基于网络药理学和动物实验探讨白藜芦醇抗脊髓损伤作用机制

目的：使用网络药理学方法和动物实验探讨白藜芦醇抗脊髓损伤的作用机制。方法：使用TCMSP搜集及Swiss平台预测，获得白藜芦醇作用靶点。使用Gene card、OMIM、TTD、Drug bank数据库搜集脊髓损伤相关靶点。韦恩图对二者取交集，即为白藜芦醇抗脊髓损伤的作用靶点。利用STRING网站和cytoscape软件构建交集靶点蛋白的互作网络图(PPI)。根据网络中拓扑参数的大小筛选关键作用靶点。使用DAVID网站进行GO和KEGG分析。通过免疫组化、RT-qPCR实验验证白藜芦醇对脊髓损伤模型大鼠中部分关键靶点的调控作用。结果：共获得白藜芦醇抗脊髓损伤作用靶点48个，其中关键作用靶点8个即AKT1、TNF、VEGFA、 IL-1B、IL-6、JUN、CASP3、HIF1A。KEGG分析富集显著的通路主要有：TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路等。动物实验发现，白藜芦醇对脊髓损伤后大鼠运动功能具有明显改善作用，并可明显干预AKT1、TNF、 VEGFA mRNA表达。结论：白藜芦醇可能通过作用于AKT1、TNF、 VEGFA等靶点，调控TNF信号通路、PI3...     

网络药理学视角下泻心汤对胃溃疡的作用机制

目的：通过网络药理学方法，以“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络使泻心汤治疗胃溃疡的作用机制得以具体化、精准化、可视化展示，为进一步探讨泻心汤治疗胃溃疡作用机理奠定基础。方法：在TCMSP数据库中检索泻心汤的有效成分和作用靶点，在Uniprot数据库中检索药物靶点所对应的人类基因；在GeneCards数据库中检索胃溃疡的疾病靶点；使用韦恩图获取有效成分与疾病的共有靶点；在String数据库中进行蛋白相互作用（PPI）数据分析，在Cytoscape 3.7.1中进行PPI可视化分析；使用Metascape数据库实现GO功能、KEGG通路富集分析，使用在线网络作图工具绘制高级气泡图。在Cytoscape 3.7.1中制作“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络图。结果：泻心汤有63个有效成分、228个作用靶点，与胃溃疡有109个交集靶点，获得1 803个GO条目、176条KEGG富集通路。结论：泻心汤通过槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、芦荟大黄素等有效成分调控AKT1、TP53、IL6、TNF、VEGFA等核心靶点，以及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等主要通路，发挥抗炎、抑酸、抗幽门螺杆菌、保护胃粘膜、防癌抑癌等作用，对胃溃疡起到治疗目的。     

基于网络药理学探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎作用机制

目的运用网络药理学方法探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎的作用机制,使中药在防治类风湿关节炎中发挥更大的临床作用。方法通过检索中药系统药理学数据库(TCMSP)获得独活寄生汤方药中各味药物的有效活性成分及相关靶点,类风湿关节炎的疾病数据通过OMIM和Genecards数据库获取,运用R×643.6.1软件绘制药物-疾病韦恩图并获取交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件构建药物-成分-靶点-疾病相互作用网络,String数据库生成独活寄生汤治疗类风湿关节炎的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络,R×643.6.1软件分别对PPI网络中关键蛋白进行可视化、交集靶点基因本体(GO)分类富集分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果在TCMSP数据库得到独活寄生汤有效成分1973个及靶点18562个,药物与疾病交集靶点有51个,PPI网络中关键蛋白有29个,GO富集分析得到20个条目,KEGG通路富集分析得到17条,并推断其作用机制可能与IL-6、CXCL8、VEGFA、IL1B、PTGS2、CCL2、MMP9、IL10、STAT3、JUN基因有关,并且IL-17信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路可能起着关键性的作用。结论基于网络药理学的方法验证了独活寄生汤治疗类风湿关节炎多成分-多靶点-多通路的作用特点,为进一步开展独活寄生汤治疗类风湿关节炎作用机制研究提供了新的思路和方法。     

运用网络药理学与分子对接法探讨阳和汤治疗股骨头坏死的核心作用机制

目的 运用网络药理学与分子对接法,探究阳和汤(Yanghe Tang,YHT)治疗股骨头坏死(osteonecrosis of the femoral head, ONFH)的分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP数据库)、Uniprot数据库、GeneCards数据库和DAVID数据库,探究阳和汤方中有效化合物治疗ONFH的核心化合物、核心靶点和信号通路,并将YHT核心化合物与ONFH的重要靶点HIF-1a和血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)进行分子对接。结果 通过TCMSP数据库搜索中药的化合物成分与对应靶点,依据口服吸收利用度(OB)≥30%,药物相似性(DL)≥0.18的筛选标准,去除重复值,最终检索到阳和汤方中主要活性化合物119个。靶点通过Uniprot基因校正后,得到226个靶点基因。通过GeneCards数据库共获得284个疾病靶点基因,将疾病靶点与化合物靶点交叉映射,进而获得阳和汤治疗ONFH的潜在作用靶点40个,并在STRING数据库中获得40个潜在作用靶点的PPI蛋白互作网络,通过Cytoscape 3.7.1软件对PPI网络进行拓扑分析,得到5个核心作用靶点:IL-6、TNF、TP53、VEGFA、CASP3。此外,与ONFH直接相关的重要靶点包括VEGFA、CASP3、HIF-1α、IL-6、TNF等。通过DAVID数据库,对潜在靶点进行GO功能注释和KEGG功能富集分析,最终获得与骨质代谢相关作用通路有PI3K-Akt 信号通路,与免疫与炎症反应相关的通路有TNF 信号通路,与血液供应作用相关的通路为HIF-1 信号通路、VEGF 信号通路、 血管生成的正调控等。分子对接显示槲皮素与HIF-1α的结合能最低,豆甾醇与VEGFA的结合能最低,这两种分子对接方式更易发生。结论 预测YHT可通过HIF-1 信号通路、TNF 信号通路、PI3K-Akt 信号通路等途径,调控股骨头坏死进程中的免疫炎症反应、骨代谢和血液循环,达到干预和治疗ONFH的作用。     

基于网络药理学探讨银翘散治疗上呼吸道感染的作用机制*

目的运用网络药理学预测银翘散治疗上呼吸道感染（upper respiratory tract infection,URTI）的潜在靶点及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选银翘散中的有效活性成分及相关靶点,采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索URTI疾病相关靶点,继而获取银翘散和URTI的交集靶点,结合STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络,应用Cytoscape软件实现“成分-疾病-靶点”网络的可视化,并通过DAVID数据库进行基因本体论（GO）富集分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其可能的作用机制。结果 银翘散共有150个活性成分和117个“药物-疾病”共同靶点,主要活性成分包括了连翘脂、木犀草素、槲皮素、山柰酚、连翘醇、豆甾醇等,关键靶点主要涉及IL-6、TP53、MAPK1、APP、VEGFA、TNF等基因。靶点富集分析结果表明,GO功能相关条目479个,主要涉及炎症、应激反应、免疫应答、信号传导等方面;KEGG相关通路121条,主要涉及Toll样受体信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路和PI3K/Akt信号通路等。结论 银翘散主要作用于IL-6、TP53、MAPK1、TNF等核心靶点,通过抗炎、抗病毒和调节免疫等相关通路来发挥治疗上呼吸道感染的作用。     

芍药甘草汤治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症的网络药理学研究

运用网络药理学探索芍药甘草汤对多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用机理。方法 通过TCMSP数据库结合口服生物利用度（OB）、类药性（DL）、半衰期（HL）筛选芍药甘草汤的有效活性成分及作用靶点，运用Genecards、Drugbank、OMIM数据库获取多囊卵巢综合征高雄激素血症的治疗靶点。借助Cytoscape3.7.2 软件构建“中药-活性成分-靶点”可视化网络，利用VENNY图筛选出药物与疾病的共同靶点，运用STRING在线分析工具构建蛋白互作网络图（PPI），通过David数据库对关键靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果 从芍药甘草汤中筛选出槲皮素、山奈酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、 刺芒柄花素等83个有效成分，作用于MAPK3、MMP-9、STAT3、TNF、IL-6、VEGFA等41个关键靶点。KEGG通路富集分析发现这些靶点参与了TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路。结论 芍药甘草汤中的槲皮素、山奈酚等可能通过TNF、IL-6、STAT3、VEGFA等靶点作用于TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路来调节糖脂代谢、保护血管内皮、参与炎症反应，以减少雄激素的合成，发挥治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用。     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

基于网络药理学和分子对接技术研究八珍益智方治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制

目的 利用网络药理学方法及分子对接技术,研究八珍益智方治疗阿尔茨海默病（Alzheimer's disease,AD）的潜在药效物质基础和作用机制,为其临床应用提供理论依据。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、TCMID、中国知网（CNKI）和Pubmed数据库检索八珍益智方8味组方药材化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库查询AD的相关靶点;利用R语言3.6.3得到药物和疾病的交集靶点;借助String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络,筛选核心靶点;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接。结果 八珍益智方共收集到200个化学成分和226个靶点,Cytoscape 3.7.2软件筛选出包括AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3等37个核心靶点,槲皮素、山柰酚、柚皮苷、豆甾醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮等15个核心化合物。GO富集分析得到1 331个条目（P<0.05）,KEGG通路富集得到相关通路65条（P<0.05）。分子对接结果显示15个核心化合物和AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3具有较好的亲和力。结论 八珍益智方治疗AD的通路主要涉及癌症的途径、MAPK信号通路、前列腺癌、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等,研究结果为八珍益智方治疗AD作用机制的进一步阐明提供了指引。      

基于网络药理学探讨安宫牛黄丸加味治疗新型冠状病毒作用机制

目的运用网络药理学技术探寻安宫牛黄丸加味治疗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的作用机制,为中药在防治新型冠状病毒方面发挥更大的临床作用。方法通过检索TCMSP数据库、Batman数据库获得安宫牛黄丸加味方药中各药物的有效活性成分及相关靶点,新型冠状病毒的疾病数据通过OMIM和GeneCards数据库获取,运用Perl制作药物-疾病韦恩图并获取交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件构建药物-成分-靶点-疾病相互作用网络,String数据库生成安宫牛黄丸治疗新型冠状病毒的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络,R×64 3.6.1软件分别用来进行PPI网络中关键蛋白可视化、交集靶点基因本体(GO)分类富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果安宫牛黄丸加味可能通过F2、CD36、ADRB2、THBD、APOE、SERPINE1、SERPINE2、CAT、RYR1、PRKDC、PIK3CD等靶点对新型冠状病毒起到治疗作用,其过程涉及的关键蛋白包括INS、IL6、TNF、AKTI、VEGFA、MAPK3,涉及的生物过程包括蛋白酶结合、受体配体活性、细胞因子活性、磷酸酶结合、丝氨酸型内肽酶活性、细胞因子受体结合、丝氨酸肽酶活性、丝氨酸水解酶活性等,涉及的信号通路包括了HIF-1信号通路、Toll样受体信号通路、TNF信号通路、NF-κB信号通路、JAK-STAT信号通路等。结论网络药理学方法能够在一定程度上阐述安宫牛黄丸加味治疗新型冠状病毒的作用机制,显示出了安宫牛黄丸加味治疗新型冠状病毒是通过多靶点、多生物过程及多个信号通路起作用,为临床用药提供了一定的理论依据。     

基于网络药理学探讨积雪草治疗病理性瘢痕的靶点和作用机制

目的通过网络药理学方法,预测积雪草治疗病理性瘢痕（PS）的作用靶点并探讨其作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选出积雪草的活性成分和药物靶点,在GeneCards（https://www.genecards.org/）数据库获取PS疾病靶点,对积雪草药物靶点和PS疾病靶点进行韦恩图分析,以共同靶点作为积雪草治疗PS的作用靶点。通过String网站构建蛋白质相互作用（PPI）网络,用Cytoscape3.7.1软件绘制PPI网络图,并筛选其关键蛋白模块及关键（Hub）基因;在DAVID数据库对关键模块的Hub基因进行基因本体论（GO）功能注释和KEGG通路富集分析。结果筛选出槲皮素和谷甾醇2个活性成分,155个药物靶点,4571个PS疾病靶点;取交集后得到130个积雪草治疗PS的作用靶点。经Cytoscape软件分析后,得到丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、IL-6、TNF、IL-10、基质金属蛋白酶9（MMP-9）、转化生长因子β1（TGF-β1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、IL-1B、表皮生长因子（EGF）、MMP-2、MMP-1等Hub基因,涉及TNF信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路等。结论积雪草可通过调控TNF信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路等,改善PS患者的炎症反应、缺氧状态及成纤维细胞增殖平衡,具有多中心、多靶点、多途径的作用特点。     

基于网络药理学探讨干姜黄芩黄连人参汤改善2型糖尿病胰岛素抵抗的作用机制

目的 借助网络药理学方法探索干姜黄芩黄连人参汤干预2型糖尿病(T2DM)的胰岛素抵抗的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取干姜黄芩黄连人参汤药物活性成分与靶点, 采用OMIM(http://www.omim.org)、DrugBank(https://www.drugbank.ca)与Genecards(https://www.genecards.org)数据库筛选2型糖尿病基因靶点,再利用String11.0(https://string-db.org)数据库构建干姜黄芩黄连人参汤成分与T2DM靶点蛋白互作((protein protein interaction,PPI)网络图,并获取PPI网络图中核心靶点,最后根据Metascape(http://metascape.org/gp/index.html)平台分析干姜黄芩黄连人参汤治疗T2DM的生物学过程与通路富集分析。结果 通过网络药理学方法筛选出干姜黄芩黄连人参汤60种活性成分,包含有黄芩苷、黄芩素、黄连碱、药根碱、人参皂苷、芒果苷、知母皂苷、姜辣素等,得到220个基因靶点,从OMIM、DRUGBANK与Genecards数据库得到2062个T2DM的基因靶点,进一步得到干姜黄芩黄连人参汤成分与T2DM共同靶点148个,再运用CytoScape3.7.1软件与String11.0数据库,得到核心作用靶点：TNF、IL-6、TP53、CASP3、IL-10、MAPK1、AKT1、VEGFA、MMP9、EGFR1、MYC、PTGS2、MAPK8、EGF、IL-1β等,并发现IL-6、IL-10、IL-1β、TNF等调节免疫炎症基因靶点在PPI网络互作图中相互作用尤为明显。应用Metascape数据平台得出干姜黄芩黄连人参汤可通过NF-κB信号通路、JAK-STAT信号通路、Toll样受体信号通路等多种信号通路干预T2DM。结论 本研究提示干姜黄芩黄连人参汤可能是通过免疫炎症途径干预T2DM的作用机制,初步揭示了该方具有多成分、多靶点以及调控多种信号通路改善T2DM胰岛素抵抗的作用,也为下一步的临床试验与细胞或动物基础实验研究提供了思路和依据。     

基于网络药理学研究金银花干预心力衰竭的作用机制

目的：运用网络药理学方法研究金银花干预心力衰竭的主要活性成分及潜在靶点,探讨金银花干预心力衰竭的作用机制。方法：利用TCMSP数据库检索关于金银花中的化合物,口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18作为筛选金银花活性成分的标准。在Genecards数据库和OMIM数据库中输入关键词—“Heart Failure”,筛选心力衰竭相关靶点。将金银花作用的靶点与心力衰竭相关的靶点取交集,得到金银花干预心力衰竭的靶点。通过STRING数据库构建交集基因的蛋白互作网络（PPI）,应用Cytoscape3.8.2软件分析PPI网络中核心靶点,然后进行基因GO功能和KEGG 通路富集分析,构建“成分-靶点-通路”网络。使用Autodock Vina 1.2.0、Discovery Studio 2021、PyMol 2.2进行分子对接,验证网络药理学分析结果。结果：检索TCMSP 数据库得到金银花的23个化学活性成分,共有213个与心力衰竭相关的作用靶点。经GO功能和KEGG 通路富集分析显示,金银花主要参与癌症通路、内分泌抵抗等多种生物途径,主要涉及PI3K-Akt信号通路、cAMP 信号通路、TNF信号通路等。通过构建“成分-靶点-通路”网络,显示金银花干预心力衰竭的主要成分是secologanicdibutylacetal_qt和dinethylsecologanoside,排名较高的靶点有AKT1、PIK3R1、PIK3CA。分子对接结果显示上述两种成分与AKT1和PIK3R1结合活性较好。结论：金银花的主要活性成分secologanicdibutylacetal_qt和dinethylsecologanoside可能是通过参与调节AKT1、PIK3R1基因,干预PI3K-Akt 、cAMP、TNF等信号通路实现多靶点、多通路干预心力衰竭。     

基于网络药理学探讨杜仲-续断药对治疗腰椎间盘突出症的作用机制*

目的利用网络药理学的方法探讨杜仲-续断药对治疗腰椎间盘突出症的作用机制。方法 运用TCMSP网络数据库对杜仲-续断2味中药的主要有效成分及作用靶点进行筛选和挖掘,利用Cytoscape3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以 GeneCards 及 OMIM 在线分析平台挖掘腰椎间盘突出症的相关作用靶点,基于STRING数据库构建杜仲-续断治疗腰椎间盘突出症的蛋白互作网络图（PPI）,然后进行拓扑分析,筛选出杜仲-续断治疗腰椎间盘突出症的核心靶点,利用 David 数据库对药物-疾病交集靶点进行生物通路及富集分析。结果 杜仲-续断药对成分-靶点网络图包含36个有效成分,相对应靶点1 785个;腰椎间盘突出症相关靶点366个。其中β-谷甾醇、槲皮素和山柰酚可能是杜仲-续断药对治疗腰椎间盘突出症的关键成分。核心靶点涉及 PTGS2、MMP3、TNF、IL-6、IL-1B等20个。KEGG通路富集分析提示这些靶点参与TNF信号通路、HIF-1信号通路等23条通路。结论 杜仲-续断药对中的β-谷甾醇、槲皮素和山奈酚等有效成分可能通过IL-6、IL-1B、TNF、MMP3、PTGS2等靶点作用于HIF-1信号通路、TNF信号通路,发挥治疗腰椎间盘突出症的作用,为进一步分子生物学验证和临床应用提供了理论基础。     

基于网络药理学探讨黄芩治疗呼吸道合胞病毒肺炎潜在有效成分及作用机制

目的基于网络药理学探讨黄芩治疗RSV的潜在有效成分及作用机制。方法基于TCMSP数据库获取黄芩化学成分及其对应靶点,基于Gene Cards数据库获取呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus,RSV)肺炎相关靶点,利用Venny 2.1绘制黄芩靶点与RSV肺炎疾病靶点的韦恩图,利用Cytoscape 3.6.1软件构建中药-靶点网络及应用STRING平台构建蛋白相互作用网络(PPI),最后,应用R语言软件对关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果共获得36个化合物,有效成分中度值较高的为新黄芩素、二甲氧基黄酮、5,7,4'-三羟基-8-甲氧基黄烷酮等。PPI网络中核心基因为半胱天冬酶3、Jun原癌基因、丝氨酸/苏氨酸激酶1、血管内皮生长因子A等; GO富集分析显示BH域结合、死亡域结合为显著性最高的通路,其次是细胞因子结合受体等; KEGG富集通路分析晚期糖基化终末产物及其受体信号通路显著性最高,其次是乙型肝炎信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。结论文中系统地探讨了黄芩治疗RSV肺炎潜在的有效成分及作用机制,为今后进一步实验验证及临床新药研发提供依据。     

基于网络药理学探究黄芪白术药对治疗骨质疏松性骨折的作用机制

目的:基于网络药理学探讨黄芪白术药对治疗骨质疏松性骨折(osteoporotic fracture, OPF)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄芪、白术的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选OPF的作用靶点,进而筛选黄芪、白术与OPF的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物靶点疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:基于TCMSP数据库筛选黄芪白术治疗OPF的活性成分19个和交集靶点115个；GO功能富集分析得到条目568个,其中生物过程条目433个、细胞组成条目43个、分子功能条目92个；KEGG通路富集分析得出条目111个,主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE、IL-17、TNF、前列腺癌、Toll样受体、HIF-1、NF-κB等信号通路。结论:黄芪白术药对可能通过调控TNF、NF-κB、HIF-1等信号通路,发挥调控炎症反应以及破骨细胞和成骨细胞的内在平衡作用,从而对OPF产生治疗作用。     

基于网络药理学的半夏泻心汤治疗胃癌作用机制研究

目的 采用网络药理学的方法研究半夏泻心汤治疗胃癌的作用机制.方法 通过TCMSP平台查询半夏泻心汤化学成分及对应靶点,采用DisGeNet、OMIM、TTD等疾病数据库查询胃癌相关靶点.取两者交集为共同靶点,采用STRING构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并进行KEGG通路富集分析.结果 查询到半夏泻心汤化学成分190个,对应靶点301个;胃癌靶点442个,两者交集靶点44个.PPI分析得到TP53、EGFR、STAT3等6个核心靶点,KEGG富集分析于HIF-1、ErbB等信号通路.结论 半夏泻心汤中的化学成分可能是通过作用于TP53、EGFR等靶点,并调节HIF-1、ErbB等信号通路发挥抗胃癌作用.     

基于网络药理学和分子对接探讨千层纸素A治疗椎间盘退变的分子机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探讨千层纸素A治疗椎间盘退变的作用机制。方法 通过PharmMapper、SwissTarget Prediction和Similarity ensemble approach数据库获取千层纸素A的药物作用靶点。在GeneCards和在线人类孟德尔遗传数据库搜索椎间盘退变疾病相关靶点。在此基础上,将千层纸素A的作用靶点与椎间盘退变疾病靶点取交集得到千层纸素A对椎间盘退变的潜在治疗靶点。运用在线String数据库和Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白相互作用网络,运用R语言对共同靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,使用AutoDock vina软件对千层纸素A与关键靶点进行虚拟对接。结果 通过筛选共得到35个千层纸素A对椎间盘退变的潜在治疗靶点。靶点涉及的通路主要包括PI3K/AKT信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路以及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路。结合蛋白相互作用网络和KEGG富集分析共得到白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、表皮生长因子受体(EGFR)和基质金属...     

基于网络药理学探讨哮喘宁颗粒防治心理应激哮喘的作用网络与潜在机制

目的 运用网络药理学研究方法探讨哮喘宁颗粒防治心理应激哮喘的作用网络与潜在机制。方法 在中药系统药理学分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、中药分子机制的生物信息学分析网络（Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM）等数据平台筛选哮喘宁颗粒的主要有效成分与靶点;并通过相关疾病靶点数据库检索心理应激哮喘的相关靶点;通过韦恩图得到哮喘宁颗粒与心理应激哮喘之共同靶点,利用Cytoscape 3.7.2建立"药物-成分-靶点"作用网络,然后使用STRING数据库进行化合物-疾病共同靶点的蛋白互作分析（protein-protein interaction,PPI）,运用Cytoscape 3.7.2的插件MCODE、cytohubba及拓扑运算后筛选关键靶点;利用David数据库进行基因本体（Gene Ontology,GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析。结果 筛选出哮喘宁颗粒39个主要有效成分和121个交集预测靶点,心理应激哮喘靶点1 063个;通过韦恩图得到共同靶点72个,继用cytohubba插件及拓扑运算得到重要基因,通过MCODE筛选出基因互作模块,从而得到MAPK1、MAPK8、TNF、VEGFA、EGF、PTGS2、JUN、IL-6等交集靶点;通过GO和KEGG富集分析得知这些靶点涉及信号转导、细胞增生正调控、MAPK信号通路激活等生物学过程,神经活性配体受体相互作用、TNF、NOD样受体、Toll样受体、钙离子、T细胞受体、PI3K-Akt等信号通路。结论 哮喘宁颗粒可能通过多种有效成分作用于神经机制、免疫炎性反应、细胞增生等方面以综合调节"神经-内分泌-免疫"网络,从而防治心理应激哮喘。     

基于网络药理学的灯银脑通胶囊治疗脑卒中的有效成分群及关键靶点预测

摘要:目的 采用网络药理学的方法探究灯银脑通胶囊(DYNT)治疗脑卒中的有效成分群及关键靶点预测。方法 基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药研究综合数据库(TCMID)和 TCM-Mesh,收集 DYNT的化学 成分,并通过 DrugBank、毒性与基因比较数据库(CTD)、STITCH、BindingDB和SwissTarget等数据库预测 DYNT各化 学成分的靶点数据。在 DisGeNET、PharmGKB和 CTD 数据库中检索脑卒中相关靶点,取疾病靶点和 DYNT 成分相关 靶点交集作为 DYNT作用脑卒中的潜在靶点。通过 STRING 数据库建立蛋白质相互作用(PPI)网络,使用 MCODE cluster识别 DYNT的核心靶点。运用 CTD数据库对 DYNT治疗脑卒中相关靶点及调控脑卒中相关通路进行 GO 富集 分析和 KEGG信号通路富集分析。利用 MCC 和 Stress两种算法识别网络中排名前十的关键靶点,取两者交集作为 DYNT治疗脑卒中的关键靶点。结果 从 DYNT中共收集到133个化学成分,涉及靶点588个,化学成分中木犀草素、 山奈酚和芹菜素等59个成分参与了对脑卒中的调控。DYNT 治疗脑卒中的靶点共有 153个,涉及通路 12个,基于 MCC和Stress两种算法发现 DYNT治疗脑卒中的8个关键靶点。结论 DYNT 中的各化学成分可能通过 PI3K-Akt、 HIF-1和 Toll样受体等12条信号通路发挥对脑卒中的调控作用,AKT1、MAPK3、TP53、IL6、VEGFA、TNF、INS和 ALB可能为 DYNT治疗脑卒中的8个关键靶点。     

基于网络药理学研究血必净注射液治疗有机磷中毒的分子机制

目的 基于网络药理学探讨血必净注射液治疗有机磷中毒的分子机制。方法 通过TCMSP数据库查询并筛选出血必净注射液中5味中药的活性成分及靶点;检索GeneCards、OMIM数据库获取有机磷中毒相关靶点;利用Venny2.1统计复方成分与疾病的交集靶点制作韦恩图。采用Cytoscape3.7软件制作“活性成分-交集靶点”的网络框架图。将交集靶点导入String数据库后获得蛋白-蛋白相互作用网络图。通过DAVID数据库进行基因功能的基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并利用R-studio软件进行柱状图绘制。结果 共收集血必净注射液中活性成分125个,可作用于217个靶点,有机磷中毒的交集核心靶点69个。69个靶点主要作用于AKT1、ALB、CAT、CASP3、JUN、VEGFA等基因,调控IL-17信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化通路、肿瘤坏死因子信号通路等信号通路。结论 血必净注射液治疗有机磷中毒具有多成分、多靶点、多通路的特点,本研究为治疗有机磷中毒的潜在网络作用机制提供了新的线索。