基于CIBERSORT方法评价肿瘤浸润免疫细胞与肝细胞癌预后的关系：一项TCGA数据集二次分析

目的:本研究拟评价肿瘤浸润免疫细胞与肝细胞癌(HCC)患者预后的关系。方法:采用CIBERSORT方法分析并识别癌症基因组图谱(TCGA)数据库肝细胞癌数据集(LIHC)中特定类型的肿瘤浸润免疫细胞。通过Log rank方法评估肿瘤浸润免疫细胞与HCC患者预后的关系。结果:在TCGA-LIHC数据集中,以CIBERSORT P<0.05为标准纳入30例肿瘤样本和2例非肿瘤样本。与非肿瘤组织相比,巨噬细胞M0在肿瘤组织中显著浸润(P<0.05)。HCC患者非肿瘤组织中的巨噬细胞M1显著高于肿瘤组织中的巨噬细胞(P<0.05)。肿瘤中高巨噬细胞M0与HCC患者较差的总生存期(OS)和无病生存期(DFS)显著相关(分别为HR=2.06,95%CI=1.45～2.93,Log rank P<0.001和HR=1.58,95%CI=1.17～2.14,P=0.004)。而HCC患者巨噬细胞M1与OS和DFS无显著性差异(P>0.05)。在甲胎蛋白升高、AJCC分期晚期、TNM分级晚期和血管浸润的HCC患者中,巨噬细胞M0的CIBERSORT分数显著增加(均P<...     

基于GEO和TCGA数据库的结直肠癌多基因预后预测模型构建与评价

目的 探讨基于GEO和TCGA数据库中9个结直肠癌（CRC）预后相关基因所构建的预测模型对CRC预后的预测效能。方法 收集接受腹腔镜CRC根治术的患者350例,记录患者临床病理资料,实时荧光定量PCR法检测患者CRC组织中基于GEO和TCGA数据库筛选出的9个CRC预后相关基因（CLK1、SLC2A3、LIPG、EPHB2、ATOH1、PLCB4、GZMB、CKMT2和CXCL11）表达。术后随访12个月,根据是否出现肿瘤复发或癌因性死亡,将患者判定为有疾病进展或无进展。对比有进展及无进展患者各基因表达,使用多因素Cox回归方程分析影响CRC患者疾病进展的相关因素;使用R软件ggrisk包构建CRC患者多基因预后预测模型,采用受试者工作特征曲线（ROC）评估预后预测模型的预测效能。结果 术后随访12个月,350例CRC患者中260例未出现疾病进展,90例出现疾病进展,总进展率为25.71%。出现疾病进展患者CRC组织LIPG、EPHB2、ATOH1、PLCB4、GZMB、CKMT2和CXCL11表达低于无进展患者,CLK1、SLC2A3表达水平高于无进展患者（P均<0.05）。多...     

基于TCGA研究细胞坏死相关基因对肝细胞癌患者预后的影响

目的 研究细胞坏死相关基因对肝细胞癌(HCC)患者预后的影响。方法 自癌症基因组图谱TCGA数据库下载HCC患者mRNA水平数据及其对应的临床资料。应用LASSO Cox回归在TCGA文件中构建多坏死相关基因预后模型。结果 在单因素Cox回归分析中,23个细胞坏死相关差异水平基因与预后生存相关(P<0.05);构建一个显著相关的6个细胞坏死相关基因的预后模型,发生高风险组总体生存期显著低于低风险组(P<0.01);多因素Cox回归分析风险评分符合独立的预后因子标准(P<0.O1);对差异水平基因进行富集分析(GO/KEGG)和单样本基因集富集分析(ssGSEA),发现差异基因与免疫通路显著相关(P<0.05)。结论 通过6个细胞坏死相关基因构建的预后模型可以用于预测HCC患者的预后,或许能为HCC患者的临床治疗提供参考。     

食管癌内镜分型与浸润及转移间关系的探讨

作者回顾总结本院１９８０年１月至２０００年１０月间经内镜诊断并由手术病理证实的２８０例食管癌的内镜、手术和病理资料，按日本食管病学会（JSED）标准进行分型，探讨不同型别食管癌的内镜特点与浸润、转移和手术间的关系。１．资料与方法：２８０例中男２３３例，女４７例，性别之比为６：１，年龄２９～７１岁，平均５３．６岁，３５岁以下１０例。病变部位：上段３６例，占１２．８％；中段１４８例，占５２．９％；下段９６例，占３４．３％。内镜分型根据JSED标准犤１犦，将癌肿分为浅表型和进展型２类，食管癌浸润深度及转移…     

基于GEO数据库相关基因检测数据估算分析直肠癌组织免疫细胞分布变化

目的 基于GEO数据库相关基因检测数据估算直肠癌组织免疫细胞比例,分析不同免疫细胞之间以及免疫细胞与患者临床病理特征、预后的关系,以探讨直肠癌组织中免疫细胞的分布情况及其变化的临床意义。方法从GEO数据库中下载GSE87211数据集,从中提取直肠癌组织与直肠正常对照组织（简称对照组织）基因检测数据及直肠癌患者临床相关数据。应用CIBERSORT反卷积法估算直肠癌组织及直肠对照组织中22种免疫细胞（包括浆细胞、初始B细胞、记忆性B细胞、滤泡辅助性T细胞、调节性T细胞、γδT细胞、CD8+T细胞、初始CD4+T细胞、未活化CD4记忆T细胞、活化CD4记忆T细胞、未活化NK细胞、未活化肥大细胞、活化肥大细胞、嗜酸性粒细胞、中性粒细胞、活化NK细胞、单核细胞、M0巨噬细胞、M1巨噬细胞、M2巨噬细胞、未活化树突状细胞及活化树突状细胞）比例。采用Pearson相关性分析不同免疫细胞之间的相关性;应用Wilcox检验或Kruskal-Wallis检验比较不同临床病理特征直肠癌患者癌组织中免疫细胞比例;以不同免疫细胞比例中位值为界,将直肠癌患者分为高比例组和低比例组,采用Kaplan-Meier曲线...     

基质金属蛋白酶及其组织抑制剂与食管癌浸润转移的关系

目的:研究基质金属蛋白酶-9(MMP-9)及其相应的组织金属蛋白酶抑制剂-1(TIMP-1)在食管癌组织上的表达及其在细胞浸润转移过程中所起的重要作用。方法:采用免疫组织化学链霉素抗生物素蛋白-过氧化物酶(SP)法检测的50例食管癌组织中MMP-9及TIMP-1的表达。结果:MMP-9在食管癌组织的阳性表达率为76％,其表达与淋巴结转移呈正相关(Pearson列联系数0.343,P<0.05)。TIMP-1在食管癌组织表达的阳性率为30％,其表达与淋巴转移呈负棚关(Pearson列联系数为O.333,P<0.05)。结论:MMP-9阳性表达与食管癌浸润转移呈正相关,TIMP-1阳性表达与食管癌浸润转移呈负相关,二者在食管癌浸润转移中的关系表现为MMP-9促进肿瘤转移,TIMP-1对食管癌有独立的抑制作用。通过检测食管癌组织中的MMP-9及TIMP-1的表达,对预后的评价有一定价值。     

基于TCGA数据库分析肝细胞癌组织UCK2、PRIM1和DNTM1基因水平对患者预后的影响

目的 通过分析TCGA数据库肝细胞癌(HCC)组织基因组数据,分析差异基因,寻找影响肝癌患者预后的分子标志物.方法 搜索癌症基因图谱(TCGA)数据库,查找HCC组织差异基因及临床和病理学资料,进行基因筛选和生存分析.根据差异基因水平,以fdr=0.05和lgFC=1为筛选依据,绘制生存曲线,选择基因集"c2.cp.k...     

食管癌病理特征与临床关系探讨

为探讨食管癌病理特征与临床的关系，笔者回顾性总结了本院１７２例经胃镜及手术确诊的食管癌病例，资料提示组织学类型与发病部位有关，并影响着临床预后。一、临床资料近５年间我院经胃镜活检及手术切除标本病理确诊进展期食管癌共１７２例，男１３４例，女３８例，男：女为３．５２：１。年龄３４～７９岁，平均５３．５岁，其中４０岁以下１２例，占６．９％。二、结果１．病变部位：按国际抗癌联盟（UICC）新的食管分段法分段，食管癌位于食管颈段５例，占２．９％，胸上段１４例，占８．１％，胸中段９７例，占５６．４％，胸下段５…     

基于TCGA数据库胶质母细胞瘤患者预后铁死亡基因相关lncRNA预测模型构建

目的 构建基于肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库胶质母细胞瘤（GBM）患者预后铁死亡基因相关lncRNA预测模型。方法 通过TCGA数据库获取GBM的高通量测序数据,通过文献检索和搜查FerrDb数据库两种方式获取铁死亡基因,并基于GBM中铁死亡相关差异表达的lncRNA构建GBM预后的多lncRNA模型,分析预后lncRNA与铁死亡基因的共表达关系。结果 共获得与GBM相关的铁死亡基因246个,铁死亡相关lncRNA 2 624个,经差异分析和降维处理,最终得到102个与GBM显著相关的铁死亡基因,并构建了一个包含111个lncRNA的GBM预后模型,其中,69个差异有统计学意义的铁死亡基因与73个GBM预后相关的铁死亡lncRNA之间存在共表达关系。Kaplan-Meier生存曲线显示,在预后模型下,高危者和低危者的总生存率差异有统计学意义（P<0.01）。结论 基于TCGA数据库成功构建GBM患者预后铁死亡基因相关lncRNA预测模型,该模型可在一定程度上预测GBM患者的生存率。     

利用TCGA数据库筛选食管鳞状细胞癌免疫相关mRNA

目的筛选食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的免疫和预后相关特征基因。方法基于单样本基因集富集分析(ssGSEA),将TCGA数据库中的ESCC序列和临床资料分为3个免疫浸润组。应用表达数据(ESTIMATE)算法对ESCC组织中的基质细胞和免疫细胞进行分组效应评估,并应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与免疫表型相关的共表达基因模块,挑选最相关模块中的节点基因,分析其与患者预后的相关性。结果利用ssGSEA算法,81例肿瘤样本分为高免疫组(14例)、中等免疫组(46例)和低免疫组(21例),并用HLA-I和PD-L1基因验证了分组效果。利用WGCNA获得了与免疫相关的模块,在此模块中找到6个免疫相关hub基因,其中HAVCR2 mRNA与ESCC患者生存相关。结论HAVCR2作为免疫相关基因,可能参与了ESCC的发生、发展,是ESCC潜在预后标志物。     

Increased expression of Cyclin F in liver cancer predicts poor prognosis: A study based on TCGA database

Background:Cyclin F (CCNF) dysfunction has been implicated in various forms of cancer, offering a new avenue for understanding the pathogenic mechanisms underlying hepatocellular carcinoma (HCC). We aimed to evaluate the role of CCNF in HCC using publicly available data from The Cancer Genome Atlas (TCGA).Method:We used TCGA data and Gene Expression Omnibus (GEO) data to analyze the differential expression of CCNF between tumor and adjacent tissues and the relationship between CCNF and clinical characteristics. We compared prognosis of patients with HCC with high and low CCNF expression and constructed receiver operating characteristic (ROC) curves. In addition, we also explored the types of gene mutations in relevant groups and conducted Gene Set Enrichment Analysis (GSEA).Results:The expression of CCNF in liver cancer tissues was significantly increased compared with that in adjacent tissues, and patients with high CCNF expression had a worse prognosis than those with low CCNF expression. Patients with high CCNF expression also had more somatic mutations. High expression of CCNF hampers the prognosis independently. The GSEA showed that the "http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/BIOCARTA_WNT_PATHWAY" Wnt pathway, "http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/BIOCARTA_P53_PATHWAY" P53 pathway, "http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/HALLMARK_PI3K_AKT_MTOR_SIGNALING" PI3K/Akt/mTOR pathway, "http://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/HALLMARK_NOTCH_SIGNALING" Notch pathway were enriched in patients with the high CCNF expression phenotype.Conclusion:High CCNF expression can be seen as an independent risk factor for poor survival in HCC. Its expression may serve as a target for the diagnosis and treatment of liver cancer.     

手术切除肺腺癌患者免疫细胞浸润分析及预后关系

目的探究肺腺癌手术患者免疫细胞浸润模式及预后关系。方法基于GSE68465数据集,利用CIBERSORT软件包,对442例样本中22种免疫细胞进行定量分析,利用Survival包,Kaplan-Meier法分析22种免疫细胞含量与总生存率关系,利用Cox多变量回归分析构建肺腺癌手术患者免疫细胞预后风险模型,根据风险评分中位数,分为高风险组和低风险组,绘制Kaplan-Meier生存曲线和ROC曲线,评估模型的预测效果。结果肺腺癌组织浸润的免疫细胞主要有浆细胞、M2巨噬细胞和M0巨噬细胞,肺腺癌组织与正常组织免疫浸润存在显著差异。静息NK细胞与预后关系显著(P<0.05)。基于5种免疫细胞构建预后风险模型(Risk Score=8.156×静息NK细胞+9.059×活化CD4+记忆T细胞+3.899×活化肥大细胞+2.452×M0巨噬细胞+5.575×活化树突状细胞),高风险组较低风险组预后显著较差(P<0.0001),ROC曲线提示该风险模型具有较好的预后预测效果。结论免疫细胞浸润风险评分模型可以有效预测肺腺癌手术患者预后。     

Mining database and verification of PIK3CB as a marker predicting prognosis and immune infiltration in renal clear cell carcinoma

Background:Kidney renal clear cell carcinoma (KIRC) was the most prevalent malignancy of urinary system. Phosphatidylinositol 3-kinase pathway exerted a vital function in tumor proliferation, invasion, and survival by integrating extracellular growth signals.Methods:The expression and clinical significance of PIK3CB in KIRC was explored using bioinformatics analysis. And qRT-PCR was performed to verify our results.Results:PIK3CB was downregulated at mRNA and protein level in KIRC. KIRC patients with low PIK3CB expression indicated a worse overall survival, progression free survival, and disease-free survival. A predictive nomogram was constructed and demonstrated that the predicted calibration plots for 1-year, 3-year, and 5-year OS probabilities showed good agreement compared with the actual OS of KIRC patients. Validation research demonstrated a downregulation of PIK3CB in KIRC tissues and a poor overall survival in KIRC patients with low PIK3CB expression. Furthermore, Cox regression analysis revealed that PIK3CB expression was an independent prognostic factor for KIRC. PIK3CB expression showed positive correlation with the abundance of immune cells. Moreover, enrichment analysis revealed that PIK3CB and associated genes were mainly associated with RNA splicing and JAK-STAT signaling pathway.Conclusion:Our study suggested that PIK3CB was a potential biomarker for prognosis and correlated with immune infiltrates in KIRC.     

机械吻合与手工吻合在食管癌切除术食管胃吻合中的应用效果比较

目的探讨机械吻合与手工吻合在食管癌切除术食管胃吻合中的应用效果。方法对2010-02~2016-03该院收治的食管癌切除术患者机械吻合(机械吻合组,n=73)和手工吻合(手工吻合组,n=65)手术相关指标及并发症发生率进行比较,评价两种吻合方式的效果。结果机械吻合组食管胃吻合所需时间、总手术时间、住院时间均明显短于手工吻合组,而住院费用则明显较高(P0.01)。机械吻合组总并发症发生率明显低于手工吻合组(P0.05)。结论食管癌切除术采用机械吻合操作简便、手术时间短、术后恢复快,有助于降低并发症发生率。     

Prognostic role of ring finger and WD repeat domain 3 and immune cell infiltration in hepatocellular carcinoma

We have found that the expression of ring finger and WD repeat domain 3(RFWD3) is significantly higher in unpaired and paired hepatocellular carcinoma(HCC) tissues than in normal tissues.Moreover,this expression has a significant correlation with the infiltration level of 14 immune cell types and when the detected RFWD3 expression levels were grouped as high and low,a prominent difference was revealed for overall survival,disease-specific survival,and progression-free interval.Through statistica...     

基于Oncomine及TCGA数据集分析结肠肿瘤中HMGB1基因的表达及预后价值

目的研究结肠肿瘤中高迁移率族蛋白B1基因（HMGB1）的差异表达及预后价值。 方法从Oncomine及TCGA数据集中筛选出2 191例结肠肿瘤患者HMGB1基因表达数据及临床病理数据,采用Mann-Whitney U检验比较结肠癌与腺瘤、左半结肠癌与右半结肠癌、原位癌与浸润癌、黏液性腺癌与其他病理类型结肠癌、以及发生淋巴结转移与无淋巴结转移、发生远处转移与无远处转移结肠癌组织中HMGB1基因差异表达情况,并绘制Kaplan-Meier生存曲线。 结果HMGB1基因在结肠癌组织和腺瘤组织中均较正常结肠组织高表达（P<0.001）,在结肠癌组织中较结肠腺瘤组织中高表达,在左半结肠癌组织中较右半结肠癌高表达（P<0.05）,在黏液性腺癌组织中较其他病理类型低表达（P<0.05）,在浸润癌组织中较原位癌高表达（P<0.001）。有淋巴结转移及远处转移者较未转移者高表达（P<0.05）。HMGB1基因高表达提示更高的5年生存率（P=0.011）,尤其对于女性结肠癌患者（P=0.006）。 结论HMGB1基因可作为判断结肠癌浸润深度、淋巴转移、远处转移及预后的标志物。