叶酸代谢相关基因与非综合征性唇腭裂的关系

目的：研究叶酸代谢相关基因在中国华北人群中与非综合征性唇腭裂的关系。方法：利用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,在115例非综合征性唇腭裂患者和192名正常对照个体中,对CBS和SHMT1基因2个单核苷酸多态性（SNP）rs397589和rs1979276进行检测。利用拟合优度卡方检验,分析基因型分布频率是否符合Hardy-Weinberg平衡定律;应用UNPHASED软件包分析单个基因多态性位点以及基因-基因相互作用与非综合征性唇腭裂的相关性。结果：2个基因上的SNP位点基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡;等位基因分布在NSCL/P组与对照组之间无显著性差异;rs397589TT和rs1979276TT基因型能增加NSCL/P患病风险（OR=2.60,95%CI=0.43-15.87;OR=1.62,95%CI=0.22-11.70）;携带rs397589GT-rs1979276CT个体在患者中的频率高于对照组（χ2=4.780,P=0.029）。结论：CBS和SHMT1基因相互作用可能参与非综合征性唇腭裂的发生。     

亚甲基四氢叶酸还原酶C677T多态性与非综合征性唇腭裂的关系

目的研究亚甲基四氢叶酸还原酶基因C677T多态性与非综合征性唇腭裂的关系。方法利用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法（PCR-RFLP）,在168例非综合征性唇腭裂患者和192名正常对照中,对MTHFR基因C677T单核苷酸多态性（SNP,rs1801133）进行检测。利用拟合优度卡方检验,分析基因型分布频率是否符合Hardy-Weinberg平衡定律;应用UNPHASED软件包分析多态性位点与非综合征性唇腭裂的相关性。结果MTHFRC677T多态性基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡;MTHFR C677T等位基因分布在NSCL／P组与对照组之间有显著性差异（P〈0.05）,正常组中T等位基因的频率明显高于NSCL／P组。结论MTHFR C677T多态性位点在中国人群中与非综合征性唇腭裂形成的发生相关联。     

山西人群MTHFR基因rs1801133位点多态性与非综合征性唇腭裂的关联性研究

目的:研究亚甲基四氢叶酸还原酶(methylenetetrahydrofolate reductase,MTHFR)基因rs1801133位点多态性与非综合征性唇腭裂(NSCL/P)的关系。方法:采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,检测334例非综合征性唇腭裂患者和314例正常对照组的MTHFR基因rs1801133位点的多态性。结果:MTHFR基因rs1801133位点基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡;MTHFR基因rs1801133位点基因型及等位基因的分布在NSCL/P组与对照组之间均无统计学意义(P>0.05)。结论:MTHFR基因rs1801133位点多态性与山西人群非综合征性唇腭裂的发生无关。     

成纤维细胞生长因子3基因多态性与非综合征型唇腭裂的相关性研究

目的探讨成纤维细胞生长因子3（FGF3）基因rs4980700、rs4631909单核苷酸多态性（SNP）与非综合征型唇腭裂（NSOC）的相关性。方法收集186例非综合征型唇腭裂患者,患者父亲183例,母亲174例,核心家系172个;200例正常新生儿为对照组。采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法检测FGF3基因rs4980700与rs4631909多态位点基因型,并进行病例对照分析,传递不平衡检验（TDT）和以家系为基础的相关性分析（FBAT）。结果病例组rs4980700多态位点基因型和等位基因频率与对照组比较存在统计学差异（P<0.05）;病例组rs4631909多态位点基因型和等位基因频率与对照组比较存在统计学差异（P<0.05）,而在腭裂组则无统计学差异（P=0.49）。传递不平衡研究发现,FGF3基因rs4980700位点的G等位基因与rs4631909位点的C等位基因在本研究人群非综合征型唇腭裂患者中存在过传递（P<0.05）。FBAT分析rs4980700、rs4631909多态位点与本研究人群非综合征型 唇腭裂存在相关性（P<0.05）。结论FGF3基因rs4980700、rs4631909多态位点与非综合征型唇腭裂存在相关性。     

宁夏回汉族人群Wnt3基因单核苷酸多态性与非综合征型唇腭裂相关性的研究

目的 探讨宁夏回汉族人群中Wnt3基因rs142167和rs7216231位点单核苷酸多态性（SNP）与非综合征型唇腭裂（NSCL/P）的相关性。方法 收集宁夏地区回汉族人群非综合征型唇腭裂患者371例为病例组,其中汉族患者166例,回族患者205例;收集患者父亲196例,患者母亲224例,其中150例患者为NSCL/P核心家系;258例健康新生儿为对照组,其中汉族190例,回族68例。采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法检测Wnt3基因多态位点rs142167和rs7216231基因型,对比分析2组的基因型和等位基因,并进行传递不平衡检验（TDT）和以家系为基础的相关性检验（FBAT）分析。结果 回汉族人群病例组与对照组比较及其民族分层比较,唇裂、腭裂、唇腭裂及总病例组rs142167和rs7216231位点均无统计学差异（P＞0.05）。TDT分析结果显示：rs142167和rs7216231位点的等位基因均不存在过传递（P＞0.05）。FBAT分析结果显示：单倍型G-G具有统计学意义（P<0.05）。结论 Wnt3基因多态性与宁夏地区回汉族人群非综合征型唇腭裂不存在相关性。     

干扰素调节因子6基因多态性与非综合征型唇腭裂的相关性研究

目的探讨干扰素调节因子6（IRF6）基因rs642961和rs4844880位点单核苷酸多态性与非综合征型唇腭裂的相关性。方法收集宁夏地区非综合征型唇腭裂患者186例,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCRRFLP）方法检测IRF6基因多态位点rs642961和rs4844880基因型,进行病例对照分析、传递不平衡检验（TDT）。结果与正常对照组比较,唇裂组和唇腭裂组rs642961和rs4844880位点的AA基因型和A等位基因的频率存在统计学差异（P<0.05）,腭裂组均没有意义（P=0.15, P=0.967）;TDT研究发现IRF6基因rs642961位点的A等位基因和rs4844880位点的A等位基因在唇裂和唇腭裂患者中存在过传递（P<0.05）;2个位点在腭裂组均没有统计学意义（P=0.91,P=0.95）。结论IRF6基因多态性与非综合征型唇腭裂存在较强的相关性。     

中国北方人群非综合征性唇腭裂与BMP4基因多态性的关系

目的探讨BMP4基因rs17563多态性与中国北方人群非综合征性唇腭裂的相关性。方法使用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法,在116例非综合征性唇腭裂患者和123名健康对照中,对BMP4基因单核苷酸多态性进行检测。利用SPSS13.0软件分析BMP4基因多态性与非综合征性唇腭裂的相关性。结果 BMP4基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。在非综合征性唇腭裂组中CC纯合子明显高于健康对照组,差异有统计学意义(P<0.001)。结论 BMP4基因rs17563多态性可能与中国北方人群非综合征性唇腭裂的发生相关。     

MTR基因Rs1805087多态性与非综合征性唇腭裂的相关性研究

目的研究5-甲基四氢叶酸-高半胱氨酸甲基转移酶（5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase,MTR）SNPs位点Rs1805087多态性与非综合征性唇腭裂的关系。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,检测174例非综合征性唇腭裂患者和169例正常对照组的MTR基因Rs1805087的多态性。结果 MTR基因Rs1805087位点基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡;MTR基因Rs1805087位点基因型及等位基因的分布在NSCL/P组与对照组之间均无统计学意义（P〉0.05）。结论结果未显示MTR基因Rs1805087多态性与非综合征性唇腭裂的发生有关。     

中国西部人群IRF6基因SNPs与非综合征型唇腭裂相关性的研究

目的:探讨干扰素调节因子6 (IRF6) 基因rs2013162 和 rs2235375位点单核苷酸多态性(SNPs)与非综合征型唇腭裂的相关性.方法:收集病例组非综合征型唇腭裂患儿332 例,患者父亲243 例,患者母亲289 例,完整的核心家庭206个.对照组收集正常新生儿174 例.采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测IRF6基因这2 个多态位点基因型,进行病例对照和传递不平衡(TDT)分析.结果:在中国西部人群中,与正常对照组比较,唇腭裂组rs2235375位点的基因型和等位基因的频率存在统计学差异(均P<0.01).运用传递不平衡研究发现IRF6基因rs2235375位点的G等位基因在唇腭裂患者中存在过传递(P<0.01).有5 种单倍型组合显示有传递不平衡.结论:在中国西部人群中IRF6基因多态性与非综合征型唇腭裂的发生存在强的相关性.     

小泛素化修饰基因-1多态性与非综合征型唇腭裂的相关性研究

目的探讨小泛素化修饰基因-1（SUMO-1）rs6709162、rs7599810和rs7580433位点单核苷酸多态性与非综合征型唇腭裂（NSOC）的相关性。方法收集宁夏地区NSOC患者208例、患者父亲189例、患者母亲176例、完整核心家系（患者及其父母）172个进行研究,并收集正常新生儿284例作为对照。采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法检测SUMO-1基因多态位点rs6709162、rs7599810和rs7580433基因型,并进行病例对照分析、传递不平衡检验（TDT）和以家系为基础的相关性检验（FBAT）。结果病例对照研究发现：SUMO-1基因rs7599810位点的TT基因型频率在唇裂、腭裂组与对照组比较有统计学差异（P=0.01,P=0.01）。TDT分析结果：rs7599810位点的T等位基因在唇腭裂组中存在过传递（P=0.00）;rs6709162位点的C等位基因在腭裂和唇腭裂组中存在过传递（P=0.00,P=0.01）;rs7580433位点的G等位基因在唇裂组中存在过传递（P=0.05）。FBAT分析结果：rs7599810位点TT基因型和T等位基因的分布具有统计学意义（P=0.00,P=0.00）。结论SUMO-1基因多态性与NSOC存在相关性。     

MSX1基因A274V多态性与非综合征性唇腭裂的关系

目的 研究同源异型盒基因1 (muscle segment homeobox1,MSX1) A274V多态性与非综合征性唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)的关系.方法 利用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,在162例非...     

非综合征性唇腭裂与亚甲基四氢叶酸还原酶基因A1298C相关性的研究

目的 研究亚甲基四氢叶酸还原酶基因(methylenetetrahydrofolate reductase,MTHFR)A1298C多态性与中国华北人群非综合征性唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)的关系.方法 通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性,在158例NSCL/P患者和192名健康对照中,对MTHFR基因A1298C单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)rs1801131进行检测.利用拟合优度卡方检验分析基因型分布频率是否符合Hardy-Weinberg平衡定律;应用Unphased软件分析等位基因频率与NSCL/P的相关性.结果 MTHFR基因A1298C多态性基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡;等位基因和基因型频率在唇裂合并或不合并腭裂组和健康对照组之间差异无统计学意义;基因型分布单纯腭裂(AA 78%、AC+CC 22%)与健康对照组(AA 74%、AC+CC 26%)比较,差异有统计学意义(χ2＝4.256,P=0.039),AC+CC基因型频率健康对照组(26%)高于单纯腭裂组(22%)(OR=0.8,95%CI=0.381～1.683).结论 MTHFR A1298C多态性位点可能与中国人群非综合征性单纯腭裂的发生有关.

Abstract：

Objective To investigate the association between a polymorphism of methylenetetrahydrofolate reductase with Non-syndromic cleft lip with or without cleft palate(NSCL/P)in Chinese population. Methods The polymerase chain reaction (PCR)-based restriction fragment length polymorphism(RFLP)technique was used to detect a single nucleotide polymorphism(SNP), rs1801131, at the methylenetetrahydrofolate reductase(MTHFR)gene in both 158 patients with NSCL/P and 192 healthy individuals. The Hardy-Weinberg equilibrium for genotypic distributions was estimated by the goodness-of-fit test. The UNPHASED program was applied to perform the association analysis. Results The genotypic distribution of A1298C was not deviated from the Hardy-Weinberg equilibrium in both controls and patients. No association was found between cleft lip with or without palate(CL/P)and controls. There was significant difference of cleft palate only(CPO)and the healthy individuals(χ2＝4.256, P=0.039). The frequency of AC+CC genotype was higher in control group than that in CPO group(OR=0.8, 95%CI=0.381-1.683),26 among 100 healthy individuals carried AC+CC genetypes,which were carried by 22% of CPO patients. Conclusions The polymorphism of MTHFR A1298C may be involved in the occurrence of non-syndromic cleft palate only in Chinese population.     

DHFR基因rs11742688位点单核苷酸多态性与中国东北人群唇腭裂相关性研究

目的：探讨二氢叶酸还原酶（DHFR）基因 rs11742688位点单核苷酸多态性与中国东北部人群的非综合征唇腭裂（NSCL／P）的相关性。方法：采用聚合酶链－限制性片段长度多态性方法检测东北地区220例 NSCL／P 及其父母（其中包括138例完整的核心家系）,180例正常儿童作为对照组,进行 HW 平衡检验,用 SPSS 统计学软件对病例组和对照组进行检验及计算 OR 值和95％可信区间。结果：病例对照研究结果显示,东北地区单纯唇裂和唇腭裂 rs11742688位点的 TT 基因型频率差异无显著性（χ2＝0．439,P ＞0．05）。结论：DHFR rs11742688位点 T 等位基因与东北人群的 NSCL／P 无相关性。     

非综合征型唇腭裂与新疆维吾尔族、汉族 MTHFR 基因多态性的研究

目的：探讨新疆维吾尔族、汉族非综合征型唇腭裂与 MTHFR 基因多态性的关系和民族差异。方法：170例 NSCL／P儿童患者和100例健康儿童对照,SNaPshot 分型方法检测 rs1801131、rs1801133位点多态性,分析基因型、等位基因频率和2个位点联合作用与 NSCL／P 的关系以及民族间差异。结果：rs1801133TT 与 T 等位基因在维、汉两民族间有统计学差异（P ＜0．05）;rs1801133CT 与 CT ＋TT 基因型在总病例组和总对照组间均有统计学差异（P ＜0．05）;rs1801131和 rs1801133的联合分析在维族内、汉族内、两民族间、维汉总人群中病例组和对照组均有统计学差异（P ＜0．05）;rs1801131多态性在维族内、汉族内、两民族间以及维汉总人群中均无统计学差异（P ＞0．05）。结论：rs1801133TT 与 T 等位基因的汉族比维吾尔族更易罹患 NSCL／P;rs1801131AC 和 rs1801133CC 联合作用与 NSCL／P 相关且维吾尔族罹患风险高于汉族;rs1801131多态性与 NSCL／P 不相关并无民族差异;rs1801133CT 与 CT ＋TT 基因型均是避免疾病的保护因素。     

VAX1 gene associated non-syndromic cleft lip with or without palate in Western Han Chinese

ObjectiveNon-syndromic cleft lip with or without palate (NSCL/P) is one of the most common human birth defects, it results from multiple genetic and environmental risk factors. Recently, GWA studies identified associations between NSCL/P and two genetic risk loci, rs7078160 and rs4752028, at VAX1.DesignCurrently, we tried to investigate the roles of the two loci among 302 NSCL/P trios (129 non-syndromic cleft lip only (NSCLO) trios and 173 non-syndromic cleft lip and cleft palate (NSCLP) trios) from Western Han Chinese. The two SNPs were genotyped by SNPscan method; Hardy–Weinberg equilibrium test, allelic TDT and parent-of-origin effect were performed by PLINK software, and genotypic TDT and haplotype by FBAT software.ResultsAllelic TDT analysis revealed allele A at rs7078160 was over-transmitted among NSCL/P group (P = 0.0086, OR_transmission = 1.36, 95%CI: 1.08–1.72). Parent-of-origin effect analysis revealed a paternal special over-transmission of allele A at rs708260 in NSCL/P group (P = 0.0079). Haplotype AC of rs7078160-rs4752028 was significant over-transmitted in the NSCL/P group.ConclusionsOur study firstly confirmed that allele A at rs7078160 at VAX1 gene was a risk factor for NSCL/P in Western Han Chinese population.     

Association Between PAX9 Single-Nucleotide Polymorphisms and Nonsyndromic Cleft Lip With or Without Cleft Palate

ABSTRACT: The purpose of this study was to investigate the contribution of PAX9 gene to the risk of nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate (NS-CL/P). The samples consisted of 142 Korean NS-CL/P families (90 males and 52 females; 9 cleft lip, 26 cleft lip and alveolus, and 107 cleft lip and palate; 76 trios and 66 dyads). A total of 10 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were tested for association with Korean CL/P case-parent trios using transmission disequilibrium test (TDT) and conditional logistic regression models. The minor allele frequency, heterozygosity, and a χ test for Hardy-Weinberg equilibrium at each SNP were computed between parents. Pairwise linkage disequilibrium was computed as both D' and r for all SNPs. Both allelic and genotypic TDTs were performed for individual SNPs using family-based association test program. Sliding windows of haplotypes consisting of 2 to 8 SNPs were tested using haplotype-based association test program. Genotypic odd ratios were obtained from conditional logistic regression models using STATA software. The family-based TDT using individual SNPs and 2- to 8-SNP haplotypes of the gene indicated a significant association at rs17104928 (P = 0.014). The haplotype analysis revealed that the association was most significant for the haplotype consisting of 3 SNPs (rs2073247, rs17104928, and rs17176643; P = 0.007). G/A heterozygote at rs17104928 had a significantly increased association with NS-CL/P (genotypic odd ratio, 2.88; 95% confidence interval, 1.42-5.84; P = 0.0014, dominant model). The high-risk SNP and genotype may provide a better understanding of the etiologic role of PAX9 gene in NS-CL/P and potential options for genetic counseling.