| 2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较 |
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| 引用本文： | 肖桃,雷高鹏,黄伟峰,吕虹,刘丽,杨小蓉,何树森.2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较[J].疾病监测,2021,36(11):1172-1178. |
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| 作者姓名： | 肖桃 雷高鹏 黄伟峰 吕虹 刘丽 杨小蓉 何树森 |
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| 作者单位： | 四川省疾病预防控制中心,四川成都610041 |
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| 基金项目： | 四川省卫生和计划生育委员会科研课题（No. 16PJ395）；四川省科技项目（No. 2020YFS0581） |
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| 摘 要： | 目的 比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法，为暴发溯源提供快速可靠的依据。 方法 采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点可变数目重复序列分析（MLVA）、规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）、多位点序列分型（MLST）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（WGS-SNP）对2008 — 2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型。 以辛普森多样性指数（DI）为指征，比较单一方法及方法联用的分型能力差异。 结果 PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时，其DI值均＜0.9，PFGE_XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上，WGS-SNP的DI 值最高，可达0.971。 结论 对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP，在缺乏基因组分析能力的情况下，推荐使用PFGE_XbaⅠ与MLVA联合的方法。
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| 关 键 词： | 肠炎沙门菌 脉冲场凝胶电泳 多位点可变数目重复序列分析 全基因组测序 分子分型 |
| 收稿时间： | 2021-04-26 |
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