首页 | 官方网站   微博 | 高级检索  
     

基于元基因组的南海海绵Theonella swinhoei共生微生物次级代谢潜力研究
引用本文:柴光俊,李金龙,冯国芳,刘放,孙伟,张风丽,李志勇.基于元基因组的南海海绵Theonella swinhoei共生微生物次级代谢潜力研究[J].中国海洋药物,2016,35(6):15-23.
作者姓名:柴光俊  李金龙  冯国芳  刘放  孙伟  张风丽  李志勇
作者单位:上海交通大学微生物代谢国家重点实验室,上海交通大学微生物代谢国家重点实验室,上海交通大学微生物代谢国家重点实验室,上海交通大学微生物代谢国家重点实验室,上海交通大学微生物代谢国家重点实验室,上海交通大学微生物代谢国家重点实验室,上海交通大学微生物代谢国家重点实验室
基金项目:国家高技术研究发展(863)计划项目(2013AA092901);国家自然科学基金项目(41176127 31300104)资助
摘    要:目的 揭示中国南海海绵Theonella swinhoei共生微生物次级代谢潜力。方法 用Illumina Hiseq 2000测序仪对T. swinhoei元基因组DNA进行测序,用MG-RAST平台对共生微生物种群结构和功能进行分析,并比较此海绵与其它海绵的次级代谢差异。用fragment recruitment方法评估T. swinhoei元基因组中具有代表性的微生物在此种海绵和其它生境中的丰度。用antiSMASH预测T. swinhoei元基因组中次级代谢产物生物合成基因簇,并通过序列比对分析其来源。结果 T. swinhoei共生微生物主要包括Proteobacteria(30.5%)、Actinobacteria(6.2%)、Poribacteria(3.6%)、Firmicutes(3.5%)、Chloroflexi(2.6%)和Cyanobacteria(2.1%)。Candidatus Entotheonella sp. TSY1和Candidatus Entotheonella sp. TSY2在T. swinhoei中的丰度比其它生境高很多。T. swinhoei共生微生物中聚酮合酶模块和相关蛋白(COG3321)以及非核糖体肽合成酶模块和相关蛋白(COG1020)基因的比例比其它海绵共生微生物中的比例高。次级代谢产物生物合成基因簇除来自Candidatus Entotheonella外,还有许多来自未知的共生细菌和可能的蓝细菌。结论 中国南海海绵T. swinhoei共生微生物具有很强的次级代谢潜力,为研究海绵天然产物微生物来源提供了依据,同时为进一步开发利用T. swinhoei共生微生物资源提供了基础。

关 键 词:Theonella  swinhoei  元基因组  海绵共生微生物  次级代谢潜力
收稿时间:3/2/2016 12:00:00 AM
修稿时间:2016/3/22 0:00:00

The secondary metabolism potential of microbial consortia of the South China sea sponge Theonella swinhoei revealed by metagenomics
CHAI Guang-jun,Li Jin-long,FENG Guo-fang,LIU fang,SUN wei,ZHANG Feng-li and LI Zhi-yong.The secondary metabolism potential of microbial consortia of the South China sea sponge Theonella swinhoei revealed by metagenomics[J].Chinese Journal of Marine Drugs,2016,35(6):15-23.
Authors:CHAI Guang-jun  Li Jin-long  FENG Guo-fang  LIU fang  SUN wei  ZHANG Feng-li and LI Zhi-yong
Affiliation:State Key Laboratory of Microbial Metabolism,Marine Biotechnology Laboratory at School of Life Sciences and Biotechnology,Shanghai Jiao Tong University,State Key Laboratory of Microbial Metabolism,Marine Biotechnology Laboratory at School of Life Sciences and Biotechnology,Shanghai Jiao Tong University,State Key Laboratory of Microbial Metabolism,Marine Biotechnology Laboratory at School of Life Sciences and Biotechnology,Shanghai Jiao Tong University,State Key Laboratory of Microbial Metabolism,Marine Biotechnology Laboratory at School of Life Sciences and Biotechnology,Shanghai Jiao Tong University,State Key Laboratory of Microbial Metabolism,Marine Biotechnology Laboratory at School of Life Sciences and Biotechnology,Shanghai Jiao Tong University,State Key Laboratory of Microbial Metabolism,Marine Biotechnology Laboratory at School of Life Sciences and Biotechnology,Shanghai Jiao Tong University,State Key Laboratory of Microbial Metabolism,Marine Biotechnology Laboratory at School of Life Sciences and Biotechnology,Shanghai Jiao Tong University
Abstract:
Keywords:Theonella swinhoei  metagenome  microbiota  secondary metabolism potential
点击此处可从《中国海洋药物》浏览原始摘要信息
点击此处可从《中国海洋药物》下载全文
设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司    京ICP备09084417号-23

京公网安备 11010802026262号