天门冬属部分物种种间核糖体基因的ITS序列比较研究

目的:利用ITS序列对天门冬属9个物种进行分析,鉴定真假天门冬药材和分析天门冬属系统发育。方法:通过对ITS序列进行扩增、克隆测序及序列比对分析。结果:9物种的ITS序列全长为711～748 bp,G+C含量约为60%;以ITS全序列构建的系统树将9个种分为2个亚群:天门冬、石刁柏、武竹、非洲天门冬和狐尾天冬为1亚群,其他4个种为1个亚群;第1个亚群中,来自非洲的非洲天门冬和狐尾天冬优先聚类,然后与非洲天门冬的变种武竹聚为一类;另1亚群中,文竹与其他三种天门冬的亲缘关系相对较远。结论:ITS可以将不同天门冬属物种区分开来,但某些物种在系统树中的划分地位值得商榷,认为ITS序列最好结合其他多种分析手段才能更加准确的分析属内物种的系统发育。     

基于ITS2序列的茄科酸浆属植物的DNA分子鉴定

目的:利用内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列对茄科酸浆属植物进行分子鉴定。方法:对酸浆属与散血丹属植物样本的ITS2序列进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增和测序。为扩大研究范围,从Gen Bank中下载了上述2个属植物样本的ITS2序列。所有序列经Codon Code Aligner V3.0.1软件拼接,DNAMAN软件比对分析,采用MEGA 5.10计算相关数据,基于K2P模型构建邻接聚类树。从ITS2数据库中获得所测样本及下载序列的ITS2二级结构信息,分析各样本间ITS2序列二级结构的差异。结果:从邻接聚类树分析可知,所有样本被聚为两大支。酸浆属植物自成1支,散血丹属植物为1支,且除极个别样本外,2个属的各物种种内样本可各为1支,表现出单系性;且每2支之间的Bootstrap支持率均很高。结论:ITS2序列在近缘物种间的系统学研究、品种的鉴定方面具有较大的应用潜力,适用于酸浆属植物的分子鉴定。     

不同产地何首乌的ITS序列研究

目的研究不同产地何首乌的ITS片段遗传差异性,分析该片段在何首乌道地性的DNA分子鉴别和野生资源品种的鉴定及种质资源研究中的意义。方法从来自不同原产地的何首乌中提取总DNA,以核基因组ITS通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果各样品rDNA的ITS及5.8S rDNA完全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约648bp,其中ITS1长度为195bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为189bp。序列间共有17个变异位点。结论ITS序列可对何首乌的道地性做出鉴别,对野生资源品种的鉴定具有较好的分辨性。     

不同地理居群破布叶的psbA-trnH和ITS2序列及其聚类分析

目的探讨破布叶Microcos paniculata不同地理居群间的DNA序列变异与地理分布的关系,为其种质资源评价和基原植物的分子鉴定提供参考。方法对破布叶14个居群14份个体样品以改良的3×CTAB法提取基因组DNA,选择特异的引物扩增ITS2和psb A-trnH序列;PCR扩增产物直接双向测序分析。DNAMAN 8.0软件处理测序数据,MEGA6.0软件计算K2P遗传距离,运用NJ法构建系统聚类树。结果破布叶14个居群的ITS2序列均为462 bp,共检测到14个变异位点,居群间遗传距离0.000 0~0.019 8。除云南景洪居群样本的psb A-trnH序列存在8 bp缺失外,其他13个居群样本的psb A-trnH序列均长387 bp,无变异,居群间遗传距离为0.000 0。结论不同地理居群破布叶的psb A-trnH较ITS2更为保守,二者PCR扩增引物特异性好,扩增效率和测序成功率高,对其药材及基原植物的分子鉴定可采用psb A-trnH为主,ITS2序列为辅的DNA条形码技术。     

基于ITS2条形码序列的山豆根基原植物及其混伪品的DNA分子鉴定

山豆根是我国常用中药材,对山豆根基原植物及其易混伪品进行DNA分子鉴定研究具有重要意义。本文对5科9属38个物种84份山豆根基原植物及其混伪品样品的ITS2序列进行序列变异分析、K-2p遗传距离比较及NJ系统发育聚类树构建。结果表明所研究山豆根基原植物样品种内ITS2序列无变异,与其同属密切相关物种的ITS2序列变异位点为102个,平均K-2p遗传距离为0.072,与其他混伪品的ITS2序列变异位点为200个,平均K-2p遗传距离为0.594。山豆根基原植物在NJ系统发育聚类树上聚为一支,支持率为98。因此,ITS2作为DNA条形码序列能够有效的区分山豆根基原植物及其混伪品,为山豆根药材及其混伪品的鉴定提供基础。     

通过ITS技术对不同来源辽细辛进行鉴别

目的:利用ITS序列对不同来源辽细辛进行DNA分子鉴定。方法:提取辽细辛植物的DNA,对其ITS序列进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增与测序,且从GenBank中下载上述所属植物的ITS序列,进行辽细辛的比对。结果:从NJ系统发育树分析看出,两属4个物种的26个样本被聚为3大支。细辛植物自成1支,汉城细辛属1支,马兜铃属植物1支。结论:表明ITS序列可以对细辛原植物进行鉴别,且在近缘物种鉴定方面具有较大应用价值。     

我国不同地区白木香核糖体DNA内转录间隔区碱基序列分析

目的:研究我国不同地区白木香核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)碱基序列的差异。方法:运用PCR法对白木香的ITS(包括ITS1,5.8S,ITS2)序列扩增后直接测序,用软件CLUSTALX和MEGA分析测序结果。结果:白木香ITS区总长度为680bp,其中ITS1为246bp,5.8S为163bp,ITS2为271bp。ITS序列在白木香种内的变异很小,只有6个变异位点,种内遗传距离为0.0%-1.1%。结论:ITS序列的差异为鉴别不同产区白木香及其近缘种提供了依据。     

ITS2条形码序列对茜草科黎药植物的鉴定

目的 利用DNA条形码技术通过ITS2序列对海南茜草科黎药植物进行快速鉴定.方法 对样本的核基因ITS2片段进行PCR扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,利用MEGA5.0软件进行数据分析,并构建聚类树.从ITS2网站上获得ITS2二级结构信息,利用TAXON DNA软件分析序列种内、种间变异并作barcoding gap分析.结果 构建的系统树各个种不同样本均分别聚在一起,表现出单系性;各ITS2二级结构种内无明显差异;种间存在明显差异;基于ITS2序列的barcoding gap图显示种内变异和种间变异存在明显的barcoding gap.结论 ITS2序列可以作为DNA条形码对海南茜草科黎药植物进行快速鉴定.     

木瓜属药用植物DNA条形码鉴定研究

目的对木瓜属药用植物进行ITS2、psb A-trn H序列分析,为其分子鉴定提供依据。方法对5种木瓜属药用植物的19个样本ITS2序列进行PCR扩增和测序,用MEGA6.0计算其种间、种内的Kimura 2-parameter(K2P)距离,及各序列变异位点并构建系统发育树,并预测ITS2二级结构。结果 ITS2序列间存在明显差异,psb A-trn H序列间也存在稳定差异;构建的系统发育树显示木瓜属的不同基原样本各聚为一支,能很好将5种植物区分,显示出单系性;比较木瓜属5种植物的ITS2二级结构存在明显差异。结论 ITS和psb A-trn H序列可以有效准确鉴别5种木瓜属植物。     

基于ITS2序列鉴定白及与其伪品小白及

目的：通过分析白及与小白及的ITS2条形码序列,鉴定白及与其伪品小白及。方法：以采集自云南、湖北、贵州、湖南、四川的38份白及和小白及叶片为实验材料,提取其总DNA,并 PCR 扩增其ITS2序列,对序列进行双向测序,并从GenBank上下载2个物种共8条ITS2序列,用MAGA5.0进行序列分析,计算种内、种间遗传距离,构建邻接树。结果：白及与小白及的ITS2序列全长均为259 bp,种间有14个变异位点;ITS2序列种内最大遗传距离0.008,种间最小遗传距离0.040。由所构建的系统聚类树可以看出,不同来源的白及与小白及的样本均分别聚为一支,两者明显分开。结论：利用ITS2序列可快速准确地鉴别白及与小白及。     

3个产地天门冬块根结构比较研究

通过石蜡切片技术,对贵州、云南和湖南产天门冬块根进行结构比较。结果发现,贵州凯里天门冬块根的表皮细胞数量为6～7列,湖南通道天门冬和云南曲靖天门冬较少,为4～5列;湖南通道天门冬块根内皮层具有非常明显的凯氏带,细胞壁增厚明显,贵州凯里和云南曲靖天门冬凯氏带不明显或没有凯氏带;贵州凯里天门冬木质部和韧皮部束相互间隔排列的数量为20～35个,湖南通道天门冬为15～30个,云南曲靖天门冬为7～15个。结果表明,表皮细胞数量的多少、内皮层中凯氏带的有无及壁是否增厚、木质部和韧皮部束相互间隔排列的数量是3个居群天门冬显微鉴别的关键。     

基于ITS序列对独活17个种的分子鉴定

目的 通过对17个种共26个独活样本的ITS序列分析,为国内中药市场上的常见独活的分子鉴定提供依据,并探索其科学分类标准.方法 对26个样本的ITS进行PCR扩增和测序.通过MEGA 5.0软件比较各序列间的差异性,计算K2P遗传距离;采用邻接法构建NJ系统树并应用Network4.2.0.1软件进行中间连接网法分析构建单倍型网状图.结果 NJ 系统树和单倍型网状图显示,26个样本聚集为5大类群,综合分析后将17种独活归为4大类;重齿毛当归Angelica pubescens 的ITS序列具有特征碱基片段,可明显区别于其他样本;除牛尾独活类中3个样本不能通过ITS序列鉴定到种以外,其他样本均可以通过ITS序列鉴定到种.结论 ITS序列可为药用独活的鉴定和分类提供有力证据,四带芹类可以作为独活的首选替补品,牛尾独活类其次,九眼独活为最后之选.     

不同种群蒲公英的内转录间隔区（ITS）序列及其亲缘关系分析

 目的对20个不同种源蒲公英样品内转录间隔区（ITS）序列进行序列测定与分析,分析其遗传关系。方法用特异引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后,用PCR产物直接测序法测序。用DNASRTAR软件分析测序结果。结果各样品的内转录间隔区序列总长为711bp,ITS1、5.8S、ITS2序列长度分别为225、262、226bp。5.8S区较为保守,ITS1和ITS2碱基频率差异显著。结论内转录间隔区序列分析技术可用于蒲公英不同种群的亲缘关系分析。     

金铁锁不同居群rDNA ITS序列分析

目的分析金铁锁不同居群的核糖体ITS碱基序列,为鉴别不同产地金铁锁提供分子依据.方法使用1对引物18P1和26P2进行ITS基因的PCR扩增并测序.结果12个居群金铁锁的ITS1片段长度为225~229 bp,ITS2片段长度为166~170 bp,5.8S片段长度为261~264 bp.云南昆明、丽江、个旧、鹤庆和四川盐源5个居群的ITS序列碱基完全一致,云南宣威、会泽、中甸、保山、四川木里、西藏林芝等7个居群的ITS序列则有不同的变化,碱基变异数目(包括5.8 S编码区)为1~4个.结论经过比较分析,rDNA ITS区碱基序列在分布于云南中部、四川西南端等居群与云南西部、西北端、西藏东南部、四川西南部居群具有各自相应的指纹特征,可以作为相应居群的鉴别依据.     

中药南五味子及其混淆品绿叶五味子果实的ITS序列分析

目的 :比较研究不同产地南五味子的基源植物华中五味子及混淆品绿叶五味子的rDNAITS碱基序列的差异及其规律 ,寻找南五味子和绿叶五味子果实之间的分子鉴别方法。方法 :PCR直接测序 ,PAUP 4.0b10软件进行对位排列分析 ,采用邻接法 (neighbor joiningmethod)构建邻接 (NJ )系统树。 结果 :华中五味子ITS长度范围为 691～692bp ,ITS1和ITS2分别为 282bp和 246～247bp ;绿叶五味子ITS长度范围为 694～695bp ,ITS1和ITS2分别为 285～286bp和 246～247bp。不同产地华中五味子与绿叶五味子在ITS1有 3个稳定的信息位点。NJ树中 ,产于鸡公山 3个居群的绿叶五味子和天目山的1个居群及引用的 2条绿叶五味子ITS序列聚为一支 ,bootstrap支持率为 68%。 结论 :rDNAITS序列可作为中药南五味子与混淆品绿叶五味子的一种良好的分子标记。     

基于DNA条形码的龙葵系统发育及变异位点分析

目的对来自主要龙葵产区龙葵种质资源的转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和trn H-psb A基因间隔区序列进行系统发育学分析,为龙葵资源的合理利用和道地性评价提供理论基础。方法用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的方法扩增龙葵ITS区和trn H-psb A的DNA序列,并与美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库进行比对获取ITS1+ITS2和trn H-psb A的DNA序列。用邻接法(Neighbor joining,NJ)和最大简约法(maximum parsimony,MP)构建系统发育树,用Kimura two-parameter(K2-P)模型分析遗传距离,用Clustal X和DNAman软件进行多重比对。结果 17个龙葵样品的ITS1序列长度均为230 bp,ITS2序列长度均为206 bp,trn H-psb A序列长度为446 bp或447 bp,3个序列分别存在7个、2个和3个变异位点。系统发育的方法将中国龙葵种质资源聚为3个类群,这些类群与其所处的纬度存在一定的相关性。遗传距离的分析结果显示来自广东梅州的样品与来自北京和河北等地的样品存在最大的遗传距离。结论系统发育和变异位点的分析为中国龙葵资源的利用和进化研究,以及龙葵资源的道地性评价提供了理论基础,变异位点的分析还可应用于相关种质资源的鉴定。     

籽用栝楼遗传多样性研究

目的分析不同来源籽用栝楼资源的遗传多样性。方法应用SRAP分子标记技术并结合ITS序列分析对11份籽用栝楼资源30个样本进行遗传特征研究,并分别应用mega 5.0和NTSYS-pc 2.1软件对ITS序列及SRAP扩增条带进行聚类分析。结果栝楼与双边栝楼ITS序列存在稳定的碱基差异;15对SRAP分子标记引物扩增得到清晰条带165条,其中多态条带136条,多态率为82.4%,聚类结果显示在相似度为0.18时栝楼与双边栝楼资源分为2大类群,双边栝楼来源的主栽品种遗传相似度较大,在相似度为0.90时分为3个分支。结论籽用瓜蒌来源品种多样,主要来源于双边栝楼,且各地栽培资源遗传差异较小。     

云南草果种质资源DNA条形码序列分析

目的 筛选与评价适用于云南草果居群的DNA条形码。方法 以云南省草果种质资源为样本对ITS、psbA-trnH、matK、rbcL和ycf1 5条DNA条形码常用序列进行筛选与评价,并对草果居群进行扩增,测序,测序序列用Genestar进行拼接,然后用Mega进行数据处理,并对草果多样性及其鉴定进行分析。结果 引物ITS5和ITS4对草果的扩增片段长度大约为520 bp;rbcLa-F和rbcLa-R对草果的扩增片段长度大约为498 bp;引物ycf1-bF和ycf1-bR对草果的扩增片段长度大约为800 bp;引物psbA-trnH-1F和psbA-trnH-1R对草果的扩增片段长度大约为400 bp;引物matK-2F和matK-2R对草果的扩增片段长度大约为470 bp。扩增及测序的成功率均较高,结果大多可用。通过对草果ITS、psbA-trnH、matK和ycf1序列的扩增结果进行分析,草果与其他豆蔻属植物都可以被清晰地区分开;ITS序列所有样本分为MG5白花草果居群和其他居群;psbA-trnH序列所有样本分为MG5白花草果居群,MG6黄花草果居群和其他居群;matK序列所有样本分为MG6黄花草果居群和其他居群,MG5白花草果样本扩增失败;ycf1序列所有样本分为MG6黄花草果居群和其他居群,MG5白花草果居群与其他22个草果居群聚为一支;rbcL序列对所有样本的扩增均一致。结论 ITS、matK、psbA-trnH及ycf1序列均能将草果与其他同属植物进行准确区分;MG6的matK、psbA-trnH及ycf1序列发现了序列位点的变异,为草果品种的选育做出贡献。ITS和psbA-trnH序列可将黄花和白花草果序列区分开;草果白花黄花所有样本rbcL序列无任何变异,且用rbcL序列无法鉴别草果与其他同属植物,可将其舍去。     

不同产地蒺藜种质鉴定和化学成分聚类分析

目的测定不同产地的蒺藜的种质遗传,和药效物质基础上的一致性。方法利用PCR产物直接测序,测定不同产地蒺藜的核糖体DNA内转录间隔区(rDNA-ITS)的基因序列;对蒺藜的化学成分进行HPLC分析,以相关系数法对色谱结果进行模糊聚类。结果测得ITS碱基序列742 bp,其中,ITS1全部序列267 bp,5.8 S全部序列167 bp,ITS2全部序列209 bp,六个产地的蒺藜样品的ITS的碱基序列完全相同;在0.90的置信水平上,六个产地的蒺藜样品聚为一类。结论不同地区的蒺藜在种质上是一致的,在药效物质基础上没有太大的差异。