两种全血基因组DNA提取法的比较

目的比较经典的酚／氯仿法和人全血基因组DNA小量快速提取试剂盒抽提法两种方法提取人全血基因组DNA的纯度及总量的差异。方法收集静脉血5毫升,共132人份。分别采用上述两种方法提取基因组DNA,用紫外分光光度仪及琼脂糖凝胶电泳检测其纯度和总量,采用统计学t检验,数据以均数±标准差（x±s）表示。结果经典的酚／氯仿法和人全血基因组DNA小量快速提取试剂盒抽提法两种方法提取基因组DNA纯度用0D260／OD280表示分别为：1．65＋0．12,1．86＋0．15。基因组DNA总量分别为28．3＋3．02,33．8＋3．24。结论从提取的基因组DNA纯度和总量来比较,人全血基因组DNA小量快速提取试剂盒抽提法抽提方法较好。     

QIAamp及Biomed粪便细菌基因组DNA提取试剂盒提取人肠道细菌基因组DNA质量的差异*

背景：有研究表明,不同试剂盒提取的粪便细菌基因组DNA质量有差别,选择一种操作简便、质量优良的粪便细菌基因组DNA提取试剂盒成为研究者们关注和急需解决的问题。 目的：比较QIAamp及Biomed粪便细菌基因组DNA提取试剂盒提取的人肠道细菌基因组DNA质量的差异。 方法：收集健康成年人新鲜粪便标本30例,用两种试剂盒分别提取细菌基因组DNA,检测其浓度、吸光度A260/280 nm值及提取率,设计乳酸菌属16S rDNA基因特异性引物,以各自所提DNA为模板,进行常规聚合酶链反应,凝胶电泳后比较条带数量、明暗度及密度,并进行实时荧光定量聚合酶链反应定量检测各自所含乳酸菌属的数量。 结果与结论：QIAamp试剂盒提取的正常人肠道细菌基因组DNA的浓度、提取率、表达量及乳酸菌属的数量均高于Biomed试剂盒(P < 0.05或P < 0.01)。说明QIAamp试剂盒提取的粪便细菌基因组DNA质量优于Biomed试剂盒。     

个体识别中烧骨的DNA提取

目的:探讨不同温度焚烧的股骨中的DNA的提取方法.方法:常压下以100℃～500℃对30例成人股骨进行焚烧,然后分别采用有机法、Microcon 100+Qiagen试剂盒(QIAquick(R) PCR Purification kit)纯化法、有机法+Qiagen试剂盒纯化法.并用ND-1000光度计进行DNA浓度测定,用Sinofiler扩增试剂盒进行荧光标记和复合扩增.结果:骨骼样本在20℃～500℃各组用3种方法检测的DNA浓度均值分别为10.1～0.0、 67.2～0.0、 49.8～0.0ng/μl.有机法在20℃～500℃各组的位点检出率为38.3%、 28.3%、 16.7%、 9.4%、 0.0%、 0.0%;纯压法为97.3%、 75.7%、 45.6%、 33.1%、 12.5%、 1.2%;有机法+Qiagen试剂盒纯化法为98.5%、 81.9%、 53.5%、 36.3%、 7.7%、 0.4%.结论:有机法提取的骨骼DNA浓度及位点检出率较其他两种方法低;未烧骨骼用后两种方法提取其DNA都能获得较高的浓度和较好的分型,焚烧温度在100℃～300℃之间的骨骼用有机法+Qiagen试剂盒纯化法提取其DNA较好;400℃～500℃焚烧的骨骼用Microcon 100+Qiagen试剂盒纯化法提取其DNA较好.     

石蜡包埋胃癌组织中DNA四种提取方法的探讨

目的探讨提取石蜡包埋胃癌组织中DNA的最佳方法。方法用蛋白酶K消化氯化钠盐析方法、蛋白酶K消化酚氯仿抽提方法、试剂盒方法及改良试剂盒方法,提取石蜡包埋胃癌组织中DNA,进行PCR扩增,应用凝胶电泳成像检出率(检出率=检出数/总例数)比较4种方法提取DNA质量的情况。结果改良试剂盒方法,凝胶电泳成像检出率95.5%(151/158),分别与蛋白酶K消化氯化钠盐析方法15.3%(4/26)、蛋白酶K消化酚氯仿抽提方法8.3%(1/12)、试剂盒方法19.2%(11/57)凝胶电泳成像检出率比较差异有统计学意义(P0.05)。结论 4种提取DNA方法中改良试剂盒方法,是提取石蜡包埋胃癌组织中DNA的最佳方法。     

适用于PCR的绒毛DNA提取方法

近几年来,由于聚合酶链式反应(PCR)技术广泛应用于遗传病等的诊断,在用PCR方法对早期孕妇进行产前基因诊断时,吸取绒毛提取DNA,用PCR进行基因诊断仅需<0.1μg的原基因组DNA,DNA的提取不但直接影响PCR的实验结果,而且相对快速实验来说是一个限速步骤。本室对三种DNA提取方法进行了比较,介绍二种简单、快速、特别适用于PCR的绒毛DNA提取方法如下。     

不同方法提取基因组DNA的比较

目的通过对不同方法的比较建立一种遗传工程鼠基因组DNA鉴定提取最简单快速的方法。方法以大鼠和小鼠的鼠尾及脚趾为实验材料,采用酚氯仿、煮沸法、涡旋离心法提取基因组DNA;通过琼脂糖凝胶的方法检验DNA质量,通过对时间的统计分析比较3种方法提取DNA的速率。利用PCR技术检测DNA的扩增效果。结果煮沸法、涡旋离心法和酚氯仿提取的DNA比较,电泳条带均较弱。涡旋离心法所耗费的时间最短,煮沸法次之,酚氯仿法耗时最长。除了煮沸法外,涡旋离心法和酚氯仿方法提取的DNA在用于PCR检测时都能得到清晰的目的条带。结论在使用PCR进行基因型初步鉴定时,涡旋离心法是三种方法中最简单快速的首选方法。     

四种石蜡包埋组织DNA提取方法的比较

背景:由于在甲醛固定石蜡包埋组织的制作及保存过程中对DNA造成的损害,影响了后续的聚合酶链反应等研究。选择一种简便有效且经济实用的石蜡包埋组织DNA提取方法成为研究者们关注和亟待解决的问题。目的:比较甲醛固定石蜡包埋组织中4种提取DNA的方法对DNA质量的影响,探讨一种操作简便、污染少、经济实用的石蜡包埋组织中提取DNA的方法。方法:取手术切除的普通甲醛固定石蜡包埋的非小细胞肺癌组织标本20例,分别以二甲苯脱蜡-酚氯仿法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法、试剂盒法和改良TES水浴脱蜡-试剂盒抽提DNA法提取其DNA,然后进行电泳分析、紫外分光光度计测定A260/A280比值及PCR扩增。结果与结论:改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法和改良TES水浴脱蜡-试剂盒抽提DNA法可获得较大的DNA片段,且两种方法与试剂盒法所提取DNA的A260/A280值相比较,均有显著性意义(P0.05),4种方法的提取效率差异无显著性意义(P0.1),以改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法所得DNA为模板,扩增的目的条带亮度与阳性对照相当。结果证实改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法简便有效,所用试剂价格低廉,是一种经济实用的石蜡包埋组织DNA提取方法。     

线粒体DNA提取方法的比较

目的将提取线粒体 DNA的碱变性法、Triton法、改进高盐沉淀法加以比较 ,以得到最方便快速提取线粒体 DNA的方法。方法分离 Wistar大鼠小肠上皮细胞 ,用 3种方法提取线粒体 DNA,紫外分光光度法定量。用琼脂糖凝胶电泳和线粒体 ATPase 8亚基基因 PCR扩增产物鉴定所提取的线粒体 DNA。结果改进高盐沉淀法线粒体 DNA量最多 ,Triton法最少。 OD2 6 0 / OD2 80均在 1.78～ 1.85间。将改进高盐沉淀法提取线粒体 DNA用于PCR扩增 ,测定出了线粒体 DNA ATPase 8亚基基因序列。结论改进高盐沉淀法提取线粒体 DNA具有操作简单 ,产量多的优点 ,该法所提取 mt DNA可用于 mt DNA测序     

一种碘化钾提取外周血基因组DNA的方法

目的　建立外周血基因组DNA 的快速提取方法。方法　用碘化钾直接从外周血中提取基因组DNA。结果　用该方法提取的DNA 为大分子量DNA;A260/A280为1.85,A260/A230为2.2;提取效率大于90% ;DNA 体外扩增结果良好。结论　该方法简便、快速、经济,可用于大量临床标本的研究。     

正交试验优化实现毛细管中的快速高效DNA提取

目的利用正交试验优化毛细管DNA提取的实验条件,并对优化后的毛细管DNA提取法进行考察。方法结合液滴与磁珠控制方法,在聚四氟乙烯毛细管中依次完成进样、DNA结合、洗涤以及洗脱等过程,建立毛细管DNA提取法。对照方法采用传统煮沸裂解法。采用正交试验考察血液乙型肝炎病毒（HBVDNA）提取的实验条件,包括结合时间、洗脱时间与洗脱温度等对DNA提取效果的影响。考察毛细管DNA提取法的DNA提取效果与重现性,分析提取的DNA定量（Ct值）与原始样品浓度的相关性。比较毛细管DNA提取法与对照方法提取DNA定量结果及耗时。结果正交试验提示毛细管DNA提取法的最佳实验条件为磁珠DNA结合时间5min,洗脱温度60℃,洗脱时间1min。荧光定量PCR显示,毛细管DNA提取法DNA提取效果较好,回收DNA定量具有良好的重现性,提取的DNA定量与原始样品浓度呈正相关（r=0．9999,P〈0．01）。配对t检验显示,毛细管DNA提取法的回收DNA定量显著高于对照方法（t=-4．263,P〈0．001）。采用优化的实验条件,整个毛细管DNA提取操作在23min内完成,而对照方法耗时45min以上。结论利用正交试验实现了毛细管DNA提取实验参数的优化,建立了一种快速、高效的DNA提取方法。     

人血细胞DNA无酚提取法

目的 寻找最佳的从血液尤其是凝血中提取DNA的方法,减少实验和临床检测血液的用量.方法 静脉抽取30份健康体检者的血样,分别抗凝、不抗凝处理后,用经优化的不需要酶和有机溶剂的抽提程序提取DNA,通过电泳和PCR进行检测.结果 凝血和抗凝血的DNA产量分别是(40.2±8.86)mg DNA/L和(39.1±10.2)mg DNA/L;纯度分别为1.87±0.11和1.92± 0.12.所有样本的DNA分子质量都很高,从两者的DNA样本中能很容易地扩增出t-PA基因的第8内含子区ALU等位基因二态性,因此所提取的DNA是完整可靠的.结论 该方法能快速、简单、有效、无毒地从新鲜血液和凝血中提取DNA,适合于临床检测和分子生物学研究.     

石蜡包埋组织DNA提取方法的比较及巢式PCR技术的应用

确定从福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)组织中提取DNA的最佳方法,增强长片段PCR产物的成功扩增率,便于分子生物学与临床医学的有机结合。本文选取正常甲状腺FFPE标本20份,分别应用一步法、酚/氯仿抽提法和试剂盒法三种不同的方法提取总DNA,并应用传统PCR法和巢式PCR法对线粒体DNA(mtDNA)的D环区进行扩增。结果酚/氯仿抽提法所得样本DNA的OD260/D280比值最高,为1.703±0.086。一步法、酚/氯仿抽提法和试剂盒法提取DNA的普通PCR长片段扩增成功率分别为0%、5%和10%,而巢式PCR长片段扩增成功率分别为0%、95%和85%。可见用蛋白酶K消化、酚/氯仿纯化法提取的FFPE组织标本DNA质量可靠,巢式PCR技术是从石蜡标本中扩增长片段DNA的有效方法。     

PCR法在小鼠早期念珠菌病诊断中的应用研究

目的 探讨PCR法对早期念珠菌病的诊断价值.方法 采用Biospin真菌基因组DNA提取试剂盒提取感染小鼠全血白色念珠菌DNA,并与血培养和脾脏、肾脏组织病理检查结果比较.结果 白色念珠菌标准菌株和两株临床分离菌株经PCR测定后,均可扩增到分子量大小约为500 bp的特异性条带.在小鼠早期念珠菌病的感染中,运用PCR法较血培养和组织病理检查敏感性高.结论 PCR法是一种快速、灵敏且特异性高的检查手段,为临床早期检测真菌病提供实验依据.     

两种方法提取DNA在α地中海贫血基因检测中敏感性的比较

目的　寻找α地中海贫血基因检测中提取DNA的快速、敏感、准确的方法。方法　全血DNA提取采用Qiagen快速法及表面活性剂快速法 ,并用双重PCR法进行α -地中海贫血基因的检测。结果　 6 0例经典法提取DNA并用双重PCR测定确定为α -地中海贫血患者 ,经Qiagen法提取DNA进行双重PCR检测 ,阳性为 6 0例 ,检出敏感性为 10 0 % (6 0 / 6 0 ) ,而表面活性剂快速法检出阳性为 10例 ,敏感性约为 16 7% (10 / 6 0 ) ,经非参数检验中的麦克内尔马检验 ,两者有统计学意义。结论 :表面活性剂快速法提取DNA进行α -地中海贫血基因检测漏诊率高 ,不能用于标本提取DNA进行α-地中海贫血基因检测 ;Qiagen法尽管成本较高 ,但是它检出敏感性高 ,准确、快速 ,尤其在诊断如α -地中海贫血等遗传病是很值得推广应用的     

石蜡包埋组织中3种DNA提取方法的比较及优化

近年来,分子病理学技术迅速从科研发展到常规的病理诊断.目前常规检测包括:细菌病毒的检测[1-3]、肿瘤相关基因的突变[4,5]、靶向药物的分子检测[6,7]等,存档的福尔马林固定-石蜡包埋组织(formalin fixed and paraffin embedded tissues,FFPET)常常是形态学研究的宝贵资源,回顾性基因的研究与患者的治疗和临床诊断密切相关.因此DNA提取的质量将直接影响所有以DNA为研究对象的分子生物学实验,对复杂的多重PCR如T/B细胞克隆评价[8]、应用Array-CGH[9]、MLAP-based测定[10]等DNA的质量和纯度提出更高的要求.但是从FFPET中提取DNA以及用DNA进行基因研究中存在检测成功率低、重复性差等问题,多数文献描述提取DNA方法成功率为60%～80%[11],因此提取DNA的质量、纯度、片段的长度决定后续实验的成功与否.同时,对石蜡组织提取DNA前样本的量在很多文献中描述不一,针对提取DNA的方法不同,选择最合适的组织样本量,本组研究通过比较不同抽提方法对肿瘤组织不同蜡膜用量所得DNA质量,总结3种提取DNA的方法对应最合适的蜡膜用量,建立标准化操作程序.     

几种线粒体DNA提取方法的比较

目的将提取线粒体DNA的碱变性法、Triton法、改进高盐沉淀法加以比较,以得到最方便快速提取线粒体DNA的方法.方法采用健康成年雄性Wistar大鼠,取回肠上皮细胞样本18份,每份含3×10?6细胞,每6份分别用碱变性法、Triton法、改进高盐沉淀法提取线粒体DNA,紫外分光光度法定量.再用琼脂糖凝胶电泳和线粒体ATPase6亚基基因PCR扩增产物鉴定所提取的线粒体DNA.结果3种方法提取线粒体DNA量差别明显改进高盐沉淀法量最多,为(1.26±0.23)μg;碱变性法次之,为(0.52±0.18)μg;Triton法为(0.31±0.16)μg.A260/A280均大于1.7.说明改进高盐沉淀法提取线粒体DNA具有操作简单,产量多的优点.将改进高盐沉淀法提取线粒体DNA用于PCR扩增,测定出了线粒体DNAATPase8亚基基因序列,说明该法所提取mtDNA可用于mtDNA测序.讨论和结论线粒体在细胞凋亡,衰老及程序化死亡中发挥重要作用.已在多种疾病中发现mtDNA突变.对线粒体疾病的分子遗传机理的研究可以进一步阐明这些疾病的病因,并为治疗提供理论指导.胡义德、Tamura和Palva等用碱变性法提取了人血白细胞、心肌等组织中mtDNA;戴纪刚等建立的Triton法先除去细胞核,再分离提取胞浆中mtDNA.而高盐沉淀法通过SDS(十二烷基硫酸钠)破坏细胞膜、核膜,使蛋白质变性,从而游离出核酸,EDTA抑制细胞中DNA酶的活性,蛋白酶K进一步将蛋白质降解成小肽,加入饱和乙酸钠后,绝大部分线性大分子量DNA和蛋白质在SDS作用下变性形成沉淀,环状mtDNA仍为自然状态,通过高速离心,即可得到mtDNA.3种方法各有优缺点碱变性法操作时间较短,要求条件比较严格,不易重复;Triton法通过核质分离提取mtDNA操作时间短,但产量低,易降解.而高盐沉淀法操作简单,易重复,产量多,可依需用量扩大反应体系,使mtDNA质量得以容易控制.     

四种腺病毒核酸提取方法的比较

目的通过蛋白酶K法、苯酚法、病毒DNA／RNA提取试剂盒、腺病毒荧光PCR检测试剂盒等四种腺病毒核酸提取方法的比较。为进一步研究腺病毒的分子生物学特性选择合适的方法提供参考。方法以腺病毒感染的A549细胞为样品．分别以蛋白酶K法、苯酚法、病毒DNA／RNA提取试剂盒、腺病毒荧光PCR检测试剂盒等四种方法提取核酸．核酸经紫外分光光度计检测A260／A280的比值后,用荧光定量PCR方法检测核酸中腺病毒拷贝数浓度。并记录四种腺病毒核酸提取方法所需的操作时间。结果蛋白酶K法、苯酚法、病毒DNA／RNA提取试剂盒、腺病毒荧光PCR检测试剂盒等四种方法提取核酸的A260／A280的比值依次为1．85532、1．7377、1．81474和1．43934,核酸中腺病毒拷贝数浓度依次为4．9×10^5copies／mL、3．94×10^3copies／mL、2．66×10^6copies／mL和6．15×10^6copies／mL,提取核酸所需的时间分别为1．5、15、0．5和0．5h。结论四种腺病毒核酸提取方法中,蛋白酶K法简单快捷、成本低廉,适合一般实验室使用;苯酚法适合用于提取细胞培养上清中病毒的核酸;病毒DNA／RNA试剂盒的优点是操作时间短,得到的病毒核酸纯度较高;腺病毒荧光PCR检测试剂盒对病毒的核酸损耗少．操作步骤少．适用于临床标本的腺病毒核酸检测。     

石蜡包埋组织基因组DNA提取的条件优化

DNA提取是分子生物学研究的基础工作.在进行回顾性实验研究时,病理科保存的大量石蜡包埋组织(paraffin-embedded tissues, PETs)系分子生物学研究材料的可靠来源,但从福尔马林固定的PETs中提取高质量的DNA仍存在一定难度.PETs在制作过程中受到多种理化因素影响,造成DNA降解严重,使得PCR扩增结果不稳定.如何避免DNA分子损失,保持DNA相对完整和纯度是亟待解决的难题.本研究通过比较不同脱蜡方法和抽提方法所得DNA的质量,旨在找到一种安全有效的PETs中提取DNA的方法.     

微量血提取DNA法在PPARγ基因突变研究中的应用

目的建立一种大样本外周血基因组DNA的提取方法.方法改良经典基因组DNA提取方法,用TritonX-100和Tris-HCl混合溶解红细胞.结果用该法提取的DNA,A260nm/A280nm均大于1.89, 含量大约300μg/ml,PCR扩增产物酶切结果良好.结论该方法简便、经济,可用于大样本的基因分析.     

脾脏提取DNA与人类白细胞抗原配型实验方法

背景：人类白细胞抗原配型结果报告准确与否,直接影响供受者之间的配对选择,而配型样本的好坏则影响结果的优劣。 目的：建立脾脏提取DNA进行人类白细胞抗原配型实验的实验技术平台。 方法：通过从脾脏分离淋巴细胞提取DNA进行人类白细胞抗原配型实验,并同正常的和严重溶血的外周血提取DNA进行人类白细胞抗原配型的实验进行比较。 结果与结论：通过脾脏和正常外周血提取的DNA经扩增、电泳后均获得了完整的DNA电泳图,脾脏比正常外周血的电泳图更清晰,而严重溶血的标本未能获得清晰完整的DNA电泳图。实验成功建立了脾脏提取DNA进行人类白细胞抗原配型实验的实验技术平台。