM)人群中新确诊HIV-1感染者体内CRF01-AE亚型毒株成簇性特征,为制定科学有效的防控措施提供依据。方法 收集哈尔滨市2017年新确诊MSM人群中HIV-1感染者流行病学及人口学信息,通过DNA测序和基因分型,对CRF01-AE亚型的序列进行成簇性分析。结果 本研究共获得108条CRF01-AE亚型序列,以簇内基因距离≤0.045和Bootstrap≥90%为界定簇标准,产生传播簇15个,其中由10条序列构成的传播簇1个;患者年龄、常住地、性伴数、性取向、婚姻状况、性病史在未成簇与成簇2组中差异均具有统计学意义(P均<0.05)。结论 CRF01-AE亚型毒株是哈尔滨市MSM HIV-1感染者中的优势传播株,具有较强的成簇性,在艾滋病防控中对于未婚、性行为活跃的青壮年人群及与该人群关系密切的人群须高度关注。  相似文献   

4.
目的了解河北省石家庄市2015年新确诊1型艾滋病病毒(HIV-1)流行毒株的亚型分布和原发性耐药情况。方法 2015年石家庄市新报告HIV-1感染者433例,共收集到感染者血浆样本335份,经反转录巢式荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增,最终获得311份样本的HIV-1 pol基因片段并测序。对获得的核酸序列用Neighbor.Joining Tree方法构建进化树,以Boot strap值〉70%来判定HIV-1的基因亚型。同时将序列提交至美国斯坦福大学HIV耐药数据库进行耐药基因型分析。结果 311例HIV-1感染者以男性(93.9%)、本市户籍(83.0%)、汉族(96.1%)为主。性接触是最主要的感染途径(98.1%),其中同性性传播占77.5%。311例pol基因序列片段亚型分布显示,CRF01_AE占51.4%(160例),CRF07_BC为28.6%(89例),B亚型为13.2%(41例),未定型CRF01_B为4.2%(13例),CRF08_BC为1.3%(4例),CRF55_01B为0.6%(2例),CRF59_01B为0.3%(1例),CRF65_cpx为0.3%(1例)和CRF01_AE/B为4.2%(13例)。CRF01_AE、CRF07_BC和B是主要的亚型。HIV-1基因亚型分布在性别之间(χ~2=14.039,P=0.005)、不同的职业类型之间(χ~2=21.716,P=0.041)以及不同的传播途径之间(χ~2=20.971,P=0.028)有统计学差异。311例中,14例感染者具有耐药位点,原发耐药率为4.5%,其中蛋白酶抑制剂和核苷类反转录酶抑制剂耐药相关突变率均为1.6%(各5例),非核苷类反转录酶抑制剂耐药相关突变率为1.3%(4例)。结论石家庄市新报告的HIV-1感染者中,传播途径以同性性接触为主,病毒基因亚型以CRF01_AE为主,但具有多样化特点。原发耐药率为4.5%,处于低水平状态。  相似文献   

5.
目的 对1例输入性HIV-l G亚型感染者病毒基因组进行序列测定,并进行系统进化分析.方法 采集在本地区艾滋病监测中发现的1例HIV-1 G亚型感染者的血清,提取病毒RNA,利用反转录巢式-PCR技术扩增并测定病毒近似全长基因序列.结果 获得此毒株近似全长基因组序列,长度为8695 bp.重组分析结果显示,此毒株序列中...  相似文献   

6.
男男性行为人群(MSM)是艾滋病流行的高危人群,近年研究发现,该人群的艾滋病流行有明显上升趋势。艾滋病病毒(HIV)具有高度变异性,不同型或亚型的HIV毒株在全球的流行分布并不相同。中国的MSM人群流行的HIV毒株同样具有毒株类型多、不同地区流行的亚型略有不同、CRF01_AE毒株快速增加等特点。  相似文献   

7.
目的研究2007-2009年男男性行为人群(MSM)艾滋病病毒-1型(HIV-1)的基因亚型,以监测MSM人群HIV病毒株的最新流行情况。方法采集95例MSM急性HIV-1感染者的外周全血,从外周全血浓缩白细胞中提取脱氧核糖核酸(DNA),用巢式聚合酶链反应(Nested-PCR)对HIV-1的前病毒DNA进行扩增,然后检测并分析PCR扩增产物的核苷酸序列,确定病毒的基因亚型。结果 95例感染者平均年龄为(35.02±9.15)岁,其中20~50岁的青壮年45例(94.74%),未婚51例(53.68%),大专或大学及以上文化程度者30例(占31.58%)。感染者中共发现CRF01_AE亚型、B亚型、BC重组亚型(包括CRF07_BC和CRF08_BC)及C亚型4种亚型。其中CRF01_AE重组亚型56例(占58.95%),B亚型28例(占29.47%),BC重组亚型10例(占10.53%),C亚型1例(1.05%)。结论 MSM人群急性HIV-1感染者年轻化,文化程度普遍偏低。小样本流行病学调查显示,急性HIV-1感染者中有CRF01_AE亚型、B亚型、BC重组亚型及C亚型4种亚型病毒株流行,CRF01_AE亚型为MSM人群的主要亚型。  相似文献   

8.
过去二十多年里,HIV-1 C亚型仍然是目前全球HIV-1最广泛流行的毒株.C亚型毒株传入我国后虽然没有引起广泛的流行,但B/C重组毒株CRF07_BC和CRF08_BC在中国的流行趋势呈逐步扩大化,感染人群呈多样化,流行形式趋于复杂化.本文结合HIV-1 C亚型、CRF07_BC和CRF08_BC分子流行病学研究的文...  相似文献   

9.
目的 了解天津市男男性行为人群(MSM)中艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)阳性人群社会行为特征及其传播危害特点,初步揭示天津市MSM人群中HIV-1亚型分布情况.方法 选择来自2008年天津市MSM人群经常活动的酒吧、浴池、会所及网络推动的男男性行为者,采用统一问卷调查方式调查780份问卷,采集静脉血检测HIV-1抗体,同...  相似文献   

10.
目的通过对1例来自刚果的人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者样品进行序列分析,鉴定其亚型种类。方法从该感染者血浆样品中提取RNA,经逆转录后采用套式PCR扩增HIV env、gag及pol基因的部分区段,PCR产物直接测序,将所获序列与参考序列进行比对分析,计算基因距离及构建系统进化树。结果该感染毒株样品序列与HIV-1J亚型国际参考株J.SE.93及J.SE.94聚在一起,与两参考株序列在env基因区距离均为8.2%,pol基因区距离分别为6.4%和6.3%,gag基因区距离分别为8.9%和8.0%,证实其为HIV-1J亚型。这是国内首次报道检出HIV-1J亚型。结论HIV-1J亚型毒株已随国际旅行者传人我国,加强对国际旅行人员中HIV毒株亚型的监测具有重要意义。  相似文献   

11.
Objectives (i) To review data on the genetic profile of the protease (PR) gene of human immunodeficiency virus (HIV)‐1‐C primary isolates relative to HIV‐1‐B; (ii) to examine data on the susceptibility of HIV‐1‐C isolates harbouring polymorphisms to PR inhibitors (PI) and the development of resistance; and (iii) to identify gaps required for an improved understanding of the role of polymorphisms in resistance development of HIV‐1‐C to PI. Method Literature review. Results Significant differences exist between the baseline nucleotide and amino acid sequences of PR of HIV‐1‐B and HIV‐1‐C. Some of the amino acid substitutions seen in HIV‐1‐B when exposed to PI occur naturally in HIV‐1‐C isolates. Studies used different methodologies and interpretation systems to evaluate the phenotypic significance of polymorphisms seen in subtype C viruses, with conflicting outcomes. The evolutionary path to the resistance of HIV‐1‐C to PI may be different from that of HIV‐1‐B. Conclusions Infection with HIV‐1‐C is driving the AIDS epidemic in regions of the world with the most urgent needs for the management of the disease. More and more individuals will require PR inhibitors in second‐line therapies, as access to antiretrovirals progresses. It is proposed that a standardized protocol be adopted to evaluate the phenotypic significance of the highly polymorphic HIV‐1‐C PR to PR inhibitors with the aim of better informing the tailoring of treatment regimens for optimal clinical benefit.  相似文献   

12.
河南省HIV-1流行毒株pol基因的分型与系统发生分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的了解河南省艾滋病病毒1型(HIV1)流行毒株pol基因的亚型及其系统发生情况。方法采集河南省20名艾滋病病人的抗凝全血,分离血浆,用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)扩增pol基因部分序列(PR与RT的p55区)并直接进行序列测定,登陆Web站点http://hivweb.lanl.gov确定毒株亚型。用BioEdit和DNASTAR软件的MegAlign模块进行系统发生分析,SPSS软件包对数据进行统计学分析。结果20份标本的pol基因序列系统发生分析显示均为B亚型,且具有较高的系统发生同源性,与东北地区流行毒株的相似度≥97%,PR基因离散率<0.2%,RT基因平均离散率为3.15%(0.7%~5.1%)。PR和RT基因遗传变异的差异具有显著的统计学意义(P<0.001)。结论pol基因的系统发生分析可以作为河南省HIV1毒株亚型确定的方法。河南与东北两地pol基因相似性以及PR与RT基因进化差异的意义,有待进一步研究。  相似文献   

13.
广东省女性吸毒者中流行的HIV-1基因序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的了解广东省女性吸毒者中艾滋病病毒1型(HIV1)亚型的流行规律及其与国际参考株的同源性。方法应用套式聚合酶链反应对20例广东省感染了HIV1的女性吸毒者淋巴细胞富集液的核酸样品进行扩增,并使用ABI377型测序仪对扩增产物测序后,对其env基因C~V段的核酸序列进行比较分析。结果20份血样中,9份为07BC重组亚型,与国际标准株CN97C54A最近,基因离散率为233%±1318,组内离散率为3307%±1483;6份为AE重组亚型,与国际标准株01AETH90CM240最近,基因离散率为8607%±0917,组内离散率为6934%±4560;4份为08BC重组亚型,与国际标准株97CNGX9F最近,基因离散为2708%±1593,组内离散率为3655%±1197;1份为C亚型,与国际标准株95IN21068最近,基因距离为568%。结论广东省女性吸毒者中既存在主要在广东省、广西壮族自治区吸毒人群中流行的08BC重组亚型,又存在主要在西北地区吸毒人群中流行的07BC重组亚型,也存在主要在性途径感染人群中流行的AE重组亚型,提示在女性吸毒者中流行的亚型趋于复杂,女性吸毒者作为HIV从吸毒人群流向一般人群的桥梁作用正在显现,应尽快采取有效措施,防止HIV的进一步蔓延。  相似文献   

14.
目的从晚期艾滋病(AIDS)病人中分离培养艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)毒株,对其生物学表型和基因型进行鉴定,了解中国临床HIV-1毒株的生物学特征,以期探讨HIV-1生物学特征与疾病进展的关系。方法收集6例AIDS晚期病人的静脉全血,分离血浆和外周血单个核淋巴细胞(PBMCs);流式细胞仪检测CD4细胞,bDNA法检测病毒载量;PBMCs共培养法分离HIV-1毒株;终点稀释法滴定分离株的感染力;逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增分离株的env区;以MT-4细胞检测毒株的融合诱导性。结果6例病例中分离出3株能在PBMCs中连续稳定传代的HIV-1毒株,50%组织培养感染剂量(TCID50/ml)分别为6.3×10^3、10.2×10^3、2.51×10^3;3株毒株均为B亚型,均不能引起MT-4细胞病变。结论共分离出3株感染力相对较高、呈慢/高型复制动力学、M-嗜性、非融合诱导性的HIV-1 B亚型临床分离株。  相似文献   

15.
对河南省部分地区HIV-1感染者提取外周血单核细胞(PBMC)DNA,经套式PCR扩增env基因片断,对C2—V3区350—450核苷酸序列进行测定和分析.结果表明所采样品均属HIV—1B亚型,与其它国际亚型的基因离散率在20%以上;与流行于云南省的B亚型毒株基因离散率为2.8%左右,样品间的基因离散率很小.结果提示,流行于河南省的HIV属B亚型,并与云南省的流行株密切相关;其在河南省的流行时间在3年左右.  相似文献   

16.
17.
We aimed to investigate whether the sequence length of HIV-1 increases over time. We performed a longitudinal analysis of full-length coding region sequences (FLs) during an HIV-1 outbreak among patients with hemophilia and local controls infected with the Korean subclade B of HIV-1 (KSB). Genes were amplified by overlapping RT-PCR or nested PCR and subjected to direct sequencing. Overall, 141 FLs were sequentially determined over 30 years in 62 KSB-infected patients. Phylogenetic analysis indicated that within KSB, two FLs from plasma donors O and P comprised two clusters, together with 8 and 12 patients with hemophilia, respectively. Signature pattern analysis of the KSB of HIV-1 revealed 91 signature nucleotide residues (1.1%). In total, 48 and 43 signature nucleotides originated from clusters O and P, respectively. Six positions contained 100% specific nucleotide(s) in clusters O and P. In-depth FL analysis for over 30 years indicated that the KSB FL significantly increased over time before combination antiretroviral therapy (cART) and decreased with cART. This increase occurred due to the significant increase in env and nef genes, originating in the variable regions of both genes. The increase in sequence length of HIV-1 over time suggests an evolutionary direction.  相似文献   

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