口腔鳞状细胞癌预后相关基因标志物的分析

［摘要］ 目的 通过生物信息分析途径对口腔鳞状细胞癌患者与正常人群的差异基因进行分析,从分子水平探讨关键基因以及参与的信号通路,初步探索口腔鳞状细胞癌发生、发展的基因标志物。方法 从公共数据库基因表达数据库（GEO）中下载口腔鳞状细胞癌的相关芯片数据（GSE3524和GSE6631）,筛选出口腔鳞状细胞癌组织和对照组织表达有显著差异的基因。并对其功能及预后进行分析。结果 共筛选出129个差异表达基因,其中表达上调45个,下调84个,对其进行基因本体、京都基因与基因组百科全书和蛋白互作网络分析,发现分泌型焦磷酸蛋白（secreted phosphoprotein 1, SPP1）、金属基质蛋白酶（matrix metalloproteinase 1,MMP1）、丝氨酸蛋白酶抑制剂（serpin family E member 1,SERPINE1）、纤溶酶原激活剂（plasminogen activator urokinase,PLAU）处于基因核心节点位置。同时,根据这些关键基因表达水平的高低对口腔鳞状细胞癌患者进行分组,高表达组患者生存时间均低于低表达组,差异有统计学意义（PSPP1=0.045、PMMP1=0.046、PSERPINE1=0.0024和PPLAU=0.00049）。结论 基因组学分析方法筛选出的关键基因和信号通路有助于研究口腔鳞状细胞癌发生、发展的机制,也进一步为治疗靶点及预后分子标志物的选择提供了依据。     

Neuropilin-1表达对口腔鳞状细胞癌放疗敏感性的影响

目的:探究Neuropilin-1表达对口腔鳞状细胞癌放疗敏感性的影响.方法:挖掘基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库,筛选出口腔鳞状细胞癌放疗耐受的差异基因,再利用癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库探讨关键基因在口腔鳞状细胞癌中的表达...     

UHRF1在口腔黏膜鳞癌中的表达及其对临床预后的价值研究

目的 分析泛素样含PHD和环指域1(ubiquitin like with PHD and ring finger domains 1,UHRF1)在口腔黏膜鳞状细胞癌中的表达及其临床意义。方法 收集2008—2016年间,于中国科学技术大学附属第一医院口腔颌面外科接受手术治疗的原发性口腔鳞癌患者,利用免疫荧光染色评估患者的肿瘤组织、癌旁正常组织及侵袭前沿中的UHRF1表达,了解其表达差异性。以免疫反应强度分布指数(immunoreactivity intensity distribution index,IRIDI)值4分为界限,将患者分为UHRF1高表达组和低表达组,分析UHRF1表达水平与患者临床病理特征之间的关系,利用Kaplan-Meier法对肿瘤组织中UHRF1表达水平与患者生存率的相关性进行分析,运用Cox风险模型对影响口腔癌患者生存率的相关危险因素进行分析。结果 与肿瘤侵袭前沿、癌旁正常组织相比,UHRF1在口腔鳞癌肿瘤组织中高表达(P<0.01)。口腔鳞癌组织中UHRF1的表达水平与患者性别、肿瘤大小、浸润深度相关(P<0.05)。UHRF1低表达组和高表达组患者肿瘤复发、颈淋巴结转移、隐匿性淋巴结转移及生存率比较,均存在明显差异(P<0.05)。Cox风险回归模型结果显示,UHRF1的表达水平是影响口腔鳞癌患者生存率的危险因素(P=0.002)。结论 UHRF1在口腔鳞癌肿瘤组织中高表达,其表达水平与患者的临床预后密切相关,可作为口腔鳞癌有价值的预后指标。     

口腔癌和癌前病变细胞中氧化应激相关基因差异表达

目的 筛选口腔鳞状细胞癌和癌前病变细胞中与氧化应激相关的差异表达基因,探讨氧化应激损伤与口腔癌发生的相关性及其作用机理.方法 采用核酸微阵列技术,对口腔鳞状细胞癌细胞株Tca8113、KB及口腔癌前病变细胞株DOK细胞的基因表达谱进行比较研究,检测、筛选口腔鳞状细胞癌中与氧化应激相关的差异表达基因.结果 与氧化应激相关的差异表达基因有28条.与氧化应激关系较密切的差异表达基因有9条,如过氧化物酶、超氧化物歧化酶、谷胱甘肽合成酶、谷胱甘肽S-转移酶、硫氧还原酶及硒蛋白等.另外,细胞角蛋白17、细胞角蛋白10及细胞角蛋白7在Tea8113和KB细胞中表达明显增高.结论 氧化应激损伤可能通过某种信号通路引起细胞角蛋白发生变化,从而导致口腔鳞状细胞癌的发生.氧化应激损伤可能与口腔鳞状细胞癌的发生密切相关.     

基于铁死亡相关基因的口腔鳞状细胞癌的生物信息学分析

目的:探究铁死亡相关基因在口腔鳞状细胞癌(OSCC)发生发展中的作用,初步确定潜在生物标志物.方法:从癌症基因组图谱数据库(TCGA)中下载头颈部鳞状细胞癌相关临床数据并筛选得到OSCC相关数据.利用R软件筛选差异表达的铁死亡相关基因并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析.利用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络并利用R软件筛选关键基因.对关键基因进行Kaplan-Meier生存曲线绘制和Cox回归分析.结果:共筛选出44个铁死亡相关差异表达基因,进一步分析发现9个关键基因,其中IFNG和EGFR在OSCC组织中的表达水平与生存率显著相关(P<0.05).结论:铁死亡相关基因IFNG和EGFR可作为口腔鳞状细胞癌患者预后潜在的标志物.     

PTEN和VEGF在口腔鳞状细胞癌发生发展过程中的表达及意义

目的　探讨抑癌基因PTEN和血管内皮生长因子 (VEGF)在口腔鳞状细胞癌 (oralsquamouscellcancer,OSCC)发生发展不同阶段中的蛋白表达及意义。方法　应用免疫组化S -P法检测 10例正常口腔粘膜、10例上皮单纯增生、15例上皮异常增生及 32例口腔鳞状细胞癌组织中PTEN和VEGF的蛋白表达情况 ,比较这两种蛋白表达之间的关系。结果　PTEN蛋白在正常口腔粘膜、上皮单纯增生、上皮异常增生、和口腔鳞状细胞癌组织中阳性表达率分别为 10 0 % (10 / 10 )、10 0 % (10 / 10 )、93.3% (14 / 15 )和 71.9% (2 3/ 32 ) ;口腔鳞状细胞癌组织中PTEN蛋白的阳性表达率显著低于正常口腔粘膜、上皮单纯增生、上皮异常增生组织 (P <0 .0 5 ) ;高、中、低分化口腔鳞状细胞癌组织中PTEN蛋白的阳性表达率分别为 85 .7%、75 %和 33.3% ,统计学分析表明PTEN在OSCC组织中的蛋白表达与组织分化程度明显相关 (P <0 .0 5 )。PTEN蛋白与VEGF蛋白表达呈负相关趋势 ,但差异无显著性 (P >0 .0 5 )。结论　PTEN蛋白在口腔鳞状细胞癌发生发展过程中的表达呈进行性下调或缺失 ,可能是通过降低细胞粘附、促进血管形成等途径参与口腔鳞状细胞癌的发生和演进过程     

Axl基因在口腔鳞状细胞癌中的表达及意义

目的检测Axl(Anexelekto)在口腔鳞状细胞癌中的表达,探索Axl与口腔鳞状细胞癌发生、发展的关系。方法免疫组织化学法(IHC)检测42例口腔鳞状细胞癌患者的癌组织(口腔癌组)及其相应的癌旁组织(癌旁组)Axl的表达状况。原代培养正常人口腔上皮细胞(HOEC),并培养1株永生化正常口腔角化上皮细胞系(NOK)及2株人舌鳞状细胞癌细胞系(UM1、UM2)。实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)和蛋白免疫印迹分析(Western blot)检测上述4种细胞中的Axl的mRNA和蛋白的表达情况。结果 Axl在口腔鳞状细胞癌组织中的阳性表达率(61.9%)高于其相应的癌旁正常组织(26.2%),差异具有统计学意义(P<0.05),qRT-PCR和Western blot结果示在HOEC、NOK、UM2、UM1中Axl基因的mRNA表达和蛋白表达逐步增高,且在UM2、UM1中明显高于HOEC、NOK。结论 Axl在口腔癌组织及口腔癌细胞株中的表达较口腔正常组织和正常口腔上皮细胞者中高表达,提示Axl基因可能与口腔鳞状细胞癌的发生、发展相关。     

E—cadherin在口腔鳞状细胞癌中的表达及其临床意义

应用E—cadherin（E—CD）单克隆抗体通过免疫组织化学ABC方法，对石蜡包埋的40例口腔鳞状细胞癌标本进行分析，探讨E—CD基因的表达与口腔鳞状细胞癌临床病理的关系。结果表明：E—CD阴性表达和弱阳性表达共16例，占40％，细胞膜和细胞浆均见表达。E—CD基因表达与口腔鳞状细胞癌患者性别、年龄、肿瘤临床分期均无明显关系。而E—CD基因表达减弱或阴性口腔鳞状细胞癌患者比阳性者分化低，浸润深．易见淋巴结转移。提示E—CD表达对判断口腔鳞状细胞癌生物学行为有重要作用，是临床判断其恶性程度和制定治疗方案有价值的参考指标。     

口腔鳞状细胞癌中蛋白酪氨酸磷酸酶基因的突变与表达

目的 探讨抑癌基因蛋白酪氨酸磷酸酶基因(phosphatase and tensin homolog deleted in chromosome 10,PTEN)的突变和基因表达水平变化在口腔鳞状细胞癌发生、发展过程中的作用.方法 应用聚合酶链反应(PCR)、基因测序方法检测42例口腔鳞状细胞癌和癌旁组织中PTEN第3、5、6、8外显子有无突变.应用半定量反转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测上述病例癌组织及癌旁组织中PTEN mRNA的表达.结果 发现2例口腔鳞状细胞癌组织中PTEN第5外显子发生点突变.42例口腔鳞状细胞癌和癌旁正常组织中均有PTEN mRNA表达,口腔鳞状细胞癌组织中PTEN mRNA表达量[PTEN/磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde phosphate dehydrogenase,GAPDH)]为(0.36±0.12),低于相应癌旁正常组织(0.64±0.09),差异有统计学意义(P＜0.01).结论 PTEN mRNA表达水平降低与口腔鳞状细胞癌的发生有一定关系.     

P-gp和ABCG2在口腔鳞状细胞癌中的表达及临床病理意义

目的:研究肿瘤耐药相关基因P-糖蛋白(P-gp)和三磷酸腺苷结合转运蛋白G超家族成员(ABCG2)在口腔鳞状细胞癌组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系。方法:应用免疫组化Envision法检测口腔鳞状细胞癌组织76例及正常黏膜组织30例,观察肿瘤耐药相关基因P-gp和ABCG2的表达,同时回顾性研究了这些表达与口腔鳞状细胞癌发生、浸润及转移等临床病理学参数的关系。结果:口腔鳞状细胞癌组织中,P-gp和AB-CG2的表达阳性率分别为88.16%和80.26%。30例正常黏膜组织中,两者的表达率分别为60%和50%,差异有统计学意义(P<0.05)。口腔鳞状细胞癌组织中,P-gp在不同临床分期、不同浸润深度组之间阳性表达率的差异有统计学意义(P<0.05)。ABCG2在不同临床分期、有或无淋巴结转移组之间阳性表达率的差异有统计学意义(P<0.05)。P-gp与ABCG2的表达呈正相关r=0.228(P<0.05)。结论:P-gp和ABCG2在口腔鳞癌的发生发展中可能有协同作用。检测P-gp和ABCG2的表达对口腔鳞癌化疗方案的制定、判断预后有重要指导意义。     

存活蛋白在口腔鳞状细胞癌中的表达及意义

目的 探讨存活蛋白(survivin)与口腔鳞状细胞癌发生和预后的相关性.方法 收集口腔鳞状细胞癌21例(试验组)及良性肿物10例(对照组)的口腔脱落细胞、唾液、血清及组织,应用酶联免疫吸附测定和实时定量聚合酶链式反应技术检测标本中存活蛋白及mRNA表达.结果 试验组脱落细胞的存活蛋白表达质量浓度[(43.93±33.30) ng/L]显著高于对照组[(8.49±3.73)ng/L] (P＜0.01);口腔脱落细胞存活蛋白表达浓度随淋巴结转移而升高(P＜0.05);口腔鳞状细胞癌组织存活蛋白mRNA的表达通过相对定量倍数关系比较,为正常组织的3.3倍,差异有统计学意义(P＜0.01).结论 存活蛋白在口腔癌的发生过程中起重要作用,口腔脱落细胞的存活蛋白检测可早期诊断口腔鳞状细胞癌并判断预后.     

口腔鳞状细胞癌和癌旁组织的基因表达分析

目的利用来自美国国立生物信息技术中心(NCBI)基因表达数据库(GEO)的基因芯片数据,分析基因在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中癌和癌旁组织的差异表达情况,为寻找癌和癌旁组织双边的抑癌靶标提供依据。方法选取来自NCBI-GEO数据库中OSCC患者的癌和癌旁组织,以及正常人口腔组织的基因芯片数据,分别计算得到前两者相对后者的差异表达基因,并进行功能聚类与特定基因的通路分析。结果大部分差异基因为癌与癌旁所共有,其中多数基因的差异表达方向在两者中一致,少部分方向不一致。如WIF1基因在癌组织中表达下调,但在癌旁组织中表达上调。这种差异表达行为的不同与基因的功能相关,因此,差异表达行为可能为抑癌靶标的发现提供线索。结论基因在癌和癌旁组织中的差异表达行为与基因的功能相关,具有特定差异表达行为的基因可能成为潜在的抑癌靶标。     

基质金属蛋白酶-7和c-myc在口腔鳞状细胞癌中的表达和意义

目的研究基质金属蛋白酶-7(MMP-7)与c-myc在口腔鳞状细胞癌组织中的表达及其意义。方法应用免疫组化EliVisionTM法分别检测MMP-7和c-myc在49例口腔鳞状细胞癌和5例正常口腔黏膜上皮中的表达情况。结果1)MMP-7和c-myc在口腔鳞状细胞癌组织中的阳性表达率分别为83.7%和77.6%。2)在不同病理分级、不同临床分期和有无淋巴转移的口腔鳞状细胞癌组织中MMP-7阳性表达率的差异有统计学意义(P<0.05)。3)在不同病理分级和有无淋巴转移的口腔鳞状细胞癌组织中c-myc阳性表达率的差异亦有统计学意义(P<0.05)。4)口腔鳞状细胞癌组织中MMP-7和c-myc的表达呈正相关(P<0.05)。结论MMP-7和c-myc在口腔鳞状细胞癌组织中均有高表达,在口腔鳞状细胞癌的发病过程中,其高表达具有协同效应,共同促进口腔鳞状细胞癌的发生和发展。     

口腔颌面鳞状细胞癌相关基因的筛选与定量验证

目的 筛选和验证与口腔颌面鳞状细胞癌密切相关的基因，为口腔鳞癌寡核苷酸功能芯片的制作提供可靠的靶标基因。方法 选用近5年口腔鳞癌基因表达谱芯片检测方面的文献资料，按标准筛选可能与口腔鳞癌相关的基因，用22对临床配对肿瘤与正常黏膜组织，采用实时定量PCR技术验证候选基因的表达情况，结合 内参照3-磷酸甘油醛脱氢酶（GAPDH）管家基因进行相对定量分析。结果 在课题组前期筛选到38个口腔鳞癌密切相关基因的基础上，又筛选出8个相关基因，其中富含半胱氨酸酸性分泌蛋白（SPARC）、血小板源生长因子A（PDGF—A）、丝氨酸蛋白酶抑制剂E（SERPIN口）、转化生长因子Cβ1（TGF—β1）、血管内皮生长因子C（VEGF—C）基因分别在16个以上肿瘤组织标本中过表达，细胞角蛋白15（CK15）基因在19个肿瘤标本中低表达，且肿瘤与正常黏膜组织存在差异，具有统计学意义（P〈0．01）。细胞周期D1蛋白基因（CCND1）和细胞凋亡相关的抑制蛋白（BIRC3）基因在肿瘤组织中过表达，但与正常组织差异无统计学意义（P〉0．05）。结论 SPARC、PDGF—A、SERPIN口、TGF-β、、VEGF—C、CK15是与口腔鳞癌密切相关的基因，可作为口腔颌面鳞癌寡核苷酸功能芯片制作的靶标基因。     

口腔鳞状细胞癌组织中C-erbB-2蛋白表达的免疫组化定量分析

目的 探讨C-erbB-2蛋白在口腔鳞状细胞癌组织中表达的意义。方法 采用单克隆抗体免疫组化S-P法，对58例口腔鳞状细胞癌和12例正常口腔粘膜进行免疫组化染色，检测C-erbB-2基因的表达情况，并采用全自动图像分析仪对染色结果进行定量分析。结果 口腔鳞状细胞癌中C-erbB-2的表达高于正常粘膜，高分化口腔鳞状细胞癌表达低于中低分化者，颈淋巴结转移组高于未转移组。结论 C-erbB-2在口腔鳞状细胞癌中存在过度表达，其表达程度越高，提示肿瘤的恶性肿瘤程度越高，越容易发生转移或局部浸润。     

P73蛋白在金黄地鼠颊囊癌变过程中的表达及意义

目的 检测p73基因在口腔癌前病变和鳞状细胞癌发生发展中的表达，为明确p73在口腔癌前病变和鳞状细胞癌中的诊断和治疗价值提供理论依据。方法 采用免疫组化SABC法研究p73在60只地鼠颊囊黏膜癌前病变和鳞状细胞癌中的表达。结果 p73在口腔癌前病变和鳞状细胞癌中表达逐渐增加，证实p73参与了黏膜癌前病变和鳞状细胞癌的发生与发展，有可能用于肿瘤的基因治疗。结论 结果对口腔黏膜癌前病变和鳞状细胞癌的早期诊断、鉴别诊断、基因治疗提供了理论依据。     

自噬相关基因Beclin1和MAP1LC3在口腔鳞状细胞癌中的表达及意义

目的:通过检测自噬相关基因Beclin1和MAP1LC3在口腔鳞状细胞癌中的表达,探讨自噬在口腔鳞状细胞癌发生中的作用。方法:采用免疫组织化学方法,观察自噬相关基因Beclin1和MAP1LC3在47例口腔鳞状细胞癌和16例癌旁组织中的表达情况。结果:Beclin1在口腔鳞状细胞癌组织和癌旁组织中的表达率分别为40.43%和75%;MAP1LC3在口腔鳞状细胞癌组织和癌旁组织中的表达率分别为29.79%和62.5%,Beclin1和MAP1LC3在癌组织中的表达率明显低于癌旁组织,2组间均有显著差异(P<0.05)。Beclin1在高分化鳞状细胞癌组织中的表达率为42.31%,在中低分化鳞癌中的表达率为38.1%;MAP1LC3在高分化鳞状细胞癌组织中的表达率为30.77%,在中低分化鳞癌中的表达率为28.57%,Beclin1和MAP1LC3这2组之间的差异均无显著性差异。Beclin1在有淋巴结转移的癌组织和无淋巴结转移的癌组织中的表达率分别为9.09%和50%;MAP1LC3在有淋巴结转移的癌组织和无淋巴结转移的癌组织中的表达率分别为0%和38.89%,这2组均有显著性差异(P<0.05)。结论:Beclin1和MAP1LC3在口腔鳞状细胞癌中表达明显低于癌旁组织,在有淋巴结转移的口腔鳞状细胞癌组织中的表达明显低于无淋巴结转移组织。     

脆性组氨酸三聚体基因及错配修复基因hMLH1、hMSH2在口腔鳞状细胞癌中的表达及意义

目的:探讨脆性组氨酸三聚体基因(FHIT)和错配修复基因hMLH1、hMSH2在口腔鳞状细胞癌组织中的表达及其相互关系.方法:采用免疫组化法检测69 例口腔鳞状细胞癌和40 例正常口腔黏膜组织中FHIT和hMLH1、hMSH2的表达情况.资料的统计学处理用SPSS软件完成,比较用卡方检验.结果:口腔鳞状细胞癌组织中FHIT、hMLH1和hMSH2的阳性表达率(46.4%,47.8%,55.1%)低于正常口腔黏膜组织(77.5%,77.5%,80.0%),差异有显著性(P<0.05).结论:FHIT、hMLH1和hMSH2可能在口腔鳞状细胞癌的发生发展中发挥重要作用.     

新疆维吾尔族、汉族口腔黏膜癌前病变及口腔鳞状上皮细胞癌P53蛋白、PCNA的表达

目的 探讨新疆维吾尔族、汉族口腔黏膜癌前病变及口腔鳞状细胞癌的发生与发展过程中, P53蛋白和PCNA的表达及意义。方法 应用免疫组织化学方法对40例口腔扁平苔藓(维吾尔族20例, 汉族20例), 43例口腔白斑(维吾尔族23例, 汉族20例), 65例口腔鳞状细胞癌(维吾尔族24例, 汉族41例)分别进行检测。结果 ① 口腔鳞状细胞癌组织中突变型P53蛋白阳性率为47.7%, 明显高于口腔白斑(11.6%)和口腔扁平苔藓(0)(P＜0.005), 维族与汉族之间的差异均无统计学意义(P＞0.05)。② PCNA的阳性率在口腔鳞状细胞癌组织中为81.5%, 明显高于口腔白斑(16.3%)和口腔扁平苔藓(0)(P＜0.005), 维族与汉族之间无明显差异(P＞0.05)。结论 ① P53基因突变使P53蛋白过表达和PCNA的过表达在口腔磷状上皮细胞癌的发生与发展过程中起着十分重要的作用。② 据本研究资料, 尚不能认为以上各指标中维族与汉族之间有显著性差异。     

口腔鳞状细胞癌中整联蛋白连接激酶的表达及意义

目的 研究整联蛋白连接激酶(integrin-linked kinase,ILK)在口腔鳞状细胞癌中的表达特点,以期进一步揭示其与口腔鳞状细胞癌的生物学行为的关联.方法 采用免疫组织化学及组织化学方法研究ILK在170例口腔鳞状细胞癌中的表达情况及规律.结果 ILK的阳性表达可以出现在癌巢或癌细胞条索内和(或)癌组织外围的间质.随着口腔鳞状细胞癌病理分级的提高,ILK具有从阴性表达、仅在上皮表达、上皮间质均表达发展为仅在间质表达的趋势.经非参数检验,无论在无转移组[高、中、低分化组ILK仅在间质表达者分别为2%(1/50)、18%(6/33)和64%(18/28)]和转移组[高、中、低分化组仅在间质表达者分别为16%(4/25)、9/18和10/16],ILK的表达模式与病理分级间差异均有统计学意义(F=17.742,P＜0.001;F=4.394,P=0.017).ILK的这种表达模式在有、无淋巴结转移组间的差异也具有统计学意义(x2=14.418,P=0.002).结论 在口腔鳞状细胞癌的发展过程中ILK更趋向表达于间质,其本质值得深入研究.