| miRNA-122a靶基因预测及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 蒋永容,陈川,张志敏,郑继军,许文,罗美林,戴楠,李梦侠,杨宇馨,李增鹏,王东,王阁.miRNA-122a靶基因预测及生物信息学分析[J].中国肿瘤临床,2011,38(16). |
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| 作者姓名： | 蒋永容 陈川 张志敏 郑继军 许文 罗美林 戴楠 李梦侠 杨宇馨 李增鹏 王东 王阁 |
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| 作者单位： | 第三军医大学大坪医院野战外科研究所肿瘤中心,重庆市,400042 |
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| 基金项目： | 本文课题受国家自然科学基金面上项目，国家自然科学基金青年科学基金项目 |
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| 摘 要： | 目的:利用基因芯片技术分析肝癌HepG2细胞和正常肝上皮LO2细胞中miRNA的表达,并对HepG2细胞中低表达的miRNA-122a进行靶基因预测及相关生物信息学分析,为以miRNA-122a为靶点的基因治疗提供理论和实验基础.方法:利用基因芯片技术检测HepG2细胞和LO2细胞中miRNA-122a表达水平,通过生物信息学预测miRNA-122a的靶基因,并对其靶基因进行功能富集分析(GO-analysis)、信号转导通路富集分析(Pathway-analysis)和蛋白质相互作用网络分析.结果:与LO2细胞比较,miRNA-122a在HepG2细胞中呈低表达.miRNA-122a预测靶基因有1 104个,其靶基因集合功能分别富集于碳水化合物生物合成、核苷酸代谢、细胞因子受体结合、细胞周期等生物学过程(P<0.001);信号转导通路显著富集于JAK-STAT信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号通路、ErbB信号通路、细胞周期等信号转导通路(P<0.001).结论:miRNA-122a在HepG2细胞中呈现低表达,miRNA-122a预测靶基因集合显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中.
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| 关 键 词： | 基因芯片 靶基因 生物信息学 |
Bioinformatic Analysis and Prediction of miRNA-122a Target Genes |
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| Yongrong JIANG,Chuan CHEN,Zhimin ZHANG,Jijun ZHENG,Wen XU,Meilin LUO,Nan DAI,Mengxia LI,Yuxin YANG,Zengpeng LI,Dong WANG,Ge WANG.Bioinformatic Analysis and Prediction of miRNA-122a Target Genes[J].Chinese Journal of Clinical Oncology,2011,38(16). |
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| Authors: | Yongrong JIANG Chuan CHEN Zhimin ZHANG Jijun ZHENG Wen XU Meilin LUO Nan DAI Mengxia LI Yuxin YANG Zengpeng LI Dong WANG Ge WANG |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | miRNA-122a |
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